246 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCA2354 on replicon NC_002977
Organism: Methylococcus capsulatus str. Bath



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002977  MCA2354  ribosomal protein L30  100 
 
 
61 aa  122  2e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.230884  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0078  50S ribosomal protein L30  63.33 
 
 
60 aa  77.4  0.00000000000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0903493  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2151  ribosomal protein L30  66.07 
 
 
59 aa  77  0.00000000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0556857  normal  0.316331 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0977  50S ribosomal protein L30P  57.63 
 
 
61 aa  75.5  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00293682  hitchhiker  0.00137611 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2306  50S ribosomal protein L30  62.71 
 
 
62 aa  74.7  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.173673  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0855  50S ribosomal protein L30  63.64 
 
 
58 aa  73.9  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.342105  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09030  50S ribosomal protein L30  63.64 
 
 
58 aa  73.9  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0258453  normal  0.264293 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4672  ribosomal protein L30  56.67 
 
 
60 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000104117  unclonable  0.00000000820737 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0313  ribosomal protein L30  66.67 
 
 
65 aa  72.4  0.000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00845621  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0444  50S ribosomal protein L30  55.17 
 
 
59 aa  72.4  0.000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000247564  hitchhiker  0.000093478 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0166  50S ribosomal protein L30  57.38 
 
 
62 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000187774  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3891  50S ribosomal protein L30  62.5 
 
 
59 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000029695  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001724  LSU ribosomal protein L30p (L7e)  64.29 
 
 
58 aa  72  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000860316  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0476  50S ribosomal protein L30P  61.02 
 
 
62 aa  72  0.000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0176  ribosomal protein L30  56.67 
 
 
60 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000191615  hitchhiker  0.000355415 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2156  50S ribosomal protein L30  62.5 
 
 
58 aa  71.6  0.000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000499402  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00748  50S ribosomal protein L30  62.5 
 
 
58 aa  71.6  0.000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0212  50S ribosomal protein L30  58.33 
 
 
60 aa  71.2  0.000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00049871  hitchhiker  0.00666763 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0619  ribosomal protein L30  56.14 
 
 
61 aa  70.5  0.000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.191878  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0217  50S ribosomal protein L30  56.67 
 
 
60 aa  70.5  0.000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000105847  unclonable  0.0000000000126926 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0217  50S ribosomal protein L30  56.67 
 
 
60 aa  70.5  0.000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000799433  hitchhiker  0.000000000956055 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0423  50S ribosomal protein L30  61.4 
 
 
59 aa  69.7  0.00000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0858998  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0231  50S ribosomal protein L30  59.65 
 
 
59 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000564159  unclonable  0.00000731174 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3804  ribosomal protein L30  60.66 
 
 
61 aa  69.7  0.00000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00029637  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03153  50S ribosomal protein L30  61.4 
 
 
59 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00272403  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0411  ribosomal protein L30  61.4 
 
 
59 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000158772  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3785  50S ribosomal protein L30  61.4 
 
 
59 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000084288  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3597  50S ribosomal protein L30  61.4 
 
 
59 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0159663  normal  0.022282 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0411  50S ribosomal protein L30  61.4 
 
 
59 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000870321  hitchhiker  0.00000243699 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03104  hypothetical protein  61.4 
 
 
59 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00160317  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3496  50S ribosomal protein L30  61.4 
 
 
59 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000235964  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0341  50S ribosomal protein L30  59.65 
 
 
59 aa  69.3  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00191247  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0502  50S ribosomal protein L30  53.45 
 
 
59 aa  69.3  0.00000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000181767  normal  0.0669565 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3687  50S ribosomal protein L30  61.4 
 
 
59 aa  69.3  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000288891  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4625  50S ribosomal protein L30  61.4 
 
 
59 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000160254  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3983  50S ribosomal protein L30  59.65 
 
 
59 aa  69.3  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.234859  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4038  50S ribosomal protein L30  55 
 
 
60 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000117775  unclonable  0.00000000000200607 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0249  50S ribosomal protein L30  55 
 
 
60 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0214  50S ribosomal protein L30  55 
 
 
60 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000115518  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3741  50S ribosomal protein L30  55 
 
 
60 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000000717278  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0439  50S ribosomal protein L30P  55.93 
 
 
61 aa  68.6  0.00000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.188702  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06430  50S ribosomal protein L30  61.82 
 
 
58 aa  68.2  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.340792  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0218  50S ribosomal protein L30  55 
 
 
60 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000314653  hitchhiker  0.0000935583 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0840  50S ribosomal protein L30  59.65 
 
 
62 aa  68.6  0.00000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4152  50S ribosomal protein L30  55 
 
 
60 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000726837  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0341  ribosomal protein L30  58.18 
 
 
63 aa  68.6  0.00000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000260811  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0472  50S ribosomal protein L30  58.18 
 
 
58 aa  67.8  0.00000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291193  hitchhiker  0.00000269713 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0502  50S ribosomal protein L30  58.18 
 
 
58 aa  67.8  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000122641  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3618  50S ribosomal protein L30  57.89 
 
 
59 aa  68.2  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0118319  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3691  50S ribosomal protein L30  57.89 
 
 
59 aa  68.2  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0510411  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3618  50S ribosomal protein L30  57.89 
 
 
59 aa  68.2  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00151537  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3726  50S ribosomal protein L30  57.89 
 
 
59 aa  68.2  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.990578  normal  0.0950772 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3789  50S ribosomal protein L30  57.89 
 
 
59 aa  68.2  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.143721  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0505  50S ribosomal protein L30  58.18 
 
 
58 aa  67.8  0.00000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00113735  normal  0.0573997 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3506  ribosomal protein L30  56.36 
 
 
58 aa  67  0.00000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000460865  hitchhiker  0.000000075211 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0188  50S ribosomal protein L30  55.93 
 
 
60 aa  67  0.00000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000158011  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0507  50S ribosomal protein L30  53.45 
 
 
59 aa  66.6  0.0000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0161189  hitchhiker  0.00326303 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0423  50S ribosomal protein L30  58.93 
 
 
61 aa  65.9  0.0000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.60192  normal  0.209018 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0301  50S ribosomal protein L30  57.89 
 
 
59 aa  65.9  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000735954  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0338  50S ribosomal protein L30  54.39 
 
 
59 aa  65.9  0.0000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00211446  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3733  50S ribosomal protein L30  56.14 
 
 
59 aa  65.5  0.0000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000176157  hitchhiker  0.00372314 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3896  50S ribosomal protein L30  57.89 
 
 
59 aa  65.9  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000209135  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4526  50S ribosomal protein L30  57.89 
 
 
59 aa  66.2  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000879323  hitchhiker  0.000148464 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4731  50S ribosomal protein L30  54.55 
 
 
58 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000152085  normal  0.600234 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5061  50S ribosomal protein L30  54.55 
 
 
58 aa  65.1  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000009319  normal  0.126935 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3320  50S ribosomal protein L30  52.54 
 
 
60 aa  65.1  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00901204  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0737  50S ribosomal protein L30  55.93 
 
 
62 aa  65.1  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000491198  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0355  50S ribosomal protein L30  57.89 
 
 
63 aa  64.3  0.0000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000066194  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1836  50S ribosomal protein L30  57.89 
 
 
63 aa  64.3  0.0000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.279591  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0644  ribosomal protein L30  52.73 
 
 
58 aa  62.8  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104733  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4530  50S ribosomal protein L30  52.73 
 
 
58 aa  62.8  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0070404  normal  0.197222 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0297  50S ribosomal protein L30P  57.41 
 
 
65 aa  63.2  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.00000000000859668  hitchhiker  0.00000207421 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0391  50S ribosomal protein L30  50.88 
 
 
60 aa  60.5  0.000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.000847959  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0346  ribosomal protein L30  51.72 
 
 
60 aa  60.5  0.000000007  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0149627  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0399  50S ribosomal protein L30  50.88 
 
 
60 aa  60.5  0.000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.894889  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2307  50S ribosomal protein L30  50.88 
 
 
60 aa  60.1  0.000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.227659  normal  0.382346 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0515  50S ribosomal protein L30  53.45 
 
 
61 aa  59.7  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0181031  unclonable  0.0000000000137591 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0345  50S ribosomal protein L30  53.45 
 
 
61 aa  59.7  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00956  50S ribosomal protein L30  50 
 
 
59 aa  59.7  0.00000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0648954  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4225  ribosomal protein L30  52.63 
 
 
60 aa  59.7  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00829354  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2984  ribosomal protein L30  56.14 
 
 
61 aa  59.7  0.00000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.368791  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0332  50S ribosomal protein L30  51.72 
 
 
60 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00936849  decreased coverage  0.00323406 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2696  50S ribosomal protein L30  60 
 
 
57 aa  60.1  0.00000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2381  50S ribosomal protein L30  60 
 
 
57 aa  60.1  0.00000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3626  50S ribosomal protein L30  51.72 
 
 
60 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000585179  hitchhiker  0.0000000000133791 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3161  50S ribosomal protein L30  51.72 
 
 
60 aa  59.3  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00158521  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2932  50S ribosomal protein L30  51.72 
 
 
60 aa  58.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000405636 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3299  50S ribosomal protein L30  51.72 
 
 
60 aa  58.9  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0619  50S ribosomal protein L30  49.12 
 
 
60 aa  59.3  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.268532  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3279  50S ribosomal protein L30  51.72 
 
 
60 aa  58.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0271147  hitchhiker  0.00015076 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2137  50S ribosomal protein L30P  53.57 
 
 
61 aa  58.5  0.00000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0274633  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0345  50S ribosomal protein L30  50 
 
 
60 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.123094  normal  0.0645299 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3465  50S ribosomal protein L30  50 
 
 
60 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0155512  normal  0.071059 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0267  50S ribosomal protein L30  50 
 
 
63 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.16996  hitchhiker  0.00743529 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2741  50S ribosomal protein L30  50 
 
 
60 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0301719  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0285  50S ribosomal protein L30  50 
 
 
60 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.104363  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0366  50S ribosomal protein L30  50 
 
 
60 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.139804  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1040  50S ribosomal protein L30  50.88 
 
 
60 aa  58.2  0.00000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.127741  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1633  ribosomal protein L30  51.85 
 
 
61 aa  58.2  0.00000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0294  50S ribosomal protein L30  50 
 
 
60 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000487608  normal  0.0630356 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>