More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_0076 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_0076  integrase family protein  100 
 
 
189 aa  386  1e-106  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0081  integrase family protein  90.48 
 
 
189 aa  352  2e-96  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0163  integrase family protein  83.6 
 
 
189 aa  334  5.999999999999999e-91  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0500  integrase family protein  53.44 
 
 
188 aa  200  9.999999999999999e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2812  integrase family protein  52.38 
 
 
188 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1839  phage integrase family protein  48.69 
 
 
193 aa  186  2e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.637517  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1689  phage integrase family protein  41.88 
 
 
190 aa  158  4e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2946  phage integrase family protein  43.68 
 
 
190 aa  158  4e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.329988 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2063  phage integrase family protein  41.8 
 
 
188 aa  151  5.9999999999999996e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.668188  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1075  integrase family protein  41.45 
 
 
190 aa  139  3e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0140  hypothetical protein  40 
 
 
194 aa  127  1.0000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4322  phage integrase family protein  37.5 
 
 
193 aa  119  3e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.205034  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6742  integrase family protein  31.7 
 
 
236 aa  86.7  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5700  integrase family protein  30.91 
 
 
226 aa  87  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5382  phage integrase  30.23 
 
 
228 aa  84.3  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.31221  hitchhiker  0.00239771 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4451  phage integrase  29.77 
 
 
229 aa  76.6  0.0000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013168  Cyan8802_4647  integrase family protein  28.19 
 
 
223 aa  72.8  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0092  integrase family protein  26.94 
 
 
270 aa  69.3  0.00000000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.554655  n/a   
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4571  integrase family protein  27.96 
 
 
221 aa  67.8  0.00000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.624666  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2649  phage integrase family protein  33.91 
 
 
381 aa  67.8  0.00000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.833719 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  34.38 
 
 
332 aa  65.5  0.0000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0123  hypothetical protein  45.45 
 
 
71 aa  63.9  0.000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.262124  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0772  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.89 
 
 
324 aa  63.9  0.000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4851  integrase family protein  27.17 
 
 
294 aa  63.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3701  integrase family protein  33.33 
 
 
392 aa  63.2  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0684  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.33 
 
 
324 aa  63.5  0.000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.631001  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1344  integrase family protein  30.11 
 
 
292 aa  63.5  0.000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000678444  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3189  integrase family protein  33.54 
 
 
345 aa  62.8  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00000247196  hitchhiker  0.000000000920932 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  27.42 
 
 
294 aa  62.8  0.000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3980  phage integrase family protein  32.28 
 
 
365 aa  62.4  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.356268  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2709  integrase family protein  29.31 
 
 
210 aa  63.2  0.000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000251547  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1732  integrase/recombinase XerD  27.66 
 
 
308 aa  62.4  0.000000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1228  hypothetical protein  31.91 
 
 
137 aa  62.4  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.505674  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3191  tyrosine recombinase XerD subunit  33.68 
 
 
300 aa  62  0.000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0492  phage integrase family site specific recombinase  28.88 
 
 
294 aa  60.8  0.00000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0248661  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0712  integrase family protein  33.52 
 
 
285 aa  60.8  0.00000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00227312  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1390  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.87 
 
 
328 aa  59.7  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000179914  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0381  tyrosine recombinase XerD  26.95 
 
 
303 aa  59.3  0.00000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4358  phage integrase family protein  25.84 
 
 
221 aa  59.7  0.00000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.436387  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  27.27 
 
 
302 aa  59.3  0.00000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0872  integrase family protein  28.24 
 
 
316 aa  58.9  0.00000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2522  integrase family protein  30.05 
 
 
334 aa  58.5  0.00000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000359584  hitchhiker  0.00166754 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3706  integrase family protein  30.05 
 
 
334 aa  58.5  0.00000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000354013  normal  0.710204 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1237  integrase family protein  30.05 
 
 
334 aa  58.5  0.00000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.212345 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  28.8 
 
 
302 aa  58.9  0.00000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3218  phage integrase family protein  28.87 
 
 
310 aa  58.2  0.00000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000104017 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  30.3 
 
 
309 aa  58.2  0.00000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  0.00000000128305 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3884  phage integrase family site specific recombinase  28.87 
 
 
310 aa  57.4  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  31.58 
 
 
317 aa  57.8  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1029  integrase family protein  27.05 
 
 
400 aa  57  0.0000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4728  integrase family protein  30.38 
 
 
324 aa  57  0.0000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2585  integrase family protein  30.38 
 
 
324 aa  57  0.0000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3447  integrase family protein  30.23 
 
 
324 aa  57  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.3866  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5304  site-specific recombinase, phage integrase family  28.73 
 
 
322 aa  56.6  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  32.61 
 
 
299 aa  56.6  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2670  integrase family protein  30.38 
 
 
324 aa  57  0.0000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013386  Adeg_2179  integrase family protein  33.52 
 
 
288 aa  56.2  0.0000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.353401  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  29.76 
 
 
295 aa  55.8  0.0000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3102  integrase family protein  31.46 
 
 
301 aa  56.2  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000184896  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4832  phage integrase  31.18 
 
 
291 aa  55.8  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3042  tyrosine recombinase XerD subunit  28.04 
 
 
294 aa  55.5  0.0000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000138339  normal  0.959316 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  28.88 
 
 
293 aa  55.5  0.0000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3476  integrase family protein  26.09 
 
 
174 aa  55.5  0.0000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0238  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.25 
 
 
306 aa  55.1  0.0000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0625179  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2329  tyrosine recombinase XerD  29.67 
 
 
277 aa  55.1  0.0000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00235896  normal  0.0350779 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4273  integrase family protein  28.76 
 
 
217 aa  54.7  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.42005  normal  0.068032 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2107  integrase family protein  28.76 
 
 
217 aa  54.7  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.26894 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  26.29 
 
 
302 aa  54.7  0.0000009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0602  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.34 
 
 
324 aa  53.9  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00926796 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  25.97 
 
 
302 aa  53.9  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2439  integrase family protein  24.4 
 
 
283 aa  53.9  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000285613  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1462  Phage integrase  30.37 
 
 
387 aa  54.3  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3012  tyrosine recombinase XerD subunit  31.87 
 
 
295 aa  53.9  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.146868  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3550  integrase family protein  31.41 
 
 
324 aa  53.9  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.74971  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  31.15 
 
 
299 aa  53.1  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3558  phage integrase family protein  27.93 
 
 
311 aa  53.1  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1191  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.7 
 
 
313 aa  53.1  0.000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.60628  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  25.71 
 
 
302 aa  53.1  0.000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  29.67 
 
 
309 aa  53.1  0.000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4502  integrase family protein  32.07 
 
 
290 aa  52.8  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1821  integrase family protein  25.27 
 
 
307 aa  52.8  0.000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0364742  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0319  tyrosine recombinase XerD  29.7 
 
 
307 aa  52.8  0.000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.944891  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1659  tyrosine recombinase XerD  30.68 
 
 
254 aa  52.8  0.000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2544  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.32 
 
 
308 aa  52.4  0.000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2334  phage integrase family protein  33.53 
 
 
322 aa  52.4  0.000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00113164 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1585  phage integrase  27.6 
 
 
286 aa  52.4  0.000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.791115  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  27.95 
 
 
402 aa  52.4  0.000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2797  phage integrase family protein  28.96 
 
 
451 aa  52.4  0.000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011734  PCC7424_5625  integrase family protein  26.4 
 
 
273 aa  52  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0818  tyrosine recombinase XerC  24.86 
 
 
296 aa  52  0.000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.368613  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0728  site-specific tyrosine recombinase XerC  22.1 
 
 
330 aa  52  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.442089  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0476  tyrosine recombinase XerD  28.06 
 
 
302 aa  52  0.000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2124  phage integrase family protein  26.9 
 
 
301 aa  52  0.000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.308322  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3585  phage integrase  27.6 
 
 
411 aa  52  0.000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.597607 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  26.79 
 
 
296 aa  52  0.000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.71 
 
 
299 aa  52  0.000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0903  tyrosine recombinase XerD  29.47 
 
 
303 aa  51.6  0.000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.71 
 
 
299 aa  52  0.000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0519  phage integrase family protein  27.89 
 
 
300 aa  51.6  0.000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.24612  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0988  tyrosine recombinase XerD  29.47 
 
 
303 aa  51.6  0.000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.252447  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>