More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_3985 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_3985  polysaccharide biosynthesis protein CapD  100 
 
 
412 aa  827    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0251  capsular polysaccharide biosynthesis protein  38.07 
 
 
396 aa  290  4e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0172  polysaccharide biosynthesis protein  38.07 
 
 
396 aa  290  4e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001803  putative capsular polysaccharide biosynthesis protein D  38.29 
 
 
396 aa  288  8e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00667  UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase  37.82 
 
 
396 aa  285  8e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3097  nucleoside-diphosphate sugar epimerase  38.5 
 
 
403 aa  284  3.0000000000000004e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.876352  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2328  UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase  39.75 
 
 
393 aa  282  8.000000000000001e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.231358 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0592  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.06 
 
 
401 aa  281  1e-74  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2643  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.21 
 
 
395 aa  280  3e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.517596  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0046  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.78 
 
 
393 aa  279  5e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3117  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.1 
 
 
399 aa  279  8e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.339066  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1587  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.75 
 
 
404 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4184  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.97 
 
 
610 aa  105  2e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0360  lipopolysaccharide biosynthesis protein (WbpM)-like  29.91 
 
 
649 aa  102  2e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1360  polysaccharide biosynthesis protein CapD  32.72 
 
 
643 aa  100  5e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3268  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.48 
 
 
629 aa  99.8  9e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1702  polysaccharide biosynthesis protein CapD  32.58 
 
 
680 aa  98.6  2e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3126  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.11 
 
 
633 aa  97.8  3e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.503601  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1258  UDP-GlcNAc C4,6 dehydratase  23.32 
 
 
587 aa  97.4  4e-19  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.62797  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5248  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.87 
 
 
617 aa  97.4  4e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4167  polysaccharide biosynthesis protein CapD  31 
 
 
648 aa  97.1  5e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4411  polysaccharide biosynthesis protein CapD  31.82 
 
 
644 aa  97.1  5e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4432  polysaccharide biosynthesis protein CapD  30.88 
 
 
626 aa  96.3  9e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.908556  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2497  polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.53 
 
 
613 aa  95.1  2e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.495773  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1513  polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.8 
 
 
638 aa  95.1  2e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0299792  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3473  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.9 
 
 
666 aa  95.1  2e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.467717  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0501  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.8 
 
 
330 aa  94.7  3e-18  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.153832  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0410  polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.37 
 
 
478 aa  94  5e-18  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.13343  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1271  polysaccharide biosynthesis protein CapD  32.44 
 
 
655 aa  92.8  1e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.424952 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0128  hypothetical protein  26.72 
 
 
635 aa  91.7  2e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1278  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.36 
 
 
637 aa  90.5  5e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000704719 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1494  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.43 
 
 
606 aa  90.1  6e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1250  polysaccharide biosynthesis protein CapD  33.93 
 
 
679 aa  89.7  8e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4167  polysaccharide biosynthesis protein CapD  24.52 
 
 
628 aa  89  1e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1585  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.06 
 
 
653 aa  89.4  1e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.216403  normal  0.968528 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3919  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.89 
 
 
652 aa  89.4  1e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0124304 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18500  predicted nucleoside-diphosphate sugar epimerase  31.15 
 
 
626 aa  87.8  3e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.554738  normal  0.981447 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1009  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.11 
 
 
635 aa  87.8  3e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000685319  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1338  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.18 
 
 
646 aa  88.2  3e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0399433 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05820  predicted nucleoside-diphosphate sugar epimerase  28.06 
 
 
613 aa  87.4  4e-16  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0718639  hitchhiker  0.00116651 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1633  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.76 
 
 
647 aa  87  5e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2347  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.12 
 
 
616 aa  87  6e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.866725 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3385  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.81 
 
 
651 aa  86.7  6e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2582  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.37 
 
 
647 aa  86.3  0.000000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3895  polysaccharide biosynthesis protein CapD  30.71 
 
 
381 aa  85.5  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4459  polysaccharide biosynthesis protein CapD  30.45 
 
 
641 aa  86.3  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1536  polysaccharide biosynthesis protein  24.93 
 
 
647 aa  84.7  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0138  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.74 
 
 
607 aa  85.5  0.000000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1483  capsular polysaccharide biosynthesis  27.92 
 
 
656 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0428  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.56 
 
 
343 aa  85.5  0.000000000000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0374599  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0520  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.52 
 
 
647 aa  84.7  0.000000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1573  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.12 
 
 
634 aa  84.7  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.883555  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3816  polysaccharide biosynthesis protein CapD  30.13 
 
 
645 aa  85.1  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.280981 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3090  polysaccharide biosynthesis protein CapD  31.27 
 
 
652 aa  85.5  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2927  polysaccharide biosynthesis protein CapD  32.74 
 
 
633 aa  85.1  0.000000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.914767  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0143  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.74 
 
 
611 aa  85.1  0.000000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1244  polysaccharide biosynthesis protein CapD  24.65 
 
 
605 aa  84.7  0.000000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1211  polysaccharide biosynthesis protein CapD  24.65 
 
 
605 aa  84.7  0.000000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1997  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.52 
 
 
650 aa  84.7  0.000000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.521686 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2635  polysaccharide biosynthesis protein CapD  33.04 
 
 
661 aa  84.3  0.000000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0949218  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0776  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.99 
 
 
627 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.905737  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0779  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.53 
 
 
644 aa  83.6  0.000000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.649745  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1976  polysaccharide synthase family protein  27.07 
 
 
637 aa  83.2  0.000000000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.113139  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3090  capsular polysaccharide biosynthesis protein  27.07 
 
 
637 aa  83.2  0.000000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3127  capsular polysaccharide biosynthesis protein  27.07 
 
 
637 aa  83.2  0.000000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3150  polysaccharide biosynthesis protein  27.07 
 
 
637 aa  83.2  0.000000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0937  polysaccharide synthase family protein  27.07 
 
 
637 aa  83.2  0.000000000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.217913  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2289  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.24 
 
 
629 aa  83.2  0.000000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.195008  normal  0.481233 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2767  polysaccharide synthase family protein  27.07 
 
 
637 aa  83.2  0.000000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.149651  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1838  polysaccharide synthase family protein  27.07 
 
 
637 aa  83.2  0.000000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2334  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.86 
 
 
614 aa  82.8  0.00000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000027  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0301  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.36 
 
 
623 aa  82  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.39 
 
 
617 aa  81.6  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00235509  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3984  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.39 
 
 
627 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.430813 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2504  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.75 
 
 
628 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.288119  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0713  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.99 
 
 
641 aa  82  0.00000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0039  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.71 
 
 
620 aa  81.6  0.00000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16980  nucleoside-diphosphate sugar epimerase  27.38 
 
 
487 aa  81.3  0.00000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1871  putative epimerase/dehydratase polysaccharide-related biosynthesis protein  27.88 
 
 
614 aa  81.3  0.00000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0697  polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.4 
 
 
622 aa  81.3  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0857  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.88 
 
 
627 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0408  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.88 
 
 
627 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0887  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.88 
 
 
627 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3360  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.16 
 
 
642 aa  80.9  0.00000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0514  putative epimerase/dehydratase  26.74 
 
 
622 aa  81.3  0.00000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0573  polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.76 
 
 
633 aa  80.9  0.00000000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3656  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.68 
 
 
652 aa  80.5  0.00000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.219229  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2184  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.99 
 
 
404 aa  80.5  0.00000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0510  epimerase/dehydratase, putative  27.54 
 
 
622 aa  80.1  0.00000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.798384  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1040  polysaccharide biosynthesis protein CapD  30.58 
 
 
633 aa  80.1  0.00000000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0605  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.89 
 
 
666 aa  80.1  0.00000000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0935812  normal  0.274375 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10733  capsular polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.07 
 
 
653 aa  80.1  0.00000000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0082  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.27 
 
 
660 aa  79.7  0.00000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.81164 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3050  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.54 
 
 
613 aa  79.7  0.00000000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4766  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.39 
 
 
643 aa  79.7  0.00000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0559289  normal  0.121979 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0714  capsular polysaccharide biosynthesis protein  28.7 
 
 
495 aa  79  0.0000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00136687  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0902  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.92 
 
 
625 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0760  general glycosylation pathway protein  24.51 
 
 
341 aa  79.7  0.0000000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.574123  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3780  putative epimerase/dehydratase polysaccharide- related biosynthesis protein  27.56 
 
 
625 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00473075  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0248  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.5 
 
 
664 aa  78.2  0.0000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.250562  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>