More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_5188 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_4721  DNA polymerase IV  98.12 
 
 
425 aa  824    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.469065 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5260  DNA polymerase IV  93.24 
 
 
415 aa  768    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5188  DNA polymerase IV  100 
 
 
425 aa  838    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.951102 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7420  DNA polymerase IV  74.58 
 
 
429 aa  592  1e-168  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.108606  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6682  DNA polymerase IV  72.62 
 
 
435 aa  585  1e-166  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0579  DNA polymerase IV  57.59 
 
 
445 aa  462  1e-129  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0615  DNA polymerase IV  57.59 
 
 
445 aa  461  9.999999999999999e-129  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3311  DNA polymerase IV  58.16 
 
 
432 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0786451  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1344  DNA polymerase IV  58.17 
 
 
436 aa  460  9.999999999999999e-129  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.363596  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3857  DNA polymerase IV  58.59 
 
 
432 aa  457  1e-127  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1377  DNA polymerase IV  57.87 
 
 
431 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.560308 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1285  DNA polymerase IV  57.87 
 
 
431 aa  451  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.25949  normal  0.0407739 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3681  DNA polymerase IV  56.52 
 
 
453 aa  448  1e-125  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.96872  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1745  DNA polymerase IV  57.63 
 
 
428 aa  445  1.0000000000000001e-124  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3041  DNA polymerase IV  56.16 
 
 
429 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.678009  normal  0.273789 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0923  DNA polymerase IV  56.67 
 
 
430 aa  443  1e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4749  DNA polymerase IV  56.7 
 
 
435 aa  442  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.676615  normal  0.525378 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2809  DNA polymerase IV  56.59 
 
 
423 aa  435  1e-121  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.436092 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3544  DNA polymerase IV  55.93 
 
 
431 aa  437  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2445  DNA polymerase IV  54.87 
 
 
429 aa  431  1e-119  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.255034  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1429  DNA polymerase IV  54.89 
 
 
429 aa  426  1e-118  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.587123  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2410  DNA polymerase IV  57.01 
 
 
429 aa  427  1e-118  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.18017 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1400  DNA polymerase IV  54.59 
 
 
449 aa  403  1e-111  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.193285  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2808  DNA polymerase IV  54.11 
 
 
417 aa  402  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.186198 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0068  DNA polymerase IV  54.59 
 
 
417 aa  404  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.91502  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1274  DNA polymerase IV  54.39 
 
 
436 aa  401  9.999999999999999e-111  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0719979  normal  0.0370886 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1494  DNA polymerase IV  52.73 
 
 
418 aa  394  1e-108  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.129133 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2844  DNA polymerase IV  52.53 
 
 
411 aa  390  1e-107  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.900402  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0127  DNA polymerase IV  50.6 
 
 
423 aa  378  1e-103  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314932  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0385  DNA polymerase IV  50.97 
 
 
417 aa  376  1e-103  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.434794  normal  0.713181 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3995  DNA polymerase IV  49.03 
 
 
417 aa  375  1e-102  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3530  DNA polymerase IV  48.32 
 
 
421 aa  323  4e-87  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2331  DNA-directed DNA polymerase  38.25 
 
 
408 aa  270  5e-71  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.632571  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1270  DNA-directed DNA polymerase  42.71 
 
 
430 aa  246  8e-64  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.725906  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0738  DNA-directed DNA polymerase  38.48 
 
 
425 aa  244  3e-63  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.59258  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0229  DNA-directed DNA polymerase  40 
 
 
384 aa  242  9e-63  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2890  DNA-directed DNA polymerase  40.74 
 
 
386 aa  240  4e-62  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2313  DNA-directed DNA polymerase  40.82 
 
 
481 aa  238  2e-61  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  36.27 
 
 
393 aa  238  2e-61  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2317  DNA-directed DNA polymerase  38.46 
 
 
426 aa  232  9e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  44.84 
 
 
355 aa  227  3e-58  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5890  DNA-directed DNA polymerase  40.51 
 
 
409 aa  225  1e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.315723  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1773  DNA-directed DNA polymerase  37.27 
 
 
397 aa  224  3e-57  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.49151  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25070  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  39.26 
 
 
415 aa  224  3e-57  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.487274  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1096  DNA-directed DNA polymerase  40 
 
 
424 aa  223  4e-57  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  41.55 
 
 
356 aa  223  6e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1963  DNA polymerase IV  43.88 
 
 
357 aa  223  6e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.148262  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0011  DNA polymerase IV, putative  34.9 
 
 
390 aa  223  7e-57  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1635  DNA polymerase IV  44.59 
 
 
357 aa  222  9e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.107243  normal  0.427706 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2940  DNA-directed DNA polymerase  41.01 
 
 
422 aa  222  9e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000325025  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0455  DNA polymerase IV  41.37 
 
 
356 aa  222  9.999999999999999e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22910  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  36.55 
 
 
414 aa  221  9.999999999999999e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0450607 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  38.52 
 
 
410 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  42.12 
 
 
354 aa  221  3e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0010  DNA-directed DNA polymerase  33.68 
 
 
390 aa  219  6e-56  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08990  DNA-directed DNA polymerase  36.13 
 
 
385 aa  218  1e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1815  DNA-directed DNA polymerase  36.44 
 
 
412 aa  219  1e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000272693  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3784  DNA-directed DNA polymerase  38.94 
 
 
352 aa  218  1e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.466948  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  31.98 
 
 
389 aa  218  1e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3462  DNA-directed DNA polymerase  40.75 
 
 
419 aa  219  1e-55  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  37.28 
 
 
369 aa  218  1e-55  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000722148  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3236  DNA-directed DNA polymerase  40.75 
 
 
419 aa  218  2e-55  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.516429  decreased coverage  0.00986036 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1587  DNA polymerase IV  44.2 
 
 
362 aa  216  4e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.937216  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4922  DNA-directed DNA polymerase  38.93 
 
 
410 aa  217  4e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0212665 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1063  DNA-directed DNA polymerase  37.53 
 
 
413 aa  216  5e-55  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.435169  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1107  DNA-directed DNA polymerase  38.24 
 
 
385 aa  216  7e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.27085  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1563  DNA-directed DNA polymerase  40.27 
 
 
371 aa  216  8e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.233621  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_10  DNA polymerase IV (Y-family)  34.11 
 
 
391 aa  215  9.999999999999999e-55  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  39.06 
 
 
359 aa  214  1.9999999999999998e-54  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5784  DNA-directed DNA polymerase  38.6 
 
 
430 aa  214  2.9999999999999995e-54  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.108507  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3636  DNA polymerase IV  38.75 
 
 
396 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.892851 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2160  DNA polymerase IV  40.41 
 
 
408 aa  213  7e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.916632  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0732  DNA-directed DNA polymerase  39.47 
 
 
363 aa  213  7e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833353  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2142  DNA polymerase IV  40.41 
 
 
361 aa  213  7.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2024  DNA-directed DNA polymerase  38.2 
 
 
373 aa  212  9e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5935  DNA polymerase IV  40.41 
 
 
383 aa  212  9e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0630772  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6871  DNA-directed DNA polymerase  35 
 
 
404 aa  212  1e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0631256 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2663  DNA-directed DNA polymerase  37.67 
 
 
358 aa  211  2e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0579235  normal  0.454418 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0148  DNA-directed DNA polymerase  45.12 
 
 
418 aa  211  2e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0159  DNA-directed DNA polymerase  44.63 
 
 
418 aa  211  2e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0370  DNA-directed DNA polymerase  33.58 
 
 
423 aa  210  4e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1444  DNA polymerase IV  39.54 
 
 
466 aa  209  7e-53  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.754501  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  41.06 
 
 
378 aa  209  8e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  0.0000031101 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  41.06 
 
 
378 aa  209  8e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0141  DNA-directed DNA polymerase  44.78 
 
 
418 aa  209  1e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2424  DNA-directed DNA polymerase  38.46 
 
 
415 aa  208  1e-52  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0565493 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2507  DNA-directed DNA polymerase  37.72 
 
 
358 aa  208  1e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000247622  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0145  DNA-directed DNA polymerase  40.4 
 
 
399 aa  207  2e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0301883  normal  0.226149 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  40.27 
 
 
363 aa  207  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1616  ImpB/MucB/SamB family protein  33.85 
 
 
409 aa  207  4e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1538  DNA polymerase IV  40.07 
 
 
359 aa  207  4e-52  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.142291  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2856  DNA-directed DNA polymerase  39.3 
 
 
406 aa  207  4e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.107741  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3621  DNA-directed DNA polymerase  37.63 
 
 
385 aa  206  7e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2071  DNA-directed DNA polymerase  44.73 
 
 
348 aa  206  8e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.485173  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  35.82 
 
 
371 aa  205  1e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  35.71 
 
 
399 aa  205  1e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2528  DNA polymerase IV  34.53 
 
 
414 aa  204  2e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1767  DNA polymerase IV  34.02 
 
 
414 aa  204  3e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  39.29 
 
 
380 aa  204  3e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1566  DNA polymerase IV  42.55 
 
 
369 aa  204  3e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0682981  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>