More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCA2725 on replicon NC_002977
Organism: Methylococcus capsulatus str. Bath



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002977  MCA2725  NAD-reducing hydrogenase, gamma subunit  100 
 
 
243 aa  502  1e-141  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.006537  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1671  hydrogen dehydrogenase  66.52 
 
 
245 aa  331  7.000000000000001e-90  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0980  ferredoxin  64.35 
 
 
235 aa  318  6e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2248  ferredoxin  64.6 
 
 
243 aa  307  1.0000000000000001e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0185475  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1216  hydrogen dehydrogenase  56.12 
 
 
433 aa  291  7e-78  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0473732 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3857  hydrogen dehydrogenase  59.11 
 
 
240 aa  288  4e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1461  ferredoxin  60.34 
 
 
234 aa  287  1e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.544429 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0529  putative NADH dehydrogenase subunit  61.23 
 
 
246 aa  286  2e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.243128  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2750  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  51.56 
 
 
240 aa  239  2.9999999999999997e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4115  hydrogen dehydrogenase  42.98 
 
 
239 aa  192  5e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.178174  normal  0.335137 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1523  ferredoxin  42.48 
 
 
236 aa  186  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000171825  hitchhiker  0.00403982 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4164  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  39.62 
 
 
238 aa  163  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0097  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  37.39 
 
 
238 aa  155  4e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0094  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  37.39 
 
 
238 aa  155  5.0000000000000005e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.604003 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3541  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  35.86 
 
 
235 aa  155  6e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1366  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  36.29 
 
 
235 aa  154  2e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4051  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  36.96 
 
 
238 aa  153  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0848168 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2478  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  36.73 
 
 
235 aa  151  8.999999999999999e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0927823  normal  0.689692 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4657  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  33.78 
 
 
238 aa  150  2e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1111  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  35.84 
 
 
238 aa  145  7.0000000000000006e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.592876  normal  0.501453 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0076  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site  33.96 
 
 
559 aa  142  4e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.75307  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2720  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  32.34 
 
 
238 aa  141  7e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2557  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  35.19 
 
 
238 aa  141  9.999999999999999e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.379328  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0110  molybdopterin oxidoreductase  35.89 
 
 
998 aa  136  3.0000000000000003e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4258  NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit G, iron-sulfur-binding protein  35.38 
 
 
226 aa  135  5e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.27815  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2100  ferredoxin  36.63 
 
 
609 aa  135  7.000000000000001e-31  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.624892  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2714  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  33.33 
 
 
239 aa  134  1.9999999999999998e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2793  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  34.29 
 
 
240 aa  130  1.0000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.30068  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2312  formate dehydrogenase subunit alpha  35.27 
 
 
899 aa  130  2.0000000000000002e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0941024  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0156  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.06 
 
 
898 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2705  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  33.18 
 
 
355 aa  130  2.0000000000000002e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.223751 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3504  ferredoxin  33.18 
 
 
312 aa  128  7.000000000000001e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1888  ferredoxin  35.96 
 
 
307 aa  127  1.0000000000000001e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1856  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  32.85 
 
 
351 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1861  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.86 
 
 
978 aa  126  3e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0167  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.33 
 
 
886 aa  125  4.0000000000000003e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0530728  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0030  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  32.52 
 
 
359 aa  125  6e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00062453  normal  0.73393 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3509  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.06 
 
 
905 aa  125  8.000000000000001e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.434543  normal  0.526227 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0334  NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G, iron-sulphur binding protein  37.32 
 
 
826 aa  124  2e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0785  NADH dehydrogenase I chain G  33.17 
 
 
353 aa  123  2e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1080  NAD-dependent formate dehydrogenase, alpha subunit  32.47 
 
 
960 aa  123  3e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0895  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.02 
 
 
983 aa  123  3e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.99873  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3019  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.59 
 
 
957 aa  122  4e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0724  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.08 
 
 
948 aa  122  4e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.696908  normal  0.792249 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0907  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.11 
 
 
983 aa  122  4e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.979482  decreased coverage  0.00925571 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4645  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.64 
 
 
948 aa  122  6e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4144  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.11 
 
 
983 aa  122  7e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.110494  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0100  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.48 
 
 
893 aa  121  8e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000102152  hitchhiker  0.000000000000206048 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2853  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.03 
 
 
960 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.771386 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0835  anaerobic dehydrogenase  33.33 
 
 
305 aa  121  9.999999999999999e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2138  hydrogenase, Fe-only  32.3 
 
 
581 aa  120  9.999999999999999e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000865974  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0805  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.57 
 
 
948 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.624345  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2741  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.03 
 
 
960 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.313061 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0673  molybdopterin oxidoreductase  33.18 
 
 
822 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.01358e-20 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0720  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.16 
 
 
949 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0386  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.01 
 
 
917 aa  120  1.9999999999999998e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.118073  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0727  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.16 
 
 
979 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0216931  normal  0.398444 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0990  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.56 
 
 
983 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.656443 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0552  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.21 
 
 
983 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.918724  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1031  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.21 
 
 
983 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.52357  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1538  molybdopterin oxidoreductase  33.01 
 
 
879 aa  120  3e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3132  molybdopterin oxidoreductase  32.24 
 
 
815 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2366  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.2 
 
 
983 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.739285 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0623  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.96 
 
 
948 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.816724  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0389  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.79 
 
 
944 aa  119  6e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06330  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 75 kDa subunit  31.22 
 
 
578 aa  118  7e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00021405  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3023  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.03 
 
 
982 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0162015  normal  0.0152175 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0964  NAD-dependent formate dehydrogenase, alpha subunit  35.03 
 
 
982 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.133867  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3639  molybdopterin oxidoreductase  31.1 
 
 
843 aa  118  9e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.424964  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2303  hydrogenase, Fe-only  30.43 
 
 
562 aa  117  9.999999999999999e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0634  ferredoxin  34.76 
 
 
468 aa  117  9.999999999999999e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1629  ferredoxin  34.76 
 
 
468 aa  117  9.999999999999999e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3187  ferredoxin  34.76 
 
 
468 aa  117  9.999999999999999e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4998  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.95 
 
 
953 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.217845  hitchhiker  0.000835215 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3022  Fe(III) reductase, alpha subunit  34.32 
 
 
831 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1717  Iron hydrogenase, small subunit  33.8 
 
 
573 aa  117  1.9999999999999998e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.118526  normal  0.410336 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2383  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.59 
 
 
959 aa  117  1.9999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0255  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.76 
 
 
952 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0971632  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1622  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.06 
 
 
984 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.437101  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3507  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.02 
 
 
893 aa  115  3.9999999999999997e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3710  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  34.25 
 
 
977 aa  115  5e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.749683  normal  0.699855 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0031  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.46 
 
 
1000 aa  115  5e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1367  hydrogenase large subunit  29.21 
 
 
645 aa  115  6e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1391  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.46 
 
 
947 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2750  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.59 
 
 
969 aa  115  6.9999999999999995e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0453604 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1319  hydrogenase large subunit  29.21 
 
 
645 aa  115  7.999999999999999e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0660  molybdopterin oxidoreductase  31.28 
 
 
822 aa  115  8.999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.672989  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0147  [Fe] hydrogenase, large subunit HymC, putative  31.86 
 
 
573 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3777  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site  31.9 
 
 
310 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000710786  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2558  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.41 
 
 
973 aa  114  1.0000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.779669  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2274  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.37 
 
 
956 aa  114  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.217783 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2595  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.6 
 
 
984 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.619743  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0967  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.6 
 
 
984 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0450  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.6 
 
 
984 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.858013  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3012  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  31.6 
 
 
984 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.467116  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3479  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.46 
 
 
946 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.389807 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0224  hydrogenase, Fe-only  32.35 
 
 
573 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2897  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.98 
 
 
959 aa  113  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.30865  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0236  hydrogenase, Fe-only  30 
 
 
586 aa  114  2.0000000000000002e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.660897  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0180  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.6 
 
 
984 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>