More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCA0438 on replicon NC_002977
Organism: Methylococcus capsulatus str. Bath



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002977  MCA0438  biopolymer ExbD/TolR family transporter  100 
 
 
137 aa  270  6e-72  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.744335  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0609  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.97 
 
 
136 aa  123  7e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000633887  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3869  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.08 
 
 
136 aa  118  3e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.2 
 
 
135 aa  113  8.999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0455  biopolymer transport protein (ExbD2)  45.67 
 
 
134 aa  111  3e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0057258  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  41.27 
 
 
136 aa  110  7.000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2155  biopolymer transport protein (ExbD2)  43.41 
 
 
136 aa  109  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  42.06 
 
 
135 aa  107  6e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0846  ExbD2-like biopolymer transport protein  48.85 
 
 
143 aa  107  8.000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.424366  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3753  biopolymer transport exbD protein  40.15 
 
 
133 aa  106  1e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.677985  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00634  biopolymer transport protein  41.32 
 
 
135 aa  106  1e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2987  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.1 
 
 
133 aa  106  1e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.369399  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1656  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.97 
 
 
142 aa  105  2e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.310193  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02811  Biopolymer transport protein  40 
 
 
132 aa  102  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0477065  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1618  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.9 
 
 
136 aa  102  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272583  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0355  branched-chain amino acid aminotransferase I  37.88 
 
 
134 aa  97.4  5e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00931363  normal  0.438435 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1736  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.03 
 
 
139 aa  96.7  1e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.109286  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001859  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.13 
 
 
116 aa  95.5  2e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3522  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.61 
 
 
133 aa  93.2  1e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1151  TonB system transport protein ExbD2  40.77 
 
 
134 aa  93.2  1e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.717092  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0902  TonB system transport protein ExbD3  40.34 
 
 
134 aa  91.7  3e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000845  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.97 
 
 
134 aa  89.4  1e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06757  hypothetical protein  36.92 
 
 
134 aa  89  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1827  TonB system transport protein ExbD2  36.97 
 
 
134 aa  88.6  3e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0114  TonB system transport protein ExbD2  37.4 
 
 
134 aa  88.6  3e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.88 
 
 
134 aa  87  7e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000935089  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1520  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.97 
 
 
134 aa  87  7e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2475  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.59 
 
 
134 aa  86.7  1e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.71842  hitchhiker  0.0000457301 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.13 
 
 
134 aa  85.9  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00138445  hitchhiker  0.00000106541 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2461  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.13 
 
 
134 aa  85.9  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.086318  hitchhiker  0.000000463213 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2531  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.13 
 
 
134 aa  85.9  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.103764  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2422  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.45 
 
 
134 aa  84.3  5e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00108653  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1665  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.29 
 
 
134 aa  83.6  8e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.283534  normal  0.123341 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1628  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.29 
 
 
134 aa  83.6  8e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.426629  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1643  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.29 
 
 
134 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.158333  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1257  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.29 
 
 
134 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.529196  hitchhiker  0.000136221 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2715  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.29 
 
 
134 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0091845  hitchhiker  0.0000000699577 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1574  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.85 
 
 
134 aa  83.6  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0927503  normal  0.0158805 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36 
 
 
134 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00147196  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2649  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.82 
 
 
134 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00438318  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4069  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.81 
 
 
135 aa  80.5  0.000000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2817  biopolymer transport protein (ExbD2)  32.52 
 
 
135 aa  75.1  0.0000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.276974  hitchhiker  0.00000182227 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  33.06 
 
 
134 aa  73.9  0.0000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.244667  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0646  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.06 
 
 
134 aa  73.9  0.0000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419547  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0872  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.9 
 
 
133 aa  72  0.000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1742  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.21 
 
 
141 aa  69.3  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2674  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.43 
 
 
140 aa  69.3  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1370  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.29 
 
 
140 aa  68.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0273  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.45 
 
 
136 aa  67.8  0.00000000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.62 
 
 
137 aa  67.8  0.00000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2151  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.38 
 
 
140 aa  67.4  0.00000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0691787  normal  0.335965 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2485  phospholipid/glycerol acyltransferase  29.32 
 
 
141 aa  67.4  0.00000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000540401  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1613  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.38 
 
 
142 aa  67  0.00000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.921592  normal  0.194939 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2155  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.13 
 
 
134 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0696  protein TolR  30 
 
 
150 aa  65.9  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.76246  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4372  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.68 
 
 
156 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0695  protein TolR  30 
 
 
150 aa  65.9  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0661  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30 
 
 
150 aa  65.9  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.602006  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.77 
 
 
166 aa  64.7  0.0000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1563  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.89 
 
 
135 aa  64.3  0.0000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4166  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.87 
 
 
156 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4238  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.87 
 
 
156 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00589  biopolymer transport protein  34.29 
 
 
154 aa  63.5  0.0000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.265658  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1506  biopolymer transport protein  29.23 
 
 
136 aa  63.2  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000178844  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2269  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  30.47 
 
 
133 aa  62.8  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.309606  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3580  protein TolR  29.55 
 
 
139 aa  62  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1916  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.47 
 
 
133 aa  62.8  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0388  biopolymer transport protein  31.5 
 
 
145 aa  62  0.000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0352  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.5 
 
 
145 aa  62  0.000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1397  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.37 
 
 
140 aa  61.2  0.000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2484  putative TonB system transport protein ExbD2  31.25 
 
 
137 aa  61.2  0.000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000778685  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3216  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.71 
 
 
141 aa  60.8  0.000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.300081  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3511  protein TolR  28.79 
 
 
139 aa  60.5  0.000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0114553  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1213  protein TolR  29.27 
 
 
147 aa  60.5  0.000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1730  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30 
 
 
132 aa  59.7  0.00000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0162  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.61 
 
 
134 aa  60.1  0.00000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.77 
 
 
144 aa  59.7  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0347505  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1173  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.79 
 
 
140 aa  59.7  0.00000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.364458  normal  0.851984 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4087  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.06 
 
 
143 aa  58.9  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0244495  normal  0.590384 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0027  TolR protein  31.11 
 
 
139 aa  59.3  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.200658  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0745  protein TolR  27.27 
 
 
140 aa  59.3  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000786072  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1460  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.03 
 
 
158 aa  58.9  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6111  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.8 
 
 
140 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0536  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.59 
 
 
143 aa  58.9  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000196939  hitchhiker  0.000000905807 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0857  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.03 
 
 
139 aa  58.5  0.00000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.345374  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0612  ExbD/TolR family protein  28.89 
 
 
143 aa  58.2  0.00000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3520  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.58 
 
 
138 aa  57.8  0.00000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0594  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.81 
 
 
143 aa  57.8  0.00000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000395657  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2305  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.61 
 
 
134 aa  57.8  0.00000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0560  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.77 
 
 
137 aa  57.8  0.00000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.326497 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3142  biopolymer transport transmembrane protein, ExbD/TolR like  29.46 
 
 
139 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.421775  normal  0.0460891 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14750  Biopolymer transport protein ExbD  34.62 
 
 
142 aa  57.8  0.00000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.227679  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3760  TonB system transport protein ExbD  32.12 
 
 
139 aa  57.8  0.00000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0871  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.4 
 
 
135 aa  57.8  0.00000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3538  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.87 
 
 
139 aa  57.8  0.00000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000031299  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2428  biopolymer transport ExbD like protein  30.33 
 
 
148 aa  57.4  0.00000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.303812 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0594  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.8 
 
 
143 aa  57.4  0.00000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3309  TonB system transport protein ExbD  32.52 
 
 
141 aa  57.4  0.00000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.537817  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0391  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.77 
 
 
159 aa  57.4  0.00000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1847  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.03 
 
 
130 aa  57  0.00000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.730316  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>