More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCA1123 on replicon NC_002977
Organism: Methylococcus capsulatus str. Bath



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002977  MCA1123  general secretion pathway protein D  100 
 
 		 751 aa  1495    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1309  general secretion pathway protein D  35.32 
 
 		 819 aa  398  1e-109  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0418049  normal  0.0430257 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0678  general secretion pathway protein D  33.9 
 
 		 720 aa  369  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00783707  decreased coverage  0.00018208 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4150  general secretion pathway protein D  36.68 
 
 		 829 aa  363  8e-99  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0456168  hitchhiker  0.0000162446 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0742  type II and III secretion system protein  33.05 
 
 		 773 aa  350  4e-95  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2173  general secretion pathway protein D  33.43 
 
 		 745 aa  349  8e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0779  general secretion pathway protein D  31.69 
 
 		 775 aa  342  2e-92  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.00261901  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2609  putative general secretion pathway protein D  32.76 
 
 		 780 aa  339  9e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3307  general secretion pathway protein D  32.85 
 
 		 763 aa  338  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.335208  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0866  general secretory pathway protein D precursor  31.41 
 
 		 775 aa  338  2.9999999999999997e-91  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00112703  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1277  general secretion pathway protein D  33 
 
 		 751 aa  338  2.9999999999999997e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3010  type II and III secretion system protein  33.96 
 
 		 774 aa  337  5.999999999999999e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.404539 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0556  general secretion pathway protein D  32.1 
 
 		 733 aa  333  6e-90  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.234016  normal  0.128846 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2098  general secretion pathway protein D  32.62 
 
 		 681 aa  324  3e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.103091  normal  0.703642 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1587  general secretion pathway protein D  30.95 
 
 		 801 aa  309  1.0000000000000001e-82  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.089404 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3067  general secretion pathway protein D  30.24 
 
 		 803 aa  299  1e-79  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0574712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1518  general secretion pathway protein D  31.02 
 
 		 772 aa  296  8e-79  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.22323  normal  0.534897 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0885  general secretion pathway protein D  31.04 
 
 		 756 aa  273  6e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.741173  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0761  general secretion pathway protein D  43.86 
 
 		 833 aa  237  8e-61  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000306489  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4501  putative general secretory pathway protein D  28.83 
 
 		 814 aa  211  4e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.322148 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7395  general secretion pathway protein D  27.93 
 
 		 717 aa  204  6e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103776  normal  0.699876 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02686  general secretion pathway protein D  34.13 
 
 		 766 aa  192  2e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.91159  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1902  type II and III secretion system protein  26.1 
 
 		 789 aa  191  2.9999999999999997e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0584402  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2106  general secretion pathway protein D  38.38 
 
 		 767 aa  190  1e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.832393  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2529  general secretion pathway protein D  28.13 
 
 		 728 aa  186  2.0000000000000003e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.151487  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1954  type II and III secretion system protein  25 
 
 		 750 aa  184  6e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0109975  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3141  type II and III secretion system protein:NolW-like  35.82 
 
 		 776 aa  179  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.529282  normal  0.96586 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3229  type II and III secretion system protein:NolW-like  27.08 
 
 		 804 aa  178  3e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2771  general secretion pathway protein D  34.78 
 
 		 686 aa  178  4e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.662007  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0909  general secretion pathway protein D  37.45 
 
 		 805 aa  176  9.999999999999999e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.793401 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  26.14 
 
 		 807 aa  170  7e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3020  Type II secretory pathway component PulD-like protein  34.24 
 
 		 696 aa  163  1e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000150174  decreased coverage  0.00000000799268 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1791  general secretion pathway protein D  32.34 
 
 		 784 aa  161  3e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1175  general secretion pathway protein D  38.35 
 
 		 797 aa  159  1e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217594  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  25.47 
 
 		 696 aa  157  9e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2024  general secretion pathway protein D  32.39 
 
 		 779 aa  154  4e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0993324 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1274  type II protein secretion LspD  24.89 
 
 		 791 aa  153  1e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0031  general secretion pathway protein D  34.81 
 
 		 794 aa  151  5e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.412275  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3175  type II and III secretion system protein  23.53 
 
 		 783 aa  150  7e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114854  normal  0.0336738 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  32.7 
 
 		 787 aa  150  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1275  type II protein secretion LspD  24.75 
 
 		 791 aa  149  3e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  32.32 
 
 		 641 aa  147  7.0000000000000006e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4825  putative type II secretion system protein  26.41 
 
 		 803 aa  143  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0565778  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16070  general secretion pathway protein D  30.47 
 
 		 752 aa  143  9.999999999999999e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.14269  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3364  type II and III secretion system protein:NolW-like  32.08 
 
 		 636 aa  142  3e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000168391  normal  0.0105147 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2653  type II and III secretion system protein  23.85 
 
 		 748 aa  141  3.9999999999999997e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  28.35 
 
 		 635 aa  136  9.999999999999999e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  31.29 
 
 		 660 aa  135  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0106048 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3392  type II and III secretion system protein  31.88 
 
 		 783 aa  135  3e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0849213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  30.14 
 
 		 740 aa  135  3.9999999999999996e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3244  type II and III secretion system protein  29.01 
 
 		 781 aa  134  5e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001892  general secretion pathway protein D/type II secretion outermembrane pore forming protein (PulD)  30.75 
 
 		 672 aa  133  1.0000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0329  general secretion pathway protein D, putative  31.13 
 
 		 632 aa  132  3e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.989309  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00601  general secretion pathway protein D  30.63 
 
 		 658 aa  132  3e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  28.86 
 
 		 675 aa  132  3e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0595  general secretion pathway protein D  28.25 
 
 		 630 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.788546  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0388  general secretion pathway protein D  32.48 
 
 		 650 aa  129  3e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0388  general secretion pathway protein D  32.48 
 
 		 654 aa  128  3e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0226374 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0121  type II and III secretion system protein  30.16 
 
 		 705 aa  129  3e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00685103  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1041  general secretion pathway protein D  27.44 
 
 		 799 aa  129  3e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0180927  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1004  general secretion pathway protein D  30.38 
 
 		 640 aa  128  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3519  general secretion pathway protein D  32.12 
 
 		 654 aa  128  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0147755  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  29.93 
 
 		 662 aa  128  4.0000000000000003e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2608  general secretion pathway protein D  31.36 
 
 		 842 aa  128  4.0000000000000003e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.162892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3269  general secretion pathway protein D  30.38 
 
 		 640 aa  127  5e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000207036  hitchhiker  0.00000000000000178028 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0953  general secretion pathway protein D  30.38 
 
 		 640 aa  127  5e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.198389  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2370  general secretion pathway protein D  30.74 
 
 		 670 aa  127  6e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4206  general secretion pathway protein D  29.13 
 
 		 705 aa  127  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.016769  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1299  general secretion pathway protein D  29.75 
 
 		 716 aa  127  1e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4734  general secretion pathway protein D  30.13 
 
 		 714 aa  126  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000953864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0153  general secretion pathway protein D  29.03 
 
 		 705 aa  127  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109917  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3619  general secretion pathway protein D  28.88 
 
 		 707 aa  126  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0440074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0153  general secretion pathway protein D  28.53 
 
 		 706 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0244288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  28.66 
 
 		 738 aa  125  3e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1281  general secretion pathway protein D  28.75 
 
 		 648 aa  125  4e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0144  general secretion pathway protein D  28.71 
 
 		 710 aa  124  5e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0149  general secretion pathway protein D  29.22 
 
 		 704 aa  124  7e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4358  general secretion pathway protein D  29.36 
 
 		 724 aa  124  9e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000917218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3567  general secretion pathway protein D  29.45 
 
 		 703 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000019891  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3236  type II and III secretion system protein  29.07 
 
 		 711 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.284362  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0105  general secretion pathway protein D  28.44 
 
 		 710 aa  124  9.999999999999999e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0166  general secretion pathway protein D  29.45 
 
 		 704 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0542  type II and III secretion system protein  30.75 
 
 		 702 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0156  general secretion pathway protein D  28.57 
 
 		 700 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00486082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0151  general secretion pathway protein D  28.57 
 
 		 700 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.124297  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1329  type II and III secretion system protein  28.88 
 
 		 747 aa  121  4.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0151  general secretion pathway protein D  27.74 
 
 		 702 aa  121  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0216761  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1412  general secretion pathway protein D  27.78 
 
 		 640 aa  120  9e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3247  general secretion pathway protein GspD  30.52 
 
 		 686 aa  120  9e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03956  general secretion pathway protein D  27.52 
 
 		 681 aa  120  9.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0169  type II and III secretion system protein  29.45 
 
 		 703 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000616881  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02838  GspD, hypothetical type II secretion protein  30.72 
 
 		 686 aa  119  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000664316  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3427  general secretion pathway protein D  29.76 
 
 		 686 aa  119  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0003  general secretion pathway protein D  28.72 
 
 		 655 aa  119  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0438473 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  28.9 
 
 		 793 aa  119  1.9999999999999998e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3138  general secretion pathway protein D  29.76 
 
 		 686 aa  119  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2028  general secretion pathway protein D  32.65 
 
 		 658 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.547904  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02788  hypothetical protein  30.72 
 
 		 686 aa  119  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000655056  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40320  secretion protein XqhA  32.18 
 
 		 776 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.386319  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2860  general secretion pathway protein D  28.71 
 
 		 640 aa  119  3e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>