More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mboo_1127 on replicon NC_009712
Organism: Candidatus Methanoregula boonei 6A8



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009712  Mboo_1127  hydrogenase membrane subunit  100 
 
 
649 aa  1277    Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0224903  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1321  hydrogenase membrane subunit  50.33 
 
 
644 aa  582  1.0000000000000001e-165  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1453  hydrogenase subunit, HycC-like protein  51.45 
 
 
644 aa  582  1.0000000000000001e-165  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1575  hydrogenase membrane subunit  52.12 
 
 
617 aa  563  1.0000000000000001e-159  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1822  hydrogenase membrane subunit  46.96 
 
 
643 aa  547  1e-154  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0165692  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2460  NADH dehydrogenase (quinone)  41.12 
 
 
683 aa  400  9.999999999999999e-111  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2191  hydrogenase 4 subunit B  39.3 
 
 
673 aa  386  1e-106  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.660892 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0791  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  38.34 
 
 
661 aa  356  6.999999999999999e-97  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1142  hydrogenase 4 subunit B  38.41 
 
 
748 aa  353  5e-96  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.239539  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4066  NADH dehydrogenase (quinone)  38.38 
 
 
669 aa  351  2e-95  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0619804  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1691  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  35.65 
 
 
688 aa  350  7e-95  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000143823  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0703  NADH dehydrogenase (quinone)  35.19 
 
 
662 aa  345  1e-93  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.20305  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0734  NAD-dependent dehydrogenase subunit  36.79 
 
 
668 aa  334  3e-90  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0393018  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0916  hydrogenase 4 subunit B  36.03 
 
 
674 aa  330  7e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4575  hydrogenase 4 subunit B  36.84 
 
 
671 aa  329  1.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0892  NADH dehydrogenase (quinone)  38.68 
 
 
669 aa  327  4.0000000000000003e-88  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00940  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  33.63 
 
 
672 aa  320  6e-86  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0375  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  38.44 
 
 
669 aa  318  3e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.044448  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4288  NADH dehydrogenase (quinone)  35.03 
 
 
637 aa  316  8e-85  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000277072  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0070  NADH dehydrogenase (quinone)  34.77 
 
 
667 aa  316  9.999999999999999e-85  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4671  hydrogenase 4 subunit B  36.54 
 
 
674 aa  312  1e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.130495 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0929  hydrogenase 4 subunit B  40.23 
 
 
687 aa  311  2e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1194  hydrogenase 4 subunit B  32.9 
 
 
672 aa  312  2e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02374  NADH dehydrogenase subunit N  32.74 
 
 
672 aa  310  5.9999999999999995e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02336  hypothetical protein  32.74 
 
 
672 aa  310  5.9999999999999995e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3704  hydrogenase 4 subunit B  32.9 
 
 
672 aa  309  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.726938  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3292  hydrogenase 4 subunit B  36.01 
 
 
674 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1187  NADH dehydrogenase (quinone)  32.73 
 
 
672 aa  307  5.0000000000000004e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1260  hydrogenase 4 subunit B  38 
 
 
672 aa  306  5.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0751084 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3781  NADH dehydrogenase (quinone)  40.31 
 
 
654 aa  305  1.0000000000000001e-81  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0217094  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1065  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  36.27 
 
 
666 aa  303  5.000000000000001e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.82932e-25 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1396  hydrogenase 4 subunit B  38.88 
 
 
671 aa  303  5.000000000000001e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2629  hydrogenase 4 subunit B  32.57 
 
 
672 aa  303  7.000000000000001e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1069  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  38.94 
 
 
659 aa  302  1e-80  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.7000400000000002e-28 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2474  hydrogenase 4 subunit B  37.42 
 
 
669 aa  300  4e-80  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3855  hydrogenase 4 subunit B  36.89 
 
 
672 aa  300  7e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1285  hydrogenase 4 subunit B  33.87 
 
 
673 aa  299  9e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.488809  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1307  NADH dehydrogenase (quinone)  33.11 
 
 
633 aa  299  1e-79  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3197  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  35.59 
 
 
666 aa  298  3e-79  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0329  hydrogenase 4 subunit B  33.53 
 
 
669 aa  297  4e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2601  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  34.77 
 
 
660 aa  294  4e-78  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3193  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  37.27 
 
 
659 aa  291  3e-77  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.141056  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2558  NADH dehydrogenase (quinone)  37.02 
 
 
666 aa  290  6e-77  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0179  hydrogenase 4 subunit B  33.95 
 
 
669 aa  289  1e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.987712  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0943  NADH dehydrogenase (quinone)  34.21 
 
 
723 aa  288  2e-76  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.730208  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1914  L-alanyl-D-glutamate peptidase  33.22 
 
 
655 aa  285  1.0000000000000001e-75  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2456  NADH dehydrogenase (quinone)  34.71 
 
 
662 aa  285  2.0000000000000002e-75  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0192367  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0739  NAD-dependent dehydrogenase subunit  36.03 
 
 
661 aa  284  4.0000000000000003e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.188084  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10084  oxidoreductase  34.27 
 
 
640 aa  284  5.000000000000001e-75  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00281156  normal  0.170471 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6065  hydrogenase 4 subunit B  34.29 
 
 
669 aa  284  5.000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388772  hitchhiker  0.000500664 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3655  NADH dehydrogenase (quinone)  43.4 
 
 
654 aa  283  1e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0270969  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1791  ATP-binding protein  32.49 
 
 
655 aa  281  2e-74  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0608774  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4703  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  35.13 
 
 
662 aa  280  7e-74  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2985  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  35.54 
 
 
674 aa  278  2e-73  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0690807  hitchhiker  0.0074409 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2560  NADH dehydrogenase (quinone)  37.48 
 
 
663 aa  278  3e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0166  hydrogenase 4 subunit B  36.53 
 
 
681 aa  275  2.0000000000000002e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.970512  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0188  NADH dehydrogenase (quinone)  41.59 
 
 
737 aa  274  3e-72  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0336  NADH dehydrogenase (quinone)  33.54 
 
 
665 aa  271  4e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2616  NADH dehydrogenase (quinone)  34.13 
 
 
577 aa  267  4e-70  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1261  hydrogenase 4 subunit B  33.89 
 
 
668 aa  267  5e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1617  hydrogenase 4 subunit B  33.39 
 
 
668 aa  265  1e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1532  hydrogenase 4 subunit B  33.39 
 
 
668 aa  265  1e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2618  NADH dehydrogenase (quinone)  33.56 
 
 
646 aa  264  4e-69  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.430528  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0132  hydrogenase 4 membrane subunit  29.37 
 
 
650 aa  262  1e-68  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.167866  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1807  hydrogenase 4 subunit B  35.24 
 
 
660 aa  257  5e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.370569  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2149  hydrogenase 4 subunit B  35.24 
 
 
660 aa  257  5e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.33721  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4469  NADH dehydrogenase (quinone)  35.45 
 
 
664 aa  257  5e-67  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3796  NADH dehydrogenase (quinone)  42.64 
 
 
654 aa  256  6e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.273036  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3713  NADH dehydrogenase (quinone)  42.39 
 
 
654 aa  253  7e-66  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.117424  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3276  NADH dehydrogenase (quinone)  33.01 
 
 
671 aa  248  2e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1862  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  32.52 
 
 
646 aa  247  4.9999999999999997e-64  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.00000307213  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0315  NADH dehydrogenase (quinone)  31.59 
 
 
674 aa  244  3.9999999999999997e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.39787  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0778  NADH dehydrogenase (quinone)  34.75 
 
 
682 aa  230  8e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.590886  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3974  formate hydrogenlyase subunit 3  32.23 
 
 
608 aa  229  1e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2848  formate hydrogenlyase subunit 3  32.23 
 
 
608 aa  228  2e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.264273 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3011  formate hydrogenlyase subunit 3  32.23 
 
 
608 aa  228  2e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02573  NADH dehydrogenase subunit N  32.04 
 
 
608 aa  228  3e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.621394  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2859  formate hydrogenlyase subunit 3  32.04 
 
 
608 aa  228  3e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0989  formate hydrogenlyase subunit 3  32.04 
 
 
608 aa  228  4e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.180245 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0966  NADH dehydrogenase (quinone)  32.04 
 
 
608 aa  227  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3054  formate hydrogenlyase subunit 3  35.53 
 
 
608 aa  227  6e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.920212  normal  0.22505 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3038  formate hydrogenlyase subunit 3  35.53 
 
 
608 aa  224  4.9999999999999996e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000419635 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3161  formate hydrogenlyase subunit 3  35.29 
 
 
608 aa  223  9e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.253093 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3003  formate hydrogenlyase subunit 3  35.29 
 
 
608 aa  222  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00790766 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2972  formate hydrogenlyase subunit 3  35.29 
 
 
608 aa  222  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3196  formate hydrogenlyase subunit 3  34.27 
 
 
608 aa  218  2.9999999999999998e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2787  NADH dehydrogenase (quinone)  28.81 
 
 
633 aa  196  1e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2795  NADH dehydrogenase (quinone)  28.81 
 
 
633 aa  196  1e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2586  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  31.85 
 
 
522 aa  194  5e-48  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0509  NADH dehydrogenase (quinone)  31.69 
 
 
748 aa  193  1e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000352419  hitchhiker  0.0000000405513 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0107  NADH dehydrogenase (quinone)  28.41 
 
 
500 aa  190  5.999999999999999e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000249004 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1289  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  34.25 
 
 
959 aa  186  1.0000000000000001e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2806  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  32.5 
 
 
997 aa  183  7e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.448623 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3194  NADH dehydrogenase (quinone)  32.59 
 
 
1264 aa  183  9.000000000000001e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.466435 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2432  NADH dehydrogenase (quinone)  31.77 
 
 
622 aa  181  4.999999999999999e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.96835  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16800  NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit 5 (chain L)/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhA subunit  33.33 
 
 
1003 aa  177  5e-43  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.925776  normal  0.0481404 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2445  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  32.26 
 
 
969 aa  177  6e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.195199  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1538  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  31.26 
 
 
953 aa  176  8e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0170317 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0955  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  31.13 
 
 
523 aa  175  1.9999999999999998e-42  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00424687  normal  0.153051 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1591  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  32.42 
 
 
1024 aa  174  3.9999999999999995e-42  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.156246  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>