More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_02389 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_02389  ribonuclease H  100 
 
 
156 aa  328  2e-89  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.197834  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2365  ribonuclease H  79.61 
 
 
153 aa  254  4e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1881  ribonuclease H  74.67 
 
 
156 aa  246  1e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.025157  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2366  ribonuclease H  71.33 
 
 
158 aa  241  2e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  7.04244e-08  hitchhiker  0.00794222 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2158  ribonuclease H  70.67 
 
 
158 aa  238  3e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  2.63424e-06  normal  0.0842071 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2235  ribonuclease H  70.67 
 
 
158 aa  238  3e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  2.74591e-07  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0496  ribonuclease H  70.97 
 
 
173 aa  237  4e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  1.49307e-05  normal  0.327307 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2560  ribonuclease H  69.33 
 
 
158 aa  235  1e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1779  ribonuclease H  70.2 
 
 
156 aa  234  3e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  6.16595e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2019  ribonuclease H  68.67 
 
 
159 aa  234  4e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0600903  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2324  ribonuclease H  70 
 
 
156 aa  231  4e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  3.9246e-06  decreased coverage  2.34426e-05 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1999  ribonuclease H  70 
 
 
156 aa  231  4e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  2.90768e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2608  ribonuclease H  69.33 
 
 
161 aa  230  4e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  2.74708e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2062  ribonuclease H  70 
 
 
156 aa  231  4e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  2.21835e-05  decreased coverage  9.99459e-05 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2014  ribonuclease H  70 
 
 
156 aa  231  4e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.35342e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2403  ribonuclease H  68.42 
 
 
185 aa  230  5e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  2.80033e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1992  ribonuclease H  67.32 
 
 
156 aa  228  2e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  6.6103e-08  hitchhiker  1.32763e-06 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1143  ribonuclease H  68.21 
 
 
154 aa  226  7e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.775724  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2112  ribonuclease H  67.33 
 
 
158 aa  226  8e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0006502  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3136  ribonuclease H  68.87 
 
 
154 aa  225  2e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.46528  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0911  ribonuclease H  68 
 
 
155 aa  224  3e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2839  Ribonuclease H  68.67 
 
 
154 aa  224  4e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1108  ribonuclease H  66.67 
 
 
154 aa  224  5e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2683  ribonuclease H  66.67 
 
 
154 aa  224  5e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0253331 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1054  ribonuclease H  66.67 
 
 
154 aa  224  5e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.52553  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1009  Ribonuclease H  68 
 
 
154 aa  223  9e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.636789  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0286  ribonuclease H  66.67 
 
 
155 aa  222  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0307  ribonuclease H  66.67 
 
 
155 aa  222  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0142891  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2205  ribonuclease H  65.33 
 
 
157 aa  222  1e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0167924  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0288  ribonuclease H  66.67 
 
 
155 aa  222  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.170302  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0301  ribonuclease H  66.67 
 
 
155 aa  222  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0293  ribonuclease H  66.67 
 
 
155 aa  222  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.358682  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03211  ribonuclease H  68 
 
 
154 aa  222  2e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0219  ribonuclease H  66.67 
 
 
155 aa  220  7e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.523494  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0225  ribonuclease H  66.67 
 
 
155 aa  220  7e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.367892  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0227  ribonuclease H  66.67 
 
 
155 aa  220  7e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0209104  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3451  ribonuclease H  66.67 
 
 
155 aa  220  7e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.453001  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00212  hypothetical protein  66.67 
 
 
155 aa  220  7e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.92679  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3394  Ribonuclease H  66.67 
 
 
155 aa  220  7e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.770336  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0209  ribonuclease H  66.67 
 
 
155 aa  220  7e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00207  ribonuclease H  66.67 
 
 
155 aa  220  7e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.851229  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002772  ribonuclease HI  68 
 
 
154 aa  219  9e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.720035  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0219  ribonuclease H  66 
 
 
155 aa  218  2e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00237232  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1826  ribonuclease H  66.67 
 
 
156 aa  215  2e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0748  ribonuclease H  64.67 
 
 
155 aa  214  3e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.533393  normal  0.237365 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1342  ribonuclease H  69.85 
 
 
161 aa  210  5e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.765967  normal  0.626609 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2399  ribonuclease H  63.82 
 
 
157 aa  209  1e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4749  ribonuclease H  68.61 
 
 
155 aa  208  2e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4028  ribonuclease H  68.61 
 
 
150 aa  207  3e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0950  ribonuclease H  66.2 
 
 
154 aa  203  6e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.909306  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3743  ribonuclease H  65.96 
 
 
151 aa  203  9e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4076  ribonuclease H  64.49 
 
 
153 aa  202  1e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.621887  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2357  ribonuclease H  63.5 
 
 
151 aa  201  2e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.71288 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0529  ribonuclease H  65.25 
 
 
153 aa  201  4e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2687  ribonuclease H  65.25 
 
 
154 aa  200  6e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.319525  normal  0.662003 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2669  ribonuclease H  61.04 
 
 
156 aa  200  7e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.046845 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0604  ribonuclease H  63.33 
 
 
154 aa  199  1e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2333  ribonuclease H  64.93 
 
 
153 aa  198  2e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.076153 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0750  ribonuclease H  65.44 
 
 
162 aa  199  2e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.516591  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0591  ribonuclease H  65.25 
 
 
154 aa  197  3e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.637967  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1829  Ribonuclease H  64.23 
 
 
163 aa  198  3e-50  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0955  ribonuclease H  61.33 
 
 
150 aa  198  3e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1060  ribonuclease H  64.54 
 
 
154 aa  197  4e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0477  ribonuclease H  63.83 
 
 
154 aa  197  5e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.307744  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0482  ribonuclease H  63.83 
 
 
154 aa  197  5e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3617  ribonuclease H  60.26 
 
 
155 aa  196  1e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.919158  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0613  ribonuclease H  65.25 
 
 
151 aa  194  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.657296 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0653  ribonuclease H  64.54 
 
 
151 aa  194  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.126445 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2274  ribonuclease H  57.05 
 
 
156 aa  194  5e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.933446  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2208  ribonuclease H  65.22 
 
 
145 aa  194  5e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  1.68272e-07  normal  0.227693 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2066  ribonuclease H  61.11 
 
 
150 aa  192  1e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043986  normal  0.0759815 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0262  Ribonuclease H  57.96 
 
 
158 aa  192  1e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0474  RNase H  59.6 
 
 
153 aa  190  6e-48  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.357306  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1593  ribonuclease H  62.76 
 
 
148 aa  189  9e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2790  RNase H  61.81 
 
 
148 aa  188  2e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000215701  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0844  ribonuclease H  61.87 
 
 
150 aa  188  3e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1273  ribonuclease HI  61.81 
 
 
148 aa  187  4e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.244888  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0596  ribonuclease HI  61.81 
 
 
148 aa  187  4e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1496  RNase H  61.81 
 
 
148 aa  187  4e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0556  RNase H  61.81 
 
 
148 aa  187  4e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1466  RNase H  61.81 
 
 
148 aa  187  4e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0763  ribonuclease HI  61.81 
 
 
148 aa  187  4e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4395  ribonuclease H  63.64 
 
 
154 aa  187  4e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.480095 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0409  ribonuclease H  60.87 
 
 
155 aa  186  9e-47  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1600  RNase H  62.41 
 
 
146 aa  186  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0928  ribonuclease H  63.04 
 
 
145 aa  186  1e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2035  ribonuclease H  62.24 
 
 
147 aa  186  1e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.365518  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0868  ribonuclease H  60.14 
 
 
148 aa  186  1e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.243727  normal  0.451951 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1256  ribonuclease H  59.72 
 
 
147 aa  186  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00262659  normal  0.25341 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1285  ribonuclease H  59.72 
 
 
147 aa  186  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259503  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0804  ribonuclease H  59.72 
 
 
147 aa  186  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3714  ribonuclease H  59.86 
 
 
148 aa  185  2e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.246358  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4427  ribonuclease H  59.72 
 
 
147 aa  185  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  1.65419e-05  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4142  ribonuclease H  59.86 
 
 
148 aa  185  2e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.479063  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1723  ribonuclease H  59.86 
 
 
148 aa  185  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.991139 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3467  ribonuclease H  59.31 
 
 
148 aa  185  2e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1174  ribonuclease H  59.72 
 
 
147 aa  184  3e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00138258  normal  0.132038 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2217  RNase HI  60.27 
 
 
149 aa  184  3e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.203756 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0684  ribonuclease H  57.82 
 
 
150 aa  185  3e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.746056  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1162  ribonuclease H  59.72 
 
 
147 aa  184  3e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.101109  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>