66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_0116 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_0116  hypothetical protein  100 
 
 		 335 aa  678    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.756885 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5351  UvrD/REP helicase  27.09 
 
 		 695 aa  92  1e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.149775 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1939  NERD domain-containing protein  28.65 
 
 		 700 aa  83.6  0.000000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00843241 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1419  UvrD/REP helicase  27.93 
 
 		 706 aa  83.6  0.000000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0055  UvrD/REP helicase  28.48 
 
 		 671 aa  82.8  0.000000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0545819  normal  0.378623 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1567  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  27.45 
 
 		 629 aa  82  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2668  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  26.93 
 
 		 629 aa  82  0.00000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.111087  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4063  UvrD/REP helicase  25.8 
 
 		 697 aa  80.5  0.00000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.21557  normal  0.035765 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2259  UvrD/REP helicase  25.52 
 
 		 710 aa  80.1  0.00000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0960519  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0022  LexA repressor  24.72 
 
 		 819 aa  79.7  0.00000000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000018035  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2943  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  28.96 
 
 		 696 aa  75.1  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3757  UvrD/REP helicase  32 
 
 		 695 aa  74.3  0.000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000385426  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0064  putative DNA helicase  27.56 
 
 		 696 aa  73.9  0.000000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4897  UvrD/REP helicase  25.6 
 
 		 705 aa  73.6  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2531  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  31.17 
 
 		 636 aa  72.8  0.000000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2859  UvrD/REP helicase  26.75 
 
 		 690 aa  72  0.00000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5811  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  26.2 
 
 		 704 aa  70.5  0.00000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.859027 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3882  UvrD/REP helicase  26.2 
 
 		 704 aa  70.5  0.00000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.229228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4831  ATP-dependent DNA helicase UvrD  26.2 
 
 		 704 aa  69.3  0.00000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.366653  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3368  NERD domain protein  29.58 
 
 		 734 aa  68.6  0.0000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000355781 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0809  LexA repressor  24.76 
 
 		 815 aa  66.6  0.0000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.642499  hitchhiker  0.0000861607 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3349  hypothetical protein  28.06 
 
 		 673 aa  65.5  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.038988  normal  0.770189 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4174  UvrD/REP helicase  24.63 
 
 		 716 aa  63.9  0.000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1546  UvrD/REP helicase  26.33 
 
 		 564 aa  63.2  0.000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.924385  hitchhiker  0.000024327 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4061  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  24.52 
 
 		 1107 aa  62.8  0.000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1352  UvrD/REP helicase  26.57 
 
 		 712 aa  62.8  0.000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.541991 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2326  putative DNA helicase  26.41 
 
 		 711 aa  61.2  0.00000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0743  plasmid stabilization system  25.52 
 
 		 712 aa  60.8  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1406  UvrD/REP helicase  26.96 
 
 		 708 aa  60.5  0.00000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.450912  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2914  hypothetical protein  25.42 
 
 		 658 aa  60.1  0.00000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2733  UvrD/REP helicase  27.94 
 
 		 705 aa  59.3  0.00000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.627467 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2728  UvrD/REP helicase  27.8 
 
 		 699 aa  58.2  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.121618  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51910  Ankyrin  25.26 
 
 		 954 aa  56.2  0.0000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1320  superfamily I DNA/RNA helicase  25.77 
 
 		 683 aa  56.2  0.0000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.875169  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2302  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  32.79 
 
 		 607 aa  55.1  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1246  UvrD/REP helicase  28.83 
 
 		 662 aa  54.7  0.000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.176029  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0810  UvrD/REP helicase  26.69 
 
 		 703 aa  55.1  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0826  UvrD/REP helicase  26.69 
 
 		 703 aa  55.1  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3032  UvrD/REP family ATP-dependent DNA helicase  28.21 
 
 		 687 aa  54.7  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.722257  normal  0.242361 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2565  ankyrin  25.86 
 
 		 973 aa  54.3  0.000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00388007  normal  0.0998723 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2959  NERD domain-containing protein  29.12 
 
 		 625 aa  53.5  0.000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0110  putative DNA helicase  26.65 
 
 		 659 aa  53.5  0.000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.609607 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1108  hypothetical protein  33.62 
 
 		 593 aa  53.5  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.290007  normal  0.36043 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3740  UvrD/REP helicase  27.92 
 
 		 752 aa  53.5  0.000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1772  DNA helicase II  31.4 
 
 		 619 aa  53.1  0.000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4504  UvrD/REP helicase  26.79 
 
 		 809 aa  52.8  0.000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2325  hypothetical protein  25.45 
 
 		 759 aa  52  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0788129  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1796  ankyrin  25.09 
 
 		 1047 aa  50.8  0.00003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  unclonable  0.00006002  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02993  hypothetical protein  30.77 
 
 		 612 aa  50.4  0.00005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000145899  normal  0.116581 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5423  UvrD/REP helicase  26.8 
 
 		 821 aa  48.5  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0106532  normal  0.207547 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0076  DNA helicase II  30.77 
 
 		 632 aa  47.4  0.0004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05760  DNA/RNA helicase, superfamily I  26.2 
 
 		 755 aa  47  0.0005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.594948 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4939  DNA helicase II  32.58 
 
 		 613 aa  47  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.891198  normal  0.619317 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4891  hypothetical protein  28.33 
 
 		 616 aa  46.2  0.0008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.412698  normal  0.98473 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1255  putative site-specific DNA methyltransferase  23.61 
 
 		 677 aa  46.2  0.0008  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10008  putative helicase  22.67 
 
 		 773 aa  45.8  0.001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0355  UvrD/REP helicase  25.77 
 
 		 714 aa  44.7  0.002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0589  UvrD/REP helicase  25.09 
 
 		 663 aa  44.7  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl566  repair endonuclease ATP-dependent DNA helicase  23.84 
 
 		 723 aa  44.7  0.002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546872  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0025  UvrD/Rep helicase family protein  40.51 
 
 		 852 aa  44.3  0.003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2268  ATP-dependent DNA helicase replicase  33.63 
 
 		 753 aa  44.3  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472116  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6025  UvrD/REP helicase  26.07 
 
 		 737 aa  43.9  0.004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11400  DNA/RNA helicase, superfamily I  28.93 
 
 		 710 aa  43.5  0.005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7807  UvrD/REP helicase  28.15 
 
 		 1124 aa  43.5  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2383  TPR repeat-containing protein  27.34 
 
 		 1421 aa  43.1  0.007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.823331 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3682  NERD domain-containing protein  30 
 
 		 601 aa  42.7  0.008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.023391  normal  0.021571 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>