58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_04055 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_04055  Helix-turn-helix motif  100 
 
 		 123 aa  248  1e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2787  hypothetical protein  87.7 
 
 		 123 aa  220  6e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000457023 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31920  transcritional regulatior protein  63.2 
 
 		 125 aa  162  2.0000000000000002e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1391  hypothetical protein  61.86 
 
 		 127 aa  149  8.999999999999999e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0149629  normal  0.0177831 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1615  putative transcription regulator with HTH domain  57.98 
 
 		 126 aa  147  3e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.914841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4803  hypothetical protein  56 
 
 		 128 aa  143  8.000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.801839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1533  transcription regulator  61.54 
 
 		 126 aa  142  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5485  transcription regulator  57.63 
 
 		 119 aa  141  3e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.184827 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3932  helix-turn-helix domain-containing protein  57.26 
 
 		 125 aa  140  5e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0231  transcriptional regulator  55.17 
 
 		 126 aa  140  8e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0167624 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2391  putative transcription regulator with HTH domain  58.12 
 
 		 127 aa  140  9e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4949  helix-turn-helix domain-containing protein  53.85 
 
 		 121 aa  137  7e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.827096  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2087  putative transcription regulator with HTH domain protein  60.34 
 
 		 124 aa  135  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.850866  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2129  transcription regulator containing HTH  51.75 
 
 		 126 aa  127  7.000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0775  helix-turn-helix domain protein  55.65 
 
 		 120 aa  125  3e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2141  hypothetical protein  51.3 
 
 		 119 aa  122  1e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00270384 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1284  hypothetical protein  50.41 
 
 		 125 aa  117  7e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.520317  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0265  putative HTH-type transcriptional regulator ygjM  50.43 
 
 		 118 aa  114  3e-25  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3905  putative transcription regulator with HTH domain  43.8 
 
 		 126 aa  113  6.9999999999999995e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3978  transcriptional regulator, XRE family  49.12 
 
 		 125 aa  112  1.0000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0593774  normal  0.384294 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4195  putative transcription regulator with HTH domain protein  47.93 
 
 		 401 aa  111  3e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1847  putative transcriptional regulator, XRE family  45.69 
 
 		 118 aa  110  8.000000000000001e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0815  XRE family transcriptional regulator  47.97 
 
 		 123 aa  108  2.0000000000000002e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0785237  hitchhiker  0.00186138 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7326  putative transcription regulator with HTH domain protein  46.15 
 
 		 125 aa  103  8e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56855  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0265  XRE family transcriptional regulator  41.6 
 
 		 125 aa  103  9e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.153911  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2482  transcription regulator  50.88 
 
 		 127 aa  101  3e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5232  putative transcription regulator with HTH domain protein  45.22 
 
 		 117 aa  101  4e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.734173  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4425  transcriptional regulator, XRE family  49.58 
 
 		 134 aa  99.8  1e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4242  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 125 aa  99  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.022655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3283  hypothetical protein  40.34 
 
 		 152 aa  90.5  7e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3482  hypothetical protein  36.97 
 
 		 141 aa  87.8  4e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.299103  normal  0.350202 
 
 
-
 
NC_011760  Mchl_5739  hypothetical protein  36.89 
 
 		 137 aa  87.4  5e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4862  helix-turn-helix domain-containing protein  40.87 
 
 		 124 aa  82.8  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1148  hypothetical protein  37.61 
 
 		 140 aa  80.1  0.000000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2453  helix-turn-helix domain-containing protein  35 
 
 		 409 aa  76.3  0.0000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.253954  normal  0.726571 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5282  transcriptional regulator, XRE family  38.14 
 
 		 126 aa  70.5  0.000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5530  transcriptional regulator, XRE family  39.47 
 
 		 131 aa  68.2  0.00000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000125381  normal  0.78186 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3111  XRE family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 124 aa  63.9  0.0000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17260  hypothetical protein  33.33 
 
 		 133 aa  56.2  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6762  transcriptional regulator, XRE family  28.93 
 
 		 148 aa  55.5  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.948103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2285  hypothetical protein  52.08 
 
 		 105 aa  55.1  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.698401  normal  0.937461 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4170  putative transcription regulator with HTH domain protein  53.66 
 
 		 91 aa  47.8  0.00005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4419  hypothetical protein  28.57 
 
 		 142 aa  47.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0395742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4263  Sea41  28.57 
 
 		 142 aa  47.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4241  Sea41  28.57 
 
 		 142 aa  47.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4354  hypothetical protein  28.57 
 
 		 142 aa  47.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4308  hypothetical protein  28.57 
 
 		 142 aa  47.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.28377  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0408  transcriptional regulator, XRE family  31.86 
 
 		 138 aa  47.8  0.00006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.416519  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2944  transcription regulator  34.17 
 
 		 155 aa  46.2  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0033  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  46.81 
 
 		 334 aa  45.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119331  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1701  helix-turn-helix domain-containing protein  29.66 
 
 		 126 aa  45.4  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0000854587  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0775  putative transcription regulator with HTH domain  34.21 
 
 		 135 aa  44.7  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.839822  normal  0.091896 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4146  transcriptional regulator, XRE family  32.2 
 
 		 145 aa  44.7  0.0004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.416427 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0274  helix-turn-helix domain-containing protein  29.57 
 
 		 179 aa  42.4  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135828 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0291  helix-turn-helix domain-containing protein  30.36 
 
 		 157 aa  42.4  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0070151  normal  0.371791 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2591  putative transcription regulator with HTH domain  27.66 
 
 		 132 aa  41.6  0.003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2132  transcriptional regulator, XRE family  25.89 
 
 		 121 aa  41.2  0.004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0318081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1331  hypothetical protein  36.54 
 
 		 80 aa  40.4  0.007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>