More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mbur_1396 on replicon NC_007955
Organism: Methanococcoides burtonii DSM 6242



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007955  Mbur_1396  translation initiation factor IF-2 subunit alpha  100 
 
 
265 aa  542  1e-153  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0200343  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1567  translation initiation factor IF-2 subunit alpha  68.28 
 
 
268 aa  381  1e-105  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0416  translation initiation factor IF-2 subunit alpha  56.59 
 
 
257 aa  302  4.0000000000000003e-81  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.131172  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1128  translation initiation factor IF-2 subunit alpha  51.14 
 
 
264 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2051  translation initiation factor IF-2 subunit alpha  48.84 
 
 
259 aa  265  5e-70  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0957  translation initiation factor IF-2 subunit alpha  48.86 
 
 
261 aa  265  5.999999999999999e-70  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.652274  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1152  translation initiation factor 2, alpha subunit  52.69 
 
 
254 aa  264  1e-69  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1951  translation initiation factor IF-2 subunit alpha  47.17 
 
 
263 aa  257  1e-67  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.612676 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1299  translation initiation factor IF-2 subunit alpha  50.38 
 
 
257 aa  255  4e-67  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0870  translation initiation factor 2, alpha subunit  46.99 
 
 
266 aa  249  3e-65  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2502  translation initiation factor 2, alpha subunit  46.62 
 
 
266 aa  244  9.999999999999999e-64  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2880  translation initiation factor IF-2 subunit alpha  45.59 
 
 
277 aa  243  1.9999999999999999e-63  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.651055  normal  0.408906 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2790  translation initiation factor IF-2 subunit alpha  44.66 
 
 
266 aa  234  1.0000000000000001e-60  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.289487  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1009  translation initiation factor IF-2 subunit alpha  49.81 
 
 
266 aa  231  8.000000000000001e-60  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1009  translation initiation factor IF-2 subunit alpha  45.17 
 
 
265 aa  228  7e-59  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1699  translation initiation factor IF-2 subunit alpha  45 
 
 
265 aa  228  1e-58  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.328913  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0964  translation initiation factor IF-2 subunit alpha  45.56 
 
 
265 aa  227  2e-58  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.497618  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0982  translation initiation factor IF-2 subunit alpha  44.02 
 
 
265 aa  219  3e-56  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0703  translation initiation factor IF-2 subunit alpha  42.8 
 
 
262 aa  203  3e-51  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0077  RNA-binding S1 domain-containing protein  39.37 
 
 
265 aa  166  5e-40  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.541121 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1359  translation initiation factor 2, alpha subunit  36.47 
 
 
277 aa  155  8e-37  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.256809  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0433  translation initiation factor IF-2 subunit alpha  32.27 
 
 
264 aa  140  3e-32  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1687  translation initiation factor IF-2 subunit alpha  32.02 
 
 
264 aa  138  1e-31  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.640158  normal  0.427628 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0642  translation initiation factor IF-2 subunit alpha  32.43 
 
 
265 aa  135  9e-31  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  hitchhiker  0.0000204722  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1802  translation initiation factor IF-2 subunit alpha  33.74 
 
 
256 aa  134  9.999999999999999e-31  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1783  translation initiation factor IF-2 subunit alpha  32.27 
 
 
265 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.030089 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2023  translation initiation factor 2, alpha subunit  33.47 
 
 
266 aa  126  3e-28  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.576744  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0995  translation initiation factor IF-2 subunit alpha  30.68 
 
 
266 aa  124  1e-27  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006694  CNI00230  eukaryotic translation initiation factor 2 alpha subunit, putative  28.69 
 
 
300 aa  92.8  6e-18  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.433033  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_34538  predicted protein  23.92 
 
 
320 aa  73.9  0.000000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  decreased coverage  0.000454395  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119592  Eukaryotic translation initiation factor 2, alpha subunit  25.36 
 
 
322 aa  73.2  0.000000000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0150821  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03156  translation initiation factor eIF2 alpha subunit (Eurofung)  26.77 
 
 
308 aa  72.8  0.000000000006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3070  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.67 
 
 
707 aa  69.3  0.00000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.526485  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2118  ribosomal protein S1  35.87 
 
 
596 aa  63.9  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000596679  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3572  RNA binding S1 domain protein  43.21 
 
 
557 aa  63.2  0.000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3810  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  39.33 
 
 
774 aa  63.2  0.000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0319705 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0696  hypothetical protein  47.3 
 
 
140 aa  62.4  0.000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000983919  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2080  cytidylate kinase/ribosomal protein S1  32.82 
 
 
811 aa  61.6  0.00000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0268  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  36.73 
 
 
714 aa  60.8  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00840028 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1703  RNA binding S1 domain protein  40.28 
 
 
385 aa  60.8  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000241805  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2015  RNA-binding S1 domain-containing protein  32.61 
 
 
411 aa  60.5  0.00000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0652883  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1031  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.54 
 
 
702 aa  60.1  0.00000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0967354  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2860  general stress protein 13  37.65 
 
 
121 aa  59.7  0.00000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3344  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  38.46 
 
 
722 aa  59.7  0.00000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0164  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.17 
 
 
704 aa  59.7  0.00000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0235  30S ribosomal protein S1  32.95 
 
 
577 aa  59.7  0.00000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.00000120876  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0981  RNA-binding S1 domain-containing protein  35.19 
 
 
124 aa  59.3  0.00000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000445297  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1149  RNA-binding S1 domain-containing protein  35.19 
 
 
124 aa  59.3  0.00000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000879414  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  37.97 
 
 
720 aa  59.3  0.00000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0028  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  36.84 
 
 
718 aa  58.9  0.00000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.171141 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42780  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.11 
 
 
702 aa  58.9  0.00000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.705764  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0227  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  36.84 
 
 
722 aa  58.9  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.133448  normal  0.547858 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03031  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.74 
 
 
734 aa  58.5  0.0000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0541  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  40.74 
 
 
711 aa  58.5  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0534  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.74 
 
 
711 aa  58.5  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000544711 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02982  hypothetical protein  40.74 
 
 
734 aa  58.5  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND00900  pre-mRNA splicing factor, putative  37.97 
 
 
1189 aa  58.2  0.0000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0436  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  36.84 
 
 
722 aa  58.5  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0783  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.42 
 
 
701 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00491346  normal  0.157543 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4396  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  38.64 
 
 
745 aa  58.2  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.735081 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4707  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.42 
 
 
701 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.181629  normal  0.111929 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0812  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.89 
 
 
706 aa  58.2  0.0000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.2264  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2382  ribosomal protein S1  34.38 
 
 
608 aa  58.2  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.105209  normal  0.526812 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3356  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.74 
 
 
711 aa  58.5  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3847  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  42.11 
 
 
711 aa  58.2  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.147568  normal  0.116098 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0543  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  38.75 
 
 
771 aa  58.5  0.0000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.109089  normal  0.335288 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3647  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.74 
 
 
711 aa  58.5  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4483  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.74 
 
 
711 aa  58.5  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1730  RNA-binding S1 domain-containing protein  36.11 
 
 
403 aa  58.2  0.0000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0218599  normal  0.469855 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4027  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  38.64 
 
 
752 aa  58.2  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.749576  normal  0.189287 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3607  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.74 
 
 
711 aa  58.5  0.0000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3632  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  39.24 
 
 
728 aa  57.4  0.0000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0176906  hitchhiker  0.00320297 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4708  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.42 
 
 
701 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0102803 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10450  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase  35.37 
 
 
678 aa  57.4  0.0000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000887819  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0962  RNA binding S1 domain protein  36.45 
 
 
418 aa  57.8  0.0000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.331059  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5039  general stress protein 13  30.77 
 
 
114 aa  57.8  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0725  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.42 
 
 
701 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.959792  normal  0.0305384 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5457  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.11 
 
 
701 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2333  30S ribosomal protein S1  37.08 
 
 
570 aa  57.8  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000922659  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3006  general stress protein 13  44.44 
 
 
124 aa  57.8  0.0000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4176  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.11 
 
 
701 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.310509  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3604  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.42 
 
 
725 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0558589  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0605  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  34.74 
 
 
718 aa  57.4  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3460  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.06 
 
 
711 aa  57.8  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.234004 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4573  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.42 
 
 
701 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.348013  normal  0.924419 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1154  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  30.16 
 
 
672 aa  57.8  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.225673  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2797  hypothetical protein  34.31 
 
 
134 aa  57.4  0.0000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.000000000939181  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2483  hypothetical protein  34.31 
 
 
134 aa  57.4  0.0000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000579369  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0613  RNA binding S1 domain protein  35.79 
 
 
558 aa  57.4  0.0000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.00000620529  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1344  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  32.26 
 
 
687 aa  57.8  0.0000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0642692  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62710  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.11 
 
 
701 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.14789  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1437  RNA binding S1 domain protein  36.11 
 
 
400 aa  57.8  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.245145  normal  0.159598 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5044  general stress protein 13  30.77 
 
 
114 aa  57.8  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4770  general stress protein 13  30.77 
 
 
114 aa  57.4  0.0000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4610  general stress protein 13  30.77 
 
 
114 aa  57.4  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4632  general stress protein 13  30.77 
 
 
114 aa  57.4  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5132  general stress protein 13  30.77 
 
 
114 aa  57.4  0.0000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5011  general stress protein 13  30.77 
 
 
114 aa  57.4  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3192  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  37.5 
 
 
715 aa  57.4  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.002791  normal  0.0369352 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3050  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  36.71 
 
 
710 aa  57  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.464324  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>