More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_02820 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_02820  TonB-dependent receptor  100 
 
 
935 aa  1899    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00655846  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1623  TonB-dependent receptor  40.18 
 
 
935 aa  647    Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000685263  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2720  TonB-dependent receptor  40.18 
 
 
935 aa  647    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000443965  decreased coverage  0.0000000374921 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1659  TonB-dependent receptor  40.18 
 
 
935 aa  647    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000155568  normal  0.103819 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1516  TonB-dependent receptor  39.87 
 
 
933 aa  637    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000131421  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2627  TonB-dependent receptor  40 
 
 
937 aa  649    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000622883  hitchhiker  0.000020018 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1822  TonB-dependent receptor, putative  39.35 
 
 
936 aa  626  1e-178  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1655  TonB-dependent receptor  39.88 
 
 
930 aa  620  1e-176  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.375074  normal  0.0861797 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1621  TonB-dependent receptor  39.88 
 
 
930 aa  620  1e-176  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00153762  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2722  TonB-dependent receptor  39.88 
 
 
930 aa  620  1e-176  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000264454  hitchhiker  0.00000515529 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3411  TonB-dependent receptor  37.42 
 
 
953 aa  582  1e-164  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.961049 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5429  TonB-dependent receptor  36.66 
 
 
1088 aa  555  1e-156  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0208974 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3309  TonB-dependent receptor  36.87 
 
 
981 aa  532  1e-149  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.018449  normal  0.497623 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3082  TonB-dependent receptor  35.42 
 
 
965 aa  511  1e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000538952  decreased coverage  0.0000060064 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1252  TonB-dependent receptor  35.49 
 
 
907 aa  501  1e-140  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000104446  unclonable  0.0000165135 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2361  TonB-dependent receptor  35.19 
 
 
869 aa  487  1e-136  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0791716  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3321  TonB-dependent receptor  34.7 
 
 
987 aa  487  1e-136  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0185531  normal  0.64896 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1784  TonB-dependent receptor  35.45 
 
 
873 aa  488  1e-136  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.942088  hitchhiker  0.0000219382 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2861  TonB-dependent receptor  35.4 
 
 
873 aa  484  1e-135  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.318133  hitchhiker  0.0000000966582 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2467  TonB-dependent receptor  34.56 
 
 
907 aa  479  1e-134  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000162909  hitchhiker  0.00002571 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2535  TonB-dependent receptor  34.89 
 
 
966 aa  468  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00182165  unclonable  0.0000531763 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02600  TonB-dependent receptor  32.8 
 
 
981 aa  464  1e-129  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2355  TonB-dependent receptor  33.58 
 
 
897 aa  454  1.0000000000000001e-126  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2565  TonB-dependent receptor  33.3 
 
 
843 aa  455  1.0000000000000001e-126  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0458531 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0250  TonB-dependent receptor  33.5 
 
 
952 aa  451  1e-125  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.117103  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2427  TonB-dependent receptor, plug  34.33 
 
 
966 aa  448  1.0000000000000001e-124  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000018893  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2036  TonB-dependent receptor  33.23 
 
 
841 aa  448  1.0000000000000001e-124  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.519963  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3757  TonB-dependent receptor  34.1 
 
 
924 aa  443  1e-123  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.19794  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3061  TonB-dependent receptor plug  32.47 
 
 
985 aa  444  1e-123  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00588952  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1940  TonB-dependent receptor  32.87 
 
 
838 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0622221  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0820  TonB-dependent receptor  32.71 
 
 
975 aa  437  1e-121  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0819  TonB-dependent receptor plug  33.61 
 
 
974 aa  434  1e-120  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.712019 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1958  TonB-dependent receptor  33.26 
 
 
853 aa  434  1e-120  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0202201  normal  0.592447 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2427  TonB-dependent receptor, putative  33.44 
 
 
853 aa  432  1e-119  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1903  TonB-dependent receptor  32.98 
 
 
855 aa  429  1e-118  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000110647  hitchhiker  0.0000976809 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2416  TonB-dependent receptor  32.7 
 
 
842 aa  427  1e-118  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2045  TonB-dependent receptor plug  32.98 
 
 
853 aa  427  1e-118  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0699598  hitchhiker  0.00000000333969 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2074  TonB-dependent receptor  32.94 
 
 
836 aa  423  1e-117  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2302  TonB-dependent receptor plug  32.87 
 
 
853 aa  425  1e-117  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.780014  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2418  TonB-dependent receptor plug  32.87 
 
 
853 aa  425  1e-117  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0641681  hitchhiker  0.00118555 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2075  TonB-dependent receptor  32.7 
 
 
855 aa  422  1e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00318528  hitchhiker  0.00256739 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3509  TonB-dependent receptor  33.47 
 
 
904 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3438  TonB-dependent receptor  33.37 
 
 
904 aa  419  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0855  TonB-dependent receptor  32.78 
 
 
904 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3632  TonB-dependent receptor  33.37 
 
 
904 aa  416  1e-114  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3083  TonB-dependent receptor  31.8 
 
 
912 aa  416  1e-114  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000522801  decreased coverage  0.000005339 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3556  TonB-dependent receptor  31.57 
 
 
944 aa  410  1e-113  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2411  TonB-dependent receptor  32.76 
 
 
901 aa  411  1e-113  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.135227  normal  0.143367 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1838  TonB-dependent receptor, putative  31.61 
 
 
839 aa  409  1.0000000000000001e-112  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000660835  normal  0.0669762 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2471  TonB-dependent receptor  31.57 
 
 
957 aa  384  1e-105  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.464894  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4165  TonB-dependent receptor  31.92 
 
 
947 aa  382  1e-104  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00322624  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0162  TonB-dependent receptor  31.65 
 
 
817 aa  369  1e-100  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.539362  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2993  TonB-dependent receptor  31.29 
 
 
966 aa  367  1e-100  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000340556  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2373  TonB-dependent receptor  30.56 
 
 
966 aa  364  5.0000000000000005e-99  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2044  TonB-dependent receptor, plug  34.83 
 
 
709 aa  360  6e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0644838  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01035  TonB-dependent receptor  30.98 
 
 
946 aa  358  3.9999999999999996e-97  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2653  TonB-dependent receptor  30.26 
 
 
948 aa  351  3e-95  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0810982  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0124  TonB-dependent receptor  29.79 
 
 
951 aa  350  8e-95  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000377031  unclonable  0.0000000000937896 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1810  TonB-dependent receptor, plug  30.44 
 
 
961 aa  348  3e-94  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0488165  normal  0.142718 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1426  TonB-dependent receptor  29.9 
 
 
969 aa  347  5e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.332394  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1674  TonB-dependent receptor  29.14 
 
 
951 aa  341  2.9999999999999998e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.215373  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1632  TonB-dependent receptor, plug  30.89 
 
 
929 aa  338  2.9999999999999997e-91  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000717844  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3424  TonB-dependent receptor  30.16 
 
 
944 aa  335  3e-90  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00012336  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01457  TonB-dependent outer membrane receptor  29.75 
 
 
914 aa  333  6e-90  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.11221  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1633  TonB-dependent receptor  29.35 
 
 
938 aa  332  2e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000109848  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0967  TonB-dependent receptor  29.78 
 
 
869 aa  331  3e-89  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0133332  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0680  TonB-dependent receptor  29.36 
 
 
852 aa  331  4e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000204176  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1868  TonB-dependent receptor  29.73 
 
 
935 aa  330  7e-89  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31102  normal  0.519882 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3385  TonB-dependent receptor  29.98 
 
 
910 aa  329  2.0000000000000001e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3760  TonB-dependent receptor  29.85 
 
 
967 aa  327  6e-88  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.155087  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01666  TonB-dependent outer membrane Receptor  27.75 
 
 
969 aa  327  9e-88  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.176148  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01107  TonB-dependent receptor  29.32 
 
 
871 aa  318  4e-85  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0244435  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3562  TonB-dependent receptor  29.24 
 
 
861 aa  317  7e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000011652  normal  0.26922 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3753  TonB-dependent receptor  29.24 
 
 
861 aa  317  7e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000402099  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3630  TonB-dependent receptor  29.45 
 
 
861 aa  317  8e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0782  TonB-dependent receptor  29.1 
 
 
861 aa  315  1.9999999999999998e-84  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.089219  normal  0.0917766 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0754  TonB-dependent receptor  29.1 
 
 
861 aa  314  4.999999999999999e-84  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.95641  normal  0.139424 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3184  TonB-dependent receptor  29.21 
 
 
861 aa  314  5.999999999999999e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.162767  hitchhiker  0.00577733 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0837  TonB-dependent receptor  29.38 
 
 
855 aa  313  9e-84  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.111272  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1513  TonB-dependent receptor  27.83 
 
 
964 aa  312  2e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0738  TonB-dependent receptor  29.97 
 
 
847 aa  310  5.9999999999999995e-83  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0108325  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0906  TonB-dependent receptor  29.27 
 
 
875 aa  309  2.0000000000000002e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2653  TonB-dependent receptor  27.9 
 
 
940 aa  308  3e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.698  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2967  TonB-dependent receptor  29.72 
 
 
857 aa  307  5.0000000000000004e-82  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000174041  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1503  outer membrane receptor protein  29.48 
 
 
899 aa  299  2e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1497  TonB-dependent receptor  28.74 
 
 
883 aa  296  2e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0195918 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1564  TonB-dependent receptor  28.74 
 
 
883 aa  296  2e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0877437 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1558  TonB-dependent receptor  28.59 
 
 
883 aa  296  2e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.786788  normal  0.359395 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1859  TonB-dependent receptor  28.85 
 
 
890 aa  293  1e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000127168 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3108  TonB-dependent receptor  28.27 
 
 
1020 aa  292  2e-77  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.2566  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2907  TonB-dependent receptor domain-containing protein  28.72 
 
 
884 aa  291  3e-77  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2119  TonB-dependent receptor  28.74 
 
 
890 aa  291  5.0000000000000004e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.817127  hitchhiker  0.00248227 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1716  TonB-dependent receptor, plug  28.41 
 
 
893 aa  289  2e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.716976  hitchhiker  0.000145025 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3144  TonB-dependent receptor  29.05 
 
 
1040 aa  288  2.9999999999999996e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.140885  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2244  TonB-dependent receptor  29.54 
 
 
892 aa  288  4e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00187564 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2263  TonB-dependent receptor  28.82 
 
 
1015 aa  288  4e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.938234  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1117  TonB-dependent receptor  28.32 
 
 
939 aa  288  5e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.199087  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4293  TonB-dependent receptor plug  29.16 
 
 
973 aa  287  5e-76  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.138795  normal  0.297709 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2404  TonB-dependent receptor  28.65 
 
 
872 aa  286  9e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1970  TonB-dependent receptor  27.72 
 
 
976 aa  285  2.0000000000000002e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>