More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_R0049 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0599  tRNA-Arg  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000676837 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0600  tRNA-Arg  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.775158  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0664  tRNA-Arg  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.294078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0602  tRNA-Arg  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.921994  normal  0.0915325 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0606  tRNA-Arg  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0764025 
 
 
-
 
NC_006368  lppt24  tRNA-Arg  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt24  tRNA-Arg  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  97.01 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  93.42 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  98.31 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00007  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0067  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5013  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0582  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 79 bp  105  1e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  93.15 
 
 		 74 bp  105  1e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0241  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 79 bp  105  1e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.628692  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0026  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000798043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4647  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 79 bp  105  1e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.695666  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0081  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0007  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.688543  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0033  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0638  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 79 bp  105  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.737204  normal  0.415915 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0046  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0055  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183529  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  94.03 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  94.03 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0682  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.868676  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0787  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 79 bp  99.6  9e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.506305  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  95.08 
 
 		 74 bp  97.6  4e-19  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3789  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.966452  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0044  tRNA-Arg  93.85 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0012  tRNA-Arg  92.75 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.255284 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0017  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.915469  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0052  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280732  normal  0.142339 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0055  tRNA-Arg  93.85 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0028  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221183 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309097  tRNA-Arg  94.92 
 
 		 74 bp  93.7  6e-18  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0029  tRNA-Arg  94.92 
 
 		 74 bp  93.7  6e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.179908  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0018  tRNA-Arg  92.54 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2213  tRNA-Arg  94.83 
 
 		 79 bp  91.7  2e-17  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.140545  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0048  tRNA-Arg  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309379  tRNA-Arg  94.83 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0734599  normal  0.0320984 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0065  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000631385  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0048  tRNA-Arg  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2138  tRNA-Arg  94.83 
 
 		 79 bp  91.7  2e-17  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0224464  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.578717  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0046  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.497461 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0020  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0945602  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0056  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000671008  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0039  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0477837  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1760  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0029  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0019  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0018  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.330043  normal  0.24905 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1467  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2039  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.000000359807  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0023  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0037  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0023  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.45343  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0015  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000291538  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309170  tRNA-Arg  94.64 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.269731  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0047  tRNA-Arg  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000053333  hitchhiker  0.0000810038 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0088  tRNA-Arg  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000315213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0143  tRNA-Arg  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000714151  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  90.28 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0102  tRNA-Arg  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000831784  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0052  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000819113  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>