71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mbar_A2308 on replicon NC_007355
Organism: Methanosarcina barkeri str. Fusaro



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007355  Mbar_A2308  hypothetical protein  100 
 
 		 339 aa  704    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.146289  normal  0.484856 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1852  putative mRNA 3-end processing factor  61.31 
 
 		 337 aa  434  1e-121  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.681251  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1132  hypothetical protein  51.69 
 
 		 328 aa  323  3e-87  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  decreased coverage  0.00888  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0799  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  32.78 
 
 		 348 aa  92  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187593  normal  0.0112138 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1072  putative mRNA 3-end processing factor  31.44 
 
 		 344 aa  91.3  2e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0686869 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0913  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  29.8 
 
 		 336 aa  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.228952 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0794  putative mRNA 3-end processing factor  32.78 
 
 		 349 aa  90.9  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.682803 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6008  hypothetical protein  29.45 
 
 		 337 aa  89  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0411  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  28.33 
 
 		 329 aa  88.6  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.894409 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0750  putative mRNA 3-end processing factor  32.32 
 
 		 356 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0801  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  28.05 
 
 		 336 aa  84.3  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0629  putative mRNA 3-end processing factor  31.03 
 
 		 365 aa  82.4  0.000000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  decreased coverage  0.00579405 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4616  putative mRNA 3-end processing factor  31.12 
 
 		 351 aa  82.4  0.000000000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0871  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  30.89 
 
 		 348 aa  82  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0130781  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0552  hypothetical protein  33.51 
 
 		 347 aa  80.1  0.00000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1471  putative mRNA 3-end processing factor  30.43 
 
 		 348 aa  79.7  0.00000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0461  hypothetical protein  30.65 
 
 		 390 aa  79.3  0.00000000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1540  putative mRNA 3-end processing factor  29.74 
 
 		 345 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2803  putative mRNA 3-end processing factor  28.29 
 
 		 338 aa  77.8  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.196277 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3431  putative mRNA 3-end processing factor  29.44 
 
 		 352 aa  76.6  0.0000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.194998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3560  putative mRNA 3-end processing factor  28.86 
 
 		 352 aa  75.5  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.146642  normal  0.26456 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0031  putative mRNA 3-end processing factor  33.51 
 
 		 334 aa  75.1  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.321442  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3692  putative mRNA 3-end processing factor  28.97 
 
 		 351 aa  75.5  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3236  putative mRNA 3-end processing factor  28.46 
 
 		 352 aa  74.3  0.000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00669  RNA procession exonuclease-like protein  28.83 
 
 		 338 aa  73.6  0.000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0260  putative mRNA 3-end processing factor  28.12 
 
 		 344 aa  72.4  0.00000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00946134 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4043  putative mRNA 3-end processing factor  33.16 
 
 		 337 aa  71.2  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0067  putative mRNA 3-end processing factor  26.33 
 
 		 357 aa  68.6  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1612  RNA procession exonuclease-like protein  31.31 
 
 		 354 aa  69.3  0.0000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4896  putative mRNA 3-end processing factor  31.76 
 
 		 335 aa  68.6  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3978  RNA procession exonuclease-like protein  32.34 
 
 		 371 aa  66.2  0.0000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.107304  normal  0.652273 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0289  putative mRNA 3-end processing factor  27.93 
 
 		 337 aa  66.2  0.0000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.640549 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1313  beta-lactamase domain-containing protein  28.28 
 
 		 315 aa  64.3  0.000000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.143027  normal  0.259963 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1883  putative mRNA 3-end processing factor  27.46 
 
 		 327 aa  63.9  0.000000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115808  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1406  RNA procession exonuclease-like protein  27.07 
 
 		 313 aa  61.6  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0847473 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1043  putative mRNA 3-end processing factor  27.74 
 
 		 319 aa  61.2  0.00000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0008566 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07841  RNA processing exonuclease  24.32 
 
 		 328 aa  61.2  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.160717  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0788  putative mRNA 3-end processing factor  26.6 
 
 		 317 aa  60.5  0.00000005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1042  exonuclease  24.44 
 
 		 328 aa  60.1  0.00000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.251284  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0149  RNA procession exonuclease-like protein  24.32 
 
 		 327 aa  58.9  0.0000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.0104249 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0973  putative mRNA 3-end processing factor  26.4 
 
 		 314 aa  58.2  0.0000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.289039 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07841  beta-lactamase fold exonuclease  23.65 
 
 		 328 aa  57  0.0000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.110589  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0734  hypothetical protein  23.65 
 
 		 328 aa  56.2  0.0000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.536853  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1460  exonuclease involved in mRNA processing  30.41 
 
 		 328 aa  55.8  0.000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.562175  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2561  putative mRNA 3-end processing factor  27.43 
 
 		 332 aa  55.1  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1568  RNA procession exonuclease-like protein  27.82 
 
 		 358 aa  53.1  0.000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.359999 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4860  putative mRNA 3-end processing factor  27.54 
 
 		 375 aa  51.6  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1938  beta-lactamase domain protein  23.83 
 
 		 821 aa  51.2  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.199019  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2414  hypothetical protein  27.18 
 
 		 383 aa  51.6  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0621  beta-lactamase domain-containing protein  29.84 
 
 		 317 aa  50.8  0.00003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5293  putative exonuclease involved in mRNA processing  28.27 
 
 		 382 aa  49.7  0.00007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1077  putative mRNA 3-end processing factor  26.85 
 
 		 383 aa  49.7  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3523  RNA procession exonuclease  24.38 
 
 		 349 aa  49.7  0.00008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2665  putative mRNA 3-end processing factor  24.84 
 
 		 335 aa  49.3  0.00008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14848 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01738  mRNA 3'-end processing factor  28.99 
 
 		 340 aa  48.1  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3335  RNA procession exonuclease  22.48 
 
 		 383 aa  48.5  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  23.64 
 
 		 1017 aa  48.1  0.0002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0305  putative mRNA 3-end processing factor  25.67 
 
 		 366 aa  47.8  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1113  hypothetical protein  24.59 
 
 		 321 aa  47  0.0005  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.704257 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1028  beta-lactamase domain-containing protein  28.28 
 
 		 616 aa  46.6  0.0006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1314  putative exonuclease involved in mRNA processing  27.23 
 
 		 383 aa  46.6  0.0006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0772701  normal  0.174474 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1796  beta-lactamase domain protein  26.32 
 
 		 414 aa  46.6  0.0006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0310  putative mRNA 3-end processing factor  25.67 
 
 		 366 aa  46.2  0.0007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.169646 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3896  hypothetical protein  29.19 
 
 		 368 aa  45.8  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170406  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0096  beta-lactamase-like  25 
 
 		 411 aa  45.8  0.001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.619146  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1169  conserved hypothetical protein  27.41 
 
 		 328 aa  45.8  0.001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.561924  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0374  putative mRNA 3-end processing factor  25.96 
 
 		 371 aa  45.1  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6856  hypothetical protein  23.95 
 
 		 340 aa  44.7  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.166328 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3043  putative mRNA 3-end processing factor  24.29 
 
 		 346 aa  44.3  0.003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0285628  normal  0.582199 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02275  hypothetical protein  24.01 
 
 		 347 aa  43.5  0.005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0270  beta-lactamase domain protein  26.56 
 
 		 353 aa  42.7  0.009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>