More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_04056 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_04056  DNA helicase of superfamily II  100 
 
 		 796 aa  1660    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3695  type III restriction protein res subunit  42.93 
 
 		 813 aa  659    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2488  hypothetical protein  44.73 
 
 		 925 aa  654    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2493  DEAD/DEAH box helicase-like  46.26 
 
 		 799 aa  649    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0307  type III restriction protein res subunit  44.56 
 
 		 784 aa  650    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2408  DEAD/DEAH box helicase, putative  45.77 
 
 		 809 aa  646    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2244  type III restriction protein res subunit  45.03 
 
 		 788 aa  639    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.450731  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01111  hypothetical protein  50.26 
 
 		 778 aa  778    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1316  type III restriction enzyme, res subunit  46.1 
 
 		 796 aa  659    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.262236  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2039  type III restriction protein res subunit  45.77 
 
 		 809 aa  646    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0006  type III restriction enzyme, res subunit  45.15 
 
 		 768 aa  641    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4007  type III restriction protein res subunit  42.93 
 
 		 813 aa  659    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.527137  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5449  type III restriction protein res subunit  46.09 
 
 		 815 aa  633  1e-180  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.788934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0789  type III restriction protein res subunit  42.84 
 
 		 795 aa  633  1e-180  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.891259  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1306  type III restriction enzyme, res subunit family  45.31 
 
 		 786 aa  627  1e-178  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.986066 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0717  type III restriction protein res subunit  44.71 
 
 		 794 aa  622  1e-177  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000142618 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1457  type III restriction protein res subunit  43.7 
 
 		 971 aa  613  9.999999999999999e-175  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3271  type III restriction enzyme, res subunit  43.93 
 
 		 785 aa  611  1e-173  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.581193  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_03900  hypothetical protein  39.82 
 
 		 998 aa  569  1e-161  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.114045  normal  0.665551 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1416  type III restriction protein, res subunit  33.64 
 
 		 920 aa  404  1e-111  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1355  type III restriction protein res subunit  32.3 
 
 		 455 aa  209  1e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.914304  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1032  type III restriction protein res subunit  31.21 
 
 		 479 aa  178  4e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0896  type III restriction protein res subunit  30.58 
 
 		 479 aa  172  2e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0708  type III restriction protein res subunit  30.24 
 
 		 479 aa  167  5.9999999999999996e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.922597 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0819  type III restriction protein res subunit  30.02 
 
 		 479 aa  166  2.0000000000000002e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0773  type III restriction protein res subunit  30 
 
 		 463 aa  164  5.0000000000000005e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0952838  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0960  type III restriction protein res subunit  31.32 
 
 		 485 aa  162  3e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1218  type III restriction protein res subunit  31.09 
 
 		 485 aa  159  2e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00150525 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1533  helicase  48.59 
 
 		 154 aa  124  7e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.881721  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1534  hypothetical protein  51.69 
 
 		 195 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.609176  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2154  type III restriction enzyme, res subunit  27.11 
 
 		 650 aa  109  2e-22  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.508076  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0605  type III restriction enzyme, res subunit  28.01 
 
 		 647 aa  109  3e-22  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0521  DNA or RNA helicase of superfamily II  53.75 
 
 		 279 aa  107  9e-22  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0670  type III restriction protein res subunit  27.71 
 
 		 652 aa  107  1e-21  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1646  type III restriction enzyme, res subunit  28.32 
 
 		 654 aa  105  3e-21  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0299889 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4503  type III restriction enzyme, res subunit  27.27 
 
 		 1052 aa  102  4e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000814753 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4011  type III restriction protein res subunit  29.89 
 
 		 1033 aa  101  5e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1455  type III restriction protein res subunit  35.43 
 
 		 444 aa  100  1e-19  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.437061  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0370  type III restriction protein res subunit  26.99 
 
 		 1055 aa  99.4  2e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0484136  hitchhiker  0.000113274 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0364  type III restriction enzyme, res subunit  25.4 
 
 		 473 aa  99.4  2e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.913598 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3842  type III restriction enzyme, res subunit  29.09 
 
 		 1061 aa  99.4  3e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0360  type III restriction protein res subunit  27.33 
 
 		 1055 aa  99  3e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4288  type III restriction protein res subunit  28.53 
 
 		 1058 aa  98.6  4e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1001  superfamily II DNA/RNA helicase  26.12 
 
 		 773 aa  98.6  4e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0362  type III restriction enzyme, res subunit  27.33 
 
 		 1055 aa  98.6  4e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3869  type III restriction enzyme, res subunit  29.37 
 
 		 1033 aa  98.2  5e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1089  type III restriction protein res subunit  25.45 
 
 		 1051 aa  97.1  1e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0308  type III restriction protein res subunit  34.8 
 
 		 449 aa  97.1  1e-18  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0301  type III restriction enzyme, res subunit  27.44 
 
 		 1051 aa  96.3  2e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.177385  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1994  type III restriction enzyme, res subunit  33.33 
 
 		 468 aa  95.9  3e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.143159  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0299  DNA repair helicase RAD25  34.3 
 
 		 456 aa  95.1  5e-18  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11440  DNA/RNA helicase, superfamily II  25.82 
 
 		 974 aa  94.4  7e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000321567  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0580  type III restriction protein res subunit  34.87 
 
 		 509 aa  94.4  7e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3296  helicase domain-containing protein  27.74 
 
 		 551 aa  94  9e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.553593 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1936  type III restriction protein res subunit  26.26 
 
 		 551 aa  93.6  1e-17  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0298009  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3374  putative helicase  26.07 
 
 		 1017 aa  93.6  1e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.175998  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0368  helicase  27.27 
 
 		 982 aa  94  1e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0079  type III restriction protein res subunit  33.68 
 
 		 499 aa  93.6  1e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.288486 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0977  type III restriction enzyme, res subunit  26.52 
 
 		 1063 aa  94  1e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0563  type III restriction protein res subunit  35.47 
 
 		 509 aa  92  3e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1709  type III restriction protein res subunit  36.78 
 
 		 494 aa  91.7  4e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.17082  normal  0.0133576 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0846  type III restriction protein res subunit  27.92 
 
 		 548 aa  91.3  6e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0849054  normal  0.0359313 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4341  helicase domain-containing protein  34.87 
 
 		 559 aa  90.9  9e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31430  DNA/RNA helicase, superfamily II  26.8 
 
 		 558 aa  90.9  9e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0658169  normal  0.0482356 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2049  helicase domain protein  27.69 
 
 		 558 aa  90.5  1e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1762  type III restriction enzyme, res subunit  36.14 
 
 		 451 aa  90.5  1e-16  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2932  type III restriction protein res subunit  38.1 
 
 		 558 aa  90.1  1e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.406282  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21590  DNA/RNA helicase, superfamily II  35.06 
 
 		 550 aa  90.1  2e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.515357  hitchhiker  0.0079461 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0100  type III restriction protein res subunit  36.9 
 
 		 440 aa  89.7  2e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000273539  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2052  helicase, putative  23.75 
 
 		 952 aa  89.4  3e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0810  helicase domain protein  27.55 
 
 		 550 aa  89  3e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2941  type III restriction protein res subunit  24.45 
 
 		 815 aa  89  3e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8907  hypothetical protein  27.91 
 
 		 548 aa  88.6  4e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07930  DNA/RNA helicase, superfamily II  36.09 
 
 		 555 aa  88.6  4e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.181797  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0357  type III restriction protein res subunit  25.77 
 
 		 1053 aa  88.6  4e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0583  DNA repair helicase RAD25  34.86 
 
 		 443 aa  88.6  4e-16  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.71742  normal  0.481027 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3950  helicase domain-containing protein  36.16 
 
 		 581 aa  88.6  4e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.626862  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0725  helicase domain protein  36.31 
 
 		 548 aa  88.2  5e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.013884  hitchhiker  0.0000273082 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1438  type III restriction enzyme, res subunit  22.54 
 
 		 1077 aa  87.8  6e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.977948  hitchhiker  0.0058487 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3809  type III restriction enzyme, res subunit  27.32 
 
 		 1033 aa  87.4  8e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2523  type III restriction enzyme, res subunit  25 
 
 		 967 aa  87.8  8e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0698946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1743  DNA repair helicase RAD25  25.56 
 
 		 531 aa  87.4  9e-16  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.763617 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2567  type III restriction protein res subunit  25.23 
 
 		 953 aa  87  0.000000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2515  type III restriction enzyme, res subunit  25.23 
 
 		 953 aa  87  0.000000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3185  type III restriction protein res subunit  32.16 
 
 		 466 aa  87.4  0.000000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8107  helicase domain protein  26.87 
 
 		 548 aa  87  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2015  type III restriction protein res subunit  33.88 
 
 		 488 aa  85.9  0.000000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0173  helicase domain-containing protein  35.71 
 
 		 545 aa  86.3  0.000000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0878922 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3947  helicase domain-containing protein  26.96 
 
 		 546 aa  86.7  0.000000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0649  type III restriction enzyme, res subunit  25.32 
 
 		 462 aa  85.5  0.000000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.674278  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4412  type III restriction enzyme, res subunit  29.63 
 
 		 590 aa  85.1  0.000000000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.307944  normal  1 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3020  type III restriction protein res subunit  26.79 
 
 		 581 aa  85.1  0.000000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4400  helicase-like  35.12 
 
 		 545 aa  85.1  0.000000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.116832  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0659  type III restriction protein res subunit  36.73 
 
 		 531 aa  84.7  0.000000000000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1901  type III restriction enzyme, res subunit  32.34 
 
 		 451 aa  84.3  0.000000000000007  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3993  type III restriction protein res subunit  24.92 
 
 		 1348 aa  84.3  0.000000000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1432  type III restriction enzyme, res subunit  31.76 
 
 		 451 aa  84  0.000000000000009  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.503563  normal  0.0109836 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0652  type III restriction enzyme, res subunit  25.28 
 
 		 630 aa  83.6  0.00000000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  unclonable  0.000000732435  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1910  type III restriction enzyme, res subunit  26.52 
 
 		 1043 aa  83.6  0.00000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4794  helicase domain protein  35.23 
 
 		 554 aa  84  0.00000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.767422 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>