More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_3427 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_3427  Polyprenyl synthetase  100 
 
 
340 aa  683    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.640132 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3301  Polyprenyl synthetase  94.12 
 
 
351 aa  642    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.470384 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3108  polyprenyl synthetase  99.41 
 
 
340 aa  679    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.185036 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2749  polyprenyl synthetase  80.87 
 
 
345 aa  549  1e-155  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0535555  normal  0.102238 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4378  Polyprenyl synthetase  80.58 
 
 
345 aa  545  1e-154  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.399439  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5347  polyprenyl synthetase  79.88 
 
 
339 aa  540  9.999999999999999e-153  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.960617 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1088  farnesyltranstransferase  74.41 
 
 
336 aa  513  1e-144  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1214  farnesyltranstransferase  74.71 
 
 
336 aa  513  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1232  Polyprenyl synthetase  74.41 
 
 
336 aa  510  1e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4354  farnesyltranstransferase  74.41 
 
 
336 aa  511  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.523786  hitchhiker  0.00985531 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2349  octaprenyl diphosphate synthase  75 
 
 
336 aa  508  1e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.130526 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2592  polyprenyl synthetase  73.24 
 
 
336 aa  502  1e-141  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.114773 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1115  Polyprenyl synthetase  73.45 
 
 
337 aa  500  1e-140  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1373  polyprenyl synthetase  74.23 
 
 
335 aa  491  9.999999999999999e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3215  farnesyltranstransferase  71.76 
 
 
336 aa  492  9.999999999999999e-139  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.153645  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0855  polyprenyl synthetase  70.41 
 
 
336 aa  478  1e-134  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.215594  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0401  polyprenyl synthetase family protein  63.53 
 
 
340 aa  445  1.0000000000000001e-124  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0519  polyprenyl synthetase  63.53 
 
 
356 aa  447  1.0000000000000001e-124  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0711  polyprenyl synthetase  61.54 
 
 
338 aa  434  1e-121  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0498261  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0458  polyprenyl synthetase  64.5 
 
 
338 aa  431  1e-120  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.480075 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0410  polyprenyl synthetase family protein  63.8 
 
 
328 aa  427  1e-118  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.21047  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0567  Farnesyltranstransferase  64.71 
 
 
338 aa  427  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0523  Polyprenyl synthetase  64.12 
 
 
338 aa  427  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.057969  normal  0.393199 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0943  octaprenyl-diphosphate synthase  63.91 
 
 
338 aa  424  1e-117  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.560813  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0722  polyprenyl synthetase  62.65 
 
 
339 aa  405  1.0000000000000001e-112  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.197048  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0383  polyprenyl synthetase  53.27 
 
 
338 aa  372  1e-102  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.398476  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2950  farnesyltranstransferase  57.69 
 
 
360 aa  368  1e-101  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.530131  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0514  trans-hexaprenyltranstransferase  57.41 
 
 
337 aa  364  1e-99  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.655757 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0054  Polyprenyl synthetase  50.84 
 
 
358 aa  340  2e-92  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00942137  normal  0.0473484 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2470  polyprenyl synthetase  53.15 
 
 
333 aa  339  4e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.870364  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3448  polyprenyl synthetase  54.03 
 
 
341 aa  338  9.999999999999999e-92  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.142936 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0750  geranylgeranyl pyrophosphate synthase/polyprenyl synthetase  53.15 
 
 
333 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2406  trans-hexaprenyltranstransferase  53.15 
 
 
333 aa  336  2.9999999999999997e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.463272  normal  0.792362 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0487  trans-hexaprenyltranstransferase  56.77 
 
 
335 aa  333  2e-90  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1353  farnesyltranstransferase  54.01 
 
 
337 aa  333  3e-90  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.350614  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3376  polyprenyl synthetase  54.86 
 
 
322 aa  328  9e-89  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3742  farnesyltranstransferase  52.04 
 
 
336 aa  326  4.0000000000000003e-88  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.326793  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1432  polyprenyl synthetase  51.67 
 
 
344 aa  320  3e-86  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3072  octaprenyl-diphosphate synthase  54.86 
 
 
334 aa  316  4e-85  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.436808  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2031  trans-hexaprenyltranstransferase  49.85 
 
 
333 aa  315  8e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3354  trans-hexaprenyltranstransferase  49.07 
 
 
331 aa  315  8e-85  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00431304  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2184  trans-hexaprenyltranstransferase  52.88 
 
 
340 aa  311  6.999999999999999e-84  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0854  farnesyltranstransferase  47.77 
 
 
322 aa  283  3.0000000000000004e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1317  octaprenyl-diphosphate synthase  44.48 
 
 
322 aa  281  9e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2455  polyprenyl synthetase  43.85 
 
 
322 aa  276  3e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000180398  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0244  octaprenyl-diphosphate synthase  44.34 
 
 
326 aa  276  4e-73  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000222684  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2830  trans-hexaprenyltranstransferase  46.13 
 
 
333 aa  273  3e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000446804  normal  0.601872 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3032  trans-hexaprenyltranstransferase  47 
 
 
345 aa  272  6e-72  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0340  trans-hexaprenyltranstransferase  45.06 
 
 
321 aa  270  2e-71  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104163  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3278  polyprenyl synthetase  47.62 
 
 
313 aa  269  4e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000293097 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2277  Polyprenyl synthetase  44.03 
 
 
322 aa  269  5e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2007  trans-hexaprenyltranstransferase  44.65 
 
 
322 aa  268  8.999999999999999e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00197396  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0557  octaprenyl diphosphate synthase  44.41 
 
 
323 aa  268  8.999999999999999e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000813107  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0769  Polyprenyl synthetase  50.72 
 
 
327 aa  267  2e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3205  octaprenyl-diphosphate synthase  47.83 
 
 
322 aa  267  2e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.192377  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00798  octaprenyl-diphosphate synthase  43.99 
 
 
323 aa  266  2.9999999999999995e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2004  Trans-hexaprenyltranstransferase  47.22 
 
 
322 aa  266  2.9999999999999995e-70  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1003  polyprenyl synthetase  45.51 
 
 
323 aa  266  4e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000127512  decreased coverage  0.00000500836 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3683  polyprenyl synthetase  47 
 
 
322 aa  266  5e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.719488  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3415  Polyprenyl synthetase  42.59 
 
 
322 aa  265  7e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00212563  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4498  polyprenyl synthetase  45.57 
 
 
322 aa  265  7e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.507536  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0658  polyprenyl synthetase  46.65 
 
 
341 aa  264  2e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.586121  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0863  trans-hexaprenyltranstransferase  47.85 
 
 
343 aa  263  2e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0603068  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5209  octaprenyl-diphosphate synthase  45.11 
 
 
322 aa  264  2e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3477  Trans-hexaprenyltranstransferase  42.77 
 
 
322 aa  264  2e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00654823 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3495  octaprenyl diphosphate synthase  44.1 
 
 
370 aa  263  4e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000567296  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3602  octaprenyl diphosphate synthase  44.1 
 
 
370 aa  263  4e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0102331  normal  0.778789 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3497  octaprenyl diphosphate synthase  44.1 
 
 
370 aa  263  4e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000502837  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3566  octaprenyl diphosphate synthase  44.1 
 
 
370 aa  263  4e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000499434  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60470  octaprenyl-diphosphate synthase  44.48 
 
 
322 aa  263  4e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.456687  normal  0.0384277 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3664  octaprenyl diphosphate synthase  44.1 
 
 
370 aa  263  4e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000479372  normal  0.0578061 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2852  octaprenyl-diphosphate synthase  44.16 
 
 
348 aa  263  4.999999999999999e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000355591  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0687  polyprenyl synthetase  45.25 
 
 
322 aa  261  8e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.573498  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0700  trans-hexaprenyltranstransferase  44.3 
 
 
322 aa  262  8e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.286073 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0164  Trans-hexaprenyltranstransferase  45.87 
 
 
325 aa  262  8e-69  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0195554  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0719  polyprenyl synthetase  45.25 
 
 
322 aa  261  8.999999999999999e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0851  polyprenyl synthetase  46.06 
 
 
323 aa  261  1e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000684066  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0718  polyprenyl synthetase  45.25 
 
 
322 aa  261  1e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.454253  decreased coverage  0.00754032 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1814  farnesyltranstransferase  44.44 
 
 
322 aa  261  1e-68  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0792  octaprenyl diphosphate synthase  43.79 
 
 
323 aa  261  1e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000411512  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3623  octaprenyl diphosphate synthase  43.48 
 
 
323 aa  260  2e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000129591  normal  0.282199 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3450  Polyprenyl synthetase  45.26 
 
 
330 aa  260  2e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.024256  hitchhiker  0.00543361 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0953  trans-hexaprenyltranstransferase  44.55 
 
 
323 aa  260  2e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0940385  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001674  octaprenyl-diphosphate synthase/dimethylallyltransferase/geranyltranstransferase/ geranylgeranyl pyrophosphate synthetase  43.04 
 
 
323 aa  260  3e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000010929  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0506  octylprenyl-diphosphate synthase  45.26 
 
 
330 aa  260  3e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.282953  normal  0.531544 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0796  octylprenyl diphosphate synthase  44.3 
 
 
322 aa  259  4e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1651  Trans-hexaprenyltranstransferase  45.68 
 
 
322 aa  259  4e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00299697  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3583  octaprenyl diphosphate synthase  43.52 
 
 
323 aa  259  4e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000015877  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0473  trans-hexaprenyltranstransferase  47.39 
 
 
337 aa  259  4e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.521014  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0472  octaprenyl diphosphate synthase  43.48 
 
 
323 aa  259  5.0000000000000005e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000437093  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1007  phage tail region protein  43.03 
 
 
320 aa  258  7e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000193077  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0510  dimethylallyltransferase  46.75 
 
 
330 aa  258  1e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0303508 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0520  Polyprenyl synthetase  43.48 
 
 
323 aa  257  2e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000996752  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3380  octaprenyl diphosphate synthase  43.48 
 
 
323 aa  257  2e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.3954399999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40810  Trans-hexaprenyltranstransferase  44.03 
 
 
322 aa  257  2e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.368005  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3361  octaprenyl diphosphate synthase  43.79 
 
 
323 aa  257  2e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000000777945  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3673  octaprenyl diphosphate synthase  43.48 
 
 
323 aa  257  2e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000447788  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0513  octaprenyl diphosphate synthase  43.48 
 
 
323 aa  257  2e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000265793  normal  0.0203333 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3973  octaprenyl diphosphate synthase  42.55 
 
 
323 aa  257  2e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000694297  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3481  octaprenyl diphosphate synthase  42.55 
 
 
323 aa  257  2e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000172444  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>