More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MARTH_orf012 on replicon NC_011025
Organism: Mycoplasma arthritidis 158L3-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011025  MARTH_orf012  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  100 
 
 
277 aa  565  1e-160  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0714  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.89 
 
 
302 aa  135  6.0000000000000005e-31  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.13188  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2921  pseudouridine synthase, RluA family  31.23 
 
 
341 aa  120  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000000900564  normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl563  23S rRNA pseudouridine synthase  32.37 
 
 
323 aa  119  7e-26  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.0451901  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1063  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.86 
 
 
323 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0781222  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2274  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.22 
 
 
352 aa  116  5e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0819  RluA family pseudouridine synthase  31.11 
 
 
353 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0956515  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1065  pseudouridine synthase, RluD  28.99 
 
 
328 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.901288  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1070  RluA family pseudouridine synthase  28.23 
 
 
316 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0527141  normal  0.0360601 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0632  pseudouridine synthase, RluD  28.23 
 
 
334 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00978655  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1112  RluA family pseudouridine synthase  28.23 
 
 
334 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.594641  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1414  RluA family pseudouridine synthase  29.87 
 
 
324 aa  107  2e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.003829  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0988  RluA family pseudouridine synthase  28.52 
 
 
334 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1224  pseudouridylate synthase  29.87 
 
 
324 aa  106  4e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00465403  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0992  RluA family pseudouridine synthase  28.16 
 
 
316 aa  105  8e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.16 
 
 
308 aa  104  2e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.22 
 
 
338 aa  104  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122309  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  28.93 
 
 
334 aa  101  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1322  pseudouridine synthase, RluD  31.01 
 
 
326 aa  101  1e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000381101  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4224  pseudouridine synthase, RluD  28.42 
 
 
334 aa  101  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1962  RluA family pseudouridine synthase  33.58 
 
 
320 aa  101  2e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000134652  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0824  RluA family pseudouridine synthase  28.74 
 
 
317 aa  99.8  4e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0919  RluA family pseudouridine synthase  29.72 
 
 
293 aa  99.8  4e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.976861  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2789  RluA family pseudouridine synthase  28.43 
 
 
346 aa  99.4  7e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1622  pseudouridine synthase, RluD  25.67 
 
 
363 aa  98.2  1e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1429  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  26.71 
 
 
327 aa  98.2  1e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.550632 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0906  pseudouridine synthase, RluA family  27.55 
 
 
344 aa  97.8  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447686  normal  0.0333397 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1041  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C protein  27.72 
 
 
331 aa  97.8  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.017285  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.95 
 
 
313 aa  97.8  2e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  29.69 
 
 
323 aa  97.8  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2192  RluA family pseudouridine synthase  29.6 
 
 
316 aa  97.4  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677227  normal  0.0743981 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  27.3 
 
 
347 aa  97.1  3e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  27.24 
 
 
346 aa  97.1  3e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0893  pseudouridine synthase, RluA family  28.34 
 
 
318 aa  97.1  3e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1589  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  27.8 
 
 
308 aa  96.7  3e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0462053  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0971  pseudouridine synthase, RluA family  26.07 
 
 
344 aa  96.7  3e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.158596 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0596  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  27.8 
 
 
308 aa  97.1  3e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000579613  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1802  RluA family pseudouridine synthase  31.32 
 
 
304 aa  97.1  3e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0123  pseudouridine synthase  30.18 
 
 
315 aa  96.3  5e-19  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.352108  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  28.11 
 
 
309 aa  95.9  7e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  29.37 
 
 
318 aa  95.5  8e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1241  RluA family pseudouridine synthase  25.09 
 
 
325 aa  94.7  1e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1563  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  28.21 
 
 
322 aa  94.7  1e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.151804 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.97 
 
 
350 aa  94.7  1e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  28.93 
 
 
320 aa  94.4  2e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2242  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  28.94 
 
 
315 aa  94.4  2e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  28.94 
 
 
315 aa  94.4  2e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1288  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 
285 aa  94  2e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.543506  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  28.52 
 
 
306 aa  93.6  3e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  30.36 
 
 
305 aa  94  3e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  25.54 
 
 
310 aa  93.6  3e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.97 
 
 
300 aa  92.8  5e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  28.62 
 
 
315 aa  93.2  5e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  29.5 
 
 
304 aa  92.8  5e-18  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  26 
 
 
344 aa  92.4  7e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2620  RluA family pseudouridine synthase  27.5 
 
 
347 aa  92.4  8e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0783  pseudouridine synthase, RluD  24.91 
 
 
354 aa  92  9e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0390  RluA family pseudouridine synthase  28.42 
 
 
339 aa  92  9e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0397  pseudouridine synthase, RluA family  28.08 
 
 
335 aa  91.7  1e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1840  RluA family pseudouridine synthase  29.92 
 
 
304 aa  91.7  1e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1495  pseudouridine synthase, RluA family  26.34 
 
 
354 aa  91.7  1e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0639  pseudouridine synthase, RluA family  29.35 
 
 
326 aa  92  1e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2917  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  28.15 
 
 
477 aa  91.7  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00370322  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2677  pseudouridine synthase, RluA family  26.73 
 
 
324 aa  91.7  1e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.304816 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1360  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  29.69 
 
 
297 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2118  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  25.88 
 
 
337 aa  91.7  1e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2801  RluA family pseudouridine synthase  27.94 
 
 
335 aa  91.3  1e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000617612  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2490  RluA family pseudouridine synthase  27.94 
 
 
335 aa  91.3  2e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000151813  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0665  hypothetical protein  25.61 
 
 
341 aa  90.5  2e-17  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  27.59 
 
 
302 aa  91.3  2e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2862  RluA family pseudouridine synthase  27.94 
 
 
335 aa  91.3  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0569131  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0521  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  27.94 
 
 
335 aa  91.3  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.107606  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2792  RluA family pseudouridine synthase  27.94 
 
 
335 aa  91.3  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000449267  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  26 
 
 
316 aa  91.3  2e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0056  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  28.79 
 
 
339 aa  90.9  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2234  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (rRNA uridine isomerase C) (rRNA pseudouridylate synthase C)  29.15 
 
 
315 aa  91.3  2e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0928032  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0714  23S rRNA pseudouridylate synthase C  28.52 
 
 
326 aa  91.3  2e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1813  RluA family pseudouridine synthase  27.94 
 
 
335 aa  91.3  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0797823  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1344  pseudouridine synthase, RluA family  25.36 
 
 
313 aa  90.5  3e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  26.87 
 
 
339 aa  90.1  3e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1708  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  28.15 
 
 
477 aa  90.5  3e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.127697  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0845  RNA pseudouridine synthase family protein  30.55 
 
 
315 aa  90.5  3e-17  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.997591  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0061  pseudouridine synthase, RluA family  28.79 
 
 
339 aa  90.1  3e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2219  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  28.1 
 
 
317 aa  90.1  3e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.654666  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1873  pseudouridine synthase, RluA family  28.1 
 
 
317 aa  90.1  3e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0755786  normal  0.858498 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2404  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  28.93 
 
 
329 aa  90.1  3e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000151583  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  28.93 
 
 
329 aa  90.1  3e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0799284  normal  0.0195489 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2566  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  27.86 
 
 
329 aa  90.1  3e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00643292  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01518  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  26.16 
 
 
313 aa  89.7  4e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0998  pseudouridine synthase, RluA family  27.1 
 
 
547 aa  89.7  4e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.012801 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  29.81 
 
 
311 aa  89.7  4e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0073  pseudouridine synthase, RluA family  28.79 
 
 
339 aa  89.7  5e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  28.2 
 
 
311 aa  89.7  5e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1110  RluA family pseudouridine synthase  30.36 
 
 
297 aa  89.7  5e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0046  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  31.08 
 
 
297 aa  89.4  6e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1121  pseudouridine synthetase  28.46 
 
 
297 aa  89.4  7e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  28.46 
 
 
297 aa  89.4  7e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  29.23 
 
 
300 aa  89.4  7e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  30.53 
 
 
322 aa  89  8e-17  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  29.52 
 
 
330 aa  89  8e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>