101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_2998 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_2771  carbohydrate-selective porin OprB  96.44 
 
 
534 aa  998    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.654501  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2894  Carbohydrate-selective porin OprB  83.69 
 
 
509 aa  828    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.292984 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2998  Carbohydrate-selective porin OprB  100 
 
 
534 aa  1064    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4737  Carbohydrate-selective porin OprB  56.99 
 
 
502 aa  534  1e-150  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0100904  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4227  carbohydrate-selective porin OprB  55.95 
 
 
498 aa  523  1e-147  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796044  normal  0.013612 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1762  Carbohydrate-selective porin OprB  58.39 
 
 
446 aa  482  1e-135  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.259805  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1380  Carbohydrate-selective porin OprB  49.81 
 
 
522 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.768391  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0870  carbohydrate-selective porin OprB  52.6 
 
 
481 aa  458  1e-127  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.309638  hitchhiker  0.00100235 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1384  carbohydrate-selective porin OprB  52.13 
 
 
490 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00262831 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1659  Carbohydrate-selective porin OprB  51.91 
 
 
490 aa  455  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.952267 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0904  Carbohydrate-selective porin OprB  42.69 
 
 
481 aa  358  9.999999999999999e-98  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0673705 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1735  carbohydrate-selective porin OprB  46.21 
 
 
449 aa  356  5e-97  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0819299 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2969  carbohydrate-selective porin OprB  42.69 
 
 
480 aa  350  4e-95  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1063  Carbohydrate-selective porin OprB  39.95 
 
 
473 aa  321  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.659002 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0267  carbohydrate porin  41.45 
 
 
514 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3354  carbohydrate porin  41.08 
 
 
504 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0489  carbohydrate porin  41.08 
 
 
504 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3023  carbohydrate porin  41.08 
 
 
504 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2070  carbohydrate porin  41.08 
 
 
504 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0296  carbohydrate porin  41.08 
 
 
504 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0309  carbohydrate porin  41.08 
 
 
504 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2652  carbohydrate porin  41.08 
 
 
504 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.486905  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4759  carbohydrate-selective porin OprB  38.64 
 
 
494 aa  296  5e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.15964  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3503  carbohydrate-selective porin OprB  39.44 
 
 
514 aa  296  8e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.488626  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4863  carbohydrate-selective porin OprB  39.44 
 
 
514 aa  296  8e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0852  carbohydrate-selective porin OprB  38.73 
 
 
495 aa  295  1e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00942997 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4236  carbohydrate-selective porin OprB  39.11 
 
 
492 aa  293  4e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.269576 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5422  carbohydrate-selective porin OprB  38.97 
 
 
493 aa  292  1e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.585602  normal  0.389505 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3558  carbohydrate-selective porin OprB  35.6 
 
 
534 aa  278  3e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4004  carbohydrate-selective porin OprB  37.65 
 
 
483 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.415789  normal  0.208066 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3953  carbohydrate-selective porin OprB  38.11 
 
 
488 aa  274  3e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0268403  normal  0.112791 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4831  Carbohydrate-selective porin OprB  36.85 
 
 
507 aa  270  5e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0156749  normal  0.100608 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1832  carbohydrate porin  35.37 
 
 
474 aa  266  8e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.378247 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2156  carbohydrate-selective porin OprB  35.98 
 
 
478 aa  265  2e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2528  Carbohydrate-selective porin OprB  35.92 
 
 
502 aa  258  2e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.310329 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3629  carbohydrate-selective porin OprB  36.02 
 
 
444 aa  254  3e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.419401  decreased coverage  0.00176786 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1597  carbohydrate-selective porin OprB  33.57 
 
 
480 aa  170  6e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0966255  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01615  regulator of pathogenicity factors  26.4 
 
 
440 aa  144  5e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00130056  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1019  porin B  27.64 
 
 
447 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1331  carbohydrate-selective porin OprB  28.85 
 
 
510 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.901069  hitchhiker  0.00588319 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1057  carbohydrate-selective porin OprB  27.44 
 
 
447 aa  128  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177917  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1017  carbohydrate-selective porin OprB  27.7 
 
 
447 aa  128  3e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.134295  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23030  glucose/carbohydrate outer membrane porin OprB precursor  26.14 
 
 
454 aa  127  7e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0211738 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34960  glucose-sensitive porin  26.14 
 
 
452 aa  127  7e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000209451  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1943  outer membrane porin OprB precursor  26.14 
 
 
454 aa  126  9e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2950  glucose-sensitive porin  26.14 
 
 
452 aa  126  9e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.393124  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4576  carbohydrate-selective porin OprB  28.3 
 
 
453 aa  124  5e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00490  regulator of pathogenicity factors  25.44 
 
 
425 aa  122  9.999999999999999e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4205  carbohydrate-selective porin OprB  26.76 
 
 
447 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1190  Carbohydrate-selective porin OprB  26.87 
 
 
501 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1445  porin B  25.72 
 
 
444 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.374886  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1296  porin B  25.17 
 
 
453 aa  114  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.329329  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1117  carbohydrate-selective porin OprB  25.91 
 
 
453 aa  115  3e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00415727  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2351  carbohydrate-selective porin OprB  28.67 
 
 
422 aa  115  3e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.348926  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2957  carbohydrate-selective porin OprB  28.84 
 
 
422 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.107858  normal  0.40455 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4276  carbohydrate-selective porin OprB  25.72 
 
 
444 aa  114  6e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.308576  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3570  carbohydrate-selective porin OprB  28.6 
 
 
396 aa  113  9e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.481926  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4360  carbohydrate-selective porin OprB  26.44 
 
 
444 aa  113  9e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.081551  normal  0.195321 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2204  carbohydrate-selective porin OprB  28.9 
 
 
422 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.329498  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4912  Carbohydrate-selective porin OprB  27.74 
 
 
456 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00363735  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3835  Carbohydrate-selective porin OprB  27.74 
 
 
456 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.899229 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2033  Carbohydrate-selective porin OprB  26.88 
 
 
417 aa  111  3e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1632  putative porin B precursor outer (glucose porin) transmembrane protein  28.05 
 
 
456 aa  109  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4366  carbohydrate-selective porin OprB  25.64 
 
 
448 aa  109  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00370105  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2711  carbohydrate-selective porin OprB  26.9 
 
 
417 aa  108  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.695739  normal  0.810589 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1082  carbohydrate-selective porin OprB  25.96 
 
 
448 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0774059  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1771  Carbohydrate-selective porin OprB  31.5 
 
 
395 aa  107  8e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.799068  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2178  carbohydrate-selective porin OprB  27.02 
 
 
396 aa  99  2e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.278032  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2150  Carbohydrate-selective porin OprB  26.43 
 
 
418 aa  98.6  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.000000322479  hitchhiker  0.00030161 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2522  carbohydrate-selective porin, OprB family  26.43 
 
 
418 aa  98.6  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0118751  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1115  Carbohydrate-selective porin OprB  23.92 
 
 
476 aa  92  2e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.967056  normal  0.588415 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5436  carbohydrate-selective porin, OprB family  27.02 
 
 
446 aa  90.9  6e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.390026  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4200  Carbohydrate-selective porin OprB  27.38 
 
 
482 aa  88.2  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0854  Carbohydrate-selective porin OprB  26.26 
 
 
485 aa  87.4  6e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.648225 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3047  carbohydrate-selective porin OprB  28.42 
 
 
391 aa  79  0.0000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.854363  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1821  Carbohydrate-selective porin OprB  23.96 
 
 
486 aa  75.9  0.000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1898  Carbohydrate-selective porin OprB  24.41 
 
 
373 aa  75.1  0.000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.541333 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2250  carbohydrate-selective porin, OprB family  24.41 
 
 
373 aa  75.1  0.000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2869  Carbohydrate-selective porin OprB  24.6 
 
 
490 aa  74.3  0.000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.206481 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1290  Carbohydrate-selective porin OprB  24.11 
 
 
492 aa  69.7  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2838  carbohydrate-selective porin OprB  22.55 
 
 
455 aa  68.9  0.0000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.258028  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3070  carbohydrate-selective porin OprB  22.55 
 
 
455 aa  68.9  0.0000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.681986  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3564  Carbohydrate-selective porin OprB  24.53 
 
 
486 aa  69.3  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2860  carbohydrate-selective porin OprB  21.74 
 
 
454 aa  68.2  0.0000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.00385913  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0154  Carbohydrate-selective porin OprB  26.14 
 
 
395 aa  66.6  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.858222  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1274  carbohydrate-selective porin OprB  23.35 
 
 
494 aa  61.6  0.00000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1436  Carbohydrate-selective porin OprB  23.08 
 
 
481 aa  61.6  0.00000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624825  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3373  carbohydrate-selective porin OprB  22.45 
 
 
486 aa  60.8  0.00000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.389462  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3682  Carbohydrate-selective porin OprB  23.49 
 
 
486 aa  60.8  0.00000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3797  Carbohydrate-selective porin OprB  25.65 
 
 
484 aa  60.1  0.00000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.577348 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3871  Carbohydrate-selective porin OprB  24.21 
 
 
484 aa  58.5  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0231495 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3489  carbohydrate-selective porin OprB  25.42 
 
 
493 aa  57.8  0.0000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1477  Carbohydrate-selective porin OprB  21.51 
 
 
462 aa  53.9  0.000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0997  hypothetical protein  24.36 
 
 
452 aa  49.3  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  31.65 
 
 
710 aa  45.4  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1095  Carbohydrate-selective porin OprB  21.51 
 
 
464 aa  45.4  0.002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0806614  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1972  Carbohydrate-selective porin OprB  28.03 
 
 
703 aa  45.4  0.003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0983998 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2286  Carbohydrate-selective porin OprB  28.66 
 
 
703 aa  44.3  0.005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.725177 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2010  carbohydrate-selective porin OprB  28.03 
 
 
703 aa  44.3  0.006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.10211  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1039  Carbohydrate-selective porin OprB  27.87 
 
 
462 aa  44.3  0.006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.661938 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>