More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03647 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_03647  TonB-dependent receptor  100 
 
 
640 aa  1305    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00288042  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0488  TonB-dependent receptor  30.37 
 
 
682 aa  243  7.999999999999999e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2514  TonB-dependent receptor  31.25 
 
 
632 aa  230  5e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4382  TonB-dependent receptor  28.87 
 
 
635 aa  193  1e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.429499  normal  0.246253 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4459  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.38 
 
 
614 aa  188  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0519388  hitchhiker  0.0000109547 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5430  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.8 
 
 
614 aa  187  4e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0043717  normal  0.0207602 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4341  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.55 
 
 
614 aa  187  5e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.139999  normal  0.582372 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4372  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.47 
 
 
614 aa  187  5e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0258695  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4536  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.31 
 
 
614 aa  187  8e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.329693  hitchhiker  0.0000000267555 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4020  TonB-dependent vitamin B12 receptor  27.64 
 
 
614 aa  186  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00348064  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4050  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.64 
 
 
614 aa  186  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00780594  decreased coverage  0.000540594 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4020  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.24 
 
 
615 aa  185  2.0000000000000003e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000194494  normal  0.015002 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4462  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.86 
 
 
614 aa  184  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0180001  hitchhiker  0.0000000000824718 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4200  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.33 
 
 
614 aa  184  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000101627  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4413  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.64 
 
 
614 aa  184  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000903793  hitchhiker  0.00898611 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1368  TonB-dependent receptor  28.97 
 
 
627 aa  184  5.0000000000000004e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.249969  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4507  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.33 
 
 
614 aa  184  6e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000315572  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  26.45 
 
 
646 aa  177  7e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002156  outer membrane vitamin B12 receptor BtuB  26.55 
 
 
611 aa  172  1e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000122091  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1502  TonB-dependent receptor  26.43 
 
 
613 aa  173  1e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0123  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.42 
 
 
631 aa  172  2e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000105264  normal  0.11479 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3735  TonB-dependent receptor plug  26.27 
 
 
628 aa  171  4e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000331916  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  26.87 
 
 
617 aa  170  7e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  27.82 
 
 
634 aa  170  8e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0654  TonB-dependent receptor  27.69 
 
 
638 aa  170  9e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.561107  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1004  TonB-dependent receptor  27.46 
 
 
618 aa  169  2e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0684927  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3340  TonB-dependent receptor, plug  25.66 
 
 
613 aa  169  2e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0790  TonB-dependent receptor  26.84 
 
 
614 aa  167  5e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.270148  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3783  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27 
 
 
615 aa  166  1.0000000000000001e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000781057  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4770  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.36 
 
 
623 aa  166  2.0000000000000002e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000262019  normal  0.0314633 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47800  putative tonB-dependent receptor  28.33 
 
 
616 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.173562  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  24.85 
 
 
618 aa  164  3e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0142  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.73 
 
 
630 aa  164  6e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000593825  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4073  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.73 
 
 
630 aa  164  6e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000943492  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1925  TonB-dependent receptor  26.94 
 
 
642 aa  163  8.000000000000001e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55144  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33130  TonB-dependent vitamin B12 receptor  27.44 
 
 
1023 aa  163  9e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2402  putative TonB dependent vitamin B12 outer membrane receptor  26.18 
 
 
611 aa  161  4e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4119  TonB-dependent vitamin B12 receptor  28.3 
 
 
616 aa  160  5e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1065  TonB-dependent receptor  26.76 
 
 
611 aa  159  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.362217 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0198  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25 
 
 
631 aa  159  1e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0194454  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2735  TonB-dependent receptor  26.67 
 
 
641 aa  159  1e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00964506  normal  0.0993289 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2165  TonB-dependent vitamin B12 receptor  26.49 
 
 
616 aa  157  7e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3189  TonB-dependent receptor, plug  25.49 
 
 
623 aa  156  1e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00261  phosphatidylglycerophosphatase  26.94 
 
 
617 aa  154  4e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3845  TonB-dependent receptor, plug  26.57 
 
 
628 aa  154  5e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529618  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2342  TonB-dependent receptor  26.1 
 
 
611 aa  154  5.9999999999999996e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.499314  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1926  TonB-dependent receptor  27.48 
 
 
627 aa  152  1e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.201933  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2815  TonB-dependent receptor  26.35 
 
 
619 aa  152  1e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.186668  normal  0.478128 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1957  TonB-dependent receptor, putative  27.5 
 
 
638 aa  152  2e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0488183  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0132  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.53 
 
 
631 aa  152  2e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00107286  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1459  TonB-dependent receptor  25 
 
 
647 aa  152  2e-35  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.208108  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0812  TonB-dependent receptor plug  26.24 
 
 
659 aa  151  3e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.183722  normal  0.24775 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02166  TonB-dependent outer membrane Receptor  27.47 
 
 
619 aa  150  6e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2648  TonB-dependent receptor  25.83 
 
 
602 aa  150  6e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3757  TonB-dependent receptor plug  26.82 
 
 
612 aa  150  7e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0192  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.77 
 
 
631 aa  150  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.051851  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1110  TonB-dependent receptor  28.1 
 
 
625 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000459108  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1186  TonB-dependent receptor  27.05 
 
 
634 aa  147  5e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.874956  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0628  Outer membrane cobalamin receptor protein-like  25.27 
 
 
638 aa  147  6e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000288278  normal  0.81106 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5676  TonB-dependent receptor plug  25.64 
 
 
662 aa  145  2e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  24.62 
 
 
634 aa  144  4e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5290  TonB-dependent receptor plug  25.49 
 
 
673 aa  144  5e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2789  TonB-dependent receptor  25.96 
 
 
698 aa  141  4.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.973502 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0084  TonB-dependent receptor, plug  25.76 
 
 
671 aa  140  8.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.380129  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0565  TonB-dependent receptor  25.47 
 
 
613 aa  139  1e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.228454 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1339  TonB-dependent receptor  24.51 
 
 
714 aa  136  9.999999999999999e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.368228 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0461  TonB-dependent vitamin B12 receptor  25.12 
 
 
613 aa  135  1.9999999999999998e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00224002  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0521  TonB-dependent receptor  24.09 
 
 
617 aa  135  3e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2368  TonB-dependent receptor, plug  25.54 
 
 
617 aa  132  2.0000000000000002e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.848515  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1382  TonB-dependent receptor  26.42 
 
 
655 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00890122  normal  0.0713693 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0721  Outer membrane cobalamin receptor protein-like  25.81 
 
 
640 aa  130  8.000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0250  TonB-dependent receptor plug  24.54 
 
 
597 aa  130  8.000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3929  enterobactin receptor protein  26.61 
 
 
663 aa  130  8.000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.881798 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0969  outer membrane receptor for transport of vitamin B  25.87 
 
 
645 aa  129  2.0000000000000002e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.01117 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07860  TonB-dependent vitamin B12 receptor  24.47 
 
 
630 aa  129  2.0000000000000002e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.239557  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1115  TonB-dependent receptor  24.85 
 
 
705 aa  128  4.0000000000000003e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0995  TonB-dependent receptor  23.92 
 
 
629 aa  128  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.864049  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6080  putative TonB-dependent receptor  28.38 
 
 
690 aa  127  9e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.341343  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6079  putative TonB-dependent receptor  25.91 
 
 
680 aa  126  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0972806  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1639  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  26.73 
 
 
685 aa  125  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.18341  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2327  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  26.73 
 
 
685 aa  125  2e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.52571  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2959  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  26.73 
 
 
685 aa  125  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2621  TonB-dependent receptor, plug  24.1 
 
 
695 aa  125  2e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1347  iron compound TonB-dependent receptor, putative  25.84 
 
 
620 aa  125  3e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1035  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  26.61 
 
 
685 aa  125  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.127064  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3502  putative outer membrane cobalamin receptor, TonB dependent  23.6 
 
 
623 aa  124  5e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.86203  normal  0.929142 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3696  TonB-dependent receptor  25.2 
 
 
620 aa  124  5e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.405494  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0685  vitamin B12 receptor BtuB, putative  26.73 
 
 
685 aa  124  6e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.174842  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4523  enterobactin receptor protein  25.54 
 
 
663 aa  124  7e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2400  outer membrane receptor protein  24.96 
 
 
621 aa  124  8e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.901841 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1187  outer membrane receptor for transport of vitamin B  26.61 
 
 
821 aa  124  8e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.096047  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1028  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  26.61 
 
 
685 aa  123  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.15146  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0571  TonB-dependent receptor plug  24.92 
 
 
628 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.487741  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2219  TonB-dependent receptor  24.13 
 
 
692 aa  121  3e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2063  TonB-dependent receptor  23.28 
 
 
645 aa  122  3e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.785465  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1306  putative iron compound TonB-dependent receptor  25.68 
 
 
697 aa  122  3e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.986607  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0560  TonB-dependent receptor, plug  26.12 
 
 
623 aa  121  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5008  TonB-dependent receptor  25.46 
 
 
627 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.877838 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3315  TonB-dependent receptor plug  24.49 
 
 
650 aa  120  9e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2547  TonB-dependent receptor plug  24.31 
 
 
615 aa  119  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.792273  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>