More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mbar_A1039 on replicon NC_007355
Organism: Methanosarcina barkeri str. Fusaro



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007355  Mbar_A1039  DNA repair and recombination protein RadB  100 
 
 
243 aa  496  1e-139  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2123  DNA repair and recombination protein RadB  68.78 
 
 
225 aa  333  1e-90  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0926  DNA repair and recombination protein RadB  52.05 
 
 
221 aa  248  8e-65  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0260  DNA repair and recombination protein RadB  47.98 
 
 
224 aa  201  9.999999999999999e-51  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.92433 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1786  DNA repair and recombination protein RadB  45.61 
 
 
235 aa  200  9.999999999999999e-51  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.729381  normal  0.0464986 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2158  DNA repair and recombination protein RadB  42.67 
 
 
235 aa  191  1e-47  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0491  DNA repair and recombination protein RadB  44.8 
 
 
227 aa  189  2.9999999999999997e-47  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2159  DNA repair and recombination protein RadB  44.34 
 
 
224 aa  189  4e-47  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0907  DNA repair and recombination protein RadB  45.91 
 
 
227 aa  186  3e-46  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1272  hypothetical protein  44.8 
 
 
224 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.998309 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0077  DNA repair and recombination protein RadB  39.69 
 
 
275 aa  183  2.0000000000000003e-45  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.327122  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2453  ATPase  43.18 
 
 
234 aa  182  3e-45  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.695737 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2429  DNA repair and recombination protein RadB  42.47 
 
 
226 aa  183  3e-45  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1629  DNA repair and recombination protein RadB  43.81 
 
 
235 aa  178  8e-44  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.554742  normal  0.462396 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1640  DNA repair and recombination protein RadB  45.75 
 
 
215 aa  171  1e-41  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.301627  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0274  DNA repair and recombination protein RadB  44.34 
 
 
215 aa  169  5e-41  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.944285  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0988  DNA repair and recombination protein RadB  45.28 
 
 
216 aa  168  8e-41  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0377224  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1490  DNA repair and recombination protein RadB  42.45 
 
 
213 aa  151  8e-36  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.695224  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0285  DNA repair and recombination protein RadB  38.79 
 
 
213 aa  145  6e-34  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.652849  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1118  DNA repair and recombination protein RadA  34.96 
 
 
358 aa  114  2.0000000000000002e-24  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0713  DNA repair and recombination protein RadA  34.52 
 
 
330 aa  112  6e-24  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.33185 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1953  DNA repair and recombination protein RadA  35.5 
 
 
330 aa  112  6e-24  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2081  DNA repair and recombination protein RadA  33.47 
 
 
332 aa  112  7.000000000000001e-24  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2310  DNA repair and recombination protein RadA  33.06 
 
 
333 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.469487  hitchhiker  0.00856648 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0009  DNA repair and recombination protein RadA  33.47 
 
 
324 aa  105  5e-22  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.416037  normal  0.130845 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1017  DNA repair and recombination protein RadA  33.47 
 
 
358 aa  105  1e-21  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.103289  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01237  UvsC protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:P78579]  32.63 
 
 
348 aa  102  8e-21  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.523208  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1226  DNA repair and recombination protein RadA  32.22 
 
 
324 aa  99.8  3e-20  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1023  Rad51-like  30.57 
 
 
315 aa  96.7  3e-19  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.973197  n/a   
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_54533  Rad51 DNA recombination/repair protein  30.47 
 
 
350 aa  94.4  1e-18  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.724719  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1633  Rad51 domain-containing protein  32.26 
 
 
307 aa  92.4  6e-18  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.11008  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0087  RecA/RadA recombinase-like protein  29.19 
 
 
217 aa  86.3  4e-16  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.439691 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0486  Rad51-like protein  33.33 
 
 
311 aa  84.7  0.000000000000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.100378  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0368  DNA repair and recombination protein RadA  30.45 
 
 
322 aa  82.4  0.000000000000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_33041  predicted protein  30.34 
 
 
343 aa  82  0.000000000000007  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.0526282 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0637  DNA repair and recombination protein RadA  28.33 
 
 
329 aa  81.6  0.00000000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0537  DNA repair and recombination protein RadA  30.45 
 
 
322 aa  80.9  0.00000000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0430  DNA repair and recombination protein RadA  28.86 
 
 
324 aa  80.5  0.00000000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1450  DNA repair and recombination protein RadA  30.17 
 
 
322 aa  79.7  0.00000000000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0942903  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0743  Rad51-like  31.33 
 
 
250 aa  79.7  0.00000000000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2940  DNA repair and recombination protein RadA  28.1 
 
 
407 aa  79.3  0.00000000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00873973  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0469  DNA repair and recombination protein RadA  30.17 
 
 
322 aa  79.3  0.00000000000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2099  DNA repair and recombination protein RadA  29.46 
 
 
325 aa  78.6  0.00000000000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2033  DNA repair and recombination protein RadA  28.57 
 
 
325 aa  76.6  0.0000000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.507845  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09092  meiotic recombination protein (Dmc1), putative (AFU_orthologue; AFUA_7G02200)  31.12 
 
 
658 aa  76.3  0.0000000000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.515485  normal 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_17346  predicted protein  27.38 
 
 
358 aa  76.3  0.0000000000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.908819  normal  0.780808 
 
 
-
 
NC_006682  CNM01780  meiotic recombination-related protein, putative  28.75 
 
 
323 aa  74.7  0.000000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.51774  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0982  DNA repair and recombination protein RadA  29.92 
 
 
322 aa  74.3  0.000000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0762  Fis family transcriptional regulator  26.29 
 
 
312 aa  73.9  0.000000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0530008 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2031  Rad51-like protein  26.29 
 
 
314 aa  74.3  0.000000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000000738645 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0885  DNA repair and recombination protein RadA  28.4 
 
 
322 aa  73.6  0.000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_40092  Rad51 DNA recombination/repair protein  26.4 
 
 
456 aa  73.2  0.000000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1386  DNA repair and recombination protein RadA  30.2 
 
 
388 aa  72  0.000000000008  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA06990  recombinase, putative  29.48 
 
 
365 aa  71.2  0.00000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.108784  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2338  DNA repair and recombination protein RadA  26.61 
 
 
325 aa  71.6  0.00000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.901889  normal  0.0155582 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1396  Fis family transcriptional regulator  29.1 
 
 
312 aa  70.1  0.00000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.358472  normal  0.485282 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0040  DNA repair and recombination protein RadA  25.93 
 
 
327 aa  69.3  0.00000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1918  DNA repair and recombination protein RadA  25.82 
 
 
324 aa  67.4  0.0000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5577  non-specific serine/threonine protein kinase  34.07 
 
 
500 aa  64.7  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.15364  normal  0.116511 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1352  recA protein  29.13 
 
 
337 aa  63.9  0.000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1488  recombination protein RecA  28.7 
 
 
337 aa  63.2  0.000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3032  putative circadian clock protein, KaiC  27.76 
 
 
483 aa  62.8  0.000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0886  recA protein  28.39 
 
 
356 aa  62.4  0.000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1606  hypothetical protein  28.26 
 
 
337 aa  62.4  0.000000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.533727  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_54137  Rad51 DNA recombination/repair protein  26.25 
 
 
363 aa  62.4  0.000000007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_50387  predicted protein  25.63 
 
 
351 aa  62  0.000000008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.142215  normal  0.0213314 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2718  hypothetical protein  28.22 
 
 
494 aa  62  0.000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.150479  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2451  KaiC  26.85 
 
 
494 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.970563  hitchhiker  0.00417767 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1831  DNA repair and recombination protein RadA  25.95 
 
 
343 aa  61.6  0.00000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0628  recA protein  28.57 
 
 
346 aa  61.6  0.00000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.067585  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_17589  predicted protein  33.65 
 
 
288 aa  60.8  0.00000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0328752  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0258  recA protein  27.62 
 
 
361 aa  60.8  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1144  putative circadian clock protein, KaiC  27.23 
 
 
265 aa  60.1  0.00000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.210299  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1382  recombinase A  28.57 
 
 
376 aa  60.5  0.00000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.217546  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1273  DNA repair and recombination protein RadA  26.25 
 
 
348 aa  59.7  0.00000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4116  recombinase A  27.43 
 
 
356 aa  59.7  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.979014 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2002  recombinase A  29.88 
 
 
345 aa  58.9  0.00000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000177298  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1185  DNA repair and recombination protein RadA  25.95 
 
 
349 aa  59.3  0.00000006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1732  recombinase A  27.35 
 
 
352 aa  58.5  0.00000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0649106  normal  0.0921204 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10145  DNA repair protein (Rad57), putative (AFU_orthologue; AFUA_1G12520)  32.76 
 
 
554 aa  58.5  0.00000009  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.263483 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1981  recombinase A  26.92 
 
 
349 aa  58.5  0.00000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00686398 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2176  DNA repair protein RadA  28.21 
 
 
434 aa  58.5  0.0000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0530  recA protein  27.12 
 
 
327 aa  58.2  0.0000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1525  recA protein  30.67 
 
 
353 aa  58.2  0.0000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.0000000245316  unclonable  4.38442e-19 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0874  recA protein  29 
 
 
367 aa  57.8  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.532648 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0211  DNA repair and recombination protein RadA  25.94 
 
 
343 aa  57.4  0.0000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0360  recA protein  26.67 
 
 
339 aa  57.8  0.0000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000245068  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_58642  predicted protein  28.57 
 
 
541 aa  57  0.0000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  hitchhiker  0.00988886  normal  0.20524 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl206  recombinase A  27.92 
 
 
346 aa  57  0.0000003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4925  recombinase A  28.9 
 
 
358 aa  57  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.705325  normal  0.253637 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2014  recombinase A  26.92 
 
 
352 aa  56.6  0.0000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.306298 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1332  non-specific serine/threonine protein kinase  24.41 
 
 
502 aa  55.8  0.0000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00723068 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0296  recA protein  28 
 
 
339 aa  55.8  0.0000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.197187  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6530  putative circadian clock protein, KaiC  28.67 
 
 
501 aa  55.8  0.0000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.283837  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0247  DNA repair protein RadA  25.91 
 
 
448 aa  55.8  0.0000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1111  DNA repair protein RadA  28.96 
 
 
457 aa  55.5  0.0000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0653  recA protein  29.06 
 
 
346 aa  55.5  0.0000007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2065  DNA repair protein RadA  27.31 
 
 
446 aa  55.5  0.0000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0567358  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1109  recombinase A  27.72 
 
 
357 aa  55.5  0.0000008  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0200  DNA repair protein RadA  25.79 
 
 
457 aa  55.5  0.0000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>