More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03378 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0334  TonB-dependent receptor  53.03 
 
 		 815 aa  822    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000617894  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03378  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 798 aa  1619    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0156374  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3961  TonB-dependent receptor  26.59 
 
 		 835 aa  241  4e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1260  TonB-dependent receptor  27.22 
 
 		 866 aa  218  2.9999999999999998e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0068  TonB-dependent receptor  27.43 
 
 		 798 aa  193  1e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00237309  hitchhiker  0.00396946 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3988  TonB-dependent receptor  26.6 
 
 		 798 aa  192  2e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000235152  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0063  TonB-dependent receptor  27.28 
 
 		 798 aa  192  2e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0128619  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0067  outer membrane insertion C-terminal signal  27.28 
 
 		 798 aa  191  7e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00013463  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02625  TonB-dependent receptor  25.88 
 
 		 836 aa  185  2.0000000000000003e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.107636  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0066  TonB-dependent receptor  26.84 
 
 		 798 aa  185  3e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000206959  hitchhiker  0.0000000155765 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0064  TonB-dependent receptor  26.84 
 
 		 798 aa  185  3e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00224959  unclonable  0.0000416662 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0068  TonB-dependent receptor  26.84 
 
 		 798 aa  185  3e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000121546  unclonable  0.000000000240632 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4286  TonB-dependent receptor  26.94 
 
 		 798 aa  185  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000018092  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01250  TonB-dependent receptor  26.96 
 
 		 882 aa  184  4.0000000000000006e-45  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0305  TonB-dependent receptor  26.44 
 
 		 786 aa  184  8.000000000000001e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.301005 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1434  TonB-dependent receptor  27.39 
 
 		 753 aa  183  9.000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000294975  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0866  TonB-dependent receptor  25.8 
 
 		 879 aa  171  4e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.250778  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3280  TonB-dependent receptor  25.24 
 
 		 923 aa  168  2.9999999999999998e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.322049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3963  TonB-dependent receptor  26.17 
 
 		 812 aa  167  5e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000386767  normal  0.0993256 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02415  TonB-dependent receptor  24.88 
 
 		 814 aa  167  6.9999999999999995e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2959  TonB-dependent receptor  26.52 
 
 		 761 aa  165  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.404716 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3503  TonB-dependent receptor  26.7 
 
 		 754 aa  164  8.000000000000001e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.216173  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04790  TonB-dependent receptor  24.29 
 
 		 793 aa  164  9e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0241337  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0143  TonB-dependent receptor plug  26.62 
 
 		 864 aa  163  1e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.556848  normal  0.758309 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3957  TonB-dependent receptor  24.43 
 
 		 870 aa  161  6e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.143097  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1484  TonB-dependent receptor plug  24.91 
 
 		 831 aa  160  6e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.135772  normal  0.425755 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0977  TonB-dependent receptor  26.31 
 
 		 757 aa  154  8.999999999999999e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1822  TonB-dependent receptor, plug  26.02 
 
 		 756 aa  144  8e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000398859  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1881  TonB-dependent receptor  25.7 
 
 		 838 aa  132  3e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.490789  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3229  TonB-dependent receptor  23.24 
 
 		 875 aa  127  8.000000000000001e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4077  cyclic nucleotide-binding protein  33.77 
 
 		 959 aa  119  3e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2341  TonB-dependent receptor  26.18 
 
 		 764 aa  85.1  0.000000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003321  ferrichrome-iron receptor  22.35 
 
 		 711 aa  82.8  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3741  TonB-dependent siderophore receptor  32.79 
 
 		 723 aa  81.6  0.00000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.433802  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2861  ferrichrome-iron receptor  22.35 
 
 		 808 aa  79  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.331625  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4852  TonB-dependent siderophore receptor  22.22 
 
 		 810 aa  77.8  0.0000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1628  TonB-dependent receptor, plug  32.18 
 
 		 680 aa  77.8  0.0000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.58484 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0706  TonB-dependent receptor  28.76 
 
 		 792 aa  76.6  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993483 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3294  TonB-dependent receptor, plug  32.37 
 
 		 676 aa  76.6  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3738  TonB-dependent receptor  27.21 
 
 		 665 aa  75.9  0.000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.430842  normal  0.0543439 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2678  enterobactin receptor protein  28.93 
 
 		 653 aa  75.5  0.000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0934  putative outer membrane receptor  32.78 
 
 		 655 aa  75.1  0.000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0576  putative hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  27.95 
 
 		 806 aa  74.3  0.000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.708306  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0049  TonB-dependent siderophore receptor  33.33 
 
 		 703 aa  73.6  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.627674  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5189  TonB-dependent siderophore receptor  25.48 
 
 		 808 aa  73.9  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.435834  normal  0.330016 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6866  TonB-dependent siderophore receptor  25.84 
 
 		 748 aa  73.9  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0160  ferrichrome outer membrane transporter  22.09 
 
 		 747 aa  73.6  0.00000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0747  TonB-dependent siderophore receptor  30.36 
 
 		 806 aa  73.9  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00149  ferrichrome outer membrane transporter  22.36 
 
 		 747 aa  73.2  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.145506  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3502  TonB-dependent siderophore receptor  21.81 
 
 		 771 aa  73.2  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0943385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3613  TonB-dependent siderophore receptor  30.81 
 
 		 789 aa  72.8  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.187378 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0784  TonB-dependent siderophore receptor, putative  30.77 
 
 		 656 aa  72.8  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00148  hypothetical protein  22.36 
 
 		 745 aa  72.8  0.00000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.140481  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3509  ferrichrome outer membrane transporter  21.95 
 
 		 747 aa  72  0.00000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0167136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06160  putative hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  27.51 
 
 		 797 aa  72  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.616824  normal  0.0240396 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4752  TonB-dependent siderophore receptor  28.11 
 
 		 799 aa  70.1  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0186383  normal  0.142458 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2756  colicin I receptor  30.11 
 
 		 656 aa  70.5  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.35711  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1691  TonB-dependent receptor, plug  28.21 
 
 		 732 aa  70.5  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.524758  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2867  TonB-dependent siderophore receptor  30.3 
 
 		 733 aa  69.7  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0132982  normal  0.0165927 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1853  TonB-dependent receptor  24.19 
 
 		 721 aa  69.3  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01120  iron-regulated outer membrane virulence protein  32.72 
 
 		 572 aa  69.7  0.0000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3535  TonB-dependent receptor  30.48 
 
 		 681 aa  70.1  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.243459  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2302  colicin I receptor  30.41 
 
 		 641 aa  69.3  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.010442 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2390  colicin I receptor  29.55 
 
 		 650 aa  68.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.107934 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2434  colicin I receptor  29.55 
 
 		 650 aa  68.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.198809 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0687  TonB-dependent siderophore receptor  25.24 
 
 		 797 aa  69.3  0.0000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.862135  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1436  TonB-dependent receptor  29.35 
 
 		 749 aa  68.9  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000358025  decreased coverage  0.0000102915 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2345  colicin I receptor  29.55 
 
 		 650 aa  68.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0748809  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2548  colicin I receptor  29.55 
 
 		 650 aa  68.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00911927 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21730  putative TonB-dependent receptor  24.19 
 
 		 721 aa  69.3  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02084  ferric iron-catecholate outer membrane transporter  29.82 
 
 		 663 aa  68.6  0.0000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1503  TonB-dependent receptor plug  29.82 
 
 		 663 aa  68.6  0.0000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000115095  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3290  colicin I receptor  29.82 
 
 		 659 aa  68.6  0.0000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.359827  normal  0.810258 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2082  TonB-dependent siderophore receptor  21.51 
 
 		 771 aa  68.6  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.340788  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2289  colicin I receptor  29.82 
 
 		 663 aa  68.6  0.0000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02043  hypothetical protein  29.82 
 
 		 663 aa  68.6  0.0000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.214275  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0885  TonB-dependent siderophore receptor  28.09 
 
 		 794 aa  68.9  0.0000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.436888  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1493  colicin I receptor  29.82 
 
 		 663 aa  68.6  0.0000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.351325 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2438  colicin I receptor  29.55 
 
 		 650 aa  68.9  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.593043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2451  colicin I receptor  29.82 
 
 		 663 aa  68.6  0.0000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  28.93 
 
 		 730 aa  68.2  0.0000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2711  TonB-dependent receptor  26.07 
 
 		 766 aa  68.6  0.0000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.918859  normal  0.60729 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1631  TonB-dependent receptor, plug  27.45 
 
 		 739 aa  68.2  0.0000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.371565 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1659  TonB-dependent receptor  25.63 
 
 		 714 aa  68.2  0.0000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000365717  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2046  TonB-dependent receptor  30.41 
 
 		 713 aa  67.8  0.0000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00183904 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0028  enterobactin receptor protein  28.44 
 
 		 652 aa  67.8  0.0000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000507235  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1513  TonB-dependent receptor  31.21 
 
 		 649 aa  67.8  0.0000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000309269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3322  TonB-dependent siderophore receptor  31.55 
 
 		 828 aa  67.8  0.0000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0224  ferrichrome outer membrane transporter  21.49 
 
 		 747 aa  67.4  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.969953  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2549  TonB-dependent siderophore receptor  28.8 
 
 		 700 aa  67.4  0.0000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.133657  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1206  TonB-dependent siderophore receptor, putative  29.82 
 
 		 833 aa  67.4  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.843883  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4281  hypothetical protein  30.41 
 
 		 700 aa  67.4  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5052  TonB-dependent receptor  30 
 
 		 726 aa  67.4  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0923716  normal  0.422268 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2500  TonB-dependent receptor  28.11 
 
 		 757 aa  67  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0249349  hitchhiker  0.00279942 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4085  TonB-dependent receptor  27.09 
 
 		 685 aa  66.6  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.141893  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2263  TonB-dependent receptor  31.64 
 
 		 882 aa  66.2  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.594677  normal  0.894337 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2335  TonB-dependent receptor  31.64 
 
 		 882 aa  66.2  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0682535  normal  0.0458053 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2060  TonB-dependent receptor  27.66 
 
 		 781 aa  66.2  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.437498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2624  TonB-dependent receptor  31.46 
 
 		 886 aa  66.2  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0750923  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2699  TonB-dependent receptor  31.46 
 
 		 886 aa  66.2  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.475317  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>