More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCA1583 on replicon NC_002977
Organism: Methylococcus capsulatus str. Bath



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002977  MCA1583  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 472 aa  928    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2195  diguanylate cyclase  31.22 
 
 		 496 aa  151  3e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.741232  normal  0.445673 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  25.11 
 
 		 487 aa  142  9.999999999999999e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  30.74 
 
 		 559 aa  134  3e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  37.29 
 
 		 424 aa  126  8.000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0381  hypothetical protein  46.01 
 
 		 323 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1272  diguanylate cyclase  40.41 
 
 		 632 aa  125  1e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0623275  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03790  sensory box GGDEF domain-containing protein  46.54 
 
 		 323 aa  126  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.228486 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.42 
 
 		 512 aa  125  2e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3248  diguanylate cyclase  32.85 
 
 		 420 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  32.49 
 
 		 794 aa  121  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  35.54 
 
 		 612 aa  121  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5305  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.57 
 
 		 814 aa  121  3e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  43.93 
 
 		 525 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3344  signal transduction protein  28.25 
 
 		 1055 aa  120  6e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0187  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.51 
 
 		 469 aa  119  7.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1820  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 443 aa  119  9e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2187  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  36.14 
 
 		 593 aa  119  9e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.1316 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1630  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.72 
 
 		 739 aa  119  9.999999999999999e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.654587 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4996  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.03 
 
 		 328 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.445077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  40.66 
 
 		 408 aa  119  9.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  29.11 
 
 		 364 aa  118  1.9999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2154  GGDEF  35.68 
 
 		 411 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 583 aa  119  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0417  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.02 
 
 		 853 aa  118  3e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  42.77 
 
 		 525 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1119  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 325 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.282481  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  41.1 
 
 		 1000 aa  116  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.02 
 
 		 1093 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.260436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 1774 aa  115  2.0000000000000002e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  45.78 
 
 		 746 aa  115  2.0000000000000002e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.895122  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.13 
 
 		 730 aa  114  3e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  35.68 
 
 		 601 aa  114  3e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.51 
 
 		 342 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.44 
 
 		 769 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0011  putative PAS/PAC sensor protein  34.05 
 
 		 526 aa  114  4.0000000000000004e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.140902  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  37.44 
 
 		 614 aa  114  5e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0708  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.49 
 
 		 553 aa  114  5e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  41.51 
 
 		 247 aa  113  6e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0588  hypothetical protein  44.79 
 
 		 903 aa  113  7.000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.36 
 
 		 342 aa  113  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2332  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  35.63 
 
 		 960 aa  113  7.000000000000001e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1751  diguanylate cyclase  37.27 
 
 		 389 aa  113  8.000000000000001e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000123921  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0216  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.36 
 
 		 328 aa  113  9e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00586587 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.04 
 
 		 438 aa  113  9e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  43.23 
 
 		 680 aa  113  9e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  32.56 
 
 		 821 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0604  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.99 
 
 		 700 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0638  diguanylate cyclase  35.6 
 
 		 737 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0991066 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 611 aa  112  1.0000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2594  diguanylate cyclase  35.74 
 
 		 582 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  33.11 
 
 		 381 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1138  GGDEF/EAL domain-containing protein  36.4 
 
 		 637 aa  111  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3954  PAS:GGDEF:hemerythrin HHE cation binding region  37.27 
 
 		 667 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.567366  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3863  diguanylate cyclase  36.61 
 
 		 426 aa  112  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1762  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.67 
 
 		 1032 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0679  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  41.36 
 
 		 684 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3576  diguanylate cyclase  30.98 
 
 		 484 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1356  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.07 
 
 		 399 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.305567 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 387 aa  111  3e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2394  GGDEF domain-containing protein  33.66 
 
 		 415 aa  111  3e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4172  GGDEF domain-containing protein  39.61 
 
 		 431 aa  111  3e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0304  sensory box/GGDEF domain protein  40 
 
 		 332 aa  111  3e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0697  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 264 aa  111  3e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.184616  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3143  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  36.68 
 
 		 786 aa  111  3e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.661256  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3310  diguanylate cyclase  32.32 
 
 		 396 aa  111  3e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  37.82 
 
 		 464 aa  111  3e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  41.89 
 
 		 381 aa  111  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3190  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 852 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.43423  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0581  GGDEF domain-containing protein  37.42 
 
 		 625 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.916714  normal  0.0449396 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.27 
 
 		 438 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000169909  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0538  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 381 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1139  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.29 
 
 		 883 aa  110  5e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.00209756  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39460  guanylyl cyclase  41.67 
 
 		 415 aa  110  6e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0823  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.3 
 
 		 755 aa  110  6e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  33.24 
 
 		 378 aa  110  6e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.77 
 
 		 743 aa  110  7.000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.116694  normal  0.658047 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0760  diguanylate cyclase  28.54 
 
 		 495 aa  110  7.000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.126237  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4847  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.51 
 
 		 681 aa  110  7.000000000000001e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 373 aa  110  8.000000000000001e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0896  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.07 
 
 		 397 aa  110  8.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.225893  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1378  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.07 
 
 		 397 aa  110  8.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.696057  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 350 aa  109  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2264  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  34.38 
 
 		 719 aa  109  9.000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000689674  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2463  diguanylate cyclase  36.98 
 
 		 637 aa  109  9.000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.244329  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4922  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40 
 
 		 617 aa  109  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.051397 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  37.79 
 
 		 517 aa  109  1e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.47 
 
 		 301 aa  109  1e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3953  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  35.06 
 
 		 474 aa  108  2e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000778513 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0190  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 329 aa  108  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2728  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.2 
 
 		 858 aa  108  2e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 470 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5430  diguanylate cyclase  39.23 
 
 		 603 aa  108  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.406809  normal  0.544805 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.26 
 
 		 720 aa  108  2e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.559949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2203  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.79 
 
 		 554 aa  108  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0309516  normal  0.310474 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.44 
 
 		 884 aa  108  3e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.39821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  36.04 
 
 		 559 aa  107  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  31.86 
 
 		 556 aa  108  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  27.25 
 
 		 476 aa  108  3e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1469  HD-GYP domain-containing protein  31.91 
 
 		 803 aa  108  3e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>