More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_3734 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_3425  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  95.09 
 
 
431 aa  792    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.569361  normal  0.792047 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3620  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  86.84 
 
 
429 aa  706    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0244678 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3734  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  100 
 
 
428 aa  832    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2528  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  46.78 
 
 
416 aa  319  5e-86  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0397628 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1392  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  44.11 
 
 
415 aa  304  2.0000000000000002e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0214918  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0126  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.11 
 
 
411 aa  301  1e-80  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2669  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  42.68 
 
 
410 aa  298  1e-79  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.499942  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0136  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  43.54 
 
 
402 aa  294  2e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0421  putative Orn/DAP/Arg decarboxylase  43.92 
 
 
402 aa  293  5e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1957  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  41.92 
 
 
410 aa  292  6e-78  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.47769  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1565  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  42.89 
 
 
411 aa  290  4e-77  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1290  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  41.18 
 
 
414 aa  282  6.000000000000001e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7006  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  44.36 
 
 
408 aa  281  2e-74  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0015439 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0486  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  45.36 
 
 
417 aa  281  2e-74  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.252649  normal  0.657753 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3805  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  42.04 
 
 
404 aa  281  2e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2511  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.01 
 
 
416 aa  272  9e-72  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2435  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  41.31 
 
 
412 aa  268  1e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2019  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  36.87 
 
 
419 aa  267  2e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.225254 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4274  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  41.1 
 
 
402 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000282467 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0700  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  41.96 
 
 
414 aa  263  3e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3879  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  42.96 
 
 
508 aa  261  2e-68  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00597643  normal  0.0295865 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0113  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  38.02 
 
 
442 aa  254  1.0000000000000001e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0528354  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0098  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  38.38 
 
 
440 aa  249  1e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4030  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  40.75 
 
 
413 aa  238  2e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.157056  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2078  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  41.79 
 
 
428 aa  238  2e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.192664  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2337  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  42.21 
 
 
408 aa  238  2e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1835  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  39.16 
 
 
430 aa  237  3e-61  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.59311  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1929  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  39.36 
 
 
409 aa  226  6e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3058  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  37.84 
 
 
418 aa  224  3e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.700588  hitchhiker  0.00347473 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3255  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.75 
 
 
415 aa  223  6e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3135  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  40.45 
 
 
404 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0167539  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0681  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  36.57 
 
 
416 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0834  diaminopimelate decarboxylase  31.06 
 
 
418 aa  201  3e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1110  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.1 
 
 
397 aa  195  1e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.585964  normal  0.770001 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0075  diaminopimelate decarboxylase  35.01 
 
 
416 aa  187  2e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1034  diaminopimelate decarboxylase  32.62 
 
 
448 aa  186  9e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  33.65 
 
 
416 aa  186  1.0000000000000001e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_003296  RS00881  diaminopimelate decarboxylase protein  34.45 
 
 
413 aa  185  2.0000000000000003e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0145136  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  33.01 
 
 
418 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  30.53 
 
 
420 aa  183  5.0000000000000004e-45  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3140  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.45 
 
 
392 aa  182  9.000000000000001e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3139  diaminopimelate decarboxylase  33.82 
 
 
419 aa  182  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167339  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2676  Diaminopimelate decarboxylase  33.42 
 
 
418 aa  182  1e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.438266  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1724  diaminopimelate decarboxylase  32.69 
 
 
435 aa  182  1e-44  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0976  diaminopimelate decarboxylase  32.55 
 
 
416 aa  181  2e-44  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.351187  normal  0.117285 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0720  diaminopimelate decarboxylase  32.78 
 
 
429 aa  179  1e-43  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00473762  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1775  diaminopimelate decarboxylase  31.28 
 
 
447 aa  177  3e-43  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  33.49 
 
 
427 aa  176  5e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  33.65 
 
 
427 aa  176  5e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  33.33 
 
 
422 aa  177  5e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0377  diaminopimelate decarboxylase  32.61 
 
 
414 aa  176  7e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3279  diaminopimelate decarboxylase  35.87 
 
 
419 aa  176  8e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2877  diaminopimelate decarboxylase  35.87 
 
 
419 aa  176  8e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.926631  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0729  diaminopimelate decarboxylase  33.09 
 
 
421 aa  176  9e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1468  diaminopimelate decarboxylase  30.17 
 
 
423 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0058  diaminopimelate decarboxylase  31.98 
 
 
434 aa  175  9.999999999999999e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.586159  normal  0.874852 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2384  diaminopimelate decarboxylase  32.85 
 
 
421 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.193755  normal  0.99015 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  33.65 
 
 
427 aa  175  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0086  diaminopimelate decarboxylase  32.1 
 
 
432 aa  175  1.9999999999999998e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0391  diaminopimelate decarboxylase  32.94 
 
 
414 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3634  diaminopimelate decarboxylase  32.94 
 
 
414 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.239025  normal  0.49264 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5513  diaminopimelate decarboxylase  34.59 
 
 
425 aa  174  1.9999999999999998e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.568849 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0683  diaminopimelate decarboxylase  30.07 
 
 
437 aa  175  1.9999999999999998e-42  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000143238  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1648  diaminopimelate decarboxylase  30.57 
 
 
417 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00420158  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0390  diaminopimelate decarboxylase  33.02 
 
 
414 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3940  diaminopimelate decarboxylase  33.9 
 
 
461 aa  174  2.9999999999999996e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0696  diaminopimelate decarboxylase  35.04 
 
 
431 aa  174  2.9999999999999996e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1229  diaminopimelate decarboxylase  34.16 
 
 
453 aa  174  2.9999999999999996e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.972871  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3213  diaminopimelate decarboxylase  32.26 
 
 
432 aa  174  3.9999999999999995e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.399743 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4782  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.42 
 
 
408 aa  174  3.9999999999999995e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.49913  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0716  diaminopimelate decarboxylase  35.04 
 
 
431 aa  173  5e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.670894 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1303  diaminopimelate decarboxylase  32.38 
 
 
435 aa  173  5.999999999999999e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3112  diaminopimelate decarboxylase  33.81 
 
 
418 aa  173  5.999999999999999e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.507719  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1422  diaminopimelate decarboxylase  30.57 
 
 
441 aa  173  5.999999999999999e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000179827  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3096  diaminopimelate decarboxylase  35.03 
 
 
394 aa  172  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.294938  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1978  diaminopimelate decarboxylase  31.74 
 
 
415 aa  172  1e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00280212  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01927  diaminopimelate decarboxylase  33.59 
 
 
398 aa  172  1e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3040  diaminopimelate decarboxylase  33.49 
 
 
421 aa  172  1e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.365095  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0878  diaminopimelate decarboxylase  33.98 
 
 
465 aa  172  1e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.109774  normal  0.537155 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17190  diaminopimelate decarboxylase  31.28 
 
 
395 aa  172  2e-41  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.479032  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0717  diaminopimelate decarboxylase  32.96 
 
 
402 aa  171  2e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0591874 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2448  diaminopimelate decarboxylase  32.6 
 
 
421 aa  171  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.147668  normal  0.347917 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0612  diaminopimelate decarboxylase  31.5 
 
 
436 aa  171  2e-41  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.239326  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0444  diaminopimelate decarboxylase  32.18 
 
 
414 aa  171  2e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.249159  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3276  diaminopimelate decarboxylase  34.76 
 
 
419 aa  171  3e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4309  diaminopimelate decarboxylase  32.13 
 
 
414 aa  170  4e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1914  diaminopimelate decarboxylase  28.67 
 
 
438 aa  170  4e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0486  diaminopimelate decarboxylase  32.37 
 
 
414 aa  170  4e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.012167  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2538  diaminopimelate decarboxylase  31.82 
 
 
422 aa  170  4e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0787755  normal  0.617657 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0858  diaminopimelate decarboxylase  33.02 
 
 
415 aa  170  5e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.168666  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2585  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2:Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.05 
 
 
402 aa  170  5e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.126508  decreased coverage  0.000677908 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4130  diaminopimelate decarboxylase  31.89 
 
 
414 aa  169  7e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.638139 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1499  diaminopimelate decarboxylase  31.07 
 
 
416 aa  169  7e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000178536  normal  0.848919 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1553  diaminopimelate decarboxylase  31.91 
 
 
417 aa  169  8e-41  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144272  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3567  diaminopimelate decarboxylase  30.86 
 
 
422 aa  169  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67276  normal  0.379648 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1109  diaminopimelate decarboxylase  31.62 
 
 
418 aa  169  1e-40  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0468  diaminopimelate decarboxylase  30.42 
 
 
403 aa  169  1e-40  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0477  diaminopimelate decarboxylase  27.03 
 
 
430 aa  169  1e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0584  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.56 
 
 
405 aa  169  1e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000391397  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0317  diaminopimelate decarboxylase  34.92 
 
 
461 aa  168  1e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.241285 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>