More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_1767 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 
288 aa  564  1e-160  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  95.68 
 
 
278 aa  499  1e-140  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  90.29 
 
 
278 aa  465  9.999999999999999e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  77.17 
 
 
282 aa  365  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1275  shikimate 5-dehydrogenase  68.55 
 
 
290 aa  350  2e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1035  shikimate 5-dehydrogenase  72.3 
 
 
287 aa  336  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.32318  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  62.18 
 
 
279 aa  316  3e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  57.35 
 
 
292 aa  290  2e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  55.28 
 
 
289 aa  281  1e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  55.96 
 
 
284 aa  277  2e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  56.25 
 
 
280 aa  276  2e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  53.48 
 
 
284 aa  275  4e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  57.51 
 
 
279 aa  275  5e-73  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  51.06 
 
 
286 aa  271  1e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  56.57 
 
 
283 aa  271  1e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  56.36 
 
 
280 aa  268  1e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  56.25 
 
 
285 aa  266  2.9999999999999995e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  51.94 
 
 
282 aa  265  8.999999999999999e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  54.18 
 
 
278 aa  263  2e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  52.31 
 
 
285 aa  260  2e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  51.77 
 
 
285 aa  256  2e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  54.78 
 
 
280 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  57.56 
 
 
276 aa  254  1.0000000000000001e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  51.82 
 
 
286 aa  253  3e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  48.15 
 
 
276 aa  239  4e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  52.5 
 
 
292 aa  236  4e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  49.45 
 
 
278 aa  234  2.0000000000000002e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4117  shikimate 5-dehydrogenase  53.85 
 
 
277 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.363839  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  54.71 
 
 
283 aa  231  1e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  48.71 
 
 
279 aa  229  5e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  47.97 
 
 
279 aa  229  5e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  48.71 
 
 
279 aa  228  7e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0006  shikimate 5-dehydrogenase  44.29 
 
 
291 aa  226  5.0000000000000005e-58  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000629471  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  48.16 
 
 
278 aa  224  1e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1254  shikimate 5-dehydrogenase  47.12 
 
 
278 aa  217  2e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2813  shikimate 5-dehydrogenase  47.97 
 
 
282 aa  205  9e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  43.01 
 
 
289 aa  180  2.9999999999999997e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  45.38 
 
 
274 aa  175  7e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  44.06 
 
 
298 aa  173  1.9999999999999998e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  39.47 
 
 
284 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  44.06 
 
 
298 aa  173  1.9999999999999998e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2504  shikimate dehydrogenase  41.03 
 
 
265 aa  171  2e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  35.16 
 
 
277 aa  170  3e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  36.77 
 
 
298 aa  169  3e-41  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  44.4 
 
 
301 aa  169  5e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2825  shikimate dehydrogenase  43.38 
 
 
270 aa  168  7e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  37.73 
 
 
280 aa  168  9e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  36.36 
 
 
277 aa  165  8e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3856  shikimate 5-dehydrogenase  39.93 
 
 
281 aa  162  5.0000000000000005e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.824661  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  40.77 
 
 
286 aa  162  5.0000000000000005e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0040  shikimate 5-dehydrogenase  38.41 
 
 
271 aa  161  1e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0102694  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  35.25 
 
 
308 aa  160  3e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  35.27 
 
 
277 aa  159  5e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  35.27 
 
 
277 aa  158  1e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  35.27 
 
 
277 aa  158  1e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  35.27 
 
 
277 aa  158  1e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  40.71 
 
 
279 aa  158  1e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  35.27 
 
 
277 aa  157  2e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  35.27 
 
 
277 aa  157  2e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 
278 aa  157  2e-37  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  34.91 
 
 
277 aa  156  3e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0047  shikimate 5-dehydrogenase  37.5 
 
 
273 aa  156  4e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00102259  normal  0.175558 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  45.9 
 
 
290 aa  155  5.0000000000000005e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  37.16 
 
 
289 aa  156  5.0000000000000005e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0321  shikimate 5-dehydrogenase  38.01 
 
 
273 aa  155  6e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000166732  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3877  shikimate 5-dehydrogenase  38.01 
 
 
273 aa  155  6e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000561624  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0622  shikimate 5-dehydrogenase  38.01 
 
 
273 aa  155  6e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000482333  normal  0.0381897 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  34.91 
 
 
277 aa  155  6e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0115  shikimate dehydrogenase  42.05 
 
 
290 aa  155  7e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  36.82 
 
 
273 aa  154  1e-36  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  36.92 
 
 
275 aa  154  1e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 
277 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  38.08 
 
 
280 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0074  shikimate 5-dehydrogenase  40.3 
 
 
274 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0521802  hitchhiker  0.000359852 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 
273 aa  152  5e-36  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0035  shikimate 5-dehydrogenase  35.31 
 
 
282 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.265435  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0090  shikimate 5-dehydrogenase  39.93 
 
 
274 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0093  shikimate 5-dehydrogenase  39.55 
 
 
274 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.275997  hitchhiker  0.0000233392 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0444  shikimate 5-dehydrogenase  38.29 
 
 
275 aa  150  2e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0043385  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 
279 aa  150  3e-35  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  32.96 
 
 
269 aa  149  6e-35  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0090  shikimate 5-dehydrogenase  39.55 
 
 
274 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000484063 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  31.82 
 
 
280 aa  149  7e-35  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  44.49 
 
 
290 aa  149  7e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  38.1 
 
 
271 aa  147  1.0000000000000001e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  40.52 
 
 
297 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0039  shikimate 5-dehydrogenase  34.97 
 
 
282 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000317979  unclonable  0.000011065 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0039  shikimate 5-dehydrogenase  34.97 
 
 
282 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0451521  unclonable  0.00000000000512206 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0037  shikimate 5-dehydrogenase  36.33 
 
 
292 aa  146  3e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000234984  hitchhiker  0.000719905 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2445  shikimate dehydrogenase  36.26 
 
 
270 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000308711  normal  0.608428 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  34.44 
 
 
289 aa  146  4.0000000000000006e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0040  shikimate 5-dehydrogenase  35.61 
 
 
287 aa  145  5e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  33.33 
 
 
298 aa  146  5e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0040  shikimate 5-dehydrogenase  34.97 
 
 
282 aa  145  5e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0916944  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0361  shikimate 5-dehydrogenase  37.31 
 
 
275 aa  145  8.000000000000001e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0156033  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  38.01 
 
 
285 aa  145  9e-34  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1168  shikimate dehydrogenase  35.27 
 
 
274 aa  144  1e-33  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00990538  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  30.8 
 
 
294 aa  144  2e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0035  shikimate 5-dehydrogenase  36.13 
 
 
292 aa  144  2e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00784696  normal  0.0101527 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0043  shikimate 5-dehydrogenase  35.77 
 
 
292 aa  144  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000585691  hitchhiker  0.0000012855 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>