More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03557 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_03557  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 229 aa  474  1e-133  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000983286  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3920  two component transcriptional regulator  71.93 
 
 		 237 aa  344  6e-94  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1791  two component transcriptional regulator  65.33 
 
 		 230 aa  319  1.9999999999999998e-86  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000231936  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3982  DNA-binding response regulator  64.32 
 
 		 238 aa  311  4.999999999999999e-84  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.319576  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2193  DNA-binding response regulator  64.44 
 
 		 230 aa  311  5.999999999999999e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2494  two component transcriptional regulator  65.33 
 
 		 232 aa  311  5.999999999999999e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00298377  normal  0.523068 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1738  two component transcriptional regulator  64 
 
 		 230 aa  311  5.999999999999999e-84  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.485524  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2122  two component transcriptional regulator  63.72 
 
 		 231 aa  310  1e-83  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00660884  normal  0.0855219 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2518  two component transcriptional regulator  64 
 
 		 230 aa  310  1e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0122186  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1875  two component transcriptional regulator  64 
 
 		 230 aa  310  1e-83  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00450797  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1827  two component transcriptional regulator  64 
 
 		 230 aa  310  1e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0283431  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2202  two component transcriptional regulator  64 
 
 		 230 aa  310  1e-83  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0636153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2279  two component transcriptional regulator  64 
 
 		 230 aa  310  1e-83  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00696203  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2450  two component transcriptional regulator, winged helix family  64 
 
 		 230 aa  310  1e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000016563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2412  two component transcriptional regulator  64 
 
 		 230 aa  310  1e-83  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000515704  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1623  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  63.11 
 
 		 229 aa  307  1.0000000000000001e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.314496  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2005  response regulator receiver protein  61.78 
 
 		 231 aa  296  2e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.209106 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3685  two component transcriptional regulator  60.26 
 
 		 233 aa  293  1e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.934173  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1840  two component transcriptional regulator  64.04 
 
 		 227 aa  285  2.9999999999999996e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1016  response regulator receiver domain-containing protein  59.03 
 
 		 230 aa  283  1.0000000000000001e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0314  two component transcriptional regulator  47.39 
 
 		 233 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.765921 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0536  two component transcriptional regulator  46.75 
 
 		 233 aa  195  5.000000000000001e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1681  two-component transcriptional regulator  46.96 
 
 		 233 aa  194  1e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0402  two component transcriptional regulator  46.38 
 
 		 235 aa  194  1e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.344138  normal  0.0526207 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2441  two component transcriptional regulator  47.19 
 
 		 233 aa  191  9e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.325552  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0361  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.41 
 
 		 233 aa  189  4e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.324623  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0463  two component transcriptional regulator  45.99 
 
 		 233 aa  186  2e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.966783  normal  0.711351 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0367  winged helix family two component transcriptional regulator  45.99 
 
 		 233 aa  186  2e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0127671 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2047  two component transcriptional regulator  44.68 
 
 		 236 aa  186  2e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50343  normal  0.117999 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0443  two component transcriptional regulator  45.99 
 
 		 233 aa  186  3e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0348  transcriptional regulatory protein  45.99 
 
 		 233 aa  186  4e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.618403  normal  0.242627 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3571  two component transcriptional regulator  44.83 
 
 		 233 aa  185  4e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7367  two component transcriptional regulator  45.57 
 
 		 233 aa  185  4e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2741  two component transcriptional regulator  44.02 
 
 		 231 aa  186  4e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.299643 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2845  two component transcriptional regulator  45.34 
 
 		 232 aa  185  6e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.868207 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0597  two component transcriptional regulator  45.57 
 
 		 233 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2090  DNA-binding response regulator BvrR, putative  44.64 
 
 		 239 aa  183  2.0000000000000003e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0306093  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2010  putative DNA-binding response regulator BvrR  44.64 
 
 		 239 aa  183  2.0000000000000003e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.112651  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0212  two component transcriptional regulator  45.45 
 
 		 233 aa  183  2.0000000000000003e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0828  two component transcriptional regulator  44.64 
 
 		 239 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0815733  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1884  two component transcriptional regulator  44.02 
 
 		 233 aa  180  2e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0044  two component response regulator  43.1 
 
 		 240 aa  180  2e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5433  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.75 
 
 		 238 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.177781  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0225  two component transcriptional regulator  43.75 
 
 		 238 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0106464 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3089  two component transcriptional regulator  44.12 
 
 		 236 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.63756 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3422  two component transcriptional regulator  44.26 
 
 		 241 aa  179  4e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3252  two component transcriptional regulator  44.77 
 
 		 240 aa  178  4.999999999999999e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1975  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.45 
 
 		 236 aa  177  9e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.206633  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0255  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.59 
 
 		 231 aa  177  1e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.02112 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0111  two component transcriptional regulator  43.51 
 
 		 233 aa  177  1e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953605 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1238  response regulator receiver  43.21 
 
 		 237 aa  176  2e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1179  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.21 
 
 		 237 aa  176  2e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.566879  normal  0.163877 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1400  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.21 
 
 		 237 aa  176  2e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0577794  normal  0.435154 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3969  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.08 
 
 		 244 aa  176  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.966692  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4296  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.08 
 
 		 250 aa  175  4e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0074  two component transcriptional regulator  44.26 
 
 		 236 aa  175  6e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2907  two component transcriptional regulator  42.37 
 
 		 250 aa  174  7e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1332  transcriptional regulatory protein BvrR  42.49 
 
 		 240 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4630  two component transcriptional regulator  41.84 
 
 		 235 aa  170  1e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0961185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4634  DNA-binding response regulator CreB  36.73 
 
 		 229 aa  153  2e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4949  DNA-binding response regulator CreB  36.73 
 
 		 229 aa  152  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5913  DNA-binding response regulator CreB  36.73 
 
 		 229 aa  152  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4997  DNA-binding response regulator CreB  36.73 
 
 		 229 aa  152  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04274  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CreC  36.73 
 
 		 229 aa  152  4e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3599  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.73 
 
 		 229 aa  152  4e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1203  two component transcriptional regulator  39.04 
 
 		 233 aa  152  4e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.856614  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3658  DNA-binding response regulator CreB  36.73 
 
 		 229 aa  152  4e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04239  hypothetical protein  36.73 
 
 		 229 aa  152  4e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0559  DNA-binding response regulator CreB  39.29 
 
 		 229 aa  151  8e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4946  DNA-binding response regulator CreB  35.29 
 
 		 221 aa  143  2e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0654  two component transcriptional regulator  34.93 
 
 		 228 aa  135  4e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.682961 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0661  two component transcriptional regulator  34.93 
 
 		 228 aa  135  4e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0674  two component transcriptional regulator  34.93 
 
 		 228 aa  135  4e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.850641 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4871  DNA-binding response regulator CreB  37.83 
 
 		 226 aa  135  4e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.608103  normal  0.305164 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1104  response regulator receiver protein  36.05 
 
 		 222 aa  134  9e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4585  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.52 
 
 		 234 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.209184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4839  DNA-binding response regulator CreB  36.61 
 
 		 229 aa  133  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.877159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2231  two component transcriptional regulator  36.24 
 
 		 234 aa  133  1.9999999999999998e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4946  DNA-binding response regulator CreB  36.61 
 
 		 229 aa  133  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4912  DNA-binding response regulator CreB  36.61 
 
 		 229 aa  133  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A5000  DNA-binding response regulator CreB  36.61 
 
 		 229 aa  133  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0360  DNA-binding response regulator CreB  35.65 
 
 		 226 aa  131  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.48199  normal  0.18469 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0153  two component transcriptional regulator  36.25 
 
 		 253 aa  131  7.999999999999999e-30  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.711737  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0357  DNA-binding response regulator CreB  36.09 
 
 		 226 aa  131  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.501858  normal  0.680539 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3929  two component transcriptional regulator  33.19 
 
 		 247 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1491  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  35.5 
 
 		 235 aa  130  1.0000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2689  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  35.5 
 
 		 240 aa  130  1.0000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0109  two component transcriptional regulator  36.25 
 
 		 253 aa  131  1.0000000000000001e-29  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.427788  normal  0.468211 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0485  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  36.24 
 
 		 244 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.773776  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4120  DNA-binding response regulator CreB  35.06 
 
 		 226 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2367  two component transcriptional regulator  35.5 
 
 		 235 aa  130  1.0000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04710  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.24 
 
 		 237 aa  130  1.0000000000000001e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0568  DNA-binding response regulator CreB  36.05 
 
 		 229 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0391692  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6330  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.68 
 
 		 234 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000626879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5196  DNA-binding response regulator CreB  35.65 
 
 		 226 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.247569 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4998  DNA-binding response regulator CreB  36.16 
 
 		 229 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.866584 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4913  two component transcriptional regulator  36.36 
 
 		 231 aa  130  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121364 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03700  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  35.24 
 
 		 226 aa  130  2.0000000000000002e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.132847 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0831  two component transcriptional regulator  34.5 
 
 		 228 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.310785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2983  two component transcriptional regulator  37.12 
 
 		 228 aa  129  3e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>