More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MARTH_orf515 on replicon NC_011025
Organism: Mycoplasma arthritidis 158L3-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011025  MARTH_orf515  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  100 
 
 
298 aa  609  1e-173  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  47.18 
 
 
306 aa  245  4.9999999999999997e-64  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  47.48 
 
 
334 aa  244  9.999999999999999e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.39 
 
 
296 aa  243  1.9999999999999999e-63  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  46.83 
 
 
306 aa  242  5e-63  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  44.56 
 
 
300 aa  242  6e-63  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.69 
 
 
296 aa  240  2e-62  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  47.02 
 
 
304 aa  240  2.9999999999999997e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  48.07 
 
 
302 aa  238  9e-62  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.71 
 
 
302 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  46.71 
 
 
302 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  46.71 
 
 
302 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  46.55 
 
 
302 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  46.55 
 
 
302 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  46.71 
 
 
302 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.37 
 
 
302 aa  233  4.0000000000000004e-60  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  45.23 
 
 
304 aa  233  4.0000000000000004e-60  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.53 
 
 
301 aa  233  4.0000000000000004e-60  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  46.13 
 
 
305 aa  232  5e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  46.37 
 
 
302 aa  231  1e-59  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  46.71 
 
 
302 aa  231  1e-59  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  46.37 
 
 
302 aa  230  2e-59  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  44.07 
 
 
305 aa  229  4e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  45.39 
 
 
311 aa  229  5e-59  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.01 
 
 
303 aa  229  5e-59  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  46.32 
 
 
304 aa  228  7e-59  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  45.3 
 
 
313 aa  228  1e-58  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  45.58 
 
 
305 aa  228  1e-58  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  43.64 
 
 
306 aa  227  2e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.24 
 
 
306 aa  225  7e-58  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  43.66 
 
 
303 aa  224  1e-57  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.99 
 
 
304 aa  224  1e-57  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  42.57 
 
 
331 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.44 
 
 
303 aa  218  8.999999999999998e-56  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.69 
 
 
305 aa  218  1e-55  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  42.2 
 
 
309 aa  215  9e-55  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  45.39 
 
 
305 aa  214  9.999999999999999e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  45.39 
 
 
305 aa  214  9.999999999999999e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  45.49 
 
 
304 aa  214  9.999999999999999e-55  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.08 
 
 
312 aa  213  3.9999999999999995e-54  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.54 
 
 
343 aa  210  2e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  43.26 
 
 
302 aa  209  3e-53  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.25 
 
 
300 aa  208  7e-53  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  42.32 
 
 
328 aa  207  1e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  42.25 
 
 
305 aa  207  1e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  39.46 
 
 
313 aa  206  4e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  38.06 
 
 
341 aa  206  4e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  38.69 
 
 
334 aa  205  9e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2215  RluA family pseudouridine synthase  36.98 
 
 
341 aa  205  9e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.550248  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.62 
 
 
332 aa  204  1e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  36.7 
 
 
332 aa  204  1e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  40 
 
 
306 aa  204  1e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  38.27 
 
 
377 aa  204  1e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2613  RluA family pseudouridine synthase  39.23 
 
 
343 aa  204  2e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.49 
 
 
308 aa  203  2e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  37.9 
 
 
341 aa  203  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0454  pseudouridine synthase RluD  38.82 
 
 
324 aa  202  7e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.256268 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0359  pseudouridine synthase RluD  38.1 
 
 
426 aa  202  7e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000104546 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  36.25 
 
 
342 aa  201  8e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.49 
 
 
300 aa  201  9.999999999999999e-51  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2118  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.62 
 
 
337 aa  201  9.999999999999999e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.66 
 
 
334 aa  200  1.9999999999999998e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  36.98 
 
 
334 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  38.87 
 
 
337 aa  199  3e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.66 
 
 
347 aa  200  3e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.41 
 
 
316 aa  199  3e-50  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  41.97 
 
 
319 aa  199  5e-50  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  39.53 
 
 
431 aa  199  6e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.19 
 
 
438 aa  199  7e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.26 
 
 
312 aa  198  9e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  38.49 
 
 
346 aa  198  9e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  46.42 
 
 
297 aa  197  1.0000000000000001e-49  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  36.42 
 
 
314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.1 
 
 
321 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3401  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.99 
 
 
310 aa  196  3e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  37.95 
 
 
405 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  37.95 
 
 
407 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.98 
 
 
322 aa  195  7e-49  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  40.97 
 
 
311 aa  195  9e-49  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.87 
 
 
403 aa  195  9e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270637  normal  0.743014 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1865  RluA family pseudouridine synthase  39.72 
 
 
344 aa  195  9e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.27 
 
 
343 aa  194  1e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0778  pseudouridine synthase, RluA family  39.71 
 
 
318 aa  194  1e-48  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0749  pseudouridine synthase, RluA family  40.07 
 
 
318 aa  194  2e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1591  pseudouridine synthase, RluA family  37.92 
 
 
370 aa  194  2e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.150486  decreased coverage  0.00904495 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.95 
 
 
402 aa  194  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1163  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.5 
 
 
334 aa  194  2e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1919  pseudouridine synthase, RluA family  37.92 
 
 
370 aa  193  2e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338974  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1083  pseudouridine synthase, RluA family  37.5 
 
 
334 aa  193  3e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0421612  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0967  RluA family pseudouridine synthase  38.91 
 
 
436 aa  193  3e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  37.95 
 
 
360 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  37.95 
 
 
402 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  40.49 
 
 
323 aa  193  3e-48  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  37.95 
 
 
402 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1628  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D protein  37.91 
 
 
358 aa  192  5e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  40.97 
 
 
311 aa  192  5e-48  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  41.2 
 
 
306 aa  192  5e-48  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  36.7 
 
 
326 aa  192  5e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6848  RluA family pseudouridine synthase  38.87 
 
 
336 aa  192  6e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0606  pseudouridine synthase RluD  37.2 
 
 
391 aa  192  6e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.32929  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>