More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03339 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_03339  Response regulator consisting of a CheY-like receiver domain and a winged-helix DNA-binding domain  100 
 
 		 226 aa  456  1e-127  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0275  two component transcriptional regulator  55.56 
 
 		 228 aa  256  2e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0264375 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0189  two component transcriptional regulator, winged helix family  56 
 
 		 231 aa  256  2e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.364869 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.71 
 
 		 226 aa  256  2e-67  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3888  two component transcriptional regulator  53.39 
 
 		 223 aa  256  2e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.130623  normal  0.799765 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5481  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.11 
 
 		 228 aa  255  4e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537932  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3078  two component transcriptional regulator  54.22 
 
 		 234 aa  254  6e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4516  two component transcriptional regulator  53.42 
 
 		 225 aa  254  1.0000000000000001e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.158523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2157  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.47 
 
 		 226 aa  253  2.0000000000000002e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1842  two component transcriptional regulator  54.02 
 
 		 240 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0450  two component transcriptional regulator  57.73 
 
 		 227 aa  253  2.0000000000000002e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1442  two component transcriptional regulator  52.89 
 
 		 230 aa  253  2.0000000000000002e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0944  two component transcriptional regulator  55.56 
 
 		 225 aa  252  3e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.091613  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2012  winged helix family two component transcriptional regulator  53.33 
 
 		 241 aa  251  5.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.566736  normal  0.606644 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2141  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.33 
 
 		 241 aa  251  7e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.316028  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3740  two component transcriptional regulator  55.45 
 
 		 226 aa  251  8.000000000000001e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.487084  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2913  two component transcriptional regulator  52.73 
 
 		 227 aa  251  9.000000000000001e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0379396  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0435  DNA-binding response regulator  54.79 
 
 		 228 aa  251  9.000000000000001e-66  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3442  two component transcriptional regulator  52.89 
 
 		 241 aa  250  1e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.297648  normal  0.0871248 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2236  two component transcriptional regulator  53.57 
 
 		 227 aa  250  1e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.214459  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0943  two component transcriptional regulator  54.3 
 
 		 223 aa  250  1e-65  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0172896  normal  0.994999 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0902  two component transcriptional regulator  54.3 
 
 		 224 aa  247  9e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.375579  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2666  two component transcriptional regulator  53.1 
 
 		 255 aa  247  1e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.128945  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3517  two component transcriptional regulator  54.42 
 
 		 238 aa  247  1e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0423488  normal  0.321822 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0329  response regulator receiver  53.12 
 
 		 232 aa  246  2e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3484  two component transcriptional regulator  52.17 
 
 		 249 aa  245  3e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.524014  normal  0.179131 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1196  two-component transcriptional regulator  52.68 
 
 		 238 aa  246  3e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0406  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.12 
 
 		 232 aa  245  3e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.076876  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0612  DNA-binding response regulator  52.68 
 
 		 235 aa  244  9.999999999999999e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.688885  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0611  DNA-binding response regulator  52.68 
 
 		 235 aa  244  9.999999999999999e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0376  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.68 
 
 		 232 aa  243  9.999999999999999e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0097  two component transcriptional regulator  52.23 
 
 		 225 aa  238  5.999999999999999e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00144432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0638  two component transcriptional regulator  52.47 
 
 		 233 aa  238  6.999999999999999e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.403787  normal  0.96994 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1727  two component transcriptional regulator  52.51 
 
 		 228 aa  235  3e-61  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.284746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0090  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  51.35 
 
 		 227 aa  235  5.0000000000000005e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1074  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.12 
 
 		 248 aa  234  8e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.798214 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0293  two component transcriptional regulator  52.04 
 
 		 225 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.973428  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0286  two component transcriptional regulator  52.04 
 
 		 225 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0298  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.04 
 
 		 225 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.77813  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1370  two component response regulator  51.57 
 
 		 252 aa  233  2.0000000000000002e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0294  two component transcriptional regulator  52.04 
 
 		 225 aa  232  3e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0397  two component transcriptional regulator  52.04 
 
 		 225 aa  232  3e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4110  two component transcriptional regulator  51.34 
 
 		 225 aa  232  4.0000000000000004e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0925  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.22 
 
 		 248 aa  231  6e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0932454  normal  0.0109566 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0704  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.23 
 
 		 227 aa  231  8.000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205827  normal  0.593451 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4392  two component transcriptional regulator  50.89 
 
 		 225 aa  229  2e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0025821  decreased coverage  0.00000564878 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0767  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.77 
 
 		 229 aa  229  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.870104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1599  two component transcriptional regulator  53.12 
 
 		 228 aa  229  3e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118902  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4428  DNA-binding response regulator  50.68 
 
 		 225 aa  228  5e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0282  two component transcriptional regulator  50.68 
 
 		 225 aa  228  8e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.919503  hitchhiker  0.00000025705 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0281  two component transcriptional regulator  50.68 
 
 		 225 aa  228  8e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000001543 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3740  two component transcriptional regulator  50.68 
 
 		 225 aa  228  8e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.026682 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0109  response regulator receiver  48.66 
 
 		 225 aa  228  9e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000662688  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4783  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 225 aa  227  1e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000784885  unclonable  0.00000000984925 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4527  two component transcriptional regulator  49.55 
 
 		 226 aa  226  2e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4798  two component transcriptional regulator  53.33 
 
 		 230 aa  226  3e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.358461 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1233  two component transcriptional regulator  49.55 
 
 		 226 aa  224  7e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0130  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.32 
 
 		 224 aa  223  1e-57  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00147609  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0419  two component transcriptional regulator  49.33 
 
 		 229 aa  222  3e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.509677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0016  two component transcriptional regulator  49.33 
 
 		 262 aa  221  9.999999999999999e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.14 
 
 		 224 aa  218  3.9999999999999997e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000226454  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9846  two component response regulator  46.12 
 
 		 225 aa  217  1e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3519  two component transcriptional regulator  47.98 
 
 		 227 aa  216  2e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.683413  normal  0.634912 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2950  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.08 
 
 		 258 aa  216  2.9999999999999998e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0307025  normal  0.153934 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0451  DNA-binding response regulator  50.91 
 
 		 224 aa  215  4e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0227  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.68 
 
 		 224 aa  215  4e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3383  two component transcriptional regulator  50.68 
 
 		 224 aa  215  5e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3674  two component transcriptional regulator  47.98 
 
 		 263 aa  214  8e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.400914  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0998  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 		 223 aa  214  8e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4293  two component transcriptional regulator  50.68 
 
 		 224 aa  214  9e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000934276  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001641  putative two component response regulator transcription regulator protein  45.98 
 
 		 230 aa  214  9e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.170142  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2409  two component transcriptional regulator  47.75 
 
 		 226 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.615174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3081  two component signal transduction response regulator  50.22 
 
 		 223 aa  214  9.999999999999999e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3426  DNA-binding transcriptional activator CusR  48.4 
 
 		 226 aa  213  9.999999999999999e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2907  winged helix family two component transcriptional regulator  47.3 
 
 		 226 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00514074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2876  two component transcriptional regulator  47.3 
 
 		 226 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.5251  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1749  two component heavy metal response transcriptional regulator  51.14 
 
 		 242 aa  213  1.9999999999999998e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3977  two component transcriptional regulator  50.45 
 
 		 224 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3241  two-component transcriptional regulator  50.45 
 
 		 224 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.582303  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0990  transcriptional regulator  45.54 
 
 		 224 aa  213  1.9999999999999998e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000166767  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2784  two component transcriptional regulator  47.3 
 
 		 226 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3447  two component transcriptional regulator  47.51 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.679069  normal  0.861336 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2957  two component transcriptional regulator  49.55 
 
 		 223 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000406961  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4055  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  50.23 
 
 		 226 aa  213  1.9999999999999998e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0451  two component heavy metal response transcriptional regulator  49.77 
 
 		 230 aa  212  2.9999999999999995e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3127  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  46.64 
 
 		 227 aa  212  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.674952  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3985  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  50.68 
 
 		 226 aa  212  3.9999999999999995e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2337  two component heavy metal response transcriptional regulator  49.32 
 
 		 227 aa  212  3.9999999999999995e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0422  two component heavy metal response transcriptional regulator  49.77 
 
 		 227 aa  212  3.9999999999999995e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0187  two component transcriptional regulator  47.51 
 
 		 227 aa  212  3.9999999999999995e-54  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3297  DNA-binding heavy metal response regulator, putative  46.64 
 
 		 227 aa  211  5.999999999999999e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.441835  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2259  two component heavy metal response transcriptional regulator  49.77 
 
 		 225 aa  211  5.999999999999999e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5988  two component heavy metal response transcriptional regulator  48.86 
 
 		 225 aa  211  7e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2201  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  50.23 
 
 		 227 aa  211  9e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3971  hypothetical protein  49.09 
 
 		 224 aa  210  1e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.139394 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3855  two component heavy metal response transcriptional regulator  49.32 
 
 		 226 aa  210  1e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.845216 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5744  two component heavy metal response transcriptional regulator  49.32 
 
 		 225 aa  210  1e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0360294  normal  0.749662 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2929  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.73 
 
 		 230 aa  210  1e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0551332  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1780  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  48.86 
 
 		 228 aa  210  1e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.817023  normal  0.826624 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5178  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.95 
 
 		 225 aa  209  2e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.341313  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>