177 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_5310 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_5310  tol-pal system protein YbgF  100 
 
 
341 aa  679  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4842  tol-pal system protein YbgF  98.53 
 
 
341 aa  672  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.29028  normal  0.989146 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5388  tol-pal system protein YbgF  89.91 
 
 
339 aa  554  1e-157  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.986897  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5489  tol-pal system protein YbgF  62.1 
 
 
304 aa  375  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.39153  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4333  tol-pal system protein YbgF  60.65 
 
 
329 aa  353  2e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.105755 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0281  tol-pal system protein YbgF  59.38 
 
 
313 aa  340  1e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.433103  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0778  tol-pal system protein YbgF  41.21 
 
 
386 aa  213  3e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0520444 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3636  tol-pal system protein YbgF  40.36 
 
 
395 aa  198  1e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.655529  normal  0.139464 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3081  Tol-Pal system YbgF  39.37 
 
 
307 aa  177  2e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2713  TPR repeat-containing protein  36.09 
 
 
305 aa  167  3e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0957329  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6876  hypothetical protein  35.9 
 
 
348 aa  163  3e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.617207  normal  0.0553562 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1816  hypothetical protein  36.42 
 
 
321 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.18225  normal  0.591091 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4143  hypothetical protein  34.22 
 
 
345 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4747  hypothetical protein  34.84 
 
 
323 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3508  TPR repeat-containing protein  37.77 
 
 
336 aa  154  3e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.024508  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1315  tol-pal system protein YbgF  34.03 
 
 
345 aa  153  5e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3624  tol-pal system protein YbgF  31.96 
 
 
333 aa  138  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3169  tetratricopeptide TPR_2  31.09 
 
 
334 aa  135  1e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.36621  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3493  tol-pal system protein YbgF  31.96 
 
 
328 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.250731  normal  0.0902147 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3198  tol-pal system protein YbgF  31.99 
 
 
329 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2625  Tol-Pal system YbgF  32.39 
 
 
345 aa  122  7e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.610072  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2124  Tol-Pal system YbgF  37.5 
 
 
301 aa  97.1  4e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.186495  normal  0.327311 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1221  Tol-Pal system YbgF  26.36 
 
 
505 aa  92.4  1e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1637  TPR repeat-containing molluscan rhodopsin  35.54 
 
 
488 aa  88.6  2e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1693  hypothetical protein  35.54 
 
 
488 aa  88.6  2e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1158  tol-pal system protein YbgF  32.54 
 
 
269 aa  81.6  2e-14  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1281  tol-pal system protein YbgF  32.46 
 
 
266 aa  81.3  2e-14  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  2.95525e-10  decreased coverage  4.50337e-06 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0796  tol-pal system protein YbgF  31.48 
 
 
263 aa  80.1  6e-14  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.27837e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0771  tol-pal system protein YbgF  31.48 
 
 
263 aa  80.1  6e-14  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  9.73622e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00691  hypothetical protein  31.48 
 
 
263 aa  80.1  6e-14  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  6.12768e-07  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00702  hypothetical protein  31.48 
 
 
263 aa  80.1  6e-14  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  4.22433e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0664  tol-pal system protein YbgF  31.48 
 
 
263 aa  80.1  6e-14  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.23566e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2913  tol-pal system protein YbgF  31.48 
 
 
263 aa  80.1  6e-14  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  3.29093e-08  normal  0.329929 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0765  tol-pal system protein YbgF  31.48 
 
 
263 aa  79.3  8e-14  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  1.35641e-09  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0845  tol-pal system protein YbgF  31.48 
 
 
263 aa  79.3  8e-14  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  1.28041e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2414  hypothetical protein  33.58 
 
 
291 aa  78.6  1e-13  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1096  hypothetical protein  29.75 
 
 
279 aa  79  1e-13  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.2221  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3085  tol-pal system protein YbgF  33.59 
 
 
258 aa  78.2  2e-13  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  2.995e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2900  tol-pal system protein YbgF  32.54 
 
 
272 aa  78.2  2e-13  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  1.43705e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2196  Tol-Pal system YbgF  34.51 
 
 
262 aa  78.6  2e-13  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.114347  normal  0.506103 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2893  tol-pal system protein YbgF  30.86 
 
 
263 aa  77.8  3e-13  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  7.77215e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0786  tol-pal system protein YbgF  33.33 
 
 
262 aa  77.4  4e-13  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  1.80184e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0813  tol-pal system protein YbgF  33.33 
 
 
262 aa  77  4e-13  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0133975  normal  0.688577 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0877  tol-pal system protein YbgF  33.33 
 
 
262 aa  77  4e-13  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  6.91126e-05  normal  0.439363 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0846  tol-pal system protein YbgF  33.33 
 
 
262 aa  77.4  4e-13  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00125289  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1240  tol-pal system protein YbgF  32.48 
 
 
264 aa  77  4e-13  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  2.29086e-08  normal  0.061063 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0909  tol-pal system protein YbgF  33.33 
 
 
262 aa  76.6  6e-13  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  1.19726e-05  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1251  tol-pal system protein YbgF  34.23 
 
 
258 aa  75.9  9e-13  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  6.56344e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1399  tol-pal system protein YbgF  30.7 
 
 
269 aa  75.9  9e-13  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  3.06098e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2866  tol-pal system protein YbgF  30.7 
 
 
269 aa  75.9  9e-13  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.8827e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2954  tol-pal system protein YbgF  30.7 
 
 
269 aa  75.9  9e-13  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  6.55346e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0070  hypothetical protein  33.94 
 
 
272 aa  72  1e-11  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0071  tol-pal system protein YbgF  33.94 
 
 
272 aa  72  1e-11  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.840894  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1697  tetratricopeptide domain-containing protein  34.55 
 
 
258 aa  70.1  5e-11  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  5.38849e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2025  hypothetical protein  32.35 
 
 
322 aa  68.9  1e-10  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0500  tol-pal system protein YbgF  39.18 
 
 
343 aa  68.6  2e-10  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4425  tol-pal system protein YbgF  34.38 
 
 
283 aa  68.6  2e-10  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.667598 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2973  TPR domain-containing protein  30.72 
 
 
266 aa  67.8  2e-10  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.485874  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3692  tetratricopeptide domain-containing protein  30.07 
 
 
239 aa  67  4e-10  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  8.93452e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2227  hypothetical protein  35.66 
 
 
265 aa  67  5e-10  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4051  hypothetical protein  32.26 
 
 
243 aa  65.5  1e-09  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2020  hypothetical protein  32.41 
 
 
322 aa  64.3  3e-09  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0388  tol-pal system protein YbgF  33.65 
 
 
325 aa  63.9  4e-09  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.0022084  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51690  hypothetical protein  28.33 
 
 
274 aa  63.5  5e-09  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  1.28207e-08  hitchhiker  0.000871943 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0147  TPR repeat-containing protein  35 
 
 
257 aa  63.2  7e-09  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4534  TPR repeat-containing protein  28.33 
 
 
274 aa  62.4  1e-08  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0177  tol-pal system protein YbgF  31.13 
 
 
300 aa  62.4  1e-08  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.46859  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2017  tol system periplasmic component  31.13 
 
 
305 aa  62  1e-08  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.2216  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1113  Tol-Pal system YbgF  35.59 
 
 
272 aa  62  1e-08  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.636864  normal  0.58924 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36620  tol-pal system YbgF-like protein  28.3 
 
 
273 aa  60.8  3e-08  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2527  hypothetical protein  31.87 
 
 
255 aa  60.8  3e-08  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000191168  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1396  tetratricopeptide TPR_2  34.26 
 
 
261 aa  61.2  3e-08  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  1.08782e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1417  TPR repeat-containing protein  27.97 
 
 
248 aa  60.5  4e-08  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.210206  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0965  tol-pal system protein YbgF  30.48 
 
 
487 aa  60.5  4e-08  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.666424  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3970  hypothetical protein  27.97 
 
 
272 aa  60.1  5e-08  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.178755  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0537  tol-pal system protein YbgF  28.45 
 
 
321 aa  59.7  7e-08  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0161881  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2562  Tol-Pal system YbgF  33.03 
 
 
241 aa  59.7  8e-08  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  4.29972e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0531  putative lipoprotein  30.63 
 
 
236 aa  59.3  1e-07  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1279  TPR repeat-containing protein  27.97 
 
 
270 aa  59.3  1e-07  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.131544  normal  0.407975 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1224  hypothetical protein  25.47 
 
 
268 aa  58.9  1e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.899362 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3515  tol-pal system protein YbgF  29.81 
 
 
283 aa  58.5  2e-07  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  1.2222e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0564  hypothetical protein  32.5 
 
 
274 aa  58.2  2e-07  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.85427  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1253  Tol-Pal system, YbgF  24.58 
 
 
268 aa  58.2  2e-07  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0226612  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01566  tol-pal system protein YbgF, putative  29.2 
 
 
268 aa  58.2  2e-07  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.405212  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3991  tol-pal system protein YbgF  24.58 
 
 
271 aa  58.2  2e-07  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.721689  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2363  tetratricopeptide TPR_2  32.08 
 
 
283 aa  57.4  3e-07  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.574477 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1733  TPR domain-containing protein  26.43 
 
 
263 aa  57.8  3e-07  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.402225  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2712  hypothetical protein  29.92 
 
 
304 aa  57.4  4e-07  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.228832  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0667  hypothetical protein  31.67 
 
 
274 aa  57  4e-07  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2320  hypothetical protein  31.67 
 
 
274 aa  57  4e-07  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.152947  normal  0.674714 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0890  hypothetical protein  28.47 
 
 
281 aa  57  4e-07  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.679116  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1855  tetratricopeptide TPR_2  30.89 
 
 
254 aa  57  5e-07  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4194  tol-pal system protein YbgF  24.58 
 
 
268 aa  56.6  5e-07  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.90283  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0465  TPR repeat-containing protein  27.68 
 
 
377 aa  57  5e-07  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.992619 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0484  tol-pal system protein YbgF  27.68 
 
 
318 aa  56.6  6e-07  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3584  tol-pal system protein YbgF  28.85 
 
 
283 aa  56.6  6e-07  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1114  tol-pal system protein YbgF  35.23 
 
 
292 aa  56.2  8e-07  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.875403  normal  0.0458265 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2145  TPR domain-containing protein  30.15 
 
 
335 aa  56.2  8e-07  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0848355  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0780  tol-pal system protein YbgF  30.56 
 
 
265 aa  56.2  8e-07  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.295121  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4400  hypothetical protein  27.12 
 
 
279 aa  56.2  8e-07  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.374202  normal  0.949799 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>