55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_04064 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_04064  inner membrane protein  100 
 
 
580 aa  1198  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1073  hypothetical protein  37.64 
 
 
591 aa  343  4e-93  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2642  zinc-binding domain of primase-helicase family  38.47 
 
 
895 aa  341  2e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.740754  hitchhiker  6.96733e-12 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4783  zinc-binding domain protein, primase-helicase family  38.28 
 
 
890 aa  338  2e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0381  inner membrane protein  38.28 
 
 
890 aa  338  2e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.401126 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0070  hypothetical protein  37.48 
 
 
582 aa  336  7e-91  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3477  hypothetical protein  37.71 
 
 
631 aa  330  3e-89  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00832403 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1626  hypothetical protein  34.75 
 
 
911 aa  322  9e-87  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00166468  normal  0.0358334 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2917  hypothetical protein  38.56 
 
 
689 aa  321  2e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0301646 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2008  DNA primase  33.68 
 
 
955 aa  295  1e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.491105  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1505  hypothetical protein  35.45 
 
 
633 aa  290  5e-77  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.618483  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2484  primase 2  32.46 
 
 
953 aa  288  2e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1288  inner membrane protein  32.46 
 
 
953 aa  286  5e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1754  inner membrane protein  32.75 
 
 
958 aa  286  8e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2366  inner membrane protein  32.75 
 
 
958 aa  286  8e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0113  hypothetical protein  32.28 
 
 
950 aa  284  3e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0098  hypothetical protein  32.64 
 
 
950 aa  284  3e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2244  hypothetical protein  34.62 
 
 
658 aa  284  3e-75  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.696952  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0309  inner membrane protein  32.28 
 
 
955 aa  284  3e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1225  protein of unknown function DUF927  38.62 
 
 
515 aa  278  2e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0207229  n/a   
 
 
-
 
NC_011888  Mnod_7731  protein of unknown function DUF927  33.73 
 
 
841 aa  274  2e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2819  hypothetical protein  34.45 
 
 
676 aa  269  1e-70  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.14645  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0810  hypothetical protein  35.66 
 
 
930 aa  266  6e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0651  hypothetical protein  35.01 
 
 
627 aa  257  5e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.19875  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4214  hypothetical protein  33.39 
 
 
845 aa  251  2e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.363466  normal  0.433142 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3881  P4 alpha zinc-binding domain-containing protein  34.39 
 
 
929 aa  244  2e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02077  hypothetical protein  29.89 
 
 
979 aa  231  3e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.777801  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0756  hypothetical protein  31.28 
 
 
711 aa  229  1e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4007  protein of unknown function DUF927  32.24 
 
 
899 aa  224  3e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2368  protein of unknown function DUF927  33.7 
 
 
878 aa  218  3e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.124807  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2096  protein of unknown function DUF927  30.92 
 
 
1051 aa  211  2e-53  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0990242  normal  0.675674 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0680  P4 alpha zinc-binding domain protein  33.4 
 
 
713 aa  205  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  decreased coverage  1.09484e-07 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0552  hypothetical protein  32.28 
 
 
574 aa  198  2e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3990  superfamily II helicase  31.51 
 
 
556 aa  197  4e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0346  superfamily II helicase  30.77 
 
 
553 aa  189  1e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.079458 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2180  inner membrane protein  36.68 
 
 
295 aa  178  3e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.541049  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2181  hypothetical protein  39.91 
 
 
280 aa  141  3e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.437951  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0049  hypothetical protein  36.41 
 
 
383 aa  119  1e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0360  inner membrane protein  27.56 
 
 
443 aa  117  5e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1025  protein of unknown function DUF927  33.33 
 
 
842 aa  100  5e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.337392  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0257  superfamily II helicase  26.85 
 
 
580 aa  92.8  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4088  Bifunctional DNA primase/polymerase  25.48 
 
 
970 aa  88.2  4e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2621  Bifunctional DNA primase/polymerase  25.48 
 
 
970 aa  87  9e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2613  superfamily II helicase  28.44 
 
 
987 aa  85.9  2e-15  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3088  protein of unknown function DUF927  29 
 
 
709 aa  82  3e-14  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2496  hypothetical protein  25.9 
 
 
597 aa  80.5  7e-14  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0050  hypothetical protein  25.93 
 
 
597 aa  77.4  6e-13  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0051  hypothetical protein  25.93 
 
 
597 aa  77.4  6e-13  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1193  protein of unknown function DUF927  37.4 
 
 
897 aa  73.6  9e-12  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.280994 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2984  superfamily II helicase  25.45 
 
 
624 aa  72.8  2e-11  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.421436  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2286  hypothetical protein  34.86 
 
 
125 aa  68.6  3e-10  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2483  hypothetical protein  27.62 
 
 
298 aa  57  1e-06  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0065  hypothetical protein  27.62 
 
 
298 aa  57  1e-06  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2423  hypothetical protein  34.57 
 
 
134 aa  53.1  1e-05  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.419372  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2772  Bifunctional DNA primase/polymerase  37.63 
 
 
1002 aa  45.8  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.818875 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>