108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_3628 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_3305  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 135 aa  278  3e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.875341  normal  0.568841 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3628  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 135 aa  278  3e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.422451  normal  0.286276 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3505  transcriptional regulator, XRE family  89.55 
 
 		 135 aa  253  7e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.497351 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4492  XRE family transcriptional regulator  52.59 
 
 		 135 aa  142  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5734  XRE family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 124 aa  89.7  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5909  transcriptional regulator, XRE family  37.78 
 
 		 149 aa  83.2  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.27764  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5287  XRE family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 149 aa  78.2  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.511676  normal  0.279945 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0753  XRE family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 135 aa  65.5  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.057083  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2456  XRE family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 134 aa  63.5  0.0000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.214066  normal  0.20041 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1248  DNA-binding protein  31.01 
 
 		 137 aa  63.2  0.000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.821781  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0230  transcriptional regulator, XRE family  34.11 
 
 		 137 aa  63.2  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.737224  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2160  transcriptional regulator, XRE family  34.96 
 
 		 134 aa  62.8  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.468793  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2159  Cro/CI family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 137 aa  62.8  0.000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.00000314405  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3923  XRE family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 140 aa  62  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.680179  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2071  Cro/CI family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 137 aa  62.8  0.000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0247654  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1815  XRE family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 137 aa  62  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0843474  normal  0.166838 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0278  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 145 aa  61.2  0.000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0026  XRE family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 144 aa  61.2  0.000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.153059  normal  0.660956 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0834  XRE family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 145 aa  61.2  0.000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.211274  normal  0.760334 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5225  XRE family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 140 aa  60.1  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3578  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 140 aa  59.7  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2278  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 136 aa  59.3  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.504941  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0443  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 140 aa  59.3  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.0000554716  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0021  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 161 aa  58.5  0.00000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0329  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 171 aa  58.5  0.00000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.846996  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0154  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 134 aa  58.2  0.00000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2104  transcriptional regulator, XRE family  43.94 
 
 		 174 aa  58.2  0.00000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1563  transcriptional regulator, XRE family  41.43 
 
 		 135 aa  57.8  0.00000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4834  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 135 aa  57.4  0.00000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.592449  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0971  transcriptional regulator, XRE family  35.66 
 
 		 135 aa  57.4  0.00000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.508784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1041  helix-turn-helix domain-containing protein  35.66 
 
 		 142 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0368815 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1149  XRE family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 120 aa  56.6  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.016899  hitchhiker  0.00000234075 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1168  transcriptional regulator, XRE family  35.66 
 
 		 142 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.092853  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0016  transcriptional regulator, XRE family  29.23 
 
 		 138 aa  56.6  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000711578 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0237  XRE family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 139 aa  55.8  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2806  putative transcriptional regulatory protein  41.54 
 
 		 131 aa  55.8  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0595  XRE family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 139 aa  55.5  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.958783  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1388  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 119 aa  55.1  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.346177 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0045  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 139 aa  55.1  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00000742068  hitchhiker  0.0000000000614145 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3762  transcriptional regulator, XRE family  35.29 
 
 		 135 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.117326  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3125  XRE family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 162 aa  54.7  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.412901  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0066  XRE family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 146 aa  54.7  0.0000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0319384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2775  putative transcriptional regulator  39.39 
 
 		 123 aa  53.9  0.0000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1020  XRE family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 149 aa  54.3  0.0000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.638142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0447  transcriptional regulator, XRE family  26.56 
 
 		 139 aa  54.3  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3038  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 140 aa  53.9  0.0000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7073  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 138 aa  53.9  0.0000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2959  transcriptional regulator, XRE family  35.62 
 
 		 141 aa  53.9  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.676432  normal  0.753241 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0473  XRE family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 138 aa  53.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.54052 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1502  XRE family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 136 aa  53.5  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.662366  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3208  transcriptional regulator, XRE family  35.62 
 
 		 141 aa  53.5  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0155  helix-turn-helix domain-containing protein  41.43 
 
 		 135 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1221  XRE family transcriptional regulator  38 
 
 		 127 aa  53.5  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.309245  normal  0.121494 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0014  transcriptional regulator, XRE family  37.14 
 
 		 139 aa  53.5  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.881591  normal  0.120221 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4795  transcriptional regulator, XRE family  33.06 
 
 		 134 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0939257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0026  XRE family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 139 aa  52.8  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3177  XRE family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 142 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0647326  normal  0.0138701 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1061  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 155 aa  52  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.161431  normal  0.803902 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0019  XRE family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 139 aa  52  0.000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0558597 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1892  XRE family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 120 aa  52  0.000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1232  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 126 aa  52  0.000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.236768  normal  0.265611 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0540  XRE family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 120 aa  52  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0675  XRE family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 120 aa  52  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00325967 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0051  XRE family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 138 aa  51.6  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3608  XRE family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 130 aa  51.2  0.000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3522  helix-turn-helix domain-containing protein  35.71 
 
 		 135 aa  51.2  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3775  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 210 aa  50.4  0.000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7198  transcriptional regulator, XRE family  38.57 
 
 		 134 aa  50.4  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0637638 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6040  transcriptional regulator, XRE family  38.57 
 
 		 134 aa  50.4  0.000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.591688 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2505  XRE family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 128 aa  50.1  0.00001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3622  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 147 aa  50.1  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2467  transcriptional regulator, XRE family  36.49 
 
 		 122 aa  49.7  0.00001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000461389  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3598  XRE family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 156 aa  48.9  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00212083  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1909  XRE family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 123 aa  48.9  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6290  transcriptional regulator, XRE family  40.62 
 
 		 121 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9533  transcriptional regulator Cro/CI family  37.68 
 
 		 141 aa  48.9  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.140693  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4413  transcriptional regulator, XRE family  30.88 
 
 		 121 aa  48.1  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.465238  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2429  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 143 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.214939  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4093  transcriptional regulator, XRE family  30.88 
 
 		 121 aa  48.1  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2892  transcriptional regulator, XRE family  35.94 
 
 		 166 aa  48.1  0.00004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.203012 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2935  XRE family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 128 aa  47.8  0.00005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3242  XRE family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 149 aa  47.4  0.00007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3790  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 129 aa  47  0.00008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000021488 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0894  transcriptional regulator  36.51 
 
 		 215 aa  46.2  0.0001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3777  XRE family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 125 aa  46.2  0.0001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8067  transcriptional regulator  32.35 
 
 		 146 aa  46.6  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.262846  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1118  putative transcriptional regulator  36.51 
 
 		 213 aa  45.8  0.0002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1401  transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 		 108 aa  45.8  0.0002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3326  DNA-binding protein  21.82 
 
 		 374 aa  45.1  0.0003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2727  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 133 aa  44.7  0.0004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0230  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 144 aa  44.3  0.0005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0592162  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4530  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 152 aa  44.7  0.0005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6091  transcriptional regulator, XRE family  26.77 
 
 		 152 aa  43.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2958  transcriptional regulator HTH family  39.29 
 
 		 134 aa  43.5  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0167  helix-turn-helix/TPR domain-containing protein  41.94 
 
 		 421 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2415  XRE family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 108 aa  42.7  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.747648  normal  0.205429 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6062  XRE family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 138 aa  42.4  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6504  transcriptional regulator, XRE family  35.94 
 
 		 152 aa  42.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0295  helix-turn-helix/TPR domain protein  41.94 
 
 		 421 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3344  DNA-binding protein  21.1 
 
 		 374 aa  42  0.003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.455978  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>