231 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_01814 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_01814  MscS Mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 315 aa  655    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000781562  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0259  MscS mechanosensitive ion channel  40.07 
 
 		 305 aa  252  7e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1890  MscS mechanosensitive ion channel  41.89 
 
 		 284 aa  242  5e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0215932  normal  0.0189512 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3690  MscS mechanosensitive ion channel  39.22 
 
 		 290 aa  197  2.0000000000000003e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.158195 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001280  small-conductance mechanosensitive channel  35.82 
 
 		 282 aa  194  2e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05165  hypothetical protein  35.71 
 
 		 282 aa  187  3e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0966  mechanosensitive ion channel  38.91 
 
 		 266 aa  181  1e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.247343  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1094  hypothetical protein  40.28 
 
 		 291 aa  176  4e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.658963  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0155  MscS mechanosensitive ion channel  32.72 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1959  MscS mechanosensitive ion channel  34.44 
 
 		 278 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00109223  normal  0.0228344 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2731  MscS mechanosensitive ion channel  37.09 
 
 		 282 aa  164  3e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0729456  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2100  MscS mechanosensitive ion channel  33.08 
 
 		 278 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5589  putative MscS mechanosensitive ion channel protein  30.91 
 
 		 275 aa  87.4  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.204924  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0474  MscS mechanosensitive ion channel  26.28 
 
 		 320 aa  62.4  0.000000009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.738891  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4008  MscS mechanosensitive ion channel  34.29 
 
 		 583 aa  61.2  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.370784 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3758  MscS Mechanosensitive ion channel  23.95 
 
 		 809 aa  60.5  0.00000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.992907  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0442  MscS Mechanosensitive ion channel  29.76 
 
 		 279 aa  59.7  0.00000006  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2154  MscS Mechanosensitive ion channel  27.03 
 
 		 316 aa  59.7  0.00000006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.568534  normal  0.399111 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1461  MscS Mechanosensitive ion channel  34.35 
 
 		 785 aa  58.5  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1784  mechanosensitive ion channel family protein  34.35 
 
 		 891 aa  58.9  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0707  MscS mechanosensitive ion channel  26.23 
 
 		 855 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0741  MscS mechanosensitive ion channel  24.56 
 
 		 803 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46240  hypothetical protein  26.23 
 
 		 807 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.566889  normal  0.0303227 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0740  MscS mechanosensitive ion channel  26.23 
 
 		 803 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.333087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3931  hypothetical protein  26.23 
 
 		 806 aa  57  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.604151  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5470  MscS mechanosensitive ion channel  27.05 
 
 		 835 aa  57  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4476  MscS mechanosensitive ion channel  26.23 
 
 		 799 aa  57  0.0000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.878237 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2779  hypothetical protein  23.13 
 
 		 313 aa  56.6  0.0000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.188203  normal  0.0353015 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1852  mechanosensitive ion channel family protein  26.27 
 
 		 804 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0601787  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3549  MscS mechanosensitive ion channel  26.27 
 
 		 803 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.566467  normal  0.27975 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  30.51 
 
 		 298 aa  55.5  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2137  MscS mechanosensitive ion channel  31.4 
 
 		 288 aa  55.5  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.857102  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2117  mechanosensitive ion channel family protein  29.41 
 
 		 633 aa  55.1  0.000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1529  MscS Mechanosensitive ion channel  29.25 
 
 		 385 aa  55.1  0.000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2229  MscS Mechanosensitive ion channel  24.11 
 
 		 400 aa  54.3  0.000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.224666  normal  0.568068 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1058  MscS Mechanosensitive ion channel  21.16 
 
 		 315 aa  53.9  0.000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2316  mechanosensitive ion channel family protein  27.05 
 
 		 773 aa  53.9  0.000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1921  cation efflux protein  29.79 
 
 		 275 aa  54.3  0.000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000577471  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1936  MscS mechanosensitive ion channel  28.89 
 
 		 413 aa  53.9  0.000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3656  MscS mechanosensitive ion channel  25.41 
 
 		 856 aa  53.9  0.000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.570339  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08930  MscS Mechanosensitive ion channel  24.76 
 
 		 225 aa  53.9  0.000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03384  small-conductance mechanosensitive channel  27.27 
 
 		 803 aa  53.9  0.000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.670806  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2608  mechanosensitive ion channel family protein  28.57 
 
 		 825 aa  53.5  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.349131  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0108  MscS mechanosensitive ion channel  28.44 
 
 		 291 aa  53.1  0.000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1737  mechanosensitive ion channel family protein  33.68 
 
 		 624 aa  53.1  0.000006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.64597  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0209  MscS mechanosensitive ion channel  27.48 
 
 		 685 aa  52.8  0.000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0673077 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0013  mechanosensitive ion channel family protein  29.94 
 
 		 682 aa  52.8  0.000007  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0444  MscS Mechanosensitive ion channel  29.91 
 
 		 404 aa  52.4  0.000009  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.920627  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0047  MscS mechanosensitive ion channel  25.28 
 
 		 270 aa  52.4  0.000009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1647  MscS Mechanosensitive ion channel  22.6 
 
 		 429 aa  52.4  0.000009  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3482  MscS mechanosensitive ion channel  24.59 
 
 		 813 aa  52.4  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.144458  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1508  MscS Mechanosensitive ion channel  25.68 
 
 		 301 aa  52  0.00001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.0603757 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3884  LigA  30.61 
 
 		 667 aa  52.4  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.47617  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6888  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  29.2 
 
 		 506 aa  52  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0533  MscS Mechanosensitive ion channel  25 
 
 		 472 aa  51.2  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2712  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  25 
 
 		 507 aa  51.6  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0470198  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01983  MscS Mechanosensitive ion channel ei VT8  25.56 
 
 		 279 aa  51.6  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.865643  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1438  MscS mechanosensitive ion channel  30.08 
 
 		 840 aa  51.6  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.139296  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4382  MscS mechanosensitive ion channel  27.21 
 
 		 262 aa  51.6  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.496887  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1791  small-conductance mechanosensitive channel  27.71 
 
 		 369 aa  50.8  0.00003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0722785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0857  MscS mechanosensitive ion channel  29.17 
 
 		 840 aa  50.8  0.00003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0786  MscS Mechanosensitive ion channel  29.17 
 
 		 840 aa  50.8  0.00003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3992  MscS Mechanosensitive ion channel  29.59 
 
 		 657 aa  50.8  0.00003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.27926  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0207  MscS Mechanosensitive ion channel  25.67 
 
 		 283 aa  50.4  0.00003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0910  MscS mechanosensitive ion channel  21.88 
 
 		 400 aa  50.4  0.00004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.505459  normal  0.0192096 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2854  MscS Mechanosensitive ion channel  22.84 
 
 		 314 aa  50.4  0.00004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.247394  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1546  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  23.91 
 
 		 479 aa  50.1  0.00005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.514924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3862  MscS mechanosensitive ion channel  34.41 
 
 		 830 aa  50.1  0.00005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.725538  normal  0.276406 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1504  conserved hypothetical integral membrane protein, mechanosensitive ion channel family  23.42 
 
 		 624 aa  49.7  0.00006  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6131  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  26.92 
 
 		 489 aa  49.7  0.00006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4139  MscS Mechanosensitive ion channel  25.64 
 
 		 815 aa  49.7  0.00007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2594  MscS mechanosensitive ion channel  23.33 
 
 		 388 aa  49.7  0.00007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0057  MscS Mechanosensitive ion channel  26.05 
 
 		 421 aa  49.3  0.00008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.185804  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0434  MscS mechanosensitive ion channel  24.57 
 
 		 333 aa  49.3  0.00008  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.302543  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0786  MscS mechanosensitive ion channel  27.1 
 
 		 327 aa  49.3  0.00008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0154774  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2332  MscS Mechanosensitive ion channel  27.34 
 
 		 362 aa  49.3  0.00009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1856  hypothetical protein  24.32 
 
 		 281 aa  49.3  0.00009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.130527  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6691  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  27.36 
 
 		 485 aa  49.3  0.00009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10253  hypothetical protein  32.37 
 
 		 307 aa  48.9  0.0001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  decreased coverage  0.00229932  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2392  MscS mechanosensitive ion channel  25.64 
 
 		 794 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.211304  hitchhiker  0.00331512 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2387  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  28.72 
 
 		 490 aa  48.9  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.178532  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4029  putative mechanosensitive ion channel  24.63 
 
 		 832 aa  48.9  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0204  mechanosensitive ion channel family protein  26.4 
 
 		 271 aa  48.9  0.0001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.171183  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0202  mechanosensitive ion channel family protein  26.4 
 
 		 271 aa  48.9  0.0001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2393  MscS Mechanosensitive ion channel  22.08 
 
 		 408 aa  48.9  0.0001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2215  MscS mechanosensitive ion channel  30.23 
 
 		 820 aa  49.3  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.311174 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2105  MscS Mechanosensitive ion channel  20.74 
 
 		 414 aa  48.9  0.0001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0600957  normal  0.059013 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0986  mechanosensitive ion channel family protein  30.43 
 
 		 808 aa  48.5  0.0002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.722323  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2264  mechanosensitive ion channel family protein  30.43 
 
 		 809 aa  48.5  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1752  MscS Mechanosensitive ion channel  25.85 
 
 		 356 aa  48.1  0.0002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5006  MscS mechanosensitive ion channel  30.43 
 
 		 814 aa  48.1  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2528  MscS mechanosensitive ion channel  32.58 
 
 		 817 aa  47.8  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.290655  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3100  MscS mechanosensitive ion channel  30.43 
 
 		 820 aa  47.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.416731  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02489  putative mechanosensitive channel protein (MscS family)  21.84 
 
 		 367 aa  47.8  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4629  MscS mechanosensitive ion channel  30.3 
 
 		 832 aa  48.1  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2824  MscS mechanosensitive ion channel  20.45 
 
 		 330 aa  48.1  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1888  MscS Mechanosensitive ion channel  24.12 
 
 		 362 aa  47.8  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2070  mechanosensitive ion channel family protein  30.43 
 
 		 809 aa  48.5  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.563687  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2125  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  30.43 
 
 		 809 aa  48.5  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0467602  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1674  MscS mechanosensitive ion channel  24.86 
 
 		 270 aa  47.8  0.0002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.702305  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>