More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_01765 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_01765  RNA pseudouridine synthase family protein  100 
 
 		 248 aa  509  1e-143  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00504065  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0916  RNA pseudouridine synthase family protein  72.5 
 
 		 314 aa  375  1e-103  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2242  pseudouridine synthase  73.95 
 
 		 318 aa  364  1e-100  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1646  pseudouridine synthase, Rsu  70.17 
 
 		 317 aa  351  5e-96  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0782  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  65.71 
 
 		 324 aa  333  2e-90  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.168526  normal  0.0685581 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  61.6 
 
 		 314 aa  317  2e-85  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.514849  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1235  pseudouridine synthase  64.44 
 
 		 248 aa  311  4.999999999999999e-84  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176862  normal  0.0316242 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  60.83 
 
 		 298 aa  297  9e-80  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  60 
 
 		 298 aa  295  5e-79  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  62.39 
 
 		 385 aa  293  1e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  61.54 
 
 		 384 aa  291  5e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0236  pseudouridine synthase  57.44 
 
 		 272 aa  283  1.0000000000000001e-75  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  57.79 
 
 		 340 aa  282  4.0000000000000003e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13243  pseudouridine synthase, Rsu  57.96 
 
 		 244 aa  277  1e-73  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6011  pseudouridine synthase  56.96 
 
 		 389 aa  274  8e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3854  pseudouridine synthase  55.51 
 
 		 348 aa  271  9e-72  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3815  23S rRNA pseudouridine synthase F  52.65 
 
 		 332 aa  269  2.9999999999999997e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2938  23S rRNA pseudouridine synthase F  53.06 
 
 		 355 aa  269  2.9999999999999997e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.367273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1228  pseudouridine synthase  58.26 
 
 		 240 aa  269  2.9999999999999997e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.481726  normal  0.0793814 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1748  23S rRNA pseudouridine synthase F  53.72 
 
 		 309 aa  266  2e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.442205  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0603  23S rRNA pseudouridine synthase F  53.72 
 
 		 293 aa  263  2e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.10967  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0908  23S rRNA pseudouridine synthase F  52.89 
 
 		 328 aa  261  8.999999999999999e-69  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.500296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3069  23S rRNA pseudouridine synthase F  54.04 
 
 		 290 aa  259  3e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2990  23S rRNA pseudouridine synthase F  54.04 
 
 		 290 aa  259  3e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0855  23S rRNA pseudouridine synthase F  53.42 
 
 		 332 aa  259  4e-68  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.532937 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1204  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  55.27 
 
 		 240 aa  257  1e-67  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.501525  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  55.65 
 
 		 240 aa  257  2e-67  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2221  RNA pseudouridylate synthase  57.85 
 
 		 238 aa  256  3e-67  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2160  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  57.85 
 
 		 238 aa  256  3e-67  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.28876  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2144  tRNA pseudouridine synthase A  57.85 
 
 		 238 aa  256  3e-67  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2403  RNA pseudouridine synthase family protein  57.85 
 
 		 235 aa  256  3e-67  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2353  RNA pseudouridine synthase family protein  57.85 
 
 		 235 aa  256  3e-67  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2386  RNA pseudouridine synthase family protein  57.85 
 
 		 238 aa  256  3e-67  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2488  RNA pseudouridine synthase family protein  57.85 
 
 		 235 aa  256  3e-67  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.970242  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2974  RNA pseudouridine synthase family protein  57.85 
 
 		 235 aa  256  3e-67  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.462691 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0601  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  56.72 
 
 		 240 aa  255  4e-67  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.624758  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14081  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  56.72 
 
 		 240 aa  255  4e-67  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.484902  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2417  RNA pseudouridylate synthase family protein  57.4 
 
 		 238 aa  253  1.0000000000000001e-66  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3971  23S rRNA pseudouridine synthase F  54.04 
 
 		 286 aa  253  2.0000000000000002e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2192  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.95 
 
 		 235 aa  251  5.000000000000001e-66  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.731966  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12541  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  55.46 
 
 		 240 aa  251  9.000000000000001e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.558344  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0226  23S rRNA pseudouridine synthase F  54.47 
 
 		 289 aa  250  2e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.387458  normal  0.300617 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4528  23S rRNA pseudouridine synthase F  53.72 
 
 		 289 aa  249  4e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.358582 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4444  23S rRNA pseudouridine synthase F  53.31 
 
 		 289 aa  248  5e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4530  23S rRNA pseudouridine synthase F  53.31 
 
 		 289 aa  248  6e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.115437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4405  23S rRNA pseudouridine synthase F  53.31 
 
 		 289 aa  248  6e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.15276 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4604  23S rRNA pseudouridine synthase F  54.47 
 
 		 289 aa  248  7e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03894  23S rRNA pseudouridine synthase  54.47 
 
 		 290 aa  246  2e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3975  pseudouridine synthase  54.47 
 
 		 290 aa  246  2e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03854  hypothetical protein  54.47 
 
 		 290 aa  246  2e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4664  RNA pseudouridine synthase family protein  50.66 
 
 		 229 aa  246  3e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000338172 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4525  23S rRNA pseudouridine synthase F  54.47 
 
 		 290 aa  245  4.9999999999999997e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4258  23S rRNA pseudouridine synthase F  54.04 
 
 		 290 aa  244  8e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.520843  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2928  pseudouridine synthase  53.78 
 
 		 477 aa  244  8e-64  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5500  23S rRNA pseudouridine synthase F  54.04 
 
 		 290 aa  244  9e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4566  23S rRNA pseudouridine synthase F  54.04 
 
 		 290 aa  244  9e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4008  23S rRNA pseudouridine synthase F  54.04 
 
 		 290 aa  244  9e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.098553 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4483  23S rRNA pseudouridine synthase F  54.04 
 
 		 290 aa  244  9e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.429263 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_12681  pseudouridine synthase, Rsu  55.96 
 
 		 240 aa  244  9.999999999999999e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.850167  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3586  pseudouridine synthase  48.37 
 
 		 266 aa  243  1.9999999999999999e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.280598  normal  0.134237 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_12611  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  55.04 
 
 		 240 aa  243  1.9999999999999999e-63  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.594453  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4446  RNA pseudouridylate synthase  50.22 
 
 		 229 aa  242  5e-63  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4792  RNA pseudouridine synthase family protein  50.22 
 
 		 229 aa  242  5e-63  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4674  RNA pseudouridylate synthase family protein  50.22 
 
 		 229 aa  240  1e-62  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4661  RNA pseudouridine synthase family protein  49.78 
 
 		 229 aa  241  1e-62  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.636337  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4284  pseudouridylate synthase  49.78 
 
 		 229 aa  240  1e-62  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0577  RNA pseudouridine synthase family protein  49.78 
 
 		 229 aa  239  2e-62  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4295  tRNA pseudouridine synthase A  49.78 
 
 		 229 aa  239  2.9999999999999997e-62  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.502862  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4677  RNA pseudouridine synthase family protein  49.34 
 
 		 229 aa  236  2e-61  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000310773  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4379  pseudouridine synthase  48.9 
 
 		 229 aa  235  5.0000000000000005e-61  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1151  RNA pseudouridine synthase family protein  48.71 
 
 		 228 aa  231  1e-59  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000576228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  47.84 
 
 		 228 aa  227  1e-58  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3238  pseudouridine synthase  49.78 
 
 		 229 aa  226  3e-58  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.643571  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0944  pseudouridine synthase, Rsu  43.46 
 
 		 261 aa  202  4e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000200951  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0902  pseudouridine synthase  39.66 
 
 		 236 aa  172  5e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3461  pseudouridine synthase  39.75 
 
 		 242 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0685  pseudouridine synthase, Rsu  40.17 
 
 		 238 aa  170  2e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.301358  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  41.92 
 
 		 241 aa  170  2e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3582  pseudouridine synthase  38.4 
 
 		 236 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.299626 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0916  pseudouridine synthase, Rsu  38.49 
 
 		 236 aa  165  5e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.659376  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1167  RNA-binding S4 domain protein  37.39 
 
 		 228 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3385  pseudouridine synthase  38.49 
 
 		 242 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3180  pseudouridine synthase  39.41 
 
 		 238 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1834  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  39.56 
 
 		 281 aa  164  1.0000000000000001e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.954651  normal  0.0468047 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0952  pseudouridine synthase, Rsu  38.49 
 
 		 236 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.823269  normal  0.19606 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0572  pseudouridine synthase, Rsu  37.55 
 
 		 238 aa  160  2e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.18 
 
 		 237 aa  157  2e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1367  pseudouridine synthase  36.96 
 
 		 228 aa  157  2e-37  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1005  RNA-binding S4 domain protein  41.67 
 
 		 227 aa  156  3e-37  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.0262199999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0917  pseudouridine synthase, Rsu  37.7 
 
 		 241 aa  155  4e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.81174 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0675  pseudouridine synthase  37.08 
 
 		 238 aa  155  7e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0922  pseudouridine synthase  37.3 
 
 		 242 aa  155  8e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  38.46 
 
 		 274 aa  153  2e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_009370  OSTLU_10376  predicted protein  39.5 
 
 		 238 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0125267  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3873  pseudouridine synthase  35.68 
 
 		 245 aa  152  4e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00341682 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.46 
 
 		 239 aa  150  3e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_13855  predicted protein  41.94 
 
 		 217 aa  149  5e-35  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.690932  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  39.5 
 
 		 271 aa  149  6e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3936  pseudouridine synthase  34.44 
 
 		 261 aa  148  7e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.348402  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1401  pseudouridine synthase  36.55 
 
 		 250 aa  148  9e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.288863  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>