More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mbar_A0473 on replicon NC_007355
Organism: Methanosarcina barkeri str. Fusaro



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007355  Mbar_A0473  nickel ABC transporter, solute-binding protein  100 
 
 
538 aa  1107    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0542  extracellular solute-binding protein family 5  38.16 
 
 
537 aa  378  1e-103  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.578152 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0351  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  32.72 
 
 
532 aa  249  1e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0754  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  32.85 
 
 
526 aa  241  2.9999999999999997e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0804  nickel ABC transporter, nickel-binding protein, putative  32.85 
 
 
526 aa  241  2.9999999999999997e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03325  nickel transporter subunit  32.64 
 
 
524 aa  236  9e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03278  hypothetical protein  32.64 
 
 
524 aa  236  9e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0239  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  32.64 
 
 
524 aa  235  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0240  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  32.64 
 
 
524 aa  235  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3958  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  32.64 
 
 
524 aa  235  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3675  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  32.64 
 
 
524 aa  235  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3845  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  32.64 
 
 
524 aa  234  3e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4816  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  32.44 
 
 
524 aa  233  5e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3760  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  32.44 
 
 
524 aa  233  9e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0273  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  30 
 
 
525 aa  228  2e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7613  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  32.12 
 
 
526 aa  224  2e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1834  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  31.4 
 
 
523 aa  223  6e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.250373  hitchhiker  0.0023879 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2402  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  32.02 
 
 
538 aa  216  7e-55  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1518  peptide ABC transporter, peptide-binding protein  29.7 
 
 
538 aa  216  8e-55  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000374669  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2761  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  31.06 
 
 
524 aa  215  1.9999999999999998e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0902479  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3005  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  32.1 
 
 
488 aa  214  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.441724 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0062  ABC nickel transporter, periplasmic ligand binding protein  29.8 
 
 
511 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3342  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  32.1 
 
 
524 aa  209  1e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2033  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  31.3 
 
 
530 aa  204  3e-51  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1321  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  30.11 
 
 
513 aa  202  9e-51  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000477414  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2277  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding  31.2 
 
 
553 aa  198  2.0000000000000003e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0883096  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6076  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  28.51 
 
 
524 aa  197  3e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.814144  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2032  ABC transporter, periplasmic binding protein  28.11 
 
 
524 aa  195  1e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.662418  normal  0.30348 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0020  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  27.93 
 
 
539 aa  190  5.999999999999999e-47  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.00232018  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  29.29 
 
 
516 aa  189  1e-46  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0365  extracellular solute-binding protein family 5  28.49 
 
 
517 aa  187  6e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0450  extracellular solute-binding protein family 5  27.72 
 
 
519 aa  186  1.0000000000000001e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.15126 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3973  extracellular solute-binding protein family 5  29.01 
 
 
549 aa  182  1e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0210  extracellular solute-binding protein  28.98 
 
 
512 aa  181  2e-44  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0873116  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1189  extracellular solute-binding protein  27.88 
 
 
525 aa  182  2e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0440454  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1032  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  28.46 
 
 
544 aa  179  1e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000591223  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2372  peptide ABC transporter, peptide-binding protein  27.41 
 
 
532 aa  179  2e-43  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2543  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  26.89 
 
 
532 aa  176  9.999999999999999e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0657942  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2494  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  26.89 
 
 
532 aa  176  9.999999999999999e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0259695  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5619  extracellular solute-binding protein  27.46 
 
 
526 aa  176  9.999999999999999e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.4089  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0645  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  26.79 
 
 
524 aa  173  9e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1284  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  27.15 
 
 
545 aa  171  3e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000669385  normal 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1771  extracellular solute-binding protein family 5  29.04 
 
 
547 aa  168  2e-40  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3677  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.82 
 
 
520 aa  168  2.9999999999999998e-40  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.969921  normal  0.0940549 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0689  extracellular solute-binding protein family 5  29.04 
 
 
544 aa  166  1.0000000000000001e-39  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  26.03 
 
 
520 aa  163  7e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  28.04 
 
 
519 aa  162  2e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  26.09 
 
 
535 aa  161  3e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2347  extracellular solute-binding protein  27.77 
 
 
516 aa  160  6e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.33855  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  26.18 
 
 
534 aa  157  5.0000000000000005e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0391  extracellular solute-binding protein  28.32 
 
 
522 aa  156  9e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  25.47 
 
 
509 aa  155  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0337  extracellular solute-binding protein family 5  29.55 
 
 
521 aa  154  4e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3566  dipeptide/oligopeptide-binding protein  28.25 
 
 
562 aa  154  4e-36  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.672958  normal  0.0864129 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3603  extracellular solute-binding protein family 5  28.52 
 
 
542 aa  154  5e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3678  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.88 
 
 
525 aa  153  1e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0885273 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4615  4-phytase  26.2 
 
 
502 aa  151  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  25.59 
 
 
531 aa  150  5e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3131  extracellular solute-binding protein  27.18 
 
 
508 aa  149  2.0000000000000003e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.792469  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2645  4-phytase  25.19 
 
 
532 aa  149  2.0000000000000003e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.292677  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  27.94 
 
 
505 aa  148  3e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1686  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  25.43 
 
 
516 aa  147  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2382  peptide ABC transporter  25.21 
 
 
560 aa  145  1e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18790  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.72 
 
 
540 aa  145  2e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00232176  normal  0.206883 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  24.54 
 
 
528 aa  144  4e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2170  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
516 aa  144  5e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.233404  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  24.06 
 
 
540 aa  143  7e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01445  D-ala-D-a la transporter subunit  25 
 
 
516 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1572  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  24.78 
 
 
516 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  23.03 
 
 
521 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  23.03 
 
 
521 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  23.03 
 
 
521 aa  143  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  23.03 
 
 
521 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1058  extracellular solute-binding protein  26.1 
 
 
563 aa  143  9.999999999999999e-33  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.271211 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1988  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  24.57 
 
 
505 aa  142  9.999999999999999e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.693495  normal  0.584075 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  23.03 
 
 
521 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1605  extracellular solute-binding protein  27.29 
 
 
595 aa  142  9.999999999999999e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2160  extracellular solute-binding protein family 5  25 
 
 
516 aa  142  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0024579  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2099  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  24.78 
 
 
516 aa  142  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0207  extracellular solute-binding protein  26.15 
 
 
567 aa  141  3e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1750  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  24.78 
 
 
516 aa  141  3e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.843018  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2116  hypothetical protein  25.15 
 
 
510 aa  141  3e-32  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  26.11 
 
 
524 aa  141  3.9999999999999997e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2920  extracellular solute-binding protein family 5  25.3 
 
 
515 aa  140  4.999999999999999e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0247  oligopeptide ABC transporter, substrate-binding protein, putative  26.93 
 
 
567 aa  140  7e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.460021  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  25.21 
 
 
510 aa  140  7e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0265  oligopeptide-binding protein OppA  26.57 
 
 
566 aa  139  1e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1135  4-phytase  25.16 
 
 
520 aa  138  2e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00134056  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  27.16 
 
 
565 aa  137  5e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1599  extracellular solute-binding protein family 5  26.11 
 
 
535 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.525219 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  23.18 
 
 
539 aa  135  9.999999999999999e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1273  extracellular solute-binding protein family 5  23.85 
 
 
593 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0219  extracellular solute-binding protein  26.96 
 
 
575 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5070  extracellular solute-binding protein  25.54 
 
 
495 aa  135  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.27843  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  27.15 
 
 
510 aa  135  1.9999999999999998e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0218  extracellular solute-binding protein  25.46 
 
 
537 aa  134  3e-30  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.219975  normal  0.837771 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2012  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  25.39 
 
 
545 aa  134  3e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1531  extracellular solute-binding protein family 5  25.1 
 
 
531 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0248  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein, putative  25.52 
 
 
575 aa  134  6e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0231  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  25.52 
 
 
555 aa  133  6.999999999999999e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>