More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_02767 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_02767  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 279 aa  576  1.0000000000000001e-163  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4108  pseudouridine synthase Rlu family protein  48.72 
 
 		 229 aa  186  3e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0284  pseudouridine synthase Rlu family protein  49.75 
 
 		 229 aa  183  3e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000244017  hitchhiker  0.0000000309962 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1142  RNA psedouridine synthase  38.7 
 
 		 228 aa  180  2.9999999999999997e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1328  pseudouridine synthase RluA-like  39.38 
 
 		 238 aa  177  2e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.182697  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0283  pseudouridine synthase Rlu family protein  48.5 
 
 		 228 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000123479 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0288  pseudouridine synthase Rlu family protein  47.76 
 
 		 230 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0399  pseudouridine synthase Rlu family protein  46.27 
 
 		 229 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0325553  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0296  pseudouridine synthase Rlu family protein  47.26 
 
 		 230 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3738  pseudouridine synthase Rlu family protein  47.5 
 
 		 228 aa  171  1e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.605712  normal  0.0272703 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0295  pseudouridine synthase Rlu family protein  46.34 
 
 		 230 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.859464  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4781  pseudouridine synthase Rlu family protein  46.7 
 
 		 224 aa  171  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0134814  unclonable  0.0000000101532 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0300  pseudouridine synthase Rlu family protein, TIGR01621  45.85 
 
 		 230 aa  169  5e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0099  pseudouridine synthase Rlu family protein  45.08 
 
 		 224 aa  169  6e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000500513  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1290  pseudouridine synthase Rlu family protein, TIGR01621  45.27 
 
 		 237 aa  169  6e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.392817 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1273  pseudouridine synthase Rlu family protein  48 
 
 		 235 aa  167  1e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4390  pseudouridine synthase Rlu family protein  43.28 
 
 		 224 aa  167  2e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000480203 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0111  pseudouridine synthase RluA-like protein  55.56 
 
 		 226 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1914  copper-resistance protein CopA  44.79 
 
 		 209 aa  162  7e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.290092  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1363  pseudouridine synthase Rlu family protein  43.5 
 
 		 238 aa  161  1e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0824413  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003802  pseudouridylate synthase LSU rRNA-specific  52.32 
 
 		 230 aa  160  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02690  hypothetical protein  51.95 
 
 		 230 aa  160  2e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0092  pseudouridine synthase Rlu family protein  43.59 
 
 		 225 aa  159  5e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.752208  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4080  pseudouridine synthase Rlu family protein  45.83 
 
 		 230 aa  159  7e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3536  pseudouridine synthase RluA-like protein  54.19 
 
 		 224 aa  155  6e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3245  pseudouridine synthase  42.71 
 
 		 232 aa  150  2e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1318  pseudouridine synthase Rlu family protein  37.4 
 
 		 242 aa  144  2e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_10480  predicted protein  38.32 
 
 		 178 aa  139  4.999999999999999e-32  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  hitchhiker  0.00789821 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1929  pseudouridine synthase Rlu family protein  41.28 
 
 		 223 aa  137  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.975546 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5337  pseudouridine synthase  30.34 
 
 		 224 aa  98.2  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.588803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4412  pseudouridine synthase  30.67 
 
 		 228 aa  95.5  8e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  30.8 
 
 		 239 aa  94.7  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.4 
 
 		 308 aa  94.7  1e-18  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  31.8 
 
 		 299 aa  94.7  1e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0213  pseudouridine synthase  31.65 
 
 		 240 aa  95.1  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0138576 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1390  pseudouridine synthase  28.19 
 
 		 255 aa  95.1  1e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.371905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3409  pseudouridine synthase  29.91 
 
 		 228 aa  94  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.386946 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  30.8 
 
 		 239 aa  94  2e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  31.88 
 
 		 319 aa  93.6  3e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  30.94 
 
 		 226 aa  93.6  3e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.22 
 
 		 300 aa  93.2  4e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.07 
 
 		 300 aa  93.2  4e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.97 
 
 		 350 aa  93.2  4e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  33.49 
 
 		 331 aa  92.4  6e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  32.35 
 
 		 306 aa  92.4  8e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1622  pseudouridine synthase, RluD  27.91 
 
 		 363 aa  92  9e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  31.86 
 
 		 307 aa  91.7  1e-17  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1374  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.28 
 
 		 543 aa  91.7  1e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.302563 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2989  pseudouridine synthase  30.45 
 
 		 548 aa  91.7  1e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0878  pseudouridine synthase RluA family  32.28 
 
 		 327 aa  90.5  2e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.936233  normal  0.697349 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2574  pseudouridine synthase, RluA family  34.31 
 
 		 315 aa  90.9  2e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0131416  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  29.78 
 
 		 249 aa  90.5  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  27.8 
 
 		 264 aa  90.9  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1675  pseudouridine synthase  32.24 
 
 		 234 aa  91.3  2e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0375  RluA family pseudouridine synthase  30.66 
 
 		 299 aa  91.3  2e-17  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000429003  hitchhiker  0.000000000105454 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  30.33 
 
 		 323 aa  90.9  2e-17  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  31.8 
 
 		 302 aa  90.1  3e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3178  pseudouridine synthase, RluA family  32.42 
 
 		 295 aa  89.7  5e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2242  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  29.15 
 
 		 315 aa  88.6  1e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  29.15 
 
 		 315 aa  88.6  1e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0509  P-protein  31.15 
 
 		 323 aa  88.2  1e-16  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.36 
 
 		 307 aa  88.6  1e-16  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  27.16 
 
 		 320 aa  87.4  2e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  31.62 
 
 		 305 aa  87.4  2e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  30.42 
 
 		 322 aa  87.4  2e-16  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0447  pseudouridylate synthase  30.38 
 
 		 222 aa  88.2  2e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.129188  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0864  pseudouridine synthase  39.02 
 
 		 224 aa  87.4  2e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0335511  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1032  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.6 
 
 		 314 aa  87.4  2e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.55205  normal  0.0222288 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  30.45 
 
 		 329 aa  87  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  32.35 
 
 		 560 aa  87  3e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3012  RluA family pseudouridine synthase  32.39 
 
 		 311 aa  87  3e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.17598  normal  0.601739 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1420  pseudouridine synthase, RluA family  27.94 
 
 		 310 aa  86.7  4e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.49 
 
 		 368 aa  86.7  4e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.04 
 
 		 316 aa  86.3  5e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2148  pseudouridine synthase  33.52 
 
 		 222 aa  86.3  6e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00375326  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1383  pseudouridine synthase, RluA family  28.57 
 
 		 299 aa  85.9  6e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0604  pseudouridine synthase, RluD  31.56 
 
 		 341 aa  85.9  7e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.206987 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  31.2 
 
 		 297 aa  85.5  8e-16  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.88 
 
 		 330 aa  85.5  9e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0345  RluA family pseudouridine synthase  32.09 
 
 		 351 aa  85.1  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0090  pseudouridine synthase, RluA family  30.11 
 
 		 349 aa  85.1  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.768556 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0207  pseudouridine synthase, RluA family  32.02 
 
 		 302 aa  84.3  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.604096  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0783  pseudouridine synthase, RluD  27.35 
 
 		 323 aa  84.3  0.000000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.413607  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0218  pseudouridine synthase, RluA family  32.27 
 
 		 301 aa  84.3  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805878  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.43 
 
 		 333 aa  84  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1043  pseudouridine synthase  31.05 
 
 		 227 aa  84.3  0.000000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1312  RluA family pseudouridine synthase  30.37 
 
 		 350 aa  84.7  0.000000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_48756  predicted protein  30.59 
 
 		 383 aa  84  0.000000000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0290752  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0069  pseudouridine synthase  30.08 
 
 		 235 aa  83.6  0.000000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.555782  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0046  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  27 
 
 		 297 aa  84  0.000000000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1084  pseudouridine synthase, RluA family  28.46 
 
 		 313 aa  83.2  0.000000000000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  29.27 
 
 		 306 aa  83.6  0.000000000000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2911  pseudouridine synthase, RluA family  27.39 
 
 		 309 aa  82.8  0.000000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000259384  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0035  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35.62 
 
 		 221 aa  83.2  0.000000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0522  pseudouridine synthase, RluA family  28.57 
 
 		 304 aa  83.2  0.000000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2822  RluA family pseudouridine synthase  29.02 
 
 		 329 aa  82.8  0.000000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000591979  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  32.39 
 
 		 346 aa  82.8  0.000000000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1447  pseudouridine synthase, RluD  28.2 
 
 		 578 aa  82.8  0.000000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0704  pseudouridine synthase, RluD  30.8 
 
 		 312 aa  82.4  0.000000000000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2414  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  30.21 
 
 		 290 aa  82.4  0.000000000000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>