More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_01706 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_01706  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 
173 aa  348  2e-95  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0345877  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1578  16S rRNA-processing protein RimM  65.91 
 
 
176 aa  244  3e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.637772  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03479  16S rRNA-processing protein RimM  52.57 
 
 
182 aa  207  7e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002537  16S rRNA processing protein RimM  52 
 
 
182 aa  204  3e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00116484  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0096  16S rRNA-processing protein RimM  52.27 
 
 
184 aa  202  2e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000752452  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  50 
 
 
176 aa  191  6e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0890  16S rRNA-processing protein RimM  50 
 
 
176 aa  187  5.999999999999999e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000503781  normal  0.334216 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0650  16S rRNA-processing protein RimM  49.43 
 
 
175 aa  186  1e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.182958  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4068  16S rRNA-processing protein RimM  48.3 
 
 
176 aa  184  7e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1255  16S rRNA-processing protein RimM  47.73 
 
 
176 aa  183  1.0000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000136012  hitchhiker  0.0000512506 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02497  16S rRNA-processing protein  46.78 
 
 
182 aa  179  2e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0146885  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1066  16S rRNA processing protein RimM  46.78 
 
 
182 aa  179  2e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000147404  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2997  16S rRNA-processing protein RimM  46.78 
 
 
182 aa  179  2e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00151494  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2767  16S rRNA-processing protein RimM  46.78 
 
 
182 aa  179  2e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000144425  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1075  16S rRNA-processing protein RimM  46.78 
 
 
182 aa  179  2e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.024634  normal  0.0162863 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3847  16S rRNA-processing protein RimM  46.78 
 
 
183 aa  179  2e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00015023  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2760  16S rRNA-processing protein RimM  46.78 
 
 
183 aa  179  2e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0552999  normal  0.0361654 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2892  16S rRNA-processing protein RimM  46.78 
 
 
182 aa  179  2e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000259397  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02461  hypothetical protein  46.78 
 
 
182 aa  179  2e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00779193  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2891  16S rRNA-processing protein RimM  46.51 
 
 
183 aa  177  7e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.217231  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2870  16S rRNA-processing protein RimM  46.51 
 
 
183 aa  177  7e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.71493  normal  0.0226168 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3003  16S rRNA-processing protein RimM  46.51 
 
 
183 aa  177  7e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.24752  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2820  16S rRNA-processing protein RimM  46.51 
 
 
183 aa  177  7e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0156642  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2889  16S rRNA-processing protein RimM  46.51 
 
 
183 aa  177  7e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0200188  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3202  16S rRNA-processing protein RimM  47.37 
 
 
182 aa  177  9e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0025103  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3366  16S rRNA processing protein RimM  47.73 
 
 
175 aa  176  1e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.83337 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1125  16S rRNA-processing protein RimM  46.78 
 
 
182 aa  176  1e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3227  16S rRNA-processing protein RimM  45.56 
 
 
182 aa  175  2e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.155768  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3089  16S rRNA-processing protein RimM  47.93 
 
 
177 aa  176  2e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.157411  normal  0.0618284 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  46.78 
 
 
182 aa  175  2e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1288  16S rRNA-processing protein RimM  46.02 
 
 
176 aa  174  4e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000110365  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1255  16S rRNA-processing protein RimM  46.02 
 
 
176 aa  174  4e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000416795  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1211  16S rRNA-processing protein RimM  46.02 
 
 
176 aa  174  4e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000458928  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3102  16S rRNA-processing protein RimM  46.02 
 
 
176 aa  174  4e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000126118  normal  0.166795 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3016  16S rRNA-processing protein RimM  46.59 
 
 
176 aa  174  6e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000828768  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1160  16S rRNA-processing protein RimM  44.89 
 
 
176 aa  174  7e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000339506  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1169  16S rRNA-processing protein RimM  44.89 
 
 
176 aa  174  8e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000549178  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3363  16S rRNA-processing protein RimM  44.97 
 
 
182 aa  174  8e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312668  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0881  16S rRNA-processing protein RimM  44.97 
 
 
182 aa  174  8e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.239463  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0853  16S rRNA-processing protein RimM  44.97 
 
 
182 aa  172  9.999999999999999e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000199239  hitchhiker  0.0000659128 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2919  16S rRNA-processing protein RimM  44.89 
 
 
176 aa  173  9.999999999999999e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000569736  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1064  16S rRNA-processing protein RimM  46.02 
 
 
176 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000154206  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2837  16S rRNA-processing protein RimM  46.02 
 
 
176 aa  171  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000499984  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2919  16S rRNA-processing protein RimM  46.02 
 
 
176 aa  171  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000363709  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1358  16S rRNA-processing protein RimM  44.89 
 
 
177 aa  170  1e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0294  16S rRNA-processing protein RimM  44.64 
 
 
175 aa  169  1e-41  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000244736  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2753  16S rRNA-processing protein RimM  44.32 
 
 
176 aa  169  2e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000227208  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0992  16S rRNA-processing protein RimM  44.44 
 
 
182 aa  167  7e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0584349  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3015  16S rRNA-processing protein RimM  43.86 
 
 
184 aa  148  4e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00120588  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0197  16S rRNA processing protein RimM  38.95 
 
 
175 aa  139  1.9999999999999998e-32  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1204  16S rRNA-processing protein RimM  41.81 
 
 
183 aa  135  3.0000000000000003e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00134678  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3769  16S rRNA processing protein RimM  41.42 
 
 
181 aa  134  9e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.000000183564  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2005  16S rRNA processing protein RimM  38.07 
 
 
178 aa  129  2.0000000000000002e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000559239  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2279  16S rRNA-processing protein RimM  36.93 
 
 
175 aa  129  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0459452  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1154  16S rRNA-processing protein RimM  38.6 
 
 
170 aa  126  1.0000000000000001e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0847  16S rRNA processing protein RimM  41.38 
 
 
167 aa  125  3e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2259  16S rRNA processing protein RimM  37.87 
 
 
175 aa  125  3e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00362767  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0648  16S rRNA processing protein RimM  41.62 
 
 
181 aa  125  3e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.144328  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  40 
 
 
178 aa  125  3e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  38.15 
 
 
175 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02148  16S rRNA-processing protein RimM  37.29 
 
 
180 aa  120  9.999999999999999e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.899687  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15980  16S rRNA-processing protein RimM  38.15 
 
 
175 aa  119  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00452583  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2333  16S rRNA processing protein RimM  39.53 
 
 
164 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000377156  normal  0.0588442 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0393  16S rRNA processing protein RimM  38.82 
 
 
172 aa  119  3e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  35.76 
 
 
189 aa  118  4.9999999999999996e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39550  16S rRNA-processing protein RimM  35.5 
 
 
178 aa  116  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.383367  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0885  16S rRNA processing protein RimM  38.42 
 
 
170 aa  115  1.9999999999999998e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.230501  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0570  16S rRNA-processing protein RimM  39.05 
 
 
168 aa  115  3.9999999999999997e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.115494  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  37.57 
 
 
178 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  37.57 
 
 
178 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1020  16S rRNA-processing protein RimM  38.15 
 
 
178 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.104306  normal  0.553883 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1068  16S rRNA-processing protein RimM  36.99 
 
 
178 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.185683  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4156  16S rRNA-processing protein RimM  37.57 
 
 
178 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12723  normal  0.417935 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0074  16S rRNA-processing protein RimM  36.84 
 
 
170 aa  111  4.0000000000000004e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0088  16S rRNA-processing protein RimM  35.67 
 
 
170 aa  110  1.0000000000000001e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0465  hypothetical protein  33.7 
 
 
169 aa  108  3e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0441  hypothetical protein  33.7 
 
 
169 aa  108  3e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1283  16S rRNA-processing protein RimM  35.06 
 
 
179 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.896512  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1474  16S rRNA processing protein RimM  34.48 
 
 
179 aa  106  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.480485  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1630  16S rRNA-processing protein RimM  33.72 
 
 
168 aa  105  2e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000000568977  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0551  16S rRNA-processing protein RimM  33.72 
 
 
168 aa  106  2e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  2.44188e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0201  16S rRNA processing protein RimM  34.73 
 
 
176 aa  103  1e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000521632  normal  0.064349 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1885  16S rRNA-processing protein RimM  33.52 
 
 
191 aa  100  9e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0110154  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1691  16S rRNA-processing protein RimM  32.28 
 
 
213 aa  100  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0428  16S rRNA processing protein RimM  33.52 
 
 
169 aa  100  1e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.709959  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1462  16S rRNA-processing protein RimM  31.75 
 
 
202 aa  100  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2854  16S rRNA processing protein RimM  34.91 
 
 
171 aa  100  1e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.77473  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2702  16S rRNA-processing protein RimM  32.97 
 
 
190 aa  99  3e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.294971  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2475  16S rRNA processing protein RimM  34.57 
 
 
160 aa  97.8  7e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3354  16S rRNA-processing protein RimM  32.97 
 
 
209 aa  97.4  8e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.305815 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5344  16S rRNA-processing protein RimM  33.15 
 
 
189 aa  95.9  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1474  16S rRNA-processing protein RimM  31.84 
 
 
184 aa  94.7  5e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1403  16S rRNA-processing protein RimM  32.97 
 
 
187 aa  93.6  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1007  16S rRNA-processing protein RimM  34.46 
 
 
244 aa  93.6  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.571719 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2976  16S rRNA-processing protein RimM  34.25 
 
 
248 aa  92.4  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.470421  normal  0.0518366 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2018  16S rRNA processing protein RimM  30.18 
 
 
177 aa  91.7  5e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0112237  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  33.54 
 
 
176 aa  91.7  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2321  16S rRNA processing protein RimM  30.18 
 
 
177 aa  91.7  5e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  32.35 
 
 
169 aa  90.5  1e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  31.76 
 
 
169 aa  90.1  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0300271 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>