More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCA0517 on replicon NC_002977
Organism: Methylococcus capsulatus str. Bath



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002977  MCA0517  DnaK suppressor protein  100 
 
 
143 aa  297  3e-80  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  70.45 
 
 
154 aa  207  4e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  70.45 
 
 
154 aa  207  4e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5439  suppressor protein DksA  74.05 
 
 
148 aa  205  2e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62490  suppressor protein DksA  74.05 
 
 
148 aa  205  2e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3372  TraR/DksA family transcriptional regulator  74.42 
 
 
145 aa  202  9e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.911345  normal  0.0274052 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3585  TraR/DksA family transcriptional regulator  72.52 
 
 
148 aa  202  1e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.845772 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2286  hypothetical protein  71.76 
 
 
143 aa  202  1e-51  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42640  RNA polymerase binding protein DksA  71.97 
 
 
145 aa  202  1e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.105027  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4011  TraR/DksA family transcriptional regulator  64.34 
 
 
144 aa  202  1e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00055516  normal  0.87616 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3060  TraR/DksA family transcriptional regulator  69.12 
 
 
145 aa  200  4e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0497831  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2259  hypothetical protein  70.99 
 
 
143 aa  200  5e-51  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1032  transcriptional regulator, TraR/DksA family  69.63 
 
 
151 aa  200  5e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.955703  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0276  TraR/DksA family transcriptional regulator  72.44 
 
 
143 aa  200  5e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0879  suppressor protein DksA  69.77 
 
 
145 aa  200  6e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0674  TraR/DksA family transcriptional regulator  67.42 
 
 
146 aa  198  1.9999999999999998e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0835  hypothetical protein  69.7 
 
 
146 aa  198  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00111035 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0127  dnaK suppressor protein  69.53 
 
 
148 aa  198  3e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000295735  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0969  dnaK suppressor protein  69.7 
 
 
146 aa  196  7e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0480379  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0072  TraR/DksA family transcriptional regulator  66.41 
 
 
140 aa  196  7.999999999999999e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000740961  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  68.18 
 
 
150 aa  196  1.0000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2819  RNA polymerase-binding transcription factor  69.77 
 
 
151 aa  195  2.0000000000000003e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.02941  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00144  DNA-binding transcriptional regulator of rRNA transcription, DnaK suppressor protein  70.54 
 
 
151 aa  194  3e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000255742  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3457  transcriptional regulator, TraR/DksA family  70.54 
 
 
151 aa  194  3e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000224053  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002565  C4-type zinc finger protein, DksA/TraR family  69.53 
 
 
148 aa  194  3e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000015142  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0148  RNA polymerase-binding transcription factor  70.54 
 
 
151 aa  194  3e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000273463  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0149  RNA polymerase-binding transcription factor  70.54 
 
 
151 aa  194  3e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000131318  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00143  hypothetical protein  70.54 
 
 
151 aa  194  3e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000224196  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0154  RNA polymerase-binding transcription factor  70.54 
 
 
151 aa  194  3e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0031107  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0136  RNA polymerase-binding transcription factor  70.54 
 
 
151 aa  194  3e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000300013  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3514  RNA polymerase-binding transcription factor  70.54 
 
 
151 aa  194  3e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000935377  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0156  RNA polymerase-binding transcription factor  70.54 
 
 
151 aa  194  3e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000187582  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1032  RNA polymerase-binding transcription factor  69.77 
 
 
151 aa  194  4.0000000000000005e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0218805  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1697  transcriptional regulator, TraR/DksA family  68.7 
 
 
141 aa  194  4.0000000000000005e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000137678  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3114  RNA polymerase-binding transcription factor  68.99 
 
 
151 aa  193  5.000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0231493  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2552  TraR/DksA family transcriptional regulator  68.46 
 
 
140 aa  193  6e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0402144  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3985  RNA polymerase-binding transcription factor  68.99 
 
 
151 aa  193  7e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000239354  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1164  RNA polymerase-binding transcription factor  68.99 
 
 
151 aa  193  7e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00894629  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2605  DnaK suppressor protein  68.22 
 
 
156 aa  193  7e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.422006  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4804  TraR/DksA family transcriptional regulator  64.03 
 
 
147 aa  193  8.000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.178238  hitchhiker  0.00624661 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0214  RNA polymerase-binding transcription factor  68.99 
 
 
151 aa  192  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.748319  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2447  hypothetical protein  64.12 
 
 
141 aa  192  1e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000244827  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0220  RNA polymerase-binding transcription factor  68.99 
 
 
151 aa  192  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000337551  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0203  RNA polymerase-binding transcription factor  68.99 
 
 
151 aa  192  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.292031  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0995  TraR/DksA family transcriptional regulator  69.23 
 
 
144 aa  192  1e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0202  RNA polymerase-binding transcription factor  68.99 
 
 
151 aa  192  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.210967  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2340  TraR/DksA family transcriptional regulator  62.41 
 
 
146 aa  192  1e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.965473 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0218  RNA polymerase-binding transcription factor  68.99 
 
 
151 aa  192  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.236664  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2037  regulator RpoS  62.41 
 
 
146 aa  192  2e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.555499  normal  0.116452 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03446  hypothetical protein  68.75 
 
 
148 aa  192  2e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0685  RNA polymerase-binding transcription factor  68.22 
 
 
151 aa  191  3e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0013378  normal  0.581791 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3937  TraR/DksA family transcriptional regulator  67.97 
 
 
149 aa  191  3e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000139541  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3170  RNA polymerase-binding, DksA  66.67 
 
 
147 aa  191  4e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000043315  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3404  TraR/DksA family transcriptional regulator  65.15 
 
 
147 aa  191  4e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000437132  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3899  TraR/DksA family transcriptional regulator  66.67 
 
 
147 aa  190  5e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000283088  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0114  RNA polymerase-binding protein DksA  62.86 
 
 
147 aa  190  6e-48  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000001721  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3338  RNA polymerase-binding transcription factor  67.44 
 
 
151 aa  190  7e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000258197  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3468  RNA polymerase-binding transcription factor  67.44 
 
 
151 aa  190  7e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312993  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3128  TraR/DksA family transcriptional regulator  63.64 
 
 
147 aa  189  1e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000188351  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0874  DnaK suppressor protein  63.64 
 
 
147 aa  189  1e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0691  TraR/DksA family transcriptional regulator  62.77 
 
 
139 aa  189  1e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0872386  normal  0.218793 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3798  TraR/DksA family transcriptional regulator  65.89 
 
 
147 aa  189  1e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000388201  hitchhiker  0.00000322165 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0730  TraR/DksA family transcriptional regulator  63.64 
 
 
147 aa  189  1e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000697807  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3292  TraR/DksA family transcriptional regulator  63.64 
 
 
147 aa  189  1e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000329302  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1005  RNA polymerase-binding transcription factor  67.44 
 
 
182 aa  189  1e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000132792  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3490  TraR/DksA family transcriptional regulator  63.64 
 
 
147 aa  188  2e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000869556  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0884  TraR/DksA family transcriptional regulator  63.64 
 
 
147 aa  188  2e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000326518  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0849  TraR/DksA family transcriptional regulator  63.64 
 
 
147 aa  188  2e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000107681  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3129  TraR/DksA family transcriptional regulator  65.12 
 
 
147 aa  188  2e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000056681  normal  0.0353439 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0872  transcriptional regulator, TraR/DksA family  63.64 
 
 
147 aa  188  2e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000169398  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0698  TraR/DksA family transcriptional regulator  65.12 
 
 
147 aa  187  2.9999999999999997e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000370209  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03545  putative DnaK suppressor protein  67.97 
 
 
152 aa  187  4e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000789924  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1023  DnaK suppressor protein  67.19 
 
 
136 aa  187  4e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0780  TraR/DksA family transcriptional regulator  64.39 
 
 
147 aa  187  5e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00166659  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2068  DnaK suppressor protein  61.97 
 
 
149 aa  185  2e-46  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.0000191774  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0584  RNA polymerase-binding dnaK suppressor protein DksA  66.41 
 
 
148 aa  182  1.0000000000000001e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0227  DnaK suppressor protein DksA  63.43 
 
 
151 aa  182  1.0000000000000001e-45  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.143062  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4306  DnaK suppressor protein  64.39 
 
 
148 aa  182  2.0000000000000003e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0180  TraR/DksA family transcriptional regulator  61.83 
 
 
144 aa  181  2.0000000000000003e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000132063  normal  0.0556483 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3276  transcriptional regulators, TraR/DksA family protein  65.12 
 
 
147 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000078623  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4691  TraR/DksA family transcriptional regulator  59.31 
 
 
147 aa  181  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000577976 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4693  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  58.99 
 
 
148 aa  177  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000772708 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4557  TraR/DksA family transcriptional regulator  58.99 
 
 
148 aa  177  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.195272  hitchhiker  0.00000457182 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0741  TraR/DksA family transcriptional regulator  57.93 
 
 
147 aa  178  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000053151 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1243  TraR/DksA family transcriptional regulator  53.49 
 
 
142 aa  147  7e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3295  TraR/DksA family transcriptional regulator  54.4 
 
 
155 aa  134  5e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0013948  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0571  transcriptional regulator, TraR/DksA family  53.17 
 
 
134 aa  132  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0401  transcriptional regulator, TraR/DksA family  53.39 
 
 
118 aa  130  6.999999999999999e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000019993  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0509  transcriptional regulator, TraR/DksA family  52 
 
 
138 aa  130  6.999999999999999e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2297  transcriptional regulator, TraR/DksA family  49.22 
 
 
141 aa  129  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.447274  normal  0.0340464 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2734  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50.78 
 
 
405 aa  125  2.0000000000000002e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.152492  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2681  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.23 
 
 
159 aa  125  2.0000000000000002e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.133444  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1884  putative DnaK suppressor protein  48.85 
 
 
157 aa  124  4.0000000000000003e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0456991  normal  0.261909 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1964  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.15 
 
 
139 aa  123  7e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.268781  normal  0.159362 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1192  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.18 
 
 
158 aa  123  8.000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.890145  normal  0.628477 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0547  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.59 
 
 
140 aa  123  8.000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3438  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.08 
 
 
429 aa  123  1e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.258531  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1312  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.36 
 
 
158 aa  122  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2654  DnaK suppressor protein  48.36 
 
 
158 aa  122  2e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.562233  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0895  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.15 
 
 
158 aa  121  2e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>