183 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_R0040 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_R0040  tRNA-Gln  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0070  tRNA-Gln  90.79 
 
 
75 bp  87.7  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000111082  normal  0.043537 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0072  tRNA-Gln  90.79 
 
 
75 bp  87.7  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000124926  normal  0.0423905 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0074  tRNA-Gln  90.79 
 
 
75 bp  87.7  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000739317  normal  0.0440793 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0006  tRNA-Gln  89.33 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00260818  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0007  tRNA-Gln  89.33 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00716985  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0053  tRNA-Gln  89.33 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000336503  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0054  tRNA-Gln  89.33 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000300359  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0005  tRNA-Gln  90 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00725713 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0006  tRNA-Gln  90 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0070986 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0064  tRNA-Gln  89.47 
 
 
75 bp  79.8  0.00000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00065623  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0017  tRNA-Gln  89.47 
 
 
75 bp  79.8  0.00000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000220842  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0029  tRNA-Gln  89.47 
 
 
75 bp  79.8  0.00000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.245905  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0033  tRNA-Gln  89.86 
 
 
75 bp  73.8  0.000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0049  tRNA-Gln  88.16 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.296013  normal  0.0255901 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0048  tRNA-Gln  90 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0051  tRNA-Gln  90 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00516636  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0052  tRNA-Gln  90 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00572206  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0051  tRNA-Gln  90 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0050  tRNA-Gln  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.124886  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0011  tRNA-Gln  93.62 
 
 
72 bp  69.9  0.00000000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0048  tRNA-Gln  90.48 
 
 
72 bp  69.9  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.509197 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0092  tRNA-Gln  95.65 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.603959  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  86.84 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t016  tRNA-Gln  86.84 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t017  tRNA-Gln  86.84 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t020  tRNA-Gln  86.84 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0127  tRNA-Gln  86.84 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000119757  hitchhiker  0.000488217 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGln01  tRNA-Gln  86.84 
 
 
78 bp  63.9  0.000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.017749  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGln02  tRNA-Gln  86.84 
 
 
78 bp  63.9  0.000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00912183  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0034  tRNA-Gln  86.84 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000495722  normal  0.146061 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0035  tRNA-Gln  86.84 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000486361  normal  0.144926 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0038  tRNA-Gln  86.84 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000374137  normal  0.148016 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0035  tRNA-Gln  86.84 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000023217  normal  0.116994 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0036  tRNA-Gln  86.84 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000579663  normal  0.114963 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0039  tRNA-Gln  86.84 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000688787  normal  0.114963 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0033  tRNA-Gln  86.84 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000210301  normal  0.0264572 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0034  tRNA-Gln  86.84 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000257252  normal  0.0258068 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0037  tRNA-Gln  86.84 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000116845  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0055  tRNA-Gln  93.18 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.0000526045  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0126  tRNA-Gln  86.84 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000574735  hitchhiker  0.000475318 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0109  tRNA-Gln  86.84 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000000980988  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0110  tRNA-Gln  86.84 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000374074  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0094  tRNA-Gln  86.84 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000300776  normal  0.246818 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0097  tRNA-Gln  86.84 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000737452  normal  0.143651 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0098  tRNA-Gln  86.84 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000673061  normal  0.144454 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0055  tRNA-Gln  93.18 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00371124  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0099  tRNA-Gln  86.84 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000000895438  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0012  tRNA-Gln  86.84 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.376695  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0014  tRNA-Gln  88.33 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.349887  normal  0.140973 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0001  tRNA-Gln  91.67 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0117  tRNA-Gln  86.84 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000121705  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0118  tRNA-Gln  86.84 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000119427  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t011  tRNA-Gln  86.67 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000000894711  hitchhiker  0.000000000511472 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0046  tRNA-Gln  88.14 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.53716e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAGlnVIMSS1309367  tRNA-Gln  91.49 
 
 
72 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAGlnVIMSS1309278  tRNA-Gln  91.49 
 
 
72 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0012  tRNA-Gln  92.16 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.12185  normal  0.483393 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t012  tRNA-Gln  86.67 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000011091  hitchhiker  0.000000000474372 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0007  tRNA-Gln  91.3 
 
 
72 bp  60  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.102252  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0038  tRNA-Gln  91.3 
 
 
72 bp  60  0.00000008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0043  tRNA-Gln  88.89 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.150748  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0008  tRNA-Gln  91.3 
 
 
72 bp  60  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0016  tRNA-Gln  92.68 
 
 
75 bp  58  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.194756  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA16  tRNA-Gln  92.68 
 
 
75 bp  58  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0126  tRNA-Gln  85.53 
 
 
75 bp  56  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000102885  normal  0.191984 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0077  tRNA-Gln  86.76 
 
 
77 bp  56  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.273765 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0121  tRNA-Gln  85.53 
 
 
75 bp  56  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000556083  normal  0.18894 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0154  tRNA-Gln  85.53 
 
 
75 bp  56  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000218199  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0123  tRNA-Gln  85.53 
 
 
75 bp  56  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000509299  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4327  tRNA-Gln  86.67 
 
 
75 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0005  tRNA-Gln  85.53 
 
 
75 bp  56  0.000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000119132  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0147  tRNA-Gln  85.53 
 
 
75 bp  56  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000746626  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0020  tRNA-Gln  84.21 
 
 
76 bp  56  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00188813 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0119  tRNA-Gln  85.53 
 
 
75 bp  56  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00174205  normal  0.184991 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0157  tRNA-Gln  85.53 
 
 
75 bp  56  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000220492  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0151  tRNA-Gln  85.53 
 
 
75 bp  56  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000916325  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0149  tRNA-Gln  85.53 
 
 
75 bp  56  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000775027  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0023  tRNA-Gln  86.67 
 
 
75 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0444305  normal  0.71139 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0021  tRNA-Gln  86.67 
 
 
75 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0591367 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0022  tRNA-Gln  86.67 
 
 
75 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.827155  normal  0.0599368 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0102  tRNA-Gln  85.53 
 
 
75 bp  56  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000119749  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0103  tRNA-Gln  85.53 
 
 
75 bp  56  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000462888  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0052  tRNA-Gln  89.29 
 
 
72 bp  56  0.000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.138681  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0006  tRNA-Gln  89.58 
 
 
75 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.404831 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0036  tRNA-Gln  86.44 
 
 
75 bp  54  0.000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  89.36 
 
 
75 bp  54  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.693396  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3564  tRNA-Gln  96.77 
 
 
75 bp  54  0.000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.570193  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3565  tRNA-Gln  96.77 
 
 
75 bp  54  0.000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0002  tRNA-Gln  90.2 
 
 
75 bp  54  0.000005  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4346  tRNA-Gln  86.44 
 
 
75 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.850854  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0011  tRNA-Gln  86.44 
 
 
75 bp  54  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.144781  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0001  tRNA-Gln  86.44 
 
 
75 bp  54  0.000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.275531 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0032  tRNA-Gln  89.36 
 
 
72 bp  54  0.000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.00000308987  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0101  tRNA-Gln  86.44 
 
 
75 bp  54  0.000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000260011  normal  0.104999 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0103  tRNA-Gln  86.44 
 
 
75 bp  54  0.000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000561751  normal  0.100638 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0104  tRNA-Gln  86.44 
 
 
75 bp  54  0.000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000537672  normal  0.102798 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0132  tRNA-Gln  86.44 
 
 
75 bp  54  0.000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000056335  normal  0.277016 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0037  tRNA-Gln  89.13 
 
 
72 bp  52  0.00002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0225857  normal  0.764291 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0017  tRNA-Gln  90.48 
 
 
75 bp  52  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>