More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_1552 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
248 aa  496  1e-139  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  98.39 
 
 
282 aa  489  1e-137  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.48 
 
 
257 aa  299  3e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.84 
 
 
256 aa  287  9e-77  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  56.1 
 
 
256 aa  286  2.9999999999999996e-76  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.04 
 
 
258 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.84 
 
 
252 aa  259  3e-68  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
253 aa  239  4e-62  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  51.23 
 
 
251 aa  234  7e-61  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1406  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.4 
 
 
251 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  49.6 
 
 
249 aa  231  1e-59  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
252 aa  229  4e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  49.39 
 
 
253 aa  228  9e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.58 
 
 
255 aa  227  1e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.420878 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  46.37 
 
 
255 aa  226  3e-58  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  49.8 
 
 
253 aa  224  1e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  48.57 
 
 
253 aa  222  4e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  48.16 
 
 
253 aa  221  6e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  48.57 
 
 
253 aa  221  7e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  47.76 
 
 
253 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.52 
 
 
251 aa  219  3.9999999999999997e-56  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  48.57 
 
 
253 aa  217  1e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.83 
 
 
252 aa  217  1e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  45.27 
 
 
262 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.15 
 
 
255 aa  216  2e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6656  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.76 
 
 
249 aa  215  5e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.790867  normal  0.270985 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.12 
 
 
253 aa  214  9.999999999999999e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.410481  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5557  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.34 
 
 
272 aa  213  2.9999999999999995e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.12 
 
 
246 aa  212  3.9999999999999995e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2283  putative Short-chain dehydrogenase/reductase  48.19 
 
 
251 aa  210  2e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.890359 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.18 
 
 
253 aa  210  2e-53  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.840312  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.37 
 
 
255 aa  209  2e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00276657  normal  0.102342 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.4 
 
 
258 aa  209  3e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  45.71 
 
 
246 aa  209  4e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.98 
 
 
250 aa  208  5e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.182399  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3284  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.54 
 
 
248 aa  207  1e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.849975  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  45.71 
 
 
246 aa  206  2e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.27 
 
 
252 aa  204  1e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.18 
 
 
250 aa  204  1e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.991261  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.67 
 
 
253 aa  204  1e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.35 
 
 
249 aa  203  2e-51  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.598625  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.15 
 
 
255 aa  202  3e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.233538  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1081  oxidoreductase, putative short-chain alcohol dehydrogenase  45.97 
 
 
253 aa  202  4e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1402  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.53 
 
 
249 aa  201  9.999999999999999e-51  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.83 
 
 
265 aa  199  1.9999999999999998e-50  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.08 
 
 
250 aa  199  3.9999999999999996e-50  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2225  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
267 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.801106 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
252 aa  196  3e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.8 
 
 
246 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3452  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.39 
 
 
250 aa  196  4.0000000000000005e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.759326 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43180  short chain dehydrogenase  47.76 
 
 
253 aa  195  5.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.350844 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.57 
 
 
258 aa  195  6e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.607221 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5290  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  45.45 
 
 
274 aa  195  6e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0720968  normal  0.127644 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.15 
 
 
277 aa  195  7e-49  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0429275  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.6 
 
 
255 aa  194  9e-49  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.259784  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.13 
 
 
252 aa  194  1e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.166139  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.39 
 
 
246 aa  194  1e-48  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.08 
 
 
255 aa  194  2e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.423234  normal  0.0918658 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1600  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.39 
 
 
248 aa  193  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.766796  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.08 
 
 
255 aa  194  2e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0107  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
258 aa  192  3e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_03190  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  41.04 
 
 
255 aa  192  3e-48  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.15 
 
 
263 aa  193  3e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000760103 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1547  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.12 
 
 
269 aa  192  4e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.255418  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.4 
 
 
269 aa  192  4e-48  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.72 
 
 
270 aa  192  5e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.309971 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2499  short chain dehydrogenase  42.29 
 
 
272 aa  192  5e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.496805  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2549  short chain dehydrogenase  42.29 
 
 
272 aa  192  5e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0264  putative short-chain dehydrogenase  44.21 
 
 
262 aa  192  5e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0924  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.12 
 
 
321 aa  191  8e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00780913  normal  0.965318 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.29 
 
 
256 aa  191  1e-47  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.54 
 
 
252 aa  191  1e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5272  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.58 
 
 
252 aa  190  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.475195  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3036  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.18 
 
 
252 aa  189  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0329583  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1270  Short-chain dehydrogenase  43.39 
 
 
248 aa  190  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2736  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.3 
 
 
255 aa  190  2e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7696  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.43 
 
 
251 aa  189  2.9999999999999997e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.984897  normal  0.462493 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.63 
 
 
253 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5518  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.2 
 
 
260 aa  189  2.9999999999999997e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000468902  normal  0.0104317 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.15 
 
 
249 aa  189  2.9999999999999997e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.875683  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.78 
 
 
252 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.466231  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.69 
 
 
249 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.41 
 
 
330 aa  189  2.9999999999999997e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.11 
 
 
248 aa  188  5e-47  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1005  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.56 
 
 
260 aa  188  5.999999999999999e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000302146 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
251 aa  188  7e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.439576 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.76 
 
 
253 aa  188  7e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.53611  normal  0.414505 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44 
 
 
251 aa  187  1e-46  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.45 
 
 
260 aa  187  1e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.375615 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44 
 
 
251 aa  187  1e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
250 aa  187  1e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.18 
 
 
252 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.352293  normal  0.915226 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.78 
 
 
252 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.656506  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.78 
 
 
252 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.163211  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.29 
 
 
258 aa  186  3e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.82 
 
 
254 aa  186  3e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1783  glucose 1-dehydrogenase  40.24 
 
 
247 aa  186  4e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.88349  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.18 
 
 
252 aa  186  4e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000391653  normal  0.106705 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.87 
 
 
252 aa  186  4e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.74 
 
 
251 aa  185  5e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.062755  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>