More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_02407 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_02407  GGDEF domain protein  100 
 
 		 503 aa  1044    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  35.11 
 
 		 482 aa  303  6.000000000000001e-81  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  34.9 
 
 		 483 aa  300  4e-80  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  34.68 
 
 		 482 aa  299  8e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0841  GGDEF domain-containing protein  35.34 
 
 		 489 aa  295  1e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  35.62 
 
 		 488 aa  289  7e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0842  diguanylate cyclase with extracellular sensor  34.38 
 
 		 484 aa  280  5e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.105968  hitchhiker  0.00226884 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0854  diguanylate cyclase  33.41 
 
 		 507 aa  277  3e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.485181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0819  diguanylate cyclase  32.96 
 
 		 507 aa  273  6e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00531525  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3519  extracellular solute-binding protein  36.03 
 
 		 366 aa  220  3.9999999999999997e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3689  diguanylate cyclase  27.68 
 
 		 935 aa  196  1e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  27.27 
 
 		 464 aa  192  1e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2961  GGDEF domain-containing protein  53.42 
 
 		 204 aa  188  2e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0857681  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  25.37 
 
 		 775 aa  180  5.999999999999999e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  24.67 
 
 		 714 aa  176  7e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  26.86 
 
 		 474 aa  175  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  23.88 
 
 		 794 aa  169  2e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  25.17 
 
 		 778 aa  161  3e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1794  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.29 
 
 		 589 aa  161  3e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000132214  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  25.45 
 
 		 458 aa  158  3e-37  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2959  GGDEF domain-containing protein  30.56 
 
 		 292 aa  136  8e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000656128  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3226  Hpt sensor hybrid histidine kinase  26.04 
 
 		 1251 aa  132  2.0000000000000002e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0796968  normal  0.806997 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  22.35 
 
 		 712 aa  127  4.0000000000000003e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0248  histidine kinase  29.34 
 
 		 1065 aa  125  2e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0979  sensor histidine kinase  25.81 
 
 		 1574 aa  124  5e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00449169 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1958  putative PAS/PAC sensor protein  24.79 
 
 		 598 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.293409  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1934  diguanylate cyclase  23.86 
 
 		 937 aa  110  8.000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0766434  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2185  diguanylate cyclase  21.97 
 
 		 941 aa  107  6e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.260855  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.24 
 
 		 768 aa  106  9e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1920  diguanylate cyclase  25 
 
 		 893 aa  105  2e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0782  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.16 
 
 		 729 aa  105  3e-21  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.15545  normal  0.515162 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1010  signal transduction histidine kinase  27.09 
 
 		 626 aa  105  3e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2037  diguanylate cyclase  23.79 
 
 		 928 aa  103  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2424  diguanylate cyclase  22.68 
 
 		 928 aa  103  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00236557  normal  0.130217 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2308  diguanylate cyclase  23.53 
 
 		 928 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00466975  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2367  diguanylate cyclase  21.67 
 
 		 923 aa  101  3e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.457753  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2039  diguanylate cyclase with extracellular sensor  22.46 
 
 		 912 aa  100  6e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0269682  hitchhiker  0.000000244551 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1952  diguanylate cyclase  21.25 
 
 		 937 aa  100  7e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.105215  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3409  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.59 
 
 		 2654 aa  99.8  9e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0386  sensory box protein  25.37 
 
 		 1247 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.298787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0420  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.75 
 
 		 1247 aa  99  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.285216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1844  extracellular solute-binding protein  21.68 
 
 		 932 aa  96.7  9e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.192206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.71 
 
 		 1248 aa  96.3  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2113  extracellular solute-binding protein  23.19 
 
 		 955 aa  95.9  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.93 
 
 		 1247 aa  95.5  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0082  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.83 
 
 		 946 aa  95.9  2e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2081  diguanylate cyclase  21.84 
 
 		 937 aa  94.7  4e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0379355  normal  0.0338945 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.25 
 
 		 1247 aa  94.4  5e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.201907  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  26.82 
 
 		 1245 aa  93.6  8e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2029  diguanylate cyclase  22.89 
 
 		 932 aa  93.2  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0571217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2080  diguanylate cyclase  20.59 
 
 		 934 aa  92.8  1e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1897  diguanylate cyclase  21.79 
 
 		 937 aa  92.4  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0415273 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2434  extracellular solute-binding protein  20.99 
 
 		 937 aa  90.9  5e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1136  extracellular solute-binding protein  24.13 
 
 		 342 aa  90.5  7e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.11 
 
 		 1244 aa  90.1  9e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3700  extracellular solute-binding protein  24.64 
 
 		 461 aa  89.7  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0726  histidine kinase  25.94 
 
 		 570 aa  89.7  1e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.408803  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4002  sensory transduction histidine kinase  24 
 
 		 1689 aa  88.2  4e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0500  histidine kinase  24.56 
 
 		 922 aa  87.8  4e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  29.12 
 
 		 1004 aa  87.8  4e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0913  PAS sensor protein  25.75 
 
 		 2035 aa  87.8  4e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.271495  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2003  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.63 
 
 		 1109 aa  87.8  4e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1888  GGDEF domain-containing protein  20.34 
 
 		 930 aa  87  7e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000133848  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0560  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.48 
 
 		 940 aa  86.7  9e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1205  diguanylate cyclase  31.95 
 
 		 371 aa  86.7  9e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3264  diguanylate cyclase  28.64 
 
 		 375 aa  86.7  9e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  30.56 
 
 		 661 aa  86.3  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4701  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.83 
 
 		 1237 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.473456  normal  0.0283242 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  28.98 
 
 		 459 aa  85.9  0.000000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  30.22 
 
 		 659 aa  85.5  0.000000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4640  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.78 
 
 		 1194 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0814409  normal  0.0127622 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  24.82 
 
 		 1245 aa  85.5  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2700  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  21.19 
 
 		 1102 aa  84.3  0.000000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  25.41 
 
 		 316 aa  83.6  0.000000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.12 
 
 		 512 aa  83.6  0.000000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0482  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.1 
 
 		 1681 aa  83.2  0.000000000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1329  diguanylate cyclase  28.48 
 
 		 353 aa  82.8  0.00000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.681295  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2576  diguanylate cyclase  21.91 
 
 		 931 aa  83.2  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000375627  hitchhiker  0.0011212 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3548  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.1 
 
 		 1681 aa  83.2  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.62 
 
 		 332 aa  82.4  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  30.43 
 
 		 559 aa  82  0.00000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  30.99 
 
 		 548 aa  82.4  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  28.16 
 
 		 319 aa  82  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4605  histidine protein kinase  23.66 
 
 		 1309 aa  82  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.292459  normal  0.0589738 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.76 
 
 		 710 aa  82.4  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  33.93 
 
 		 321 aa  81.6  0.00000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  27.27 
 
 		 498 aa  81.3  0.00000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  22.97 
 
 		 1165 aa  80.9  0.00000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  27.62 
 
 		 689 aa  80.9  0.00000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  27.84 
 
 		 559 aa  80.5  0.00000000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  29.01 
 
 		 237 aa  80.1  0.00000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2254  sensory box protein  30.49 
 
 		 422 aa  80.1  0.00000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  26.42 
 
 		 307 aa  79.7  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0358  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.11 
 
 		 1485 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2309  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.36 
 
 		 1055 aa  79.7  0.0000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.81 
 
 		 901 aa  79.7  0.0000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  30.86 
 
 		 451 aa  79  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  27.64 
 
 		 569 aa  79.3  0.0000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  28.57 
 
 		 565 aa  79.3  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  29.09 
 
 		 347 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>