More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_01752 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_01752  putative mechanosensitive channel protein (MscS family)  100 
 
 		 328 aa  660    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.249612  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4090  MscS mechanosensitive ion channel  62.31 
 
 		 349 aa  431  1e-119  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3168  MscS Mechanosensitive ion channel  36.08 
 
 		 311 aa  227  2e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0116515  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1496  MscS Mechanosensitive ion channel  35.51 
 
 		 295 aa  189  7e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4521  MscS Mechanosensitive ion channel  34.97 
 
 		 291 aa  181  2e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.958869 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1486  MscS Mechanosensitive ion channel  34.73 
 
 		 272 aa  171  1e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13183  putative mechanosensitive channel protein (MscS family)  36.63 
 
 		 316 aa  169  4e-41  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0890  MscS mechanosensitive ion channel  34.2 
 
 		 330 aa  165  8e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000201965 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0015  MscS mechanosensitive ion channel  35.48 
 
 		 287 aa  151  1e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1940  MscS mechanosensitive ion channel  31.36 
 
 		 489 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1417  MscS Mechanosensitive ion channel  30.36 
 
 		 304 aa  143  3e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2128  MscS mechanosensitive ion channel  31.73 
 
 		 270 aa  142  6e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4182  MscS mechanosensitive ion channel  33.69 
 
 		 324 aa  142  8e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.774704 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3145  mechanosensitive ion channel  33.21 
 
 		 544 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.187903  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1189  MscS Mechanosensitive ion channel  30 
 
 		 445 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2675  MscS mechanosensitive ion channel  34.09 
 
 		 275 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00133263  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0108  MscS mechanosensitive ion channel  33.21 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1205  MscS mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 275 aa  138  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00184527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1276  MscS mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 275 aa  138  2e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000188457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0663  MscS Mechanosensitive ion channel  29.8 
 
 		 336 aa  136  4e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0951  MscS Mechanosensitive ion channel  32.51 
 
 		 341 aa  136  5e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3171  MscS mechanosensitive ion channel  32.23 
 
 		 275 aa  136  5e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000563606  hitchhiker  0.0000513684 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1350  MscS Mechanosensitive ion channel  32.23 
 
 		 275 aa  136  5e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000676183  hitchhiker  0.0000000000523866 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1533  MscS Mechanosensitive ion channel  33.07 
 
 		 276 aa  135  8e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0014  MscS Mechanosensitive ion channel  29.39 
 
 		 289 aa  135  8e-31  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3028  MscS mechanosensitive ion channel  31.5 
 
 		 275 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000445897  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00500  MscS Mechanosensitive ion channel  28.43 
 
 		 334 aa  135  9.999999999999999e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0613  MscS mechanosensitive ion channel  31.64 
 
 		 547 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000873032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1206  MscS mechanosensitive ion channel  32.6 
 
 		 275 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0407  MscS mechanosensitive ion channel  31.21 
 
 		 315 aa  134  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.323817  normal  0.0164618 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3013  MscS mechanosensitive ion channel  31.5 
 
 		 275 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000253066  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2393  MscS Mechanosensitive ion channel  30.28 
 
 		 408 aa  133  3e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2771  MscS Mechanosensitive ion channel  28.88 
 
 		 296 aa  134  3e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2465  putative small-conductance mechanosensitive channel  31.44 
 
 		 275 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.404234  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4338  MscS mechanosensitive ion channel  30.18 
 
 		 533 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3719  MscS mechanosensitive ion channel  32.31 
 
 		 538 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00173633  n/a   
 
 
-
 
NC_014249  Aazo_5329  mechanosensitive ion channel protein MscS  32.34 
 
 		 331 aa  131  2.0000000000000002e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2422  MscS mechanosensitive ion channel  31.91 
 
 		 572 aa  130  3e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1689  MscS mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 356 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3659  MscS mechanosensitive ion channel  35.38 
 
 		 439 aa  129  7.000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.19276  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10253  hypothetical protein  32.34 
 
 		 307 aa  129  7.000000000000001e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  decreased coverage  0.00229932  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3340  small-conductance mechanosensitive channel  30.77 
 
 		 275 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1152  MscS mechanosensitive ion channel  30.37 
 
 		 274 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0163398  normal  0.0148083 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1036  putative mechanosensitive ion channel protein  29.89 
 
 		 534 aa  128  1.0000000000000001e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0444  MscS mechanosensitive ion channel  32.63 
 
 		 540 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2803  MscS mechanosensitive ion channel  30.91 
 
 		 277 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3521  MscS mechanosensitive ion channel  30.11 
 
 		 547 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1093  MscS Mechanosensitive ion channel  28.53 
 
 		 389 aa  126  4.0000000000000003e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.464677  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0102  MscS mechanosensitive ion channel  31.54 
 
 		 537 aa  126  4.0000000000000003e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.102568  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1797  mechanosensitive ion channel  26.81 
 
 		 561 aa  126  5e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.433096  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03062  hypothetical protein  29.64 
 
 		 563 aa  125  7e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1350  hypothetical protein  33.02 
 
 		 292 aa  125  9e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2989  Ricin B lectin  28.51 
 
 		 474 aa  124  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000129425 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0949  MscS Mechanosensitive ion channel  31.15 
 
 		 273 aa  124  2e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03562  hypothetical protein  28.57 
 
 		 288 aa  124  2e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002474  small-conductance mechanosensitive channel  28.89 
 
 		 288 aa  124  3e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002898  small-conductance mechanosensitive channel  29.64 
 
 		 532 aa  123  3e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.341732  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1140  MscS mechanosensitive ion channel  29.92 
 
 		 274 aa  124  3e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15609  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3333  MscS mechanosensitive ion channel  31.17 
 
 		 275 aa  124  3e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3468  MscS mechanosensitive ion channel  30.11 
 
 		 550 aa  123  3e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1746  mechanosensitive ion channel family protein  27.34 
 
 		 531 aa  123  5e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2646  MscS mechanosensitive ion channel  30.35 
 
 		 322 aa  123  5e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0743  MscS Mechanosensitive ion channel  32.82 
 
 		 460 aa  122  6e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0562  MscS mechanosensitive ion channel  30.11 
 
 		 551 aa  122  6e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0561  MscS mechanosensitive ion channel  30.11 
 
 		 551 aa  122  6e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3803  MscS mechanosensitive ion channel  28.67 
 
 		 549 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.717222  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0514  MscS Mechanosensitive ion channel  31 
 
 		 288 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3929  MscS mechanosensitive ion channel  28.67 
 
 		 549 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3747  MscS Mechanosensitive ion channel  28.67 
 
 		 549 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1701  phosphoglycerate mutase  30.14 
 
 		 310 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2229  MscS Mechanosensitive ion channel  31.9 
 
 		 400 aa  120  3e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.224666  normal  0.568068 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01983  MscS Mechanosensitive ion channel ei VT8  30.58 
 
 		 279 aa  120  3e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.865643  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2296  MscS mechanosensitive ion channel  32.13 
 
 		 270 aa  120  3e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3778  MscS mechanosensitive ion channel  28.36 
 
 		 276 aa  120  3.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.981923 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1187  MscS Mechanosensitive ion channel  32.26 
 
 		 305 aa  120  3.9999999999999996e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0250538  hitchhiker  0.00000123969 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2105  MscS Mechanosensitive ion channel  27.95 
 
 		 414 aa  119  4.9999999999999996e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0600957  normal  0.059013 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1359  MscS mechanosensitive ion channel  30.29 
 
 		 275 aa  119  6e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3392  MscS Mechanosensitive ion channel  29.62 
 
 		 833 aa  119  6e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0476  MscS mechanosensitive ion channel  28.52 
 
 		 279 aa  119  7e-26  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.139506  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4142  MscS mechanosensitive ion channel  29.71 
 
 		 384 aa  119  9e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.93898  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4603  mechanosensitive ion channel family protein  30.18 
 
 		 275 aa  118  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03290  MscS Mechanosensitive ion channel  30.36 
 
 		 280 aa  119  9.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1245  MscS mechanosensitive ion channel  28.94 
 
 		 274 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.016266  normal  0.622604 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1775  MscS mechanosensitive ion channel  32.27 
 
 		 283 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0308  MscS mechanosensitive ion channel  26.41 
 
 		 459 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02489  putative mechanosensitive channel protein (MscS family)  26.57 
 
 		 367 aa  117  3e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0661  MscS Mechanosensitive ion channel  33.72 
 
 		 295 aa  116  3.9999999999999997e-25  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0390  MscS mechanosensitive ion channel  32.65 
 
 		 274 aa  117  3.9999999999999997e-25  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.855015  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0032  hypothetical protein  28.88 
 
 		 287 aa  116  5e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.20954  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3620  MscS mechanosensitive ion channel  32.21 
 
 		 277 aa  116  6e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.812148  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5986  MscS Mechanosensitive ion channel  27.53 
 
 		 337 aa  115  6.9999999999999995e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1345  MscS mechanosensitive ion channel  29.17 
 
 		 274 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000767633  hitchhiker  0.0000248019 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01095  mechanosensitive ion channel family protein  32.17 
 
 		 280 aa  115  8.999999999999998e-25  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1606  MscS mechanosensitive ion channel  26.33 
 
 		 307 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.696801  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1342  MscS Mechanosensitive ion channel  32.29 
 
 		 266 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00293598  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2546  small-conductance mechanosensitive channel  28.78 
 
 		 286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.748104  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0091  MscS Mechanosensitive ion channel  32.38 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  30.43 
 
 		 806 aa  114  3e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2555  MscS mechanosensitive ion channel  29.93 
 
 		 321 aa  113  4.0000000000000004e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2469  putative transport protein  28.92 
 
 		 269 aa  113  5e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>