More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_01817 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_01817  Polynucleotide phosphorylase  100 
 
 
353 aa  712    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00061601  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1632  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  88.67 
 
 
703 aa  648    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.141024  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03393  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  77.56 
 
 
710 aa  558  1e-158  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2207  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  78.2 
 
 
705 aa  551  1e-156  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0178  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  76.68 
 
 
712 aa  542  1e-153  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002613  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  78.17 
 
 
711 aa  541  1e-153  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0602  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  76.37 
 
 
718 aa  535  1e-151  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.597018  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0825  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  75 
 
 
698 aa  534  1e-151  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0159879 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3592  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  77.06 
 
 
705 aa  533  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.42208  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3556  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  75.88 
 
 
702 aa  531  1e-150  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000150136 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3999  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  77.06 
 
 
705 aa  533  1e-150  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3726  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  77.06 
 
 
705 aa  533  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0042224  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0812  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  74.37 
 
 
706 aa  531  1e-150  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.2264  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3461  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  74.5 
 
 
706 aa  530  1e-149  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0589  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  74.37 
 
 
706 aa  530  1e-149  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.119802  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2822  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  75 
 
 
700 aa  530  1e-149  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000990055  hitchhiker  0.000418907 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1031  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  74.57 
 
 
699 aa  530  1e-149  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000012543  hitchhiker  0.000000583672 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1096  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  74.28 
 
 
699 aa  528  1e-149  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0013386  hitchhiker  0.00237644 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0541  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  74.71 
 
 
711 aa  525  1e-148  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0534  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  74.71 
 
 
711 aa  524  1e-148  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000544711 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3647  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  74.71 
 
 
711 aa  524  1e-148  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1209  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  74.35 
 
 
702 aa  525  1e-148  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4483  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  74.71 
 
 
711 aa  524  1e-148  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3460  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  75 
 
 
711 aa  526  1e-148  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.234004 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1035  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  74.28 
 
 
699 aa  526  1e-148  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000390234  hitchhiker  0.0000000630128 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0493  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  72.88 
 
 
705 aa  525  1e-148  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000650099  normal  0.24755 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3356  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  74.71 
 
 
711 aa  525  1e-148  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3601  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  75.29 
 
 
711 aa  526  1e-148  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0442861 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03031  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  74.71 
 
 
734 aa  524  1e-147  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02982  hypothetical protein  74.71 
 
 
734 aa  524  1e-147  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2829  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  73.99 
 
 
699 aa  523  1e-147  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000362505  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3607  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  74.13 
 
 
711 aa  521  1e-147  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3234  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  74.13 
 
 
703 aa  521  1e-147  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000396899  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3342  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  75.29 
 
 
722 aa  522  1e-147  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1133  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  74.13 
 
 
699 aa  521  1e-147  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000984141  unclonable  0.0000000000121656 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1019  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  73.7 
 
 
701 aa  521  1e-147  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000461081  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3055  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  75.44 
 
 
704 aa  522  1e-147  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000445882  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3412  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  74.13 
 
 
700 aa  521  1e-147  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000844924  hitchhiker  0.000972679 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0966  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  74.06 
 
 
699 aa  523  1e-147  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000874082  normal  0.0188392 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3275  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  73.14 
 
 
700 aa  521  1e-147  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000261182  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3384  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  75.15 
 
 
704 aa  520  1e-146  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000712799  hitchhiker  0.00355536 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0703  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  74.04 
 
 
713 aa  518  1e-146  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0995  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  73.84 
 
 
698 aa  519  1e-146  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0673762  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0729  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  70.92 
 
 
695 aa  508  1e-143  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.504772  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2817  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  70.4 
 
 
757 aa  510  1e-143  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.280342 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1420  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  70.26 
 
 
703 aa  504  9.999999999999999e-143  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0845346  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3260  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  70.03 
 
 
707 aa  506  9.999999999999999e-143  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1489  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  69.88 
 
 
706 aa  502  1e-141  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.622753  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2704  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  69.8 
 
 
722 aa  503  1e-141  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0597018  normal  0.0425513 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1259  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  69.1 
 
 
758 aa  499  1e-140  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.140666 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0868  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  68.9 
 
 
727 aa  496  1e-139  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.185625  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3514  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  68.22 
 
 
772 aa  495  1e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1007  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  68.73 
 
 
693 aa  496  1e-139  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0328519  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5184  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  68.02 
 
 
753 aa  495  1e-139  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.161227  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0627  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  68.82 
 
 
697 aa  494  1e-139  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1944  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  69.35 
 
 
720 aa  497  1e-139  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0229407 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0953  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  68.9 
 
 
727 aa  496  1e-139  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000928829 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2116  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  67.45 
 
 
695 aa  492  9.999999999999999e-139  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.375436  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1399  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  68.71 
 
 
751 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.104449  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1309  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  69.14 
 
 
691 aa  484  1e-136  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0071  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  66.67 
 
 
714 aa  486  1e-136  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000128899  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1745  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  66.86 
 
 
702 aa  483  1e-135  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.135347  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3070  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  66.29 
 
 
707 aa  481  1e-135  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.526485  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0693  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  65.9 
 
 
706 aa  478  1e-134  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0464736  normal  0.106902 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42780  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  68.14 
 
 
702 aa  476  1e-133  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.705764  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2448  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  68.25 
 
 
715 aa  474  1e-132  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.257146  normal  0.977179 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0183  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  66.76 
 
 
700 aa  472  1e-132  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1098  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  65.69 
 
 
696 aa  472  1e-132  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01307  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  67.35 
 
 
704 aa  474  1e-132  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.624183  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0917  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  65.69 
 
 
696 aa  472  1e-132  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.327573  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1696  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  64.16 
 
 
699 aa  467  9.999999999999999e-131  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00000649299  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0207  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  66.18 
 
 
700 aa  466  9.999999999999999e-131  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2811  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  66.76 
 
 
702 aa  466  9.999999999999999e-131  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.212974  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5457  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  65.98 
 
 
701 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62710  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  65.98 
 
 
701 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.14789  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4708  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  65.99 
 
 
701 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0102803 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1497  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.85 
 
 
767 aa  461  1e-129  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00694451 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4573  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  66.67 
 
 
701 aa  461  1e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.348013  normal  0.924419 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1129  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.99 
 
 
694 aa  462  1e-129  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3344  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  65.99 
 
 
722 aa  463  1e-129  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4486  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  65.78 
 
 
701 aa  458  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1834  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.71 
 
 
713 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0408  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.71 
 
 
713 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1294  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.71 
 
 
713 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0739218  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1430  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.71 
 
 
713 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0742  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.71 
 
 
713 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1056  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.71 
 
 
713 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00845594  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1031  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  65.79 
 
 
702 aa  459  9.999999999999999e-129  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0967354  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1125  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.71 
 
 
713 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.412735  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1285  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.71 
 
 
713 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3604  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  65.49 
 
 
725 aa  456  1e-127  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0558589  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2816  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  62.32 
 
 
729 aa  455  1e-127  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4176  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  65.49 
 
 
701 aa  457  1e-127  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.310509  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2013  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.87 
 
 
712 aa  457  1e-127  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0339212  normal  0.44313 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0783  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  65.49 
 
 
701 aa  455  1e-127  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00491346  normal  0.157543 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2553  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  65.19 
 
 
701 aa  457  1e-127  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.587578  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0164  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  64.9 
 
 
704 aa  457  1e-127  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0725  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  65.78 
 
 
701 aa  456  1e-127  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.959792  normal  0.0305384 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4707  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  66.08 
 
 
701 aa  457  1e-127  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.181629  normal  0.111929 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3722  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.56 
 
 
701 aa  456  1e-127  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>