More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03443 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_03443  transcriptional regulator, HTH_3 family protein  100 
 
 		 208 aa  436  1e-121  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1555  transcriptional regulator  52.91 
 
 		 181 aa  179  4e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0327  XRE family transcriptional regulator  48.91 
 
 		 191 aa  157  8e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000523898  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0324  XRE family transcriptional regulator  49.18 
 
 		 191 aa  157  8e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000421536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3700  XRE family transcriptional regulator  50.89 
 
 		 191 aa  157  9e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000696836  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0424  XRE family transcriptional regulator  48.37 
 
 		 188 aa  157  1e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  48.91 
 
 		 191 aa  157  1e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0323  XRE family transcriptional regulator  48.63 
 
 		 191 aa  156  2e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000737434  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0319  XRE family transcriptional regulator  50.89 
 
 		 191 aa  156  2e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000379854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  48.09 
 
 		 191 aa  155  6e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0134  hypothetical protein  47.25 
 
 		 191 aa  152  2.9999999999999998e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2231  XRE family transcriptional regulator  46.49 
 
 		 187 aa  147  1.0000000000000001e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000245077 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1642  XRE family transcriptional regulator  46.99 
 
 		 186 aa  142  4e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.065261  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2484  XRE family transcriptional regulator  42.29 
 
 		 187 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0499056 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1663  DNA-binding protein  43.48 
 
 		 185 aa  135  6.0000000000000005e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1982  XRE family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 175 aa  134  9.999999999999999e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.623481  normal  0.364753 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1740  DNA-binding protein  41.81 
 
 		 178 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000189008  hitchhiker  2.35786e-17 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01392  predicted DNA-binding transcriptional regulator  41.81 
 
 		 178 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2212  transcriptional regulator, XRE family  41.81 
 
 		 178 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1517  DNA-binding protein  41.81 
 
 		 178 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01402  hypothetical protein  41.81 
 
 		 178 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1613  DNA-binding protein  41.81 
 
 		 178 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2225  XRE family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 178 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.639128 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4268  transcriptional regulator, XRE family  42.54 
 
 		 188 aa  129  3e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2039  DNA-binding protein  41.81 
 
 		 178 aa  129  3e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000824446  hitchhiker  5.01479e-19 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1722  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 185 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.185673  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1783  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 178 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1556  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 178 aa  126  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  41.44 
 
 		 188 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1737  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 185 aa  126  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1719  XRE family transcriptional regulator  40.11 
 
 		 178 aa  123  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.499876  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3086  transcriptional regulator, putative  37.91 
 
 		 212 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0196484  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 224 aa  114  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2542  DNA-binding protein  37.02 
 
 		 185 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34730  XRE family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 193 aa  111  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0210921  normal  0.262574 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2614  transcriptional regulator  36.93 
 
 		 248 aa  111  9e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.325655  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0921  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 260 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.746837  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0917  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 192 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  33.89 
 
 		 192 aa  109  3e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2928  DNA-binding protein  36.67 
 
 		 185 aa  108  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384603 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2481  DNA-binding protein  34.64 
 
 		 185 aa  107  1e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00193646  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2346  transcriptional regulator  37.91 
 
 		 215 aa  107  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2254  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 185 aa  106  3e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0575156  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  34.36 
 
 		 207 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2239  transcriptional regulator  34.46 
 
 		 185 aa  103  3e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0224117  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2197  transcriptional regulator  35.16 
 
 		 185 aa  102  3e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.26325  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2279  DNA-binding protein  35.2 
 
 		 185 aa  102  4e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.268468  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2448  DNA-binding protein  35.2 
 
 		 185 aa  102  4e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.191992  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2463  DNA-binding protein  35.2 
 
 		 185 aa  102  4e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0662  XRE family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 259 aa  102  6e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01840  transcriptional regulator, XRE family  32.94 
 
 		 182 aa  99.8  3e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1579  transcriptional regulator  32.78 
 
 		 182 aa  98.6  6e-20  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.168139  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0850  XRE family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 182 aa  96.7  2e-19  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.406298  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0945  transcriptional regulator, XRE family  32.04 
 
 		 184 aa  95.5  5e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000133489  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7005  transcriptional regulator, XRE family  30.54 
 
 		 212 aa  94.4  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.89282 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4158  XRE family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 204 aa  93.2  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1096  helix-turn-helix domain-containing protein  32.95 
 
 		 182 aa  93.6  2e-18  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4875  HTH-type transcriptional regulator  33.74 
 
 		 214 aa  91.7  8e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.256136  normal  0.0946557 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4633  DNA-binding protein  30.22 
 
 		 190 aa  90.1  2e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4333  XRE family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 190 aa  90.1  2e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4631  DNA-binding protein  30.22 
 
 		 190 aa  90.1  2e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4806  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.94 
 
 		 203 aa  90.1  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4400  DNA-binding protein  30.22 
 
 		 190 aa  89.7  3e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4240  DNA-binding protein  30.22 
 
 		 190 aa  89.7  3e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4252  DNA-binding protein  30.22 
 
 		 190 aa  89.7  3e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4740  DNA-binding protein  30.22 
 
 		 190 aa  89.7  3e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4617  DNA-binding protein  30.22 
 
 		 190 aa  89.7  3e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3063  transcriptional regulator, XRE family  31.64 
 
 		 201 aa  89.4  4e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3771  transcriptional regulator, XRE family  34.29 
 
 		 198 aa  89  5e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.471902  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3022  XRE family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 208 aa  89  5e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4848  transcriptional regulator, XRE family  34.29 
 
 		 198 aa  89  5e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4613  DNA-binding protein  30.22 
 
 		 190 aa  88.2  7e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5159  XRE family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 203 aa  88.6  7e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4537  XRE family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 203 aa  88.6  7e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4971  XRE family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 203 aa  88.2  7e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.110875  normal  0.347082 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5700  XRE family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 203 aa  88.6  7e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00441066 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0622  DNA-binding protein  29.67 
 
 		 190 aa  87.8  1e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.475485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1109  XRE family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 183 aa  87.8  1e-16  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02293  putative transcription regulator protein  31.25 
 
 		 182 aa  86.7  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.40687 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3114  XRE family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 203 aa  86.7  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.935644  normal  0.475898 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3180  XRE family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 203 aa  86.7  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0744  XRE family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 209 aa  86.3  3e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.541206  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5322  XRE family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 203 aa  86.3  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.869737  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0004  DNA-binding protein  28.87 
 
 		 202 aa  86.3  3e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1211  helix-turn-helix domain-containing protein  34.69 
 
 		 200 aa  86.3  3e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.924879 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1509  putative DNA-binding protein  28.87 
 
 		 202 aa  86.3  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.221821  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1430  DNA-binding protein  28.87 
 
 		 202 aa  86.3  3e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1150  DNA-binding protein  28.87 
 
 		 202 aa  86.3  3e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.129822  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0005  DNA-binding protein  28.87 
 
 		 202 aa  86.3  3e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.792058  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0004  DNA-binding protein  28.87 
 
 		 202 aa  86.3  3e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.278794  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0004  DNA-binding cupin domain-containing protein  28.87 
 
 		 202 aa  86.3  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0004  DNA-binding protein  28.49 
 
 		 202 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4938  XRE family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 206 aa  83.6  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.839761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4804  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  31.93 
 
 		 198 aa  82.4  0.000000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0608  XRE family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 227 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4983  transcriptional regulator, XRE family  28.65 
 
 		 209 aa  81.6  0.000000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0953387  normal  0.300371 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0634  XRE family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 229 aa  81.6  0.000000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.43558 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3325  transcriptional regulator, XRE family  29.29 
 
 		 229 aa  81.6  0.000000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.610712  normal  0.167348 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4967  transcriptional regulator, XRE family  27.01 
 
 		 218 aa  81.3  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.454469  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3025  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 188 aa  79.3  0.00000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314698  normal  0.932142 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>