More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCA1449 on replicon NC_002977
Organism: Methylococcus capsulatus str. Bath



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002977  MCA1449  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  100 
 
 
373 aa  781    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0775464  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2623  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  65.31 
 
 
385 aa  516  1.0000000000000001e-145  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5162  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  60.66 
 
 
379 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.426022 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3249  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  60.11 
 
 
379 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.384282  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5119  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  60.11 
 
 
379 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.830153  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5901  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  60.11 
 
 
374 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.630073 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0292  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  57.91 
 
 
386 aa  466  9.999999999999999e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.876947 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1680  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  58.24 
 
 
397 aa  465  9.999999999999999e-131  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.725852 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6168  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  60.78 
 
 
374 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0169631  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5161  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  58.76 
 
 
379 aa  462  1e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.164353 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6512  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  57.33 
 
 
405 aa  464  1e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.397453  normal  0.0847554 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0401  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  60.11 
 
 
376 aa  461  1e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0376  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  60.11 
 
 
376 aa  460  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0405  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  60.11 
 
 
386 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2470  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  59.35 
 
 
407 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.616066 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0509  coenzyme PQQ synthesis protein E  57.81 
 
 
389 aa  456  1e-127  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4674  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  58.36 
 
 
389 aa  457  1e-127  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4827  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  59.18 
 
 
382 aa  457  1e-127  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.900722 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0729  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  59.17 
 
 
380 aa  452  1.0000000000000001e-126  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.701014  normal  0.10573 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0857  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  57.3 
 
 
378 aa  449  1e-125  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5965  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  60.22 
 
 
387 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0233125 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1969  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  58.54 
 
 
384 aa  442  1e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.046264  normal  0.222604 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1782  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  57.65 
 
 
389 aa  441  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.449437  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0248  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  58.79 
 
 
386 aa  441  1e-123  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239329 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1702  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  55.92 
 
 
375 aa  439  9.999999999999999e-123  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.475579 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41640  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  58.47 
 
 
383 aa  439  9.999999999999999e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.177576  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4038  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  56.79 
 
 
370 aa  436  1e-121  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.107289  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2492  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  55.23 
 
 
400 aa  435  1e-121  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.250234  normal  0.0827229 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2249  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  58.43 
 
 
371 aa  432  1e-120  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0357225  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38780  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  56.57 
 
 
381 aa  432  1e-120  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2098  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  54.42 
 
 
400 aa  431  1e-119  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.456256  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3053  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  57.26 
 
 
385 aa  429  1e-119  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3305  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  56.45 
 
 
370 aa  430  1e-119  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.829454  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2836  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  55.96 
 
 
381 aa  422  1e-117  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2588  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  60.06 
 
 
414 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0973479  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2456  coenzyme PQQ biosynthesis protein E  56.59 
 
 
370 aa  389  1e-107  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152479  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2033  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  52.2 
 
 
395 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0454  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  52.12 
 
 
368 aa  388  1e-106  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6304  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  49.73 
 
 
398 aa  378  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2161  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  49.86 
 
 
392 aa  371  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.601943  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2175  coenzyme PQQ biosynthesis protein E  51.8 
 
 
350 aa  366  1e-100  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.842186  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0883  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  48.63 
 
 
399 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3319  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  50.86 
 
 
381 aa  365  1e-100  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.328193 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1151  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  51.63 
 
 
373 aa  361  1e-98  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00861011 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3419  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  49.18 
 
 
414 aa  360  2e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.058581  normal  0.446493 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0081  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  50.86 
 
 
373 aa  360  3e-98  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2446  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  48.72 
 
 
380 aa  352  8.999999999999999e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.121554  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0689  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  48.1 
 
 
389 aa  349  4e-95  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.62446  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0790  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  48.15 
 
 
380 aa  345  6e-94  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0390  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.74 
 
 
380 aa  345  1e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.52753  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2359  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.67 
 
 
378 aa  345  1e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0848  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.53 
 
 
371 aa  338  9.999999999999999e-92  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1769  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.38 
 
 
384 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.866742 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1817  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.38 
 
 
384 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2153  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.38 
 
 
384 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.666004  normal  0.11423 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1799  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.18 
 
 
391 aa  336  2.9999999999999997e-91  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.125674  normal  0.916048 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3915  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.34 
 
 
375 aa  330  4e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0516  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.88 
 
 
381 aa  325  5e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1978  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.77 
 
 
372 aa  323  4e-87  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.633092  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5988  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.89 
 
 
379 aa  319  6e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.257809  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5768  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.89 
 
 
379 aa  318  1e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.922128  normal  0.949586 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01588  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  42.48 
 
 
372 aa  306  4.0000000000000004e-82  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.150744  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1588  Radical SAM domain protein  27.98 
 
 
361 aa  144  2e-33  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.362725  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  27.79 
 
 
346 aa  125  8.000000000000001e-28  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  28.12 
 
 
358 aa  125  2e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  27.37 
 
 
349 aa  123  7e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1728  Radical SAM domain protein  28.49 
 
 
380 aa  119  7e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1215  Radical SAM domain protein  29.15 
 
 
367 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.154309  hitchhiker  0.00000759697 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  26.37 
 
 
479 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4322  radical SAM family protein  29.45 
 
 
359 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.57 
 
 
397 aa  113  6e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1180  radical SAM domain-containing protein  29.64 
 
 
418 aa  112  9e-24  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.832103  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  25.66 
 
 
359 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1767  radical SAM domain-containing protein  28.19 
 
 
333 aa  109  6e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.186252  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  25.07 
 
 
561 aa  109  6e-23  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  24.85 
 
 
405 aa  108  1e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0031  Radical SAM domain protein  29.1 
 
 
372 aa  108  1e-22  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.082628  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  26.7 
 
 
501 aa  108  1e-22  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  25.07 
 
 
363 aa  108  2e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  24.43 
 
 
414 aa  107  4e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2352  Radical SAM domain protein  26.36 
 
 
565 aa  106  5e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3559  radical SAM domain-containing protein  27.58 
 
 
347 aa  105  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.152847  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  28.06 
 
 
325 aa  105  1e-21  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0071  Radical SAM domain protein  26.69 
 
 
428 aa  104  2e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  25.2 
 
 
496 aa  104  2e-21  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0350  radical SAM domain-containing protein  30.07 
 
 
359 aa  104  2e-21  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.156548  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  25.93 
 
 
373 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2134  radical SAM domain-containing protein  27.33 
 
 
491 aa  103  5e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1157  radical SAM domain-containing protein  27.33 
 
 
491 aa  103  5e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.43485  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1862  radical SAM domain-containing protein  27.33 
 
 
491 aa  103  5e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.27199  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1743  heme biosynthesis protein  27.33 
 
 
491 aa  103  5e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0390  radical SAM domain-containing protein  27.33 
 
 
491 aa  103  5e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0870  radical SAM domain-containing protein  27.33 
 
 
491 aa  103  5e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0298  radical SAM domain-containing protein  27.33 
 
 
491 aa  103  6e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0055  radical SAM domain-containing protein  26.65 
 
 
429 aa  103  7e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1679  Radical SAM domain protein  29.15 
 
 
364 aa  102  1e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.830639 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  25.79 
 
 
377 aa  102  1e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11650  predicted Fe-S oxidoreductase  24.73 
 
 
769 aa  101  2e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.920993 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3454  radical SAM domain-containing protein  24.72 
 
 
356 aa  100  3e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.182301  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5552  radical SAM domain-containing protein  26.86 
 
 
482 aa  101  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.789613 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>