79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_5288 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_5288  PUCC protein  100 
 
 
458 aa  868    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.212977  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4821  PUCC protein  98.69 
 
 
459 aa  771    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.052711 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5366  PUCC protein  93.08 
 
 
455 aa  750    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.238327  normal  0.20788 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1853  PUCC protein  76.26 
 
 
512 aa  533  1e-150  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0108975 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3713  PUCC protein  69.56 
 
 
448 aa  451  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.368833  hitchhiker  0.000507532 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3746  PUCC protein  60.09 
 
 
447 aa  451  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00047851 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3991  light harvesting pigment MFS transporter Bch2  58.93 
 
 
447 aa  451  1e-125  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.772479  normal  0.25213 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1720  PUCC protein  59.22 
 
 
438 aa  448  1e-125  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1303  PUCC protein  57.94 
 
 
452 aa  434  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0628  PUCC protein  55.56 
 
 
449 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.319243  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6423  light harvesting pigment major facilitator family (MFS) transporter, Bch2-like protein  53.67 
 
 
444 aa  390  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3529  PUCC protein  54.31 
 
 
433 aa  381  1e-104  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.513682 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2062  PUCC protein  55.28 
 
 
455 aa  382  1e-104  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.035842 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1601  PUCC protein  53.35 
 
 
447 aa  354  1e-96  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0278  putative light-harvesting 1 (B870) complex assembly protein PucC  52.18 
 
 
427 aa  351  1e-95  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1921  PUCC protein  52.83 
 
 
427 aa  351  2e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.824161 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1017  PUCC protein  52.12 
 
 
427 aa  330  2e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0166  PUCC protein  42.92 
 
 
417 aa  233  4.0000000000000004e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2893  PUCC protein  29.7 
 
 
474 aa  141  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00562586  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1903  PUCC protein  29.17 
 
 
433 aa  137  3.0000000000000003e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00453505 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0689  PucC protein  30.51 
 
 
448 aa  136  6.0000000000000005e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.85813  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1668  PUCC protein  27.4 
 
 
448 aa  134  3.9999999999999996e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1287  PUCC protein  30.47 
 
 
432 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3165  PUCC protein  29.15 
 
 
474 aa  128  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0360392  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0911  PUCC protein  29.23 
 
 
449 aa  126  7e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.592939  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1762  hypothetical protein  30.98 
 
 
483 aa  126  9e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1461  PucC protein  28.21 
 
 
449 aa  125  2e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.833113  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1560  PUCC protein  27.76 
 
 
450 aa  125  2e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.507042  hitchhiker  0.000951091 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1022  PUCC protein  30.6 
 
 
434 aa  125  2e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1543  PUCC protein  29.43 
 
 
433 aa  124  3e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000848404 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1849  PUCC protein  27.63 
 
 
448 aa  123  7e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0979  PUCC protein  29.33 
 
 
459 aa  121  3e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3539  PUCC protein  28.51 
 
 
481 aa  120  6e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2807  PUCC protein  29.24 
 
 
472 aa  117  3.9999999999999997e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.724042 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0990  PUCC protein  27.85 
 
 
452 aa  116  8.999999999999998e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3432  PUCC protein  28.33 
 
 
434 aa  115  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0654139 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1632  PUCC protein  28.04 
 
 
475 aa  114  4.0000000000000004e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.369944  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6412  photosynthetic complex (LH1) assembly protein LhaA  28.38 
 
 
477 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1912  PUCC protein  30.82 
 
 
457 aa  111  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.199112  unclonable  0.0000123013 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1534  PUCC protein  29.75 
 
 
457 aa  111  3e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00123663  hitchhiker  0.002835 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0518  PUCC protein  29.48 
 
 
449 aa  110  6e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0618  PUCC protein  29.09 
 
 
480 aa  110  8.000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.328427  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1933  PUCC protein  30.18 
 
 
479 aa  109  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1960  PUCC protein  27.25 
 
 
459 aa  108  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.77527  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0315  light-harvesting 1 (B870) complex assembly  27.25 
 
 
459 aa  108  2e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0658  PUCC protein  28.09 
 
 
472 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.573961 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0355  PUCC protein  29.82 
 
 
488 aa  106  1e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.446739 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0290  light-harvesting 1 (B870) complex assembly  29.82 
 
 
479 aa  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0156  PUCC protein  30.88 
 
 
478 aa  105  2e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0028  PUCC protein  28.7 
 
 
477 aa  105  2e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.30591  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0459  PUCC protein  26.05 
 
 
478 aa  105  2e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.222585  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5356  PUCC protein  30.17 
 
 
481 aa  104  3e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1707  PUCC protein  25.81 
 
 
487 aa  103  7e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.711762  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1689  PUCC protein  25.81 
 
 
487 aa  103  7e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1318  PUCC protein  30.18 
 
 
477 aa  103  8e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.153345  normal  0.172961 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3332  PUCC protein  28.87 
 
 
481 aa  103  9e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0614362 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4811  PUCC protein  30.17 
 
 
481 aa  102  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.200059 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3787  PUCC protein  28.92 
 
 
483 aa  97.8  4e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1583  PUCC protein  28.64 
 
 
465 aa  97.4  4e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.652092  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03411  Na+/melibiose symporter  27.29 
 
 
472 aa  97.8  4e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1735  PUCC protein  29.86 
 
 
477 aa  95.9  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3731  PUCC protein  29.86 
 
 
477 aa  94.4  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.532821  hitchhiker  0.00503136 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5278  PUCC protein  32.2 
 
 
481 aa  94  6e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3723  PUCC protein  29.68 
 
 
476 aa  92.8  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0690908 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3976  LhaA protein  29.86 
 
 
477 aa  91.7  3e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.27032  normal  0.197279 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3083  chlorophyll major facilitator superfamily (MFS) exporter PucC  28.96 
 
 
475 aa  91.7  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4031  PucC protein, chlorophyll MFS exporter  27.59 
 
 
473 aa  91.3  4e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.344544  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3785  PUCC protein  27.59 
 
 
475 aa  90.5  6e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0284698 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1843  PUCC protein  30.14 
 
 
475 aa  90.5  6e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.085296 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2037  PUCC protein  30.53 
 
 
476 aa  90.1  7e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4446  PucC chlorophyll MFS exporter  27.36 
 
 
473 aa  89.7  9e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.742071 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2898  pucC  27.63 
 
 
467 aa  89.7  9e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2398  PUCC protein  30.25 
 
 
475 aa  89  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.6432  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1680  PUCC protein  26.83 
 
 
478 aa  88.6  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1005  PUCC protein  27.4 
 
 
479 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.516888 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1240  PUCC protein  27.27 
 
 
484 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000359132  unclonable  0.0000000283623 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3131  PUCC protein  25.98 
 
 
452 aa  83.2  0.000000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.400987  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1652  light-harvesting 1 (B870) complex assembly protein PucC-like  28.01 
 
 
459 aa  65.1  0.000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0448  folate/biopterin transporter  26.18 
 
 
483 aa  47  0.0008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>