100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_1659 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_0870  carbohydrate-selective porin OprB  80.58 
 
 		 481 aa  740    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.309638  hitchhiker  0.00100235 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1380  Carbohydrate-selective porin OprB  90.82 
 
 		 522 aa  867    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.768391  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1659  Carbohydrate-selective porin OprB  100 
 
 		 490 aa  971    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.952267 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1384  carbohydrate-selective porin OprB  98.98 
 
 		 490 aa  958    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00262831 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4737  Carbohydrate-selective porin OprB  60.04 
 
 		 502 aa  570  1e-161  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0100904  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4227  carbohydrate-selective porin OprB  59.87 
 
 		 498 aa  555  1e-157  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796044  normal  0.013612 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1762  Carbohydrate-selective porin OprB  58.52 
 
 		 446 aa  498  1e-140  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.259805  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2894  Carbohydrate-selective porin OprB  53.07 
 
 		 509 aa  479  1e-134  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.292984 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2771  carbohydrate-selective porin OprB  51.91 
 
 		 534 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.654501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2998  Carbohydrate-selective porin OprB  51.91 
 
 		 534 aa  468  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0904  Carbohydrate-selective porin OprB  43.88 
 
 		 481 aa  371  1e-101  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0673705 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2969  carbohydrate-selective porin OprB  41.9 
 
 		 480 aa  340  2.9999999999999998e-92  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1735  carbohydrate-selective porin OprB  44.5 
 
 		 449 aa  337  2.9999999999999997e-91  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0819299 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1063  Carbohydrate-selective porin OprB  41.02 
 
 		 473 aa  321  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.659002 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3023  carbohydrate porin  40.42 
 
 		 504 aa  300  4e-80  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2070  carbohydrate porin  40.42 
 
 		 504 aa  300  4e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0296  carbohydrate porin  40.42 
 
 		 504 aa  300  4e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2652  carbohydrate porin  40.42 
 
 		 504 aa  300  4e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.486905  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3354  carbohydrate porin  40.42 
 
 		 504 aa  300  4e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0489  carbohydrate porin  40.42 
 
 		 504 aa  300  4e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0309  carbohydrate porin  40.42 
 
 		 504 aa  300  5e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4759  carbohydrate-selective porin OprB  39.02 
 
 		 494 aa  291  1e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.15964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0267  carbohydrate porin  39.63 
 
 		 514 aa  291  2e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4236  carbohydrate-selective porin OprB  39.02 
 
 		 492 aa  291  2e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.269576 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5422  carbohydrate-selective porin OprB  39.49 
 
 		 493 aa  290  6e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.585602  normal  0.389505 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4863  carbohydrate-selective porin OprB  39.02 
 
 		 514 aa  288  1e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3503  carbohydrate-selective porin OprB  39.02 
 
 		 514 aa  288  1e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.488626  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0852  carbohydrate-selective porin OprB  38.08 
 
 		 495 aa  281  1e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00942997 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4831  Carbohydrate-selective porin OprB  36.12 
 
 		 507 aa  272  1e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0156749  normal  0.100608 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4004  carbohydrate-selective porin OprB  38.69 
 
 		 483 aa  269  1e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.415789  normal  0.208066 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1832  carbohydrate porin  35.31 
 
 		 474 aa  265  2e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.378247 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3629  carbohydrate-selective porin OprB  37.63 
 
 		 444 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.419401  decreased coverage  0.00176786 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3953  carbohydrate-selective porin OprB  36.83 
 
 		 488 aa  249  7e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0268403  normal  0.112791 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3558  carbohydrate-selective porin OprB  35.55 
 
 		 534 aa  249  9e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2156  carbohydrate-selective porin OprB  33.7 
 
 		 478 aa  235  2.0000000000000002e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2528  Carbohydrate-selective porin OprB  34.92 
 
 		 502 aa  230  4e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.310329 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1597  carbohydrate-selective porin OprB  31.46 
 
 		 480 aa  135  1.9999999999999998e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0966255  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4366  carbohydrate-selective porin OprB  26.59 
 
 		 448 aa  108  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00370105  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01615  regulator of pathogenicity factors  25.25 
 
 		 440 aa  104  3e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00130056  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23030  glucose/carbohydrate outer membrane porin OprB precursor  26.02 
 
 		 454 aa  104  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0211738 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34960  glucose-sensitive porin  26.02 
 
 		 452 aa  104  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000209451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2950  glucose-sensitive porin  26.02 
 
 		 452 aa  104  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.393124  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1943  outer membrane porin OprB precursor  26.02 
 
 		 454 aa  103  5e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1190  Carbohydrate-selective porin OprB  28.57 
 
 		 501 aa  103  6e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0154  Carbohydrate-selective porin OprB  30.45 
 
 		 395 aa  102  1e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.858222  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1296  porin B  24.7 
 
 		 453 aa  100  5e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.329329  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1771  Carbohydrate-selective porin OprB  28.54 
 
 		 395 aa  99  2e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.799068  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4205  carbohydrate-selective porin OprB  26.5 
 
 		 447 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1331  carbohydrate-selective porin OprB  26.61 
 
 		 510 aa  97.8  4e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.901069  hitchhiker  0.00588319 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1117  carbohydrate-selective porin OprB  24.94 
 
 		 453 aa  97.8  4e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00415727  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1017  carbohydrate-selective porin OprB  26.73 
 
 		 447 aa  97.4  4e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.134295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1057  carbohydrate-selective porin OprB  26.67 
 
 		 447 aa  97.1  7e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177917  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1115  Carbohydrate-selective porin OprB  25.94 
 
 		 476 aa  97.1  7e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.967056  normal  0.588415 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1019  porin B  26.67 
 
 		 447 aa  96.3  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00490  regulator of pathogenicity factors  24.88 
 
 		 425 aa  95.5  2e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4912  Carbohydrate-selective porin OprB  27.71 
 
 		 456 aa  95.1  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00363735  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3835  Carbohydrate-selective porin OprB  27.71 
 
 		 456 aa  95.1  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.899229 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4576  carbohydrate-selective porin OprB  26.2 
 
 		 453 aa  92.8  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1632  putative porin B precursor outer (glucose porin) transmembrane protein  27.44 
 
 		 456 aa  92  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3047  carbohydrate-selective porin OprB  29.1 
 
 		 391 aa  89  2e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.854363  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2178  carbohydrate-selective porin OprB  27.18 
 
 		 396 aa  84.7  0.000000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.278032  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2711  carbohydrate-selective porin OprB  25.24 
 
 		 417 aa  84.3  0.000000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.695739  normal  0.810589 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2351  carbohydrate-selective porin OprB  25.23 
 
 		 422 aa  83.6  0.000000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.348926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2033  Carbohydrate-selective porin OprB  25.43 
 
 		 417 aa  83.2  0.00000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1082  carbohydrate-selective porin OprB  24.44 
 
 		 448 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0774059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2957  carbohydrate-selective porin OprB  25.47 
 
 		 422 aa  82.4  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.107858  normal  0.40455 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4360  carbohydrate-selective porin OprB  24.72 
 
 		 444 aa  82.4  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.081551  normal  0.195321 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3570  carbohydrate-selective porin OprB  25 
 
 		 396 aa  80.9  0.00000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.481926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2204  carbohydrate-selective porin OprB  25 
 
 		 422 aa  80.5  0.00000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.329498  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0854  Carbohydrate-selective porin OprB  23.58 
 
 		 485 aa  80.5  0.00000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.648225 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1445  porin B  23.61 
 
 		 444 aa  77  0.0000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.374886  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4276  carbohydrate-selective porin OprB  24.27 
 
 		 444 aa  77  0.0000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.308576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4200  Carbohydrate-selective porin OprB  26.65 
 
 		 482 aa  74.7  0.000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2522  carbohydrate-selective porin, OprB family  25.56 
 
 		 418 aa  73.2  0.000000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0118751  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2150  Carbohydrate-selective porin OprB  25.56 
 
 		 418 aa  73.2  0.000000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.000000322479  hitchhiker  0.00030161 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2869  Carbohydrate-selective porin OprB  24.06 
 
 		 490 aa  67.8  0.0000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.206481 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2860  carbohydrate-selective porin OprB  22.71 
 
 		 454 aa  66.6  0.0000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.00385913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2838  carbohydrate-selective porin OprB  22.27 
 
 		 455 aa  65.9  0.000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.258028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3070  carbohydrate-selective porin OprB  22.27 
 
 		 455 aa  65.9  0.000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.681986  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5436  carbohydrate-selective porin, OprB family  25.79 
 
 		 446 aa  64.7  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.390026  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1898  Carbohydrate-selective porin OprB  22.75 
 
 		 373 aa  63.9  0.000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.541333 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2250  carbohydrate-selective porin, OprB family  22.75 
 
 		 373 aa  63.9  0.000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1247  Carbohydrate-selective porin OprB  23.73 
 
 		 512 aa  63.2  0.00000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2383  hypothetical protein  36.17 
 
 		 167 aa  53.9  0.000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.168117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3564  Carbohydrate-selective porin OprB  24.59 
 
 		 486 aa  53.5  0.000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1290  Carbohydrate-selective porin OprB  24.59 
 
 		 492 aa  53.1  0.00001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1095  Carbohydrate-selective porin OprB  23.28 
 
 		 464 aa  53.1  0.00001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0806614  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1477  Carbohydrate-selective porin OprB  21.36 
 
 		 462 aa  52.4  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1274  carbohydrate-selective porin OprB  24.11 
 
 		 494 aa  51.2  0.00004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1436  Carbohydrate-selective porin OprB  24.11 
 
 		 481 aa  51.2  0.00004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624825  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3373  carbohydrate-selective porin OprB  23.88 
 
 		 486 aa  49.7  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.389462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3682  Carbohydrate-selective porin OprB  23.88 
 
 		 486 aa  49.3  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1665  Carbohydrate-selective porin OprB  26.92 
 
 		 482 aa  48.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2951  Carbohydrate-selective porin OprB  26.92 
 
 		 482 aa  48.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19511  hypothetical protein  24.16 
 
 		 452 aa  47.4  0.0006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3545  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  30.71 
 
 		 437 aa  46.6  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.339839 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1590  Carbohydrate-selective porin OprB  26.5 
 
 		 476 aa  46.6  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1821  Carbohydrate-selective porin OprB  20.77 
 
 		 486 aa  45.8  0.002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3166  Carbohydrate-selective porin OprB  26.11 
 
 		 482 aa  45.1  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.390986  hitchhiker  0.000000000149961 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0812  carbohydrate-selective porin OprB  24.86 
 
 		 268 aa  43.9  0.007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>