More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_1311 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_1152  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  99.44 
 
 
534 aa  1067    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0929318 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1311  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  100 
 
 
538 aa  1083    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0530064  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4669  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  92.5 
 
 
533 aa  991    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2176  NifA subfamily transcriptional regulator  59.2 
 
 
531 aa  613  9.999999999999999e-175  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000386185  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4849  NifA subfamily transcriptional regulator  59.31 
 
 
566 aa  608  9.999999999999999e-173  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.728864 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0965  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.82 
 
 
546 aa  436  1e-121  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.17468 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2207  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.38 
 
 
539 aa  427  1e-118  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0035  NifA subfamily transcriptional regulator  42.44 
 
 
564 aa  414  1e-114  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2966  transcriptional regulator NifA  43.84 
 
 
515 aa  375  1e-102  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3111  NifA subfamily transcriptional regulator  39.66 
 
 
547 aa  371  1e-101  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1010  NifA subfamily transcriptional regulator  40.23 
 
 
510 aa  367  1e-100  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.502201  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  38.29 
 
 
544 aa  360  3e-98  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  37.66 
 
 
542 aa  357  1.9999999999999998e-97  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0594  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.5 
 
 
529 aa  355  1e-96  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00846378  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1624  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.48 
 
 
561 aa  352  8e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.714408  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2528  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.42 
 
 
579 aa  351  2e-95  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1157  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  37.3 
 
 
502 aa  350  3e-95  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1585  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.28 
 
 
553 aa  348  1e-94  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1244  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  38.35 
 
 
545 aa  345  2e-93  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.771278 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1527  Nif-specific regulatory protein  38.35 
 
 
545 aa  345  2e-93  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  37.71 
 
 
537 aa  342  7e-93  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  40 
 
 
539 aa  342  1e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51000  Nif-specific sigma54-dependent transcriptional activator protein, NifA  39.88 
 
 
522 aa  339  9e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.519777  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1570  transcriptional regulator NifA  43.36 
 
 
569 aa  338  9.999999999999999e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.840602  normal  0.572476 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1445  transcriptional regulator NifA  42.42 
 
 
572 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0161309 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  36.25 
 
 
549 aa  335  1e-90  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1920  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  36.12 
 
 
543 aa  335  1e-90  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0127788  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1146  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.49 
 
 
522 aa  334  2e-90  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49020  sigma54-dependent transcriptional activator for the iron only nitrogenase, AnfA  39.55 
 
 
537 aa  333  4e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1372  transcriptional regulator NifA  43.12 
 
 
593 aa  333  5e-90  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0689  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  36.4 
 
 
544 aa  333  6e-90  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.430174  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02780  vanadium nitrogenase sigma54-dependent transcriptional activator, VnfA  40.23 
 
 
522 aa  332  9e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.274487  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  41.26 
 
 
533 aa  330  6e-89  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1919  Fis family transcriptional regulator  36.76 
 
 
545 aa  330  6e-89  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1487  helix-turn-helix, Fis-type:Nif-specific regulatory protein  38.35 
 
 
549 aa  328  1.0000000000000001e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.659732 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1785  NifA subfamily transcriptional regulator  37.45 
 
 
507 aa  328  1.0000000000000001e-88  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2617  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.61 
 
 
535 aa  327  3e-88  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0282  transcriptional regulator NifA  39.81 
 
 
525 aa  324  3e-87  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.262632  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3529  transcriptional regulator NifA  36.91 
 
 
608 aa  320  5e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0603248  normal  0.0582265 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0764  transcriptional regulator NifA  38.8 
 
 
511 aa  319  6e-86  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0570  NifA subfamily transcriptional regulator  37.62 
 
 
508 aa  318  1e-85  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.106051  normal  0.50757 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0993  transcriptional regulator NifA  41.15 
 
 
600 aa  315  9.999999999999999e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47100  sigma54-dependent activator protein  38.83 
 
 
517 aa  314  1.9999999999999998e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.536607  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4004  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  36.74 
 
 
599 aa  315  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0512  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  37.38 
 
 
524 aa  309  9e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26490  sigma54-dependent activator protein  37.82 
 
 
485 aa  308  2.0000000000000002e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.593646  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3032  NifA subfamily transcriptional regulator  41.24 
 
 
532 aa  306  7e-82  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1204  transcriptional regulator NifA  36.56 
 
 
550 aa  303  5.000000000000001e-81  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.132443  hitchhiker  0.00777378 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5933  NifA subfamily transcriptional regulator  36.04 
 
 
580 aa  300  5e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.088253  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0393  transcriptional regulator NifA  41.31 
 
 
627 aa  299  8e-80  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0366  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  35.59 
 
 
508 aa  297  4e-79  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1505  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  35.98 
 
 
522 aa  295  1e-78  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.034794  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0831  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.11 
 
 
517 aa  294  2e-78  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0724194  normal  0.196373 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33440  sigma54-dependent activator protein  37.79 
 
 
493 aa  293  5e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7728  transcriptional regulator NifA  37.06 
 
 
547 aa  293  5e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1577  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  36 
 
 
581 aa  292  9e-78  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2533  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.18 
 
 
483 aa  292  1e-77  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5113  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  36.26 
 
 
584 aa  292  1e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2629  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.18 
 
 
483 aa  291  2e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.14604  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1326  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.18 
 
 
485 aa  291  2e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1397  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.4 
 
 
458 aa  290  3e-77  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1756  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.29 
 
 
450 aa  288  1e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.562134  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4475  transcriptional regulator NifA  36.58 
 
 
580 aa  288  2e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.391339 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.63 
 
 
480 aa  287  2.9999999999999996e-76  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3648  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  35.78 
 
 
576 aa  286  5e-76  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.4281 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1495  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  46.7 
 
 
458 aa  286  7e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.301103  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0957  transcriptional regulator NifA  36.26 
 
 
583 aa  286  9e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1635  Fis family transcriptional regulator  34.04 
 
 
576 aa  285  1.0000000000000001e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.980236  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2807  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.7 
 
 
466 aa  285  1.0000000000000001e-75  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.75933  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  47.04 
 
 
630 aa  285  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3483  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  56.22 
 
 
455 aa  283  5.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0480061  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2053  Fis family transcriptional regulator  57.92 
 
 
664 aa  283  6.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2402  transcriptional regulator, Fis family  57.81 
 
 
641 aa  283  8.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.89 
 
 
473 aa  282  1e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  46.48 
 
 
629 aa  281  2e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.15 
 
 
472 aa  281  2e-74  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3338  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  55.82 
 
 
453 aa  281  2e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.693368  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2678  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.92 
 
 
457 aa  281  2e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2341  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.29 
 
 
450 aa  281  3e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3419  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  55.82 
 
 
455 aa  281  3e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.683267  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0608  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  34.04 
 
 
527 aa  281  3e-74  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000979337 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2997  putative PAS/PAC sensor protein  46.48 
 
 
629 aa  280  3e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.127618 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3211  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  38.4 
 
 
535 aa  280  4e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.050202  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.59 
 
 
473 aa  280  5e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.59 
 
 
473 aa  280  5e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.66 
 
 
451 aa  280  5e-74  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1061  transcriptional regulator NifA  34.62 
 
 
582 aa  280  6e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.798583  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2041  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  41.9 
 
 
455 aa  279  7e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1430  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  46.67 
 
 
461 aa  278  1e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.324678  hitchhiker  0.00137179 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0127  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.5 
 
 
604 aa  278  2e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1219  NifA subfamily transcriptional regulator  33.46 
 
 
529 aa  278  2e-73  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.832328  normal  0.664037 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02147  fused response regulator of ato operon, in two-component system with AtoS: response regulator/sigma54 interaction protein  46.67 
 
 
461 aa  277  3e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1438  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.67 
 
 
461 aa  277  3e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.445705  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02106  hypothetical protein  46.67 
 
 
461 aa  277  3e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2361  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  46.67 
 
 
461 aa  277  3e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.18992  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1798  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.83 
 
 
450 aa  277  4e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2984  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.73 
 
 
458 aa  277  4e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.826768  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2606  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  56.25 
 
 
501 aa  277  4e-73  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.955687 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2369  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  46.67 
 
 
461 aa  276  5e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0790211  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1635  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.26 
 
 
457 aa  276  8e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>