More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_02484 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_02484  Translation initiation factor 3  100 
 
 
144 aa  294  3e-79  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00212518  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2498  translation initiation factor IF-3  90.28 
 
 
154 aa  232  1e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00683377  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2908  translation initiation factor IF-3  73.61 
 
 
185 aa  228  2e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447885  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2218  translation initiation factor IF-3  72.03 
 
 
182 aa  221  3e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  2.64089e-06  normal  0.129164 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1889  translation initiation factor IF-3  79.17 
 
 
180 aa  214  3e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2181  translation initiation factor IF-3  79.17 
 
 
180 aa  214  3e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0268784  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0471  translation initiation factor IF-3  68.06 
 
 
171 aa  213  5e-55  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.973019  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1952  translation initiation factor IF-3  77.78 
 
 
180 aa  213  5e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.26259  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2052  translation initiation factor IF-3  79.17 
 
 
180 aa  213  6e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0593383  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1914  translation initiation factor IF-3  78.47 
 
 
180 aa  212  2e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.119522  normal  0.223345 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01676  hypothetical protein  78.47 
 
 
180 aa  212  2e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0101258  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1924  translation initiation factor IF-3  78.47 
 
 
180 aa  212  2e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  6.76935e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1445  translation initiation factor IF-3  78.32 
 
 
144 aa  210  5e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0313674  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1429  translation initiation factor IF-3  78.32 
 
 
144 aa  210  5e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00177736  hitchhiker  0.00888747 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1960  translation initiation factor IF-3  78.32 
 
 
144 aa  210  5e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  2.34201e-08  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01687  translation initiation factor IF-3  78.32 
 
 
144 aa  210  5e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00539573  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1799  translation initiation factor IF-3  78.32 
 
 
144 aa  210  5e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.7178e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1936  translation initiation factor IF-3  78.32 
 
 
144 aa  210  5e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  1.50093e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1462  translation initiation factor IF-3  78.32 
 
 
144 aa  210  5e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.131964  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2436  translation initiation factor IF-3  78.32 
 
 
144 aa  210  5e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  1.10655e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1473  translation initiation factor IF-3  78.32 
 
 
144 aa  210  5e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  4.16491e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2011  translation initiation factor IF-3  78.32 
 
 
144 aa  210  5e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.727215 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1839  translation initiation factor IF-3  78.32 
 
 
144 aa  210  5e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  5.7261e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1725  translation initiation factor IF-3  76.22 
 
 
144 aa  206  7e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00587564  normal  0.500746 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1800  translation initiation factor 3  70.83 
 
 
163 aa  206  8e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00939294  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1008  translation initiation factor 3  67.36 
 
 
155 aa  205  1e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0442083  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1968  translation initiation factor IF-3  68.06 
 
 
183 aa  202  1e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00361564  hitchhiker  0.00796429 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2466  translation initiation factor IF-3  68.06 
 
 
177 aa  202  1e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00240261  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3480  translation initiation factor IF-3  68.06 
 
 
183 aa  202  1e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0422454  normal  0.0155112 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3224  translation initiation factor IF-3  68.06 
 
 
183 aa  202  1e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.51494 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2002  translation initiation factor 3  66.67 
 
 
153 aa  199  9e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0112753  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2300  translation initiation factor IF-3  76.39 
 
 
143 aa  199  2e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0877  translation initiation factor IF-3  75 
 
 
159 aa  198  2e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000348215  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1778  translation initiation factor IF-3  65.28 
 
 
156 aa  198  2e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.843423 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0994  translation initiation factor IF-3  65.97 
 
 
156 aa  198  2e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1956  translation initiation factor IF-3  77.78 
 
 
143 aa  198  2e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  3.18119e-07  normal  0.362112 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2020  translation initiation factor IF-3  77.78 
 
 
143 aa  198  2e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000952633  normal  0.0516457 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1453  translation initiation factor IF-3  65.97 
 
 
156 aa  198  2e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0525841  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4616  translation initiation factor 3  65.97 
 
 
156 aa  198  2e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00507113  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1713  translation initiation factor IF-3  75.51 
 
 
183 aa  199  2e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  3.56147e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1360  translation initiation factor IF-3  65.97 
 
 
156 aa  198  2e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.485624  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1400  translation initiation factor IF-3  65.97 
 
 
156 aa  198  2e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0821028  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1476  translation initiation factor IF-3  65.97 
 
 
156 aa  198  2e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.348442  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2044  translation initiation factor IF-3  77.78 
 
 
143 aa  198  2e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  1.02529e-07  hitchhiker  0.00743884 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1557  translation initiation factor IF-3  65.28 
 
 
156 aa  197  3e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2262  translation initiation factor IF-3  76.39 
 
 
158 aa  197  5e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  7.57605e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1759  translation initiation factor IF-3  77.78 
 
 
183 aa  197  5e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00206313  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2769  translation initiation factor IF-3  65.03 
 
 
178 aa  197  5e-50  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2017  translation initiation factor IF-3  77.08 
 
 
143 aa  196  6e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  5.20064e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2149  translation initiation factor IF-3  75.69 
 
 
143 aa  196  6e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  5.05623e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2329  translation initiation factor IF-3  75.69 
 
 
143 aa  196  6e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000168758  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1766  translation initiation factor IF-3  77.78 
 
 
150 aa  196  7e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  2.29466e-06  normal  0.021725 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2642  translation initiation factor IF-3  65.03 
 
 
178 aa  196  7e-50  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003715  translation initiation factor 3  80.62 
 
 
129 aa  196  1e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  1.9498e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0488  translation initiation factor IF-3  64.58 
 
 
184 aa  196  1e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.270402  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2594  translation initiation factor IF-3  64.58 
 
 
156 aa  195  2e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1095  translation initiation factor IF-3  64.58 
 
 
156 aa  195  2e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.171775  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2031  translation initiation factor IF-3  77.08 
 
 
173 aa  195  2e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00250222  hitchhiker  2.45728e-05 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1538  translation initiation factor IF-3  64.58 
 
 
156 aa  195  2e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1713  translation initiation factor IF-3  64.58 
 
 
156 aa  195  2e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.225755  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20430  translation initiation factor IF-3  66.67 
 
 
177 aa  195  2e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1736  translation initiation factor IF-3  64.58 
 
 
156 aa  195  2e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1161  translation initiation factor 3  65.28 
 
 
154 aa  195  2e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.41261  normal  0.930143 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1891  translation initiation factor IF-3  64.58 
 
 
156 aa  195  2e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.210834  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1372  translation initiation factor 3  63.89 
 
 
156 aa  195  2e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0696405  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2221  translation initiation factor IF-3  75 
 
 
180 aa  194  3e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.03984e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0201  translation initiation factor IF-3  64.58 
 
 
156 aa  194  3e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00116998  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0964  translation initiation factor IF-3  64.58 
 
 
156 aa  194  3e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.698743  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2490  translation initiation factor IF-3  73.61 
 
 
180 aa  194  3e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  1.96048e-05  hitchhiker  8.35818e-05 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2185  translation initiation factor IF-3  75 
 
 
180 aa  194  3e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  1.80897e-05  normal  0.0386823 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0941  initiation factor IF3  81.4 
 
 
129 aa  194  4e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  8.00163e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2755  translation initiation factor IF-3  63.19 
 
 
156 aa  194  5e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.22658  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1578  translation initiation factor IF-3  62.5 
 
 
178 aa  193  7e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0767  translation initiation factor 3  69.77 
 
 
146 aa  192  9e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28660  translation initiation factor IF-3  68.06 
 
 
177 aa  191  2e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  2.59634e-09 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3024  translation initiation factor IF-3  63.89 
 
 
173 aa  191  2e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2505  translation initiation factor IF-3  68.06 
 
 
177 aa  192  2e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.99075  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1932  translation initiation factor IF-3  68.06 
 
 
177 aa  191  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00133999  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2379  translation initiation factor IF-3  68.06 
 
 
177 aa  191  3e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0845211  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2163  translation initiation factor IF-3  68.06 
 
 
177 aa  191  3e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  1.18732e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1977  translation initiation factor IF-3  65.97 
 
 
177 aa  190  6e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.269445  normal  0.0568676 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0428  translation initiation factor IF-3  63.64 
 
 
156 aa  189  1e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1149  translation initiation factor IF-3  63.12 
 
 
202 aa  187  4e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02080  hypothetical protein  76.39 
 
 
166 aa  187  4e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2853  translation initiation factor IF-3  59.03 
 
 
174 aa  185  2e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0116753 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2103  translation initiation factor 3  58.33 
 
 
177 aa  184  3e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.286317  normal  0.133955 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0830  translation initiation factor IF-3  62.5 
 
 
169 aa  184  3e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.124767  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1976  translation initiation factor IF-3  60.42 
 
 
173 aa  183  7e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2676  translation initiation factor 3  63.43 
 
 
137 aa  183  7e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.233816 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2613  translation initiation factor IF-3  63.57 
 
 
172 aa  182  1e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0154974  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01384  translation initiation factor IF-3  61.11 
 
 
159 aa  182  2e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1706  initiation factor 3  80.62 
 
 
128 aa  182  2e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0298503  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2242  translation initiation factor IF-3  63.57 
 
 
166 aa  182  2e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  4.66118e-05  hitchhiker  0.00531509 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0207  translation initiation factor IF-3  61.7 
 
 
173 aa  181  2e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3090  translation initiation factor IF-3  56.94 
 
 
179 aa  181  3e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.639467  normal  0.0869717 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2804  translation initiation factor IF-3  62.59 
 
 
180 aa  180  6e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2858  translation initiation factor 3  57.64 
 
 
173 aa  180  7e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.357759  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1141  initiation factor 3  66.43 
 
 
152 aa  179  1e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  1.16617e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2098  translation initiation factor IF-3  59.72 
 
 
147 aa  178  2e-44  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2019  translation initiation factor IF-3  59.72 
 
 
147 aa  177  3e-44  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>