More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mboo_0371 on replicon NC_009712
Organism: Candidatus Methanoregula boonei 6A8



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009712  Mboo_0371  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 91 aa  181  3e-45  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.340091  normal  0.26916 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 84 aa  65.1  0.0000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0107  transcriptional regulator, XRE family  35.06 
 
 		 93 aa  61.2  0.000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.396345 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0685  transcriptional regulator, XRE family  36.11 
 
 		 86 aa  60.1  0.000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 83 aa  59.7  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2873  hypothetical protein  38.96 
 
 		 101 aa  59.3  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.305653  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4255  transcriptional regulator, XRE family  43.75 
 
 		 333 aa  58.2  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000524025 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4216  transcriptional regulator, XRE family  43.75 
 
 		 333 aa  58.2  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0695  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 101 aa  58.2  0.00000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.381064  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 81 aa  57.8  0.00000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0931  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 		 99 aa  57.8  0.00000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  43.75 
 
 		 76 aa  56.6  0.0000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2410  transcriptional regulator, XRE family  37.66 
 
 		 141 aa  56.6  0.0000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000774173  normal  0.481646 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2174  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 99 aa  56.6  0.0000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2406  hypothetical protein  39.39 
 
 		 99 aa  56.6  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0440  DNA-binding protein  39.39 
 
 		 91 aa  55.5  0.0000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000374773  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 70 aa  55.1  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0586  XRE family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 134 aa  55.1  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2445  DNA-binding protein  44.12 
 
 		 101 aa  55.1  0.0000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.153574  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2435  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 105 aa  54.7  0.0000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2009  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 93 aa  54.7  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.634386 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3227  transcriptional regulator  39.39 
 
 		 201 aa  54.3  0.0000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.792428  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0284  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 101 aa  53.9  0.0000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.214235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  36.11 
 
 		 79 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1349  XRE family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 97 aa  53.5  0.0000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3530  transcriptional regulator, XRE family  36.11 
 
 		 97 aa  53.1  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.606022  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 71 aa  53.5  0.000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 71 aa  53.5  0.000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  41.27 
 
 		 72 aa  52.4  0.000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0960  DNA methyltransferase  38.71 
 
 		 70 aa  52.4  0.000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143973  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4210  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 106 aa  52.8  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1180  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 81 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.133666  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2655  XRE family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 80 aa  52.4  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  39.34 
 
 		 90 aa  52.8  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  41.27 
 
 		 72 aa  52.8  0.000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3920  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 72 aa  52  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00000806628  normal  0.211868 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1046  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 186 aa  52  0.000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5293  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 81 aa  51.6  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1080  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 83 aa  52  0.000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.492824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5565  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 81 aa  51.6  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2665  transcriptional regulator, XRE family  38.81 
 
 		 233 aa  52  0.000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000943632  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4162  XRE family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 98 aa  52  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3871  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 72 aa  52  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1500  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 81 aa  51.2  0.000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1570  transcriptional regulator, XRE family  38.81 
 
 		 233 aa  51.6  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31160  hypothetical protein  34.72 
 
 		 107 aa  51.6  0.000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000126154  unclonable  8.75499e-23 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3886  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 210 aa  51.2  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0455  helix-turn-helix domain-containing protein  33.82 
 
 		 84 aa  51.2  0.000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.846585  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1921  transcriptional regulator, XRE family  35.38 
 
 		 78 aa  51.6  0.000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.339052  normal  0.010603 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2161  helix-turn-helix domain-containing protein  38.18 
 
 		 126 aa  51.2  0.000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 213 aa  50.8  0.000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6198  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 104 aa  50.8  0.000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0459  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 81 aa  50.8  0.000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.995488  normal  0.299966 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0058  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 112 aa  50.8  0.000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0711688  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1448  transcriptional regulator, XRE family  32.31 
 
 		 117 aa  50.8  0.000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.458013 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1971  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 112 aa  50.4  0.000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.910423 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1753  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 73 aa  50.4  0.000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4980  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 93 aa  50.1  0.000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.213037  normal  0.656597 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0985  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 83 aa  50.4  0.000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00196627  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6923  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 81 aa  50.1  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.251007  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2134  transcriptional regulator, XRE family  34.33 
 
 		 85 aa  49.7  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.123571  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3469  XRE family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 197 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4302  transcriptional regulator, XRE family  41.82 
 
 		 79 aa  49.7  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.397769  normal  0.707115 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0715  transcriptional regulator, XRE family  37.29 
 
 		 187 aa  49.7  0.00001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.39864  normal  0.0327391 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2260  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 72 aa  49.7  0.00001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1135  XRE family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 99 aa  49.7  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2401  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 97 aa  49.7  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000242769  hitchhiker  0.0000223583 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3025  XRE family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 188 aa  50.1  0.00001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314698  normal  0.932142 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2039  transcriptional regulator, XRE family  41.27 
 
 		 187 aa  50.1  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.558818 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1097  transcription regulator protein  40.98 
 
 		 113 aa  48.9  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.34059 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2016  transcriptional regulator, XRE family  30 
 
 		 93 aa  49.3  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0596  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 90 aa  49.7  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2769  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 276 aa  49.3  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1481  XRE family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 97 aa  49.3  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0461  XRE family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 97 aa  48.9  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171408  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2484  transcriptional regulator, XRE family  44.12 
 
 		 67 aa  49.3  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0198  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 109 aa  49.3  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2559  transcriptional regulator, XRE family  33.82 
 
 		 71 aa  49.3  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3195  transcriptional regulator, XRE family  32.31 
 
 		 80 aa  49.3  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0958967  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0433  transcriptional regulator, XRE family  36.23 
 
 		 215 aa  48.5  0.00003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2729  transcriptional regulator, XRE family  39.66 
 
 		 117 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0914  XRE family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 108 aa  48.5  0.00003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2082  transcriptional regulator, XRE family  34.72 
 
 		 102 aa  48.5  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5197  transcriptional regulator, XRE family  31.82 
 
 		 88 aa  48.5  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3471  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 197 aa  48.5  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0697  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 90 aa  48.9  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0540  helix-turn-helix domain-containing protein  34.67 
 
 		 90 aa  48.9  0.00003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.229999 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1427  transcriptional regulator, XRE family  34.43 
 
 		 68 aa  48.1  0.00004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2077  transcriptional regulator, XRE family  34.33 
 
 		 81 aa  48.1  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1992  transcriptional regulator, XRE family  34.33 
 
 		 81 aa  48.1  0.00004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0662  XRE family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 259 aa  48.1  0.00004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2246  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 117 aa  48.1  0.00004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1868  XRE family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 81 aa  48.1  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2436  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 68 aa  48.1  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.109963  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1522  transcriptional regulator, XRE family  34.43 
 
 		 68 aa  48.1  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.379498  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 77 aa  48.1  0.00005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0677  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 85 aa  47.8  0.00005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589237 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2009  DNA-binding protein  39.34 
 
 		 66 aa  47.8  0.00005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0175635  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 72 aa  47.8  0.00005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3490  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 76 aa  47.8  0.00005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.23046  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>