More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_01687 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_01687  triosephosphate isomerase  100 
 
 
232 aa  473  1e-133  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000150844  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1574  triosephosphate isomerase  53.88 
 
 
249 aa  252  3e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0183532  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0984  Triose-phosphate isomerase  53.14 
 
 
253 aa  239  2e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.356329  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1003  triosephosphate isomerase  50 
 
 
260 aa  234  8e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0343606  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1893  triosephosphate isomerase  51.91 
 
 
248 aa  233  3e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0274896  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3243  triosephosphate isomerase  49.18 
 
 
260 aa  232  5e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  2.57421e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3284  triosephosphate isomerase  49.18 
 
 
260 aa  232  5e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  3.71764e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3421  triosephosphate isomerase  49.18 
 
 
260 aa  232  5e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  8.76569e-08  decreased coverage  0.000110965 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1124  triosephosphate isomerase  49.18 
 
 
260 aa  232  5e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  1.21721e-05  unclonable  5.28037e-12 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2838  triosephosphate isomerase  49.18 
 
 
260 aa  232  5e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  8.4878e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0815  triosephosphate isomerase  50.21 
 
 
253 aa  231  6e-60  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  2.44559e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0986  triosephosphate isomerase  48.77 
 
 
260 aa  231  7e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  1.92621e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5579  triosephosphate isomerase  49.15 
 
 
251 aa  231  7e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000123744  normal  0.0751441 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1026  triosephosphate isomerase  49.18 
 
 
260 aa  231  9e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  6.72651e-05  hitchhiker  5.21404e-05 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2064  triosephosphate isomerase  51.91 
 
 
248 aa  231  9e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0168982  normal  0.648241 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1200  triosephosphate isomerase  49.18 
 
 
260 aa  231  9e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1022  triosephosphate isomerase  49.18 
 
 
260 aa  231  9e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  1.78614e-07  hitchhiker  0.000431545 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1087  triosephosphate isomerase  49.18 
 
 
260 aa  231  9e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00059681  normal  0.0654899 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0959  triosephosphate isomerase  50.85 
 
 
245 aa  230  1e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138148  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2831  triosephosphate isomerase  48.77 
 
 
260 aa  229  2e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  4.2953e-06  hitchhiker  0.00389109 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2216  triosephosphate isomerase  51.06 
 
 
248 aa  229  3e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.596842 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1639  triosephosphate isomerase  48.73 
 
 
251 aa  229  4e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  2.00734e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2251  triosephosphate isomerase  48.73 
 
 
251 aa  229  4e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000102764  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2275  triosephosphate isomerase  48.73 
 
 
251 aa  228  5e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  3.08196e-06  normal  0.102184 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1972  triosephosphate isomerase  51.45 
 
 
250 aa  227  9e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0120273 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1767  triosephosphate isomerase  52.77 
 
 
249 aa  227  1e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.91306  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0957  triosephosphate isomerase  48.36 
 
 
260 aa  227  1e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0345759  normal  0.153456 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1089  triosephosphate isomerase  53.74 
 
 
253 aa  226  2e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2289  triosephosphate isomerase  48.73 
 
 
251 aa  226  2e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  7.85898e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3393  triosephosphate isomerase  48.37 
 
 
260 aa  226  2e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  1.64415e-05  hitchhiker  0.0003141 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2168  triosephosphate isomerase  48.73 
 
 
251 aa  226  2e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00524142  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1026  triosephosphate isomerase  49.15 
 
 
251 aa  226  3e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00133267  normal  0.306303 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3565  triosephosphate isomerase  47.54 
 
 
260 aa  225  5e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.147919  hitchhiker  4.96067e-06 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3064  triosephosphate isomerase  47.95 
 
 
260 aa  225  5e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  1.37173e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0925  triosephosphate isomerase  48.29 
 
 
245 aa  222  3e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0737109  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1287  triosephosphate isomerase  48.31 
 
 
266 aa  222  4e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0706  triosephosphate isomerase  52.86 
 
 
255 aa  221  8e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.423457  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3216  triosephosphate isomerase  48.33 
 
 
258 aa  221  9e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00012954  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2566  triosephosphate isomerase  49.38 
 
 
250 aa  220  1e-56  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.566971  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1341  triosephosphate isomerase  48.95 
 
 
259 aa  220  1e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000463974  normal  0.0307092 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1140  triosephosphate isomerase  56.34 
 
 
248 aa  218  6e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.766646  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1058  triosephosphate isomerase  50 
 
 
251 aa  218  6e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00483785  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1401  triosephosphate isomerase  53.27 
 
 
251 aa  218  9e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0615206  normal  0.829458 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1966  triosephosphate isomerase  49.3 
 
 
256 aa  217  1e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  8.20066e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2011  triosephosphate isomerase  47.03 
 
 
259 aa  216  2e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000187443  normal  0.448479 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01285  triosephosphate isomerase  50.22 
 
 
251 aa  216  2e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.300976  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0674  triosephosphate isomerase  46.64 
 
 
250 aa  213  3e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.260735  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0740  triosephosphate isomerase  48.73 
 
 
266 aa  211  7e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.211243  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1127  triosephosphate isomerase  48.73 
 
 
266 aa  211  7e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.324732  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0410  triosephosphate isomerase  48.73 
 
 
266 aa  211  7e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1499  Triose-phosphate isomerase  49.37 
 
 
248 aa  211  7e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0165539 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1296  triosephosphate isomerase  48.73 
 
 
266 aa  211  7e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.298294  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1832  triosephosphate isomerase  48.73 
 
 
251 aa  211  9e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1568  triosephosphate isomerase  50.94 
 
 
254 aa  209  2e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.384591  normal  0.243152 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1432  triosephosphate isomerase  48.73 
 
 
251 aa  209  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.515426  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2833  triosephosphate isomerase  50.72 
 
 
251 aa  208  5e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.091999  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0238  triosephosphate isomerase  48.34 
 
 
249 aa  208  7e-53  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0267  triosephosphate isomerase  48.34 
 
 
249 aa  207  9e-53  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0717  triosephosphate isomerase  45.8 
 
 
251 aa  207  1e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.119458 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49910  triosephosphate isomerase  47.08 
 
 
246 aa  205  4e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.258147  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3448  triosephosphate isomerase  45.64 
 
 
256 aa  206  4e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1740  triosephosphate isomerase  48.07 
 
 
245 aa  205  4e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4716  triosephosphate isomerase  45.38 
 
 
251 aa  204  7e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0947  triosephosphate isomerase  49.53 
 
 
249 aa  204  9e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.144972  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4581  triosephosphate isomerase  45.38 
 
 
251 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.299699  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1621  triosephosphate isomerase  47 
 
 
255 aa  204  1e-51  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0703383  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0542  triosephosphate isomerase  47 
 
 
271 aa  204  1e-51  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4715  triosephosphate isomerase  45.38 
 
 
251 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.151784  hitchhiker  0.00871946 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4494  triosephosphate isomerase  46.03 
 
 
251 aa  203  2e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.321001  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1476  triosephosphate isomerase  47.93 
 
 
249 aa  203  2e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3612  triosephosphate isomerase  47.28 
 
 
251 aa  203  2e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3352  Triose-phosphate isomerase  43.46 
 
 
252 aa  202  3e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3277  triosephosphate isomerase  49.35 
 
 
251 aa  202  3e-51  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2717  triosephosphate isomerase  45.04 
 
 
246 aa  201  8e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0490631  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4184  triosephosphate isomerase  46.64 
 
 
251 aa  201  8e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.572392 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1615  triosephosphate isomerase  45.45 
 
 
255 aa  201  9e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07150  triosephosphate isomerase  43.33 
 
 
256 aa  201  1e-50  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0209504  normal  0.846197 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2280  triosephosphate isomerase  47.39 
 
 
253 aa  200  2e-50  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815023  normal  0.394565 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10130  triosephosphate isomerase  46.72 
 
 
256 aa  200  2e-50  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.734824  hitchhiker  5.44988e-07 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1444  bifunctional phosphoglycerate kinase/triosephosphate isomerase  47.39 
 
 
655 aa  199  2e-50  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1520  triosephosphate isomerase  51.06 
 
 
248 aa  199  3e-50  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.436921 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2199  triosephosphate isomerase  46.82 
 
 
250 aa  199  3e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.468925  normal  0.243836 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1122  triosephosphate isomerase  44.83 
 
 
251 aa  199  3e-50  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  2.74179e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1023  Triose-phosphate isomerase  44.49 
 
 
249 aa  199  3e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00613564  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2060  triosephosphate isomerase  43.97 
 
 
250 aa  196  2e-49  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.183985  normal  0.399765 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1885  triosephosphate isomerase  49.06 
 
 
255 aa  196  2e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000744734  normal  0.534473 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0154  triosephosphate isomerase  45.41 
 
 
255 aa  196  2e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2064  triosephosphate isomerase  45.61 
 
 
250 aa  195  4e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl504  triosephosphate isomerase  46.55 
 
 
275 aa  195  6e-49  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2989  Triose-phosphate isomerase  46.35 
 
 
250 aa  194  1e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.292891  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0169  triosephosphate isomerase  44.54 
 
 
255 aa  194  1e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.543601  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0775  triosephosphate isomerase  44.96 
 
 
251 aa  193  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000354266  normal  0.0202698 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0241  Triose-phosphate isomerase  48.58 
 
 
243 aa  193  2e-48  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0134  Triose-phosphate isomerase  45.89 
 
 
250 aa  193  2e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1591  triosephosphate isomerase  45.73 
 
 
255 aa  193  2e-48  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2707  triosephosphate isomerase  43.1 
 
 
249 aa  193  2e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4052  triosephosphate isomerase  45.41 
 
 
255 aa  193  2e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1261  triosephosphate isomerase  50.77 
 
 
251 aa  193  2e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.168128 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1562  triosephosphate isomerase  48.33 
 
 
252 aa  193  2e-48  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  6.11161e-06  hitchhiker  0.000778836 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1923  triosephosphate isomerase  45.65 
 
 
250 aa  193  2e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>